在推进经济体制改革的同时，党中央既慎重稳妥，又坚定积极地推动着政治体制改革的进程，先后出台了一系列重大的决策，从实行党政分工到精简机构，从培养接班人到实行干部退休制度，政治体制改革取得很大成果，为进一步深化改革积累了经验。1984年以后，以城市为重点的全面经济体制改革的推进对政治体制改革又提出了新的迫切要求。
在这种形势下，作为总设计师的邓小平，从1986年起，将政治体制改革问题重新提上具体日程。
1986年6月，邓小平在中央政治局常委会上指出：“政治体制改革同经济体制改革应该相互依赖，相互配合。只搞经济体制改革，不搞政治体制改革，经济体制改革也搞不通，因为首先遇到人的障碍。事情要人来做，你提倡放权，他那里收权，你有什么办法？从这个角度来讲，我们所有的改革最终能不能成功，还是决定于政治体制的改革。”同年9月，邓小平在会见日本公明党委员长竹入义胜时指出：“现在我们的经济体制改革进行得基本顺利。但是随着改革的发展，不可避免地会遇到障碍。
重要的是政治体制不适应经济体制改革的要求。”“现在经济体制改革每前进一步，都深深感到政治体制改革的必要性。不改革政治体制，就不能保障经济体制改革的成果，不能使经济体制改革继续前进，就会阻碍生产力的发展，阻碍四个现代化的实现。”为此，邓小平明确指出：“一九八○年就提出政治体制改革，但没有具体化，现在应该提到日程上来。”“进行政治体制改革的目的，总的来讲是要消除官僚主义，发展社会主义民主，调动人民和基层单位的积极性。”邓小平在听取中央财经领导小组汇报时指出，政治体制改革的内容，“首先是党政要分开，解决党如何善于领导的问题。第二个内容是权力要下放……第三个内容是精简机构……”在会见波兰统一工人党中央第一书记、国务委员会主席雅鲁泽尔斯基时他指出：“我们政治体制改革总的目标是三条：第一，巩固社会主义制度；第二，发展社会主义社会的生产力；第三，发扬社会主义民主，调动广大人民的积极性。”
1986年11月，邓小平在会见日本首相中曾根康弘时提出，政治体制改革要向着三个目标进行：始终保持党和国家的活力；克服官僚主义，提高工作效率；调动基层和工人、农民、知识分子的积极性。1987年6月，邓小平在会见南斯拉夫共产主义者联盟中央主席团委员科罗舍茨时重申，我们的改革总的目的是要有利于巩固社会主义制度，有利于巩固党的领导，有利于在党的领导和社会主义制度下发展生产力。要做到这些，第一，党和行政机构以及整个国家体制要增强活力，就是说不要僵化，要用新脑筋来对待新事物；第二，要真正提高效率；第三，要充分调动人民和各行各业基层的积极性。根据邓小平的论述，我国政治体制改革的总目的，是在坚持社会主义和党的领导的前提下，发展社会主义社会的生产力。政治体制改革的目标，是建立有中国特色的社会主义民主政治。政治体制改革的主要内容，是实行党政分开，改善和加强党的领导；精简机构，增强党和国家的活力；克服官僚主义，提高效率；权力下放，调动各方面的积极性。
我国的政治体制改革，必须切合本国实际，发展社会主义民主。“一般讲政治体制改革都讲民主化，但民主化的含义不十分清楚。资本主义社会讲的民主是资产阶级的民主，实际上是垄断资本的民主，无非是多党竞选、三权鼎立、两院制。”我们的国体是人民民主专政的社会主义国家，我们的政体是人民代表大会制度，这是中国最大的实际。这一实际，决定了我们的民主不是形式上的而是实质上的人民当家做主，决定了我们发展民主的途径是进一步完善人民代表大会制度。邓小平指出：“我们必须进行政治体制改革，而这种改革又不能搬用西方那一套所谓的民主……而要搞社会主义民主。”我们实行的就是全国人民代表大会一院制，这最符合中国实际。如果政策正确，方向正确，这种体制益处很大，很有助于国家的兴旺发达。在几十年的革命和建设中，我党创造性地提出了发扬社会主义民主的一系列制度、政策，如民主集中制、共产党领导下的多党合作与政治协商制度、民族区域自治制度等。实践证明，这些制度和政策“适合中国的情况”，“更利于团结人民，比西方的民主好得多”。对此，“要坚持自己的优势”，并加以完善和发展。
我国的政治体制改革，必须有助于现代化建设。进行现代化建设，需要有一个稳定的社会局面。“没有稳定的环境，什么都搞不成，已经取得的成果也会失掉。”在“文化大革命”中，搞“大鸣、大放、大字报、大辩论”，搞无政府主义的“大民主”，致使我国的经济停滞，生产力受到极大破坏。这一惨痛的教训我们应该汲取。邓小平指出：中国正处在特别需要集中注意力发展经济的过程中。如果追求形式上的民主，结果是既实现不了民主，经济也得不到发展，只会出现国家混乱、人心涣散的局面。因此，他强调：民主是我们的目标，但国家必须保持稳定。在政治体制改革方面，最大的目的是取得一个稳定的环境。社会主义民主和社会主义法制是相辅相成的，要保持稳定的政治环境，必须在发展社会主义民主的同时加强社会主义法制建设。所以，中国的政治体制改革，要讲社会主义的民主，也要讲社会主义的法制。
我国的政治体制改革，必须坚持坚决而又审慎的方针，平稳地推进。邓小平多次强调，我们的政策，包括政治体制改革，是坚定不移的，要坚持不变。
同时，他还强调，要充分认识政治体制改革的复杂性和长期性。1986年9月，邓小平指出，政治体制改革“这个问题太困难，每项改革涉及的人和事都很广泛，很深刻，触及许多人的利益，会遇到很多障碍，需要审慎从事”。“要先从一两件事上着手，不能一下子大干，那样就乱了。国家这么大，情况太复杂，改革不容易，因此决策一定要慎重，看到成功的可能性较大以后再下决心。”1987年7月，邓小平提出：改革不是一年两年的事情，政治体制改革如能在十年内搞成功就很了不起了。同年8月，邓小平再次重申：“政治体制改革很复杂，每一个措施都涉及千千万万人的利益。所以，政治体制改革要分步骤、有领导、有秩序地进行。”
邓小平提出：“我们评价一个国家的政治体制、政治结构和政策是否正确，关键看三条：第一是看国家政局是否稳定，第二是看能否增进人民的团结，改善人民的生活，第三是看生产力能否得到持续发展。”
根据邓小平政治体制改革的基本思路，中共中央于1986年9月决定成立中央政治体制改革研讨小组，在中共中央政治局常委直接领导下工作。同时，中央还组织了各方面的理论和实际工作部门的人员，就党政分开、党内民主、机构改革、干部人事制度、社会主义民主、社会主义法制改革的基本原则等组成了七个小组，进行各个专题的调查研究和论证工作。与此同时，学术理论界也就此开展了大规模的学术研究和探讨。在中央各专题研讨小组和学术理论界广泛的调查研究和论证的基础上，中共中央政治体制改革研讨小组经过近一年时间，形成了《政治体制改革总体设想》的初步方案。这个方案经中央政治局原则同意，于1987年10月提交党的十二届七中全会讨论。十二届七中全会原则同意上述方案，并决定将这个文件的主要内容写入中共十三大的报告。
1987年10月，中共十三大在北京隆重举行，会议在民主、团结、加快和深化改革的气氛中通过了党的十三大政治报告，提出了进行政治体制改革的宏伟蓝图。报告提出了党政分开的初步设想。指出党的领导是政治领导，即政治原则、政治方向、重大决策的领导和向国家政权机关推荐重要干部。党政分开，不是削弱党的领导，而是为了加强和改善党的领导。
十三大以后，党和政府按照十三大政治报告确立的政治体制改革目标，着手推进党政分开、精简机构等各项改革措施，并取得了一定的成效。