既然已经成了校规，那就应该严格遵守，可是杨荫榆处罚的三名国文系的学生全部都是“不听话的”，而有同样行为的其他学生，因为和杨荫榆关系比较好，就被放过了。很多学生、教职工都认为这个做法太不公平，这件事情也成为了“女大学潮风波”的导火索。
第二年一月，女大学生自治会向杨荫榆递交了请她辞去女校长的宣言，并且派代表去教育部宣读杨荫榆的“种种罪行”。
四月，章士钊等人公开支持杨荫榆。
五月，杨荫榆开除了刘和珍、许广平等自治会的成员；杨荫榆在演讲时被学生轰下台去；鲁迅等人公开表示支持学生……七月，杨荫榆带着警察强迫学生搬出学校。
八月，杨荫榆带着军警，殴打学生，强行解散入学预科甲、乙两部等4个班。
局势的发展，早就脱离了杨荫榆的控制范围，很多人都认为，她是咎由自取，是她伤害了这些无辜的学生。其实女师大风潮不是单纯的一个学校的事情，而是当时北京的革命知识分子、青年学生和卖国的军阀政府之间斗争的一个环节。
杨荫榆只是章士钊等人的棋子，关于她最大的过错，杨绛曾经中肯地说过：“她留美回国，做了女师大的校长，大约也自信能有所作为。可是她多年在国外埋头苦读，没看见国内的革命潮流；她不能理解当前的时势，她也没看清自己所处的地位。”
就是这个原因，让一位曾经两次出国留学、受过现代教育的知识女性成为时代落伍者甚至站在时代对立面，这件事情不仅仅成为杨荫榆人生的污点，同时也葬送了他的事业前程。女师大风潮之后，迫于舆论，她不得不辞去自己奋斗半生得到的位置。
四、鲁迅先生口中的“罪人”
杨荫榆之所以能够出名，不是因为她早年大胆的抗婚之举，也不是因为她是中国近现代历史上第一位女大学校长，而是因为女师大风潮——更准确地说，是因为鲁迅对她在女师大的所作所为进行的讥讽嘲骂。
鲁迅曾经在《“碰壁”之后》中有过一个比喻：杨荫榆视校长学生之关系为婆媳关系，以婆婆自居，视学生为童养媳。“许多媳妇儿，就如中国历来的大多数媳妇儿在苦节的婆婆脚下似的，都决定了暗淡的运命。”
在《女校长的男女的梦》中，他指责“杨氏的诬妄”，“诬蔑是她的教育法的根源”，《寡妇主义》也是暗中讥讽杨荫榆之作。
《鲁迅全集》的注释中是这样为杨荫榆“定性”的：“她依附北洋军阀，推行封建奴化教育，肆意压迫学生，激起进步师生的强烈反对。”
鲁迅先生和杨荫榆之间究竟有什么难以调和的矛盾呢？这依旧要从“女大学潮风波”说起。杨荫榆当初决定开除刘和珍、许广平等人，主要是因为这几名学生是出了名的不听话，甚至还去教育部“弹劾”
她本人，这让杨荫榆无法忍受。就在这个时候，鲁迅先生公开在《京报》上发表了《对于北京女子师范大学风潮宣言》，来支持学生们的运动。
1926年3月12日，日本军舰驶入我大沽口挑衅，继而纠集各国列强向中国政府发出最后通牒，进行无理要挟。这个消息，就好似在北京各界投下了一枚炸弹，当然这其中也包括了许多进步青年，比如刘和珍，当时她坚决地说：“外抗强权，内除国贼，非有枪不可军阀不倒，教育事业就搞不好，打倒军阀后，我再当教师不迟。”
六天之后，刘和珍以自治会的名义向林语堂教授请假一天，这时候的她正身患重病，可是她不顾病痛，依旧组织工作。
她把标语小旗分发给同学们，发表了简短而激昂的演说，然后高擎校旗，带队出发。女师大的同学来到天安门，主席台上悬挂着前一日请愿被刺伤代表的血衣。正午12时，两千多名学生开始示威游行，刘和珍担任女师大队伍的指挥。可是铁狮子胡同的段祺瑞执政府门前早就已经做好了充分的准备，卫队荷枪实弹，如临大敌。刘和珍等学生刚刚到这里，他们就将罪恶的枪口瞄准了这些手无寸铁的学生，枪声响了，一场预谋的大屠杀开始了。就这样，年仅二十二岁的刘和珍倒在了血泊中，离开了这个世界。
鲁迅先生在参加了刘和珍的追悼会之后，亲作《记念刘和珍君》
一文。追忆这位始终微笑的和蔼的学生；痛悼“为中国而死的中国的青年”；歌颂“虽陨身不恤”的“中国女子的勇毅”。刘和珍烈士是中华民族的好女儿，是北京师范大学人的骄傲！
在女师大风潮中，引人注目的是，以鲁迅为首，以女师大国文系教员为主的周作人、沈尹默、马裕藻等站在受处分学生一边，与杨荫榆和支持她的教育部进行了对抗。鲁迅甚至因此被开除了教育部的职位。
之后，鲁迅先生时常会在自己的文章中对杨荫榆进行嘲讽和攻击。
在一篇名叫《寡妇主义》的文章中，鲁迅写道：“在寡妇或拟寡妇所办的学校里，正当的青年是不能生活的。青年应当天真烂漫，非如她们的阴沉，她们却以为中邪了；青年应当有朝气，敢作为，非如她们那样萎缩，她们却以为是不安本分了，都有罪。只有极和她们相宜-说得冠冕一点罢，就是极其‘婉顺’的，以她们为师法，使眼光呆滞，面肌固定，在学校所化定的阴森的家庭里屏息而行，这才能敷衍到毕业……”
在《忽然想到》中鲁迅写道：“我还记得中国的女子是怎样被压制，有时简直并非而不如。现在托了洋鬼子学说的福，似乎有些解放了。但她一得到可以逞威的地位如校长之类，不就雇佣了‘捋袖擦拳’
的打手似的男人，来威胁毫无武力的同性的同学们么？”
因为这桩“罪案”，当代中国人并没忘记杨荫榆这个名字，以至今天仍有人写下这样的文字：“鲁迅《华盖集》中谈及‘女师大事件’的文章，为我们勾勒出女师大校长杨荫榆的形象。由此给我们的脑海中留下了可怕的印记。她似乎是童话中那个披着黑斗篷、骑着扫帚、干瘦、翘鼻、凹眼、十指尖尖的老女人。”有关杨荫榆的殉难，似乎从来就没有进入过“正史”的文字。
所以杨绛才这样说：“如今她已作古人，提及她而骂她的人还不少，记得她而知道她的人已不多了。”
五、孤独不败的“怪老太”
杨荫榆辞去了女师大的校长职位之后，在北京这个地方已经没有她的立足之地了。按理说，文坛上的无形领袖鲁迅先生讽刺过的一个人，想必她最有可能的举动就是离开这个圈子，可是杨荫榆并没有如此，她回到了苏州老家之后，先是在苏州女子中学任首席自然科学教师，讲授教育测验、数学等课程，后来又去了中央大学区立民众教育学院任讲师、在苏州中学教英语。1929年，任东吴大学日文兼教育学教授。或许她还记得她自己曾经的梦想，就是要当一名好的教育者，尽管她曾经失败了，可是却并不能影响她对这份事业的喜爱之情。
不过很多人都没有想到，杨荫榆竟然会为了一个学生而离开学校，离开她热爱的教育事业。那是她任职于苏州东吴大学的时候，在大四年级中，有一名被称之为“怪物”的学生，因为这个学生的许多行径都非常怪异：他曾经穿着洗礼纨绔子弟的花缎袍子、镶边马褂，戴上红橘子的瓜皮帽招摇过市，吓坏了同班许多同学；要不然就是在大街上挑着大粪满处跑，粪便四处飞溅，惹来路人尖叫连连；甚至叫洋车夫坐在洋车上，自己拉着车在闹市跑……对于这样的学生，校方当然视为异类，要开除他。可是杨荫榆却提出了不同的看法，她觉得“年轻人胡闹不足怪，四年级开除学籍就影响这个青年学生的一辈子”。可是这时候的她早就不再是什么校长了，只是一名普通的教员而已，校方根本就没买她的账，就这样，杨荫榆愤然辞职。
不是每一位教师都能为了一位学生而辞职的，由此可见杨荫榆是很关爱自己的学生的，并不是人们想象中那般不通情达理。不过也有人说，行为这样怪异的学生，在杨荫榆眼中，却只是小孩子的恶作剧，可见杨荫榆本人行为也是很怪异的。
其实在杨绛眼中，她的三姑母的许多行为的确有些怪，据她所说，杨荫榆于人情世故，尤其粗陋简慢，往往欠缺温厚。她跟人不那么好相处，因为“难伺候”，佣人总是用不长；杨绛的姐姐结婚，按旧时婚俗，杨荫榆作为无子女、无丈夫的“畸零人”，应该回避的。她倒好，兴兴头头地往前凑，自己都不会梳妆打扮，却忙不迭要给新娘梳头，梳得稀奇古怪，险些无法收拾。进了新房，又尽拣些不吉利的话说；杨绛结婚，她穿一身雪白的夏布衣裙和白皮鞋去吃喜酒，客人惊诧不已，觉得她像是披麻戴孝。
但杨荫榆并不奸猾，她很好糊弄，所以有时也被骗。有个人常给她“灌米汤”，遂陆续借了一大笔钱给那人。等了好久，她要求对方还钱时，人家却只管放狗出来咬她。
杨绛从亲属的角度，写日常视野里的杨荫榆，行文有一贯的淡然和隽永，非常耐读。她对三姑母的感情很复杂，既不喜欢后者性格的孤寒怪异和为人处世的歪歪扭扭；对杨荫榆崎岖、清冷的悲剧命运，又有从人性出发的尊重、悲悯，与作为亲人的同情、怜惜。