信长重臣羽柴秀吉在得知光秀叛变后立即与毛利家讲和并返回近畿地区，联合其他重臣在山崎天王山合战中击败明智光秀，并在决定织田氏继承人的清洲会议上支持信忠之子织田秀信继位。日后秀吉击败反对他的织田旧臣，随着柴田胜家的自杀，织田信长所建立的统一霸业的根基，被羽柴秀吉完全接收。
之后，秀吉在小牧长久手合战后和德川家康谈和，在石山本愿寺的旧址上建大阪城。日后于1585年任关白，1586年受赐姓丰臣氏并就任太政大臣，奠定丰臣政权。
在历经纪州、四国和九州征伐，使长宗我部家、岛津家降服，于1590年包围小田原城击败后北条氏、并使东北大名降服后，丰臣秀吉完成统一日本的壮举。隔年秀吉将关白一职让与养子丰臣秀次，自称太阁，以世袭的方式昭示丰臣政权的稳定。
1592年，丰臣秀吉为了平息国内土地不足分封的问题，决定出兵攻打明朝。因此，秀吉向朝鲜国提出“假道入明”的请求，遭到朝鲜国王拒绝，使秀吉决定先并吞朝鲜，再并吞明朝。
1592年4月，秀吉派遣16万大军前往朝鲜，文禄之战因而揭开序幕。日军在战争初期处于优势，只花一个月的时间便攻陷朝鲜首都京城，并驱逐朝鲜国王李昖。
李昖为了击退日军，遣使向主君国明朝求援，而明朝朝廷很快便派出大军前去救援，这段期间朝鲜各地出现义军抗战，其中以郭再祐、高敬命的抗战激发了朝鲜军队之士气。
1593年1月，朝鲜与大明联军以提督李如松为首击退日将小西行长，收复平壤。虽然在碧蹄馆败于日本名将立花宗茂、小早川隆景，但后来因日军以宇喜多秀家为首转攻幸州山城遭遇朝鲜陆军名将权栗的反攻而大败，更因为李如松的偷袭而缺粮，迫使日军退至釜山。此外朝鲜水军名将李舜臣以龟甲船率领朝鲜水军击退日本水军，日军在海陆受挫的情况下被迫和明朝议和。1595年，文禄之役在两方议和下结束。
到了1597年，秀吉再次出兵攻打朝鲜，庆长之役展开。日军为了减低朝鲜水军的战力，使用“用间”的策略离间李舜臣，使其被李昖解职。同年2月，明朝再次出兵支援朝鲜，明末著名将领麻贵与日军加藤清正等人在蔚山交战。朝鲜水军在开战初期被日军击溃，迫使朝鲜再次起用李舜臣抵抗日军。李舜臣在鸣梁海战中击败日军主帅来岛通总，使局势开始扭转。
两军对峙之际，1598年7月，丰臣秀吉在京都伏见城病逝，日军在五大老的命令下开始撤退，同年11月，明朝与朝鲜联军于露梁海战截击日军获得大捷，但李舜臣却因日本名将岛津义弘、立花宗茂等人的攻击而战死，日军成功撤退回国，庆长之役结束。文禄、庆长之役后，丰臣氏因战争消耗过多财力，因此，成为日后德川家康取而代之的一大主因。
随着日本历史步入战国时代的一个转折——以织田信长的安土城和丰臣秀吉的桃山城为名的安土桃山时代，忍者也达到了历史上最为鼎盛的时期。
而忍者自诞生以来最大的危机——织田信长围剿伊贺忍者的“天正伊贺之乱”，也在这段时期发生。之后随着本能寺之变织田信长的死去，也引出了一段忍者历史上最经典、也最为人熟知的任务——即德川家康手下忍者服部半藏集结众多伊贺、甲贺忍者，保护德川家康安全回归三河的“神君伊贺越”。这个事后被德川家康本人称为“生涯第一艰难之旅”的任务，让忍者真正得以名垂青史，为全日本乃至全世界熟知。
元和偃武的没落之兆
1598年，丰臣秀吉病逝，立其幼子丰臣秀赖继任家督，全日本顿时再次陷入混乱之中。自朝鲜半岛返国的丰臣氏诸将对以石田三成为首的五奉行大表不满，甚至试图起兵暗杀；另外，五大老之首德川家康私结其他诸侯，任意分封领地，激起其余四位大老的不满。
1599年，四位大老中最有权力的前田利家病逝，丰臣家臣与德川家康关系迅速恶化。1600年，也就是秀吉死后的第二年，德川家康因上杉景胜重臣直江兼续的细数其13项大罪的申辩状——著名的“直江状”的缘故，起兵征讨上杉景胜。
之后，丰臣家重臣石田三成借此称德川家康违反私战禁令，召集各地大名聚集于大阪城发表“内府违反条文”，随即起兵讨伐德川氏；德川家康则将与上杉的战事交给次子，亲率大军与支持他的丰臣武将回师对抗。两军主力最后在近江一带进行了决定天下归属的关原合战。
开战之初，以石田三成为事实领导的西军攻势凌厉，德川家康所率领的东军前线受到很大的压制。但随后家康以火枪队向其事前已收买的西军大将小早川秀秋作出威吓射击，迫使他与吉川广家等西军大将阵前倒戈，直逼西军主阵。
因此战况急转直下，西军从轻微优势转为战线完全崩溃。最终这场大战以东军大胜的结局而收场。几天后石田三成被捕，与小西行长以及安国寺惠琼三人以首要战犯的罪名遭到处决，此时的德川家康实质上已取代了丰臣氏，掌握天下的政权。
1603年，德川家康获得天皇赐予征夷大将军一职，正式成立江户幕府。可随着丰臣秀赖年纪渐长，丰臣氏对德川家康的不满之声也越来越大。同样在德川方面，有鉴于丰臣氏财力渐丰，大有重整旗鼓之势，德川家康也顾不得两家密切的联姻关系，决心斩草除根。
1614年，德川家康以丰臣家重建的“方广寺梵钟铭文”上所出现的“国家安康，君臣丰乐”文字狱为借口，指责丰臣家在铭文上将家康二字拆开，有诅咒自己人头落地之嫌，胁迫秀赖交出母亲淀殿到江户城作为人质，并退出大阪城。
对此丰臣家断然拒绝，并积极召集浪人与流亡大名共约11万人，并储备粮食以备长期抗争。德川方立刻发出动员令讨伐丰臣家，召集了20多万大军对大阪城进行包围。可是由于丰臣方的积极抵抗，特别是名将真田幸村、后藤基次等人的指挥，再加上大阪的坚城之利，德川方难以攻下。
于是德川家康用大炮轰击大阪城天守阁，借此以心理层面打击丰臣氏，之后又假意求和，以大阪城填去外护城河作为和谈条件。可是在和谈进行中，德川家康突然出动数万人在一夜之间不但将外护城河填平，就连二城与三城的护城河及内护城河也一一悉数破坏。
随着大阪城城防要塞被完全解除，“大阪冬之阵”也宣告结束。1615年的5月，德川家康再度出动军队讨伐大阪城，这次史称为“大阪夏之阵”的战役最后以大阪城被攻陷、秀赖母子的自杀而告终。德川家康消灭了丰臣氏势力，结束自应仁之乱以来混乱的战国局面，开创了德川家在日本300年的太平之世。
到了战国时代的末期，德川家康也终于盼来了以夺取霸权换来的安定天下。而随着大局已定，忍者也从百家争鸣期逐渐转变为了一统期。经过历史的优胜劣汰，德川家康手下的“伊贺组同心”成为当时最强的忍者团体，并活跃在最终的关原合战、大阪冬之阵、大阪夏之阵一系列战役中。而在这期间，大规模的忍战也广泛出现。特别是最后大阪冬夏两阵中，“伊贺组同心”与丰臣家及真田家的忍者之间的大战可谓异常激烈、血流成河。
随着丰臣氏的灭亡，政局动荡、群雄割据的战国时代也正式宣告结束了。从此，日本步入了元和偃武200余年的江户时代。战国之忍，忍之战国。与其说统一的新幕府是在纷争合战中产生的，不如说是在众大名的忍者博弈的历练中诞生的。最善于运用忍者的，甚至说本身就很能忍耐的德川家康，最后终于取得了天下，而随着战争而不断发展的忍者，也一同步入了崭新的时代。
（第三节）因忍失天下，因忍得天下——成为历史道标的忍者
因忍失天下，因忍得天下。
本能寺之变，是日本战国历史中最扑朔迷离的一案，究竟为什么作为得力重臣的明智光秀会起兵谋反并逼死其主君织田信长？在这背后到底蕴含了什么秘密？对此至今也没有一个可以达成共识的答案。而在诸多说法中不可否认的是，在这场让即将取得天下霸权的织田信长殒命并彻底改写日本历史的叛乱，其前因后果与台前幕后，忍者始终贯穿其中……
织田信长的“异”——本能寺之变的伏笔
从各方面的历史记载来看，织田信长都异于常人。而这个“异”，不单单指他的特立独行的行事作风和兵法谋虑，更多的还体现在他在当时不同于其他战国大名的信仰上的一种“异”。
这个信仰上的“异”，就是织田信长绝不允许“人外化身”，并强烈打压当时在日本盛行的宗教，甚至还包括忍术与幻术。而放大地说，织田信长仿佛生错了时代，他更像一个现代人，他否定了所谓中世纪的权威。也正因为彻底否定了中世纪，所以对于宗教他毫无当时普遍观念中的敬畏。
织田信长自少年时代就常有荒诞不稽的行为，后来并为此被人们暗中讥笑为“尾张大傻瓜”。即使长大成人后，年轻时的信长身上也依旧带有常人无法理解的“异”。有一则著名的逸事也正说明了这个问题。在父亲信秀的葬礼上，信长的打扮十分奇特，他把头发束成茶刷状，且不穿正式的裙裤，还用注连绳把太刀和胁差绑在身上，抓起抹香扔在灵前就大摇大摆地离去了。这一举动，固然可以解释为他通过这种扭曲的方式表达心中无尽的悲哀，可在人们的眼中，依旧是难以琢磨的“异”。
另外对于信长的“异”，还传说在为第十五代将军足利义昭建造二条城时，织田信长砸掉了寺院神社的祭坛和佛像。另外把墓碑用来建造城墙，还用绳子拖着石佛的头。在御所厨房中，还使用两尊双手上举的佛像来架锅。
当时葡萄牙传教士路易斯·弗罗斯曾经这样评价织田信长：“（织田信长）有很好的理智和判断力，可是蔑视一切对神佛的礼拜和尊崇，以及所有好似邪教式占卜和迷信传统。”
不仅对于神佛，信长也许还觉得非理性之人同样也很难以容忍吧。他十分憎恨佛教徒，认为他们都是指佛穿衣、赖佛吃饭之徒，毫无作用。例如，在安土城附近的庙里，曾经住过一个叫无边的云游僧。无边凭借不可思议的神秘力量招徕了大批善男信女。信长得知后叫来无边，并问他家乡在哪里。和尚回答“无边”，所谓无边是指无限的虚无的世界。但信长继续追问他：无边是唐土还是天竺？和尚回答说是修行僧。信长接着逼问他：“说不出家乡就是妖怪，要烧死的。”和尚词穷，只得说出自己是羽黑山的卖货僧。信长扒光了他的衣服，五花大绑地赶走了他，而之后又派出追兵把那个和尚给杀了。
信长同时还觉得利用占卜和巫术骗人的伪宗教、巫师是不可容忍的，应该予以取缔。同样，忍者在他看来，和巫师之流一脉相承，也是蛊惑人心之徒。虽然信长也曾大量利用忍者，但信长从来就不喜欢忍者这类充满诡秘色彩、神出鬼没的族人。他把忍者视作“人外化身”——非人的怪物。虽然信长也曾在谋略中多次使用忍者，但因为信长的“异”，忍者也难逃被镇压、屠杀的命运。
纵观战国时代，不可否认的是，正是信长的“异”让他可以叱咤风云、独霸天下。但是，也同样因为信长的“异”，使他走向了一条不归路。信长毫不收敛的“异”，得罪了宗教徒、得罪了忍者、得罪了渡来人、得罪了其他大名，也得罪了朝廷。
佛不度我，我自成魔——“第六天魔王”的“异”档案
火烧比睿山
因为对于宗教的仇视，再加上信长本身就生性多疑、独断专行，所以他打破日本自古以来的政治宗教一体化的政权结构，把政治和军事放在第一位。为达到“天下布武”，他毫不手软地挑战宗教势力权威，遇到反抗就加以镇压。
元龟二年（1571年）五月，越前的朝仓义景、近江的浅井长政等反信长势力的军队进入比睿山，信长马上叫来比睿山延历寺的僧众，对他们说：如果帮助信长军，就把领国内的寺庙权力交给延历寺，否则就把根本中堂、山王等21座殿宇全部烧毁。
而比睿山延历寺僧众根本没把信长的警告放在眼里。几百年以来，他们一直以“佛法就是王法”的思想生存，并借此向朝廷施加压力。朝廷出于对神佛的敬畏，也不敢对他们轻举妄动。
但信长就完全不同了。为此，他下令火烧山门。织田军攻占比睿山，放火烧毁了所有殿宇楼阁，3000多僧人被斩首。这次行动对朝廷和宗教界好比晴天霹雳，这时他们眼中的信长，真就是他自己所说的“第六天魔王”。对于不顺从自己的人，不管对方是谁，信长都可以面不改色地将其全部杀掉。
另外，比睿山上著名的建筑——日吉大社，是占近江绝大多数的渡来人后裔心中的圣地。而且延历寺的开山鼻祖最澄倡导镇护国家的佛教，深得当年桓武天皇的信任，和天皇家也有着深厚渊源。因此，信长火烧比睿山，不仅冒犯了天皇家的信仰，还践踏了渡来人后裔的圣地。而渡来人的一部分后裔，正是忍者。
铲除一向宗门徒
石山本愿寺，原称山科本愿寺，由佛教净土真宗本愿寺派第八代门主莲如于1483年在京都山科所建立的本山宗庙，后传至第十代门主政如后，迁移到当时的摄津国石山（今大阪市中央区），故称“石山本愿寺”。在战国时代，这里聚集了为数众多且向心力极强的武装—一向宗门徒。因为其位于通往京都的交通要道上，故战略地位极其重要，成为连战国大名都不得不害怕、却又想尽办法笼络的庞大宗教势力。而对于织田信长来说，石山本愿寺和一向宗暴乱，一直都是自己所厌恶的平定天下的一大障碍。镇压石山本愿寺和一向宗暴乱，耗费了力图一统天下的信长后半生大量的时间和精力。时间跨度从元龟元年（1570年）到天正八年（1580年）的11年，战场从中部一直扩大到北陆和近畿地区。
重要的地理位置，再加上信长对信仰的另类，以致在和一向宗门徒的斗争中，信长始终坚持要斩草除根。比如，在天正二年（1574年）九月，伊势长岛的一向宗武装力量向信长投诚，一向宗门徒经过和信长军的谈判答应离开长岛。而信长却在他们上船之后，突然下令开枪射击，还把2万余教众关在重重铁栅内，四面放火将他们活活烧死。
他在越前地区也采取了同样的杀光政策。在写给京都所司代村井贞胜的书信中，他曾这样得意扬扬地写道：“府中町一带死尸遍野，真想请您看看。今天我还要寻遍深山僻谷，杀个干净。”之后一向宗被俘的残党有13000多人，最后全部被信长杀害。再加上战争中的死伤，总计牺牲者有三四万人，实在是惨不忍睹，织田“第六天魔王”的称号也因此当之无愧。
而织田信长与一向宗最大规模的战斗，当属其与本愿寺第十一世门主显如光佐进行的石山合战。