在这场战役中，显如还动员了纪州的杂贺众。所谓杂贺众，是以纪川河口一带为根据地的土豪集团，他们从事农业、渔业、海运，还到各国当雇佣兵，因此拥有大量的铁炮。他们很早就皈依净土真宗，成为一向宗徒。所以对于本愿寺的动员，杂贺众倾巢出动，杂贺众的首领杂贺孙市还担任了本愿寺方面的军师，用3000门铁炮向信长发动了正面攻击。
放逐足利义昭
织田信长与石山本愿寺的战争旷日持久，而在这期间，周围的情况也发生了种种变化。元龟三年（1572年），信长搬出当时的幕府将军足利义昭，打算让他说服武田信玄，来帮助斡旋与本愿寺的战略和谈。
义昭是在信长的大力支持下才当上将军的，完全可以说是信长的傀儡。虽然如此，但他心里始终不甘于此，一直都有着打倒信长的念头。所以表面上顺着信长的意思筹划信玄进京，而实际的本意却是集结以本愿寺为首的反对势力，并联合武田信玄，一起举兵消灭信长。只可惜武田信玄在率兵西上的途中病死于信州伊那。义昭最后在山城宇治举兵反抗信长，但缺少武田信玄的支援，一下子就被信长击溃，最后只得流亡。
围困本愿寺
足利义昭的流亡，也喻示了足利幕府的灭亡。之后义昭逃到毛利氏领国求助，要求讨伐信长。于是毛利辉元拥戴义昭，与信长断交，并支持本愿寺，帮助他们把西国的物资运到本愿寺。同时，西国各大名也唯毛利马首是瞻，形成了以本愿寺为中心，对抗信长的西国联军。
面对这样强有力的包围，一向性急冲动的信长冷静地选择了持久战。讨伐本愿寺，首先要切断其供给。那最重要的手段就是征讨毛利。天正五年（1577年）十月，本能寺之变的5年前，羽柴秀吉，也就是日后的丰臣秀吉，奉命带兵攻打中国地区。
信长的军队一向以铁炮称霸陆战，可对于海战，实在是力不从心。而毛利水军本身就出身于自古以来海盗频现的濑户内海地区，水上功夫非常了得，织田水军根本不是对手。在300艘战船的掩护下，毛利水军的600艘运输船频频突破织田水军的封锁，给本愿寺运送粮草和军火。
信长对此大为头疼，命伊势海盗九鬼嘉隆、名将泷川一益建造装甲舰以应对毛利水军。最后九鬼嘉隆在鸟羽附近的大湊成功造出了铁壳战舰。这种大型战船长约23米，宽约13米，全部铁皮包裹，装备有3门当时十分稀少的大炮和众多精巧的火枪。
天正六年六月底，嘉隆率7艘铁壳战舰出现在大阪港。这时，毛利水军600只船正泊在港内援助本愿寺。7艘战舰大炮齐鸣，毛利水军顿时全军覆没，织田军总算一雪之前水战败仗之耻。
这次海战给本愿寺一记重创。
在织田军的包围下，本愿寺孤立无援，形势日益危急。
门主显如决心在最后一决胜负。
这时，朝廷公卿开始活动了。依靠他们独有的智慧，以正亲町天皇敕命的形式，信长和本愿寺达成和解，显如离开大阪，退到纪州鹭森。
虽然如此，本愿寺的顽固派——显如的长子教如，依旧带领诸多教众坚守本愿寺。不过面对信长的大兵压境，他最后也屈从于信长的势力，离开大阪转至纪州杂贺。
教如离去之后，信长军攻上本愿寺，并放起大火，烧了三天三夜，将寺中一切都化为了灰烬。织田信长与石山本愿寺之间长达11年的持久战也就这样落幕了。
天正伊贺之乱
织田信长布武一生中最经典的战役，也是他的成名之战，自然是永禄三年，也就是1560年的5月，在桶狭间奇迹般地以少胜多，战胜今川义元大军的战役。自这场战役之后，信长如同一股飓风席卷战国时代，攻打美浓、姊川之战、长筱合战，还赢得了与宗教势力的战斗。因为他整个世界观不同于其他大名的另类，最后终于踏上了政治、宗教、经济的顶峰。
天正八年（1580年），石山本愿寺烧毁后，信长的异于常人的另类已经越来越明显。因为这种自我意识的过于强大，他把自己神化，公然宣称自己就是神体，要求天下人顶礼膜拜。
可是，信长也还是有克服不了的敬畏之心，那就是即便在现代日本人也十分根深蒂固的思想——对天皇朝廷的尊敬与畏惧。虽然信长的风头完全盖过了将军，但始终也无法轻松越过有传统坚固权力的天皇朝廷。在把矛头指向天皇朝廷之前，信长采取的侧击威胁的手段，既满足了自己的“另类”，清除了异己，又警示震慑了天皇朝廷，可谓一举三得。攻打火烧石山本愿寺就是其中之一计划，除此之外，信长又对忍者所聚居的忍法圣地伊贺进行了攻击。
前面说过，虽然他以战术角度也组建并使用忍者机关，但信长依旧对忍者充满厌恶。在信长看来，忍者就是用幻术骗人之徒，必须消灭。更何况火烧比睿山、镇压一向宗、火烧本愿寺——信长始终没有停止与佛教势力的对抗。而忍者本身和真言密教、山岳宗教就有着密切关系，这令信长对于忍者更加敌视。
于是，信长先后两次派大军对伊贺进行围剿，史称第一次和第二次“天正伊贺之乱”。
第一次“天正伊贺之乱”的导火线是在天正六年，信长次子信雄未经他的许可，把触角伸到伊贺，在丸山筑城以作为攻击伊贺的据点，但是没想到被伊贺的地侍百田藤兵卫先发制人，抢先发动攻击，赶走了负责筑城的泷川雄利，并放火烧毁了丸山城。信雄为了报复，未做好充分准备就对伊贺发动了进攻。结果可想而知，信雄军在山地中遭到了伊贺忍者军团的迎头痛击，损失过半。战报传到安土城，信长听后勃然大怒，以此为由，在天正七年九月，发动了第一次对伊贺的大举进攻。
9里（36公里）见方的伊贺地区聚居着数百名忍者，因为伊贺特殊的地势和忍者们的家族性，小小的伊贺在当时也完全能称得上是实力雄厚的一国。在战略上，伊贺忍者在全日本的活跃和伊贺距离京都的战略地理价值，信长要灭伊贺也更是不无道理。
其实想来，为什么信雄要未经允许对伊贺进行挑衅呢？或许正是因为信雄深知父亲信长的想法，因为信长对忍者的厌恶，信雄认为完全没有必要经得父亲的同意。而信雄当时本身在织田家寸功未建，如果胜利了，既可以立下大功一件，又可以讨父亲的欢心。不过因为信雄的急于求成，最终惨败于伊贺。站在信长的角度，他真的对信雄的举动毫无所知吗？对于情报网遍及全日本的信长，儿子的举动他会不了解吗？武田信玄离世前曾嘱咐部下3年内要隐藏其死讯，但全日本有两个人几乎马上知道了这个消息。其中一个是善用忍者并思绪甚密的“军神”——上杉谦信，另一个正是织田信长。因此，我们完全可以将信雄对伊贺的这次进攻理解成是信长默认的军事行动。信雄的兵败，或许都在信长意料之中，而信雄的兵败，也可以顺理成章地成为他攻击伊贺忍者的借口。
信长本以为可以轻松获胜，但忍者军团的实力出乎了信长的预料，“天正伊贺之乱”竟以信长的失败而告终。表面原因虽然是信长突发高烧和举兵不利，但其实真正原因却是当时信长正在攻打石山本愿寺，无暇兼顾伊贺。后来火烧本愿寺，信长也终于可以集中精力计划攻打伊贺。于是，天正九年八月，这位“第六天魔王”发动了第二次“天正伊贺之乱”。
这次信长做足了充分的战略准备。以信雄为总大将，率丹羽长秀、泷川一益、蒲生氏乡等名将，总共动员了46000大军进攻伊贺。而伊贺方面迎战的忍者军团的武力仅约4000人。信长军从伊势北口、柘植口、玉泷口、笠间口、长谷口、多罗尾口六面齐上，放火烧了沿路的民宅、神社、佛殿，男女老少一律赶尽杀绝。
面对强敌，伊贺忍者在头领百地三太夫带领下坚持顽强的反抗。而信长军早已看破了忍者以夜间偷袭为主的战术，燃起松明火把，照得夜晚也亮如白昼。忍者不断被追杀，在信长军强有力的进攻下，填了枪眼，成了炮灰。10月8日，伊贺忍者们最后的据点柏原泷野城也陷落了。大屠杀鸡犬不留，四十九院等神社佛阁、城塞都被烧毁，伊贺化为一片焦土。百地三太夫逃到了纪州，从此也在历史的舞台上消失了。
在推行天下布武的信长所经历的大大小小战役中，也只有攻打伊贺，对手不是某一个确定的武将和大名，而是一个团体。也正是因为这场“天正伊贺之乱”，伊贺忍者遭到了沉重的打击。即使到了20世纪，伊贺有些地方还有不少人为在“本能寺之变”逼死信长的“明智光秀大人”上香。对于伊贺忍者来说，信长就是不共戴天的仇人。
血海深仇——忍者们针对信长的暗杀
甲贺忍者的逆袭
早在“天正伊贺之乱”之前，忍者就针对信长进行过许多刺杀行动。其中最著名的，就是天正元年（1573年）九月，甲贺忍者中数一数二的火枪手杉谷善住坊受近江国守护佐佐木承祯之命，在椋之木山顶以火枪袭击信长。
在这次暗杀行动中，两发子弹穿透了信长的衣袖，奇怪的是，信长却没有因此负伤。刺杀失败后，杉谷逃走潜伏在近江高岛郡，后来被浅井家旧臣所掳，押送到信长处，经过严刑拷打，最后被整个埋在土里，只露出头来，用竹锯砍头处死。
伊贺忍者的逆袭
在“天正伊贺之乱”的大屠杀中侥幸逃生的忍者之后辗转各国，忍者也并没有因为这场屠杀而一蹶不振。之后在日本全国各地共涌现出为数超过30的忍者流派，根据忍术研究家名和弓雄氏的考证，纪州名取流、加贺越前流、津轻中川流等都是伊贺之乱后忍者们流浪的结果。
在织田信长视察已经变成焦土的伊贺国时，伊贺音羽村的忍者城户弥左卫门用火枪针对织田信长进行了暗杀行动。这件刺杀未遂事件发生在天正九年。10月9日，信长在嫡子信忠、侄子信澄的陪同下视察平定后的伊贺。信长登上水口的饭道寺，远眺伊贺国。第二天，穿过伊贺一宫攀登国见山，在出身自忍者世家的重臣泷川一益准备好的休憩处眺望整个伊贺。
暗杀事件正发生在这一天。信长途中在祭祀伊贺臣的祖先大彦命的伊贺第一大神社宫——敢国社稍事休息，城户弥左卫门就瞄准了这一瞬间。
城户弥左卫门是一个忠实的一向宗信徒，表面上虽然是受石山本愿寺教如上人的指使，为火烧本愿寺进行复仇来刺杀信长的，但实际上是伊贺忍者的幸存者因屠城之恨向信长复仇。
参与暗杀行动的一共3人——城户弥左卫门、土桥村的原田木工、印代村的印代判官。在《伊乱记》中记载，3人从树林中用火枪向信长射击。可惜没有命中，3人从树林深处逃走。信长的卫兵拿着弓箭去追，而这3人早已借助忍术消失得无影无踪。
“魔道”的终途
“天正伊贺之乱”，这场信长发动的普通得不能再普通的针对异己的战役，实际上对未来却产生了深远的影响。
伊贺有百地、藤林、服部等三家“上忍”。上忍其实就是小规模的大名，各自建寨，养家臣。“天正伊贺之乱”中，也并未见他们被杀害的记录。这些伊贺的上忍，还有从上忍手下半途独立出来住到山中的中忍，以及在第一线使用忍术的下忍，他们在信长的焦土战术和大屠杀中失去了亲人和立足之地，流浪在异乡，他们又想些什么呢？
在第二次“天正伊贺之乱”中，指挥忍者坚守柏原城的是百地三太夫。在百地三太夫的指挥下，“众多忍者中更有身手不凡者数十人，窥得城外火烛昏暗之处，每夜多次偷袭，让敌兵甚是烦恼。（《伊乱记》）”百地三太夫一直顽强抵抗到最后，城破逃亡纪州后就杳无音信了。
他后来是不是也在策划暗杀信长呢？
大多数忍者都是渡来人逐渐演变而来的，面对这场大屠杀，以及之前火烧比睿山对渡来人圣地的践踏，活跃在战国的身为渡来人后裔的武将大名又想些什么呢？
而织田信长针对天皇朝廷一系列的挑衅和威胁之后，天皇朝廷又想些什么呢？
天正九年十月，“天正伊贺之乱”结束。而在8个月后的天正十年六月二日，日本历史的转折点——本能寺之变发生了。
本能寺之变
1582年，“天正伊贺之乱”之后的天正十年，织田信长几乎夺取了以京都为中心的近畿地区全境，信长眼中曾经的大敌武田家，随着武田胜赖的自杀在这一年被织田和德川的联军所消灭。此时，织田信长的大敌，仅剩下当时日本中国地区的毛利氏、关东地区的北条氏以及北陆地区的上杉氏而已。
其中，负责中国地方攻略的羽柴秀吉攻下了毛利氏的鸟取城，这对毛利氏来说无疑是个沉重的打击；在消灭武田氏之后，织田信长以泷川一益为统率，联合德川氏开始了对北条氏的进攻；另外，上杉氏在谦信死后，发生了为争夺继承权的御馆之乱，上杉景虎自杀，上杉景胜掌权，本来强盛的势力也已受到很大削弱，加上受到负责北陆地方攻略的柴田胜家的猛烈进攻，已陷入了巨大的困境；四国方面，信长派出重臣丹羽长秀和三子织田信孝准备渡海平定四国的长宗我部氏。就在这一年，49岁的织田信长，以安土城为据点，统率著明智光秀、羽柴秀吉、柴田胜家、泷川一益、丹羽长秀等重臣，结束战国时代、统一日本的目标即将达成。
但是……
5月15日，羽柴秀吉自毛利氏前线传来求援的消息。
5月17日，织田信长命令重臣明智光秀返回其属地阪本城并准备出战。
5月26日，光秀率领大军驻扎丹波龟山城，做好出战准备。
5月28日，光秀参拜爱宕神社，并在与文人雅士举办的和歌会上，发表了内容耐人寻味的和歌“今日时节，细雨纷飞五月天”（原文为“時は今雨が下しる五月哉”。日文中“时”的发音近似明智家的祖名“土歧”，而“雨”也引申有天之意，故后世对光秀这首和歌的言外之意有诸多揣测）。
5月29日，织田信长为了支援秀吉，带领了百余人的年轻侍卫从安土城出发，进驻京都的本能寺，计划在这里集结部队。同时，信长的嫡子信忠驻扎在妙觉寺。
6月1日，信长在本能寺为朝臣、豪商们举行茶会。
而在6月1日下午，明智光秀突然率领13000余士兵从丹波龟山城出发，号称“接受信长的阅兵”，向京都移动。
6月2日凌晨，在横渡桂川的时候，光秀向全军大喊“敌人就在本能寺”（敌は本能寺にあり）。13000余士兵完全包围了本能寺，并对本能寺中约100余人的信长军发动了猛攻。最终织田信长被迫自杀，本能寺被大火彻底焚毁。