对于这一问题，马云说，在资金流里面必须建设的是安全问题，如果资金流不能解决安全问题，电子商务也就没有前景可言。2003年，马云在达沃斯参加一个会议，经过长期思考，他认为中国银行的发展之路非常缓慢，在银行业从事电子商务可能有很长的路要走。而一些企业具备了电子商务的经验，却又缺乏营业执照。
在是否应该建设资金流的问题上，马云认为要把中国的电子商务引向另一个阶段，就必须配上资金流。所以2003年阿里巴巴发展了支付宝，支付宝在企业中的迅速发展让人非常吃惊。
2004年，马云意识到，当今社会，资金流是最困难的事情，如果不解决资金流，不解决电子商务的支付问题，电子商务不知道下一步该往哪个方向发展。电子商务资金流的流失对产业和国家的危害非常大，如果阿里巴巴不做，跨国公司肯定会抢先一步完善这个业务。
马云认为，在商业日益发达的时代，银行可以做电子商务支付，但是银行不知道该怎么做，而处在电子商务里面的阿里巴巴知道怎么做，却不能做，因为他们没有资金。但如果跨国公司在中国做了电子商务支付，如果未来70％～80％的资金流走的都是电子商务，这对国家的经济安全是个巨大挑战。所以，他在达沃斯会议的时候，就决定要立刻做电子商务的支付，必须跟中国人民银行，与各个商业银行联合。
为解决电子商务支付环节的安全问题，2003年10月，阿里巴巴首先在淘宝网推出了独立的第三方支付平台——支付宝，正式进军电子支付领域。对于这一举动，马云有自己的理由，他表示：
支付体系如果不解决，网商会有反对意见，就会浪费时间、互相指责，反而会把事情搞得更糟糕。银行不做支付，企业就没法做。但是要等银行做，估计要5年时间。再等5年，中国的电子商务跟海外差距会越来越大。2002年在国际网站中，仅在“中国供应商”上实现的海外采购已经超过了100万美元。单子越来越多，电子商务不解决，这个问题很严重，所以阿里巴巴跟四大银行合作，推出了“支付宝”。
支付宝的业务运作流程是：买家在确定购物后，先将货款汇到支付宝，支付宝确认收款后通知卖家发货，买家收货并确认满意后，支付宝汇款给卖家完成交易。买卖双方通过支付宝进行交易不收取任何费用。在交易过程中，支付宝作为诚信、中立的第三方机构，起到了保障货款安全及维护买卖双方利益的作用。
2005年2月，国内最大第三方电子支付服务提供商支付宝公司又推出了“全额赔付”制度，对于使用支付宝而受骗遭受损失的用户，支付宝公司将全部赔偿其损失。支付宝公司也将全额赔付制扩展至阿里巴巴B2B，以及所有采用支付宝支付工具的电子商务公司。这种主动全额赔付以保障用户利益的做法，在国内电子商务网站尚属首例。这种制度一方面表明了阿里巴巴解决电子商务支付问题的决心，另一方面也显示出阿里巴巴对“支付宝”产品的绝对信心。
截至2007年3月底，使用支付宝的用户已经超过3600万家，支持使用支付宝交易服务的商家已经超过30万家，涵盖了虚拟游戏、数码通讯、商业服务、购买机票等多个领域。
马云要解决物流和资金流的问题，就必须让支付宝变成一个最活跃的平台。因此，他对这个当时还只有90多人的公司投入的精力和财力是相当大的。同时，支付宝公司也是阿里巴巴公司中最为活跃的一个子公司，它的谈判对象都是资金流与物流方面特别优秀的银行和企业，它甚至还吸引了阿里巴巴对手的客户。
对于支付宝的作用，马云表示：
当今社会，资金流是最困难的事情，如果不解决资金流，不解决电子商务的支付问题，电子商务就迷失了前行的道路。他下决心要让支付宝成为中国最健康的支付平台。
阿里巴巴未来几年将全力投入产业建设，这个环境建立起来，这个生态链建立起来，支付宝业务才能起来。马云感谢这两年银行的加入，特别是各个银行充分意识到电子商务的重要性，才产生支付宝这样的工具。现在支付宝已经拥有五千万的用户，他觉得这是在银行充分意识到需求的情况下发展起来的。
马云将银行与电子商务结合起来，巧妙地解决了困扰行业发展的支付安全问题。他这一行为不仅为自己解决了困难，为银行创造了机会，也为广大的用户化解了后顾之忧，实在是一次多赢的合作行为。
借助中国邮政，挺进物流行业
在当今社会，生活、工作节奏明显加快，人们对于简单、快捷生活方式的需求日益突出，因而出现了许多行业分工，物流行业作为其中之一，也应运而生。
物流是指产品实体从供应者向需求者流动的过程。电子商务时代，由于企业销售范围的扩大，企业和商业销售方式及最终消费者购买方式发生转变，使送货上门等业务成为一项极为重要的服务业务，需求的多样化和快速趋势，推动了物流行业的迅猛发展。
物流行业涉及多个领域，主要包括仓储企业、运输企业、装卸搬运、配送企业、流通加工业等。信息化、全球化、多功能化和一流的服务水平，已成为电子商务下的物流企业追求的目标。
随着物流在电子商务产业链中扮演的角色越来越重要，阿里巴巴一定会想办法挺进物流行业。要想让天下没有难做的生意，马云必然会走这一步。
2006年11月22日，阿里巴巴跟中国邮政签订合作协定。中国邮政的EMS成为支付宝的推荐物流服务商。作为交换，中国邮政的绿卡和网上支付汇款业务将与支付宝挂钩。双方合作之后，阿里巴巴和淘宝以及外部千余家网店用户可轻松选用EMS标准服务（简称E标准）和“e邮宝”为物流形式。其中，“e邮宝”是中国邮政速递公司(EMS）针对个人电子商务用户量身定做的经济型物流形式。“e邮宝”的价格较EMS标准服务有较大幅度下降，例如EMS标准服务国内起重资费为首重500克20元，而“e邮宝”的省际起重资费为首重500克15元。这将为网上卖家节约成本，使得更多用户参与电子商务。这样，用户在网上交寄之后，EMS主动反馈实际接收情况和投递信息给支付宝，支付宝实时提供给用户，免除掉了用户去邮局投递和电话叫EMS的环节。
除了上述物流方面以外，阿里巴巴和国家邮政局还在资金流方面展开合作。网上购物用户将突破以银行卡为基础进行网上支付的限制，邮政绿卡用户可以开通网上支付业务，通过支付宝进行网上购物，非邮政绿卡用户也可以直接在邮政柜台交付现金生成电子商务汇款单，并在柜台预留密码，凭借汇款单汇兑号以及预留密码给支付宝账户充值，参与网上购物。用户选择支付宝作为支付工具在网上购物之后，可以实现在线向EMS下单，而EMS根据支付宝传送的信息提供上门收件服务，不需要电话联系，大大方便了普通个人用户。
由此可见，引进中国邮政的速递公司作为战略伙伴，可以有效地提高电子商务的投递服务质量，同时阿里巴巴也能以规模谈判来降低物流成本。另外，电子商务涉足物流行业，目的是为了更好地杜绝网络欺诈，保证交易的安全性。引入物流后，在支付宝的交易过程中，物流公司将配合从事监督角色，对卖家寄给买家的货物进行验证，当买家收到假冒商品时，物流公司将为电子商务网站提供证明。
马云这样解释他选择与中国邮政合作的原因：物流是电子商务发展的瓶颈，与中国邮政的合作将有效弥补阿里巴巴的缺陷，从而达到优势互补的目的。中国有这么多的农村地区，其对电子商务的需求、对城市产品的需求非常之大，但是目前没有一个网络能够遍布到中国的农村地区和中小城镇。
借助中国邮政遍布全国的网点和渠道，无疑将进一步增加马云旗下产品的覆盖率。马云说，他一直都希望有一天能够参加中国邮政的建设。所以在阿里巴巴成立之初，他就希望能够跟国内实力最强大的物流公司——中国邮政合作。
马云认为：物流系统完善了阿里巴巴的平台架构，也使得它再次走在了时代的前头。从与中国邮政合作的举动，可以看出马云对未来市场的巨大野心。他说，在未来几年之内，支付宝一定会对中国的电子商务、电子支付产生重大的影响。
展望未来美好的合作前景时，马云表示：
阿里巴巴在物流方面跟中国邮政、民营的运输公司发展合作非常迅速，只有带动整个产业链的发展，网商才能富起来，阿里巴巴才能好起来。他决定在未来几年内，对产业链做重大的改革。阿里巴巴希望投资一百亿建立电子商务产业链，因为如果不这么做，阿里巴巴今后将很难在国际上参与竞争。
支付、物流及诚信一直被认为是电子商务的三座大山，2006年国家也开始把诚信作为电子商务焦点问题来解决，这意味着电子商务的三座大山正在逐步被攻破。
在电子商务时代，电子工具和网络通信技术是最基本的工具，这使得交易各方的时空距离几乎为零，有利地促进了信息流、资金流、物流的有机结合。通过电子商务，人们可以实行快捷的消费购物，例如通过上网浏览、查询、挑选、点击，用户可以完成整个购物过程。
阿里巴巴正由为中小企业提供在线交易平台的初级服务，逐步转变成为中小企业生态链提供服务的更高级的B2B业务，不仅提供在信息流、物流和资金流上的服务，还在中小企业最急缺的线下展会、贷款融资、信息化管理等方面提供更加全面的增值服务。
马云表示，在未来数年里，阿里巴巴将投入100亿元改造电子商务产业生态链，推动人们通过互联网创业，引导中小企业将自己的企业搬到互联网上。这是让中小企业在阿里巴巴上“work”，把自己的企业搬到阿里巴巴上来。阿里巴巴融来的资金60%将用来打造“work”平台，让更多的中小企业能有更多机会在阿里巴巴的平台上做成生意，从而致富。
马云携手中国邮政，完善了自己的物流系统，也拓展了自己的商务渠道，使他离自己的“电子商务帝国梦”又迈进了一大步。
天下没有难管的生意——进入软件行业
2007年新年伊始推出的阿里软件，是阿里巴巴流程再造的一个大手笔。作为阿里巴巴集团继成立阿里巴巴、淘宝、支付宝及雅虎中国之后的第5家分公司，阿里软件定位于向中小企业提供信息管理、客户资源管理、市场营销管理、成本控制管理、资金信用管理、风险防范管理、物流配送管理等一揽子解决方案。
按阿里巴巴CEO马云的设想，在公司新布局中，B2B主要为中外企业贸易提供平台；淘宝网主要提供企业和个人对终端消费者的在线销售；雅虎中国主要为企业和用户提供低成本的在线营销；支付宝主要为企业和个人提供强大的网上支付体系；阿里软件主要帮助商人管理生意。在五大平台上，信息、信用、沟通、支付等各大体系无不完备，而经由对这五大平台的整合，又可以催生出更多的新应用。
随着阿里软件公司的成立，马云认为，电子商务和软件配合的时机已经很成熟。他强调说，阿里巴巴必须进入企业内部的管理，只有这样，阿里巴巴才会在中小企业和全球电子商务中立于不败之地。