经此一战，明军死伤数十万，文武官员也死伤50多人。英宗被俘的消息传来，京城大乱。廷臣为应急，联合奏请皇太后立郕王朱祁钰即皇帝位。皇太后同意众议，但郕王却推辞不就。文武大臣及太皇太后正在左右为难之时，英宗秘密派遣使者到来，传口谕命郕王速即帝位。郕王于九月初六登基，是为景帝，以第二年为景泰元年（1450年），奉英宗为太上皇。瓦剌自从俘虏了明英宗，便大举入侵中原，并以送太上皇为名，令明朝各边关开启城门，乘机攻占城池。十月，攻陷白羊口、紫荆关、居庸关，直逼北京。
保卫北京
土木堡之战，明军惨败。蒙古瓦剌军俘虏了御驾亲征的明英宗朱祁镇，将他作为人质，不断袭扰明朝边境，以送明英宗为借口，大举进犯。企图从东、北、西三面分进合击，一举攻占北京。
当土木堡之战惨败的消息传到京城后，朝廷上下哭声一片，十分惊慌，群臣商议防守之策。有些大臣主张放弃北京，迁都南逃，这个提议遭到兵部侍郎于谦的强烈反对。他认为，京师是天下的根本，一旦迁都，大势去矣，谁不知道宋朝南渡的后果，应该赶快调集勤王之师，誓死保卫北京。群臣大多数都赞成于谦的意见，但太皇太后依然犹豫不决，太监李永昌给她讲述了北宋南迁的历史教训，太皇太后这才下定决心固守北京，并任命于谦为兵部尚书，部署保卫北京事宜。于谦等人针对当时的危急局面，采取了五大措施。
1.诛除宦党，平息众怒。造成土木堡惨败的罪魁祸首王振全家被诛杀，他的党羽郭敬、彭德清也都被满门抄斩。这个措施，打击了宦官嚣张的气焰，平息了众怒，初步稳定了内部局势。
2.拥立景帝，稳定政局。英宗御驾亲征之前，让弟弟朱祁钰监国，但朱祁钰不敢决断。瓦剌军挟持英宗，以皇帝的名义号令各地守将开关投降，这对明军抗击瓦剌的进攻非常不利。于是，于谦等文武大臣拥立朱祁钰即位，为明景帝。这一举措，使瓦剌“挟天子以令诸侯”的诡计失败，同时也统一了朝政号令，使动乱的局面日渐稳定。
3.举贤授能，调兵筹饷。朱祁钰下令，派兵到土木堡收集明军丢弃的头盔9000多顶、甲5000多件、火枪1.5万余杆，火铣两万余支，火箭44万枚，大炮800门，使明军的实力迅速得到了加强，京营各军同时也扩充到22万人。
4.增戍关隘，牵制瓦剌军。明朝廷加强了大同、宣府、居庸关和紫荆关的防御，给北京保卫战的准备工作争取了足够的时间。
5.列阵九门，严守京师。于谦升任兵部尚书以后，扩充军队，调整部署，推荐都督石亨总领京营兵马，日夜操练，以加强战备。
1149年十月十一日，瓦剌军骑兵直扑北京城下，列阵西直门外。此时，英宗朱祁镇便被关押在德胜门外的一处空宅中，家国近在咫尺，他却回不了家。就在当天，明军都督高礼、毛福寿在彰义门北袭击瓦剌军，杀敌数百人。瓦剌军首领也先看到明军阵容严整，不敢贸然进攻，便以送还英宗朱祁镇为借口，诱骗明廷派大臣来迎接英宗。并坚持要求派于谦、石亨等人来谈判，企图扣留明朝主战的将帅。于谦粉碎了也先的阴谋，使景帝下定了战斗的决心。
十三日，瓦剌军乘大风雨的天气，进攻德胜门。于谦下令石亨在城外民居内设置伏兵，派少数骑兵佯败诱敌。也先以1万骑兵紧追不舍，待瓦剌军逼近，明军神机营的火铳、火炮齐发，同时，石亨率伏兵杀出，前后夹击。明军的副总兵范广非常骁勇善战，他一马当先，冲入敌阵，部下将士都跟随他杀了出去。瓦剌军大败于城下，死伤无数。也先的弟弟，素有“铁元帅”之称的平章勃罗卯那孩也被大炮击毙。瓦剌军转攻西直门，明军都督率军迎击，瓦剌军向北败退，孙镗率军追击，瓦剌军增援反扑，孙镗军拼力血战。明军高礼、毛福寿等率兵从南面助战，石亨也率军从北面赶到，瓦剌军三面被夹击，向西南方向逃去。
十四日，瓦剌军又开始大举进攻彰义门。于谦令都督毛福寿等把京城外的西南街巷堵塞，在要道上埋伏火铳、短枪，又派副总兵武兴、都督王敬等迎战于彰义门外。明军前队用火铳轰击，后队用弓弩射击，把瓦剌军击退。此时，景帝朱祁钰派遣监军太监率领数百骑兵企图抢立军功，使明军的阵势陷入了混乱，副总兵武兴中箭而死，瓦剌军乘势反扑。危急时刻，居民纷纷登上屋顶，投掷砖石，配合明军打击瓦剌军，高礼、毛福寿等也率援军赶到，再次击退了瓦剌军的进攻。
也先率领瓦剌军进攻北京各门处处遭到失败，中路军在居庸关的进攻也遭到了失败。他获悉明朝的各路援军即将到达，唯恐归路被断绝，在十五日的时候，亲自率军挟持英宗朱祁镇，由良乡（今北京房山东北）向紫荆关方向撤退。
于谦发现也先率军撤退，立即下令石亨集中火炮轰击也先军营，击毙击伤瓦剌军数万余人。瓦剌军撤退时又四处烧抢掠夺。明军分路追击，瓦剌各路大军败逃。十月十七日，也先率军撤出紫荆关，不久之后又退往塞外。至此，明军取得了北京保卫战的胜利。
夺门之变
北京保卫战胜利以后，在于谦的整顿下，明朝加强了边疆和京师的防御力量，使也先的蒙古瓦剌军无机可乘。1450年八月，为了恢复与明朝的贸易交往，也先将明英宗朱祁镇送回北京。英宗到了北京以后，明景帝朱祁钰举行了非常简单的迎接仪式，在一番谦让后，朱祁钰仍居帝位，尊奉朱祁镇为太上皇。举行完授受帝位的仪式后，景帝将朱祁镇送往南宫，实际上就是幽禁。
英宗被幽禁的地方，又被称为延安宫、崇质殿，因为在紫禁城东南角，所以习惯上称为南宫。景帝担心英宗复辟，便加强了对南宫的防范，派重兵日夜看守，日常饮食都是从一个小窗口送进去。同时，景帝还有另一件事要办，那便是更换太子。土木堡之变后，景帝在国家危难之时，登上了帝位，就在他即位时，太皇太后孙氏下懿旨，立英宗的长子朱见浚为皇太子。按照明代皇位继承的程序，英宗长子朱见浚是合法的第一人选，然而当时朱见浚才两周岁，国难当头，拥立朱祁钰为帝实在是特殊情况下的一种权宜之策。那么，同时册立英宗的长子而非景帝的长子为皇太子，就保证了皇位正常的继承顺序。但是，这个做法却引来了后面的一场动乱。
景帝幽禁了英宗，自然想将皇位传于自己的儿子。但是，要废掉太子朱见浚，却不是一件很容易的事情。因为年纪尚幼的朱见浚并没有什么过错，朝臣不会同意，孙太后自然也不会答应。这时，太监王诚、舒良便为景帝献计，建议他笼络朝廷大臣，让他们支持更换太子。景帝依计行事，加封大臣王文、杨善等人为太子太保，又给内阁大学士每人黄金50两、白银100两。这些大臣欣然接受了赏赐，这表明他们愿意支持景帝。就在这个时候，广西一个名叫黄弘的官员，因为谋夺知府一职而杀了广西思明府知府。案发之后，黄弘被捕。为了自救，黄弘给景帝上了一份奏章，请求易立东宫太子。景帝一见奏章，非常高兴，便下令放掉了黄弘，并将黄弘的这份奏章发给群臣看，朝中之人没有人敢反对。王文、杨善等人先后署名同意。最后，1452年五月，景帝册立自己的儿子朱见深为皇太子，改立朱见浚为沂王。
一切看来似乎非常顺利，可是仅仅过了一年半，就在1453年十一月，意外发生，皇太子朱见深突然病故。而此时的景帝又没有其他的儿子可立。又过了一年半，御史钟同上书，请求复立朱见浚为太子。没过几天，礼部郎中章纶也上书支持钟同，说太子朱见浚是名正言顺的皇位继承人，同时他还指责景帝对英宗过于冷落。景帝见到这份奏章后非常愤怒，立即下诏抓捕钟同和章纶。钟、章二人被捕后，锦衣卫的校尉动用了各种酷刑，逼他们说出幕后指使者。结果，钟、章二人竟然被活活打死。
1457年正月，景帝病重。都督石亨、副都御史徐有贞和左都御史杨善趁机发动政变，密谋拥立幽禁在南宫的英宗复辟。徐有贞原名徐理，北京保卫战之前，他曾提议南迁，遭到于谦的痛斥，因此视于谦为仇人。几年来，他多方经营，终于爬上了高位。左都御史杨善当年是迎接太上皇的专使，对朱祁镇复归北京立有大功。对他的功劳，满朝文武交口称赞，唯有景帝朱祁钰非常不满，认为杨善的行动超出了自己交给他的使命，因此对他赏赐非常少，杨善因此也非常不满。而石亨原本是因罪被削职的，由于于谦的举荐才被重用，当上了都督。为了感谢于谦，他上书举荐于谦之子于冕为千户，但遭到了于谦的严词拒绝。石亨恼羞成怒，从此对于谦怀恨在心。而于谦等人主张复立朱见浚。于是，石亨、徐有贞和杨善因为共同的仇恨，便联合起来。利用朱氏兄弟的尖锐矛盾，发动了一场扶持朱祁镇复辟的闹剧。
1457年正月十六日夜，徐有贞、石亨等人率兵来到南宫，捣毁宫墙，破门而入，一齐跪在英宗面前，请求英宗复辟，并将英宗搀扶进入东华门。到了奉天殿的时候，已经快到凌晨了，群臣都在等着上朝。此时殿门大开，徐有贞当众宣布，太上皇复辟，群臣先是惊讶，随即入殿朝贺。
英宗重登帝位后，第二天便下诏逮捕了兵部尚书于谦、大学士王文、司礼监太监王诚、舒良等人，将他们全部关进了锦衣卫的大狱中，徐有贞则因有功被擢升为兵部尚书。
大受宠信的徐有贞趁机陷害于谦，以“谋反”罪名将于谦杀害。于谦的家属则被发配到边疆充军。此后，石亨、徐有贞等人又将曾被于谦重用的一些官员杀害或贬官。这次事件便是历史上著名“南宫复辟”。
荒淫无道的明武宗
英宗复辟重登皇位后，立儿子朱见浚为太子，朱见浚后改名朱见深。英宗死后，朱见深即位，是为明宪宗。
宪宗死后，其子朱祐樘即位，也就是明孝宗。明孝宗在位的时候，勤于政事，励精图治，驱除宫内奸臣，任用王恕、刘大夏等为人正直的贤臣，使明朝再度中兴，史称“弘治中兴”，可惜英年早逝，36岁的时候孝宗便病死了。
明孝宗临终之前，曾召见内阁大学士刘健、李东阳、谢迁等人，让他们用心辅佐年幼的太子朱厚照。第二天，孝宗又召见太子，嘱咐他要遵守祖训，任用贤能的大臣，依靠老臣，用心治国。嘱咐完毕后，当天中午，孝宗便去世了。
1505年正月十八日，太子朱厚照即位，是为明武宗。武宗即位后，并未遵照孝宗的遗嘱，虽然他给刘健等大臣加官晋爵，但是却没有意向重用他们来治国理政，而是宠信自己做太子时的宦官刘瑾等人。当时，刘瑾掌管着钟鼓司，这个官职是负责皇帝出朝时的钟、鼓及各样演出、各种体育活动。武宗还是太子的时候，刘瑾等人为了巴结日后的皇帝，每天都进献一些奇特的玩具。当时的东宫被人们戏称为百戏场。武宗自幼便沉溺其中，学业和以后的政事自然也就荒废了。
刘瑾与宦官马永成、高凤、罗祥、魏彬、丘聚、谷大用、张永等，都因为曾在东宫侍奉过武宗，因此深得武宗宠信，他们欺上瞒下，飞扬跋扈，时称“八虎”。
在这“八虎”之中，以刘瑾最为凶狠狡诈，为“八虎”之首。他非常欣赏英宗时期的宦官王振，认为王振善于揣摩皇上的心理。于是，刘瑾经常弄来些鹰犬、歌伎供武宗玩乐，还经常带着武宗微服出宫，或摔跤游戏，或私夺民女，让武宗玩得十分开心。因此，武宗对刘瑾等人越发宠爱，把他们加封为内宫监，总督团营；团营是明朝军队的主力。明成祖时期，京师的军队分为三大营，土木堡之变中，三大营全部覆灭。景帝时期，兵部尚书于谦在各地挑选精兵，分十营集中团练，称为团营。刘瑾掌管团营，也就控制了军权，为他专权打下了坚实的基础。
在刘瑾等人的引导下，武宗贪于玩乐，对朝政大事非常厌倦。大臣们针对朝事写成奏疏，武宗只是写上“闻知”二字，便再也没有了结果。刘瑾等人则劝说武宗让在各地镇守的宦官四处搜刮，以供挥霍，还为武宗建起了300多处私人庄园，其中仅直隶一省便有36处。皇庄内派宦官负责管理，这些宦官便倚仗皇帝的威势，剥削百姓，无恶不作，使京城百姓深受其苦，而武宗则过着肆无忌惮的淫乱生活，甚至微服出宫在妓院厮混。宣府是远离国都的军镇，武宗来到这里，变得更加放纵。一到了晚上，武宗带上一队亲兵，在空荡的街道上闲逛，看到高墙大院的富庶之家，便下令亲兵上前砸门，然后闯入室内，奸淫妇女。而对于后宫的宫女，武宗却不感兴趣。由于纵情淫乐，武宗经常精神疲倦，体力不支，早朝的时间一再拖延，朝见的官员在外久久候立，依然不见皇帝上朝。
面对这种情景，大学士刘健、李东阳、谢迁等人多次进谏。武宗却听信了刘瑾的话，将刘健、李东阳等人全部驱逐出了朝廷。从此之后，刘瑾更加猖狂，对支持刘健的官员大打出手，将反对自己的53个人列为奸党，或杀或贬，制造了一系列的冤案。刘瑾在迫害异己朝臣的同时，又极力扶植自己的党羽，结党营私。
刘瑾的专权使朝政混乱，他在权势的路上也越走越远，最后竟动了篡位之心，企图寻机夺位。但是，刘瑾只顾着自己作威作福，没想到其他的“七虎”正注视着他的一言一行。因为原来他们向刘瑾要权办事时，刘瑾总是不肯照顾，时间一长，他们的矛盾便逐渐激化。
1510年四月，武宗派遣都御史杨一清和“七虎”之一的太监张永去平定安化王的叛乱。叛乱平定之后，众人在向武宗报告战况时，揭发了刘瑾的17条大罪。武宗不禁大吃一惊，命令将刘瑾抓捕审问。第二天，武宗亲自出马，抄了刘瑾的家，结果发现了印玺、玉带等禁止百姓和官员私自拥有的禁物，在刘瑾经常拿着的扇子中还发现了两把匕首。武宗大怒，终于相信了刘瑾谋反的事实。同年八月，刘瑾被处以凌迟之刑，即千刀万剐，共行刑了三天。
刘瑾死后，武宗依然宠信宦官。1520年，武宗在南巡清江浦（今江苏清江）时，在河边垂钓，不慎落水受寒，次年病故，只有31岁，死后没有留下子嗣。
重用奸臣的嘉靖帝
1521年三月十四日，明武宗朱厚照病逝。他死之后，没有留下子嗣，朝政大事由内阁大学士杨廷和主持。杨廷和与内阁其他大学士迎立献王朱厚熜为帝。1521年四月，朱厚熜即位，第二年改年号为嘉靖，是为明世宗。
明世宗平生有一大嗜好，那便是崇拜仙道，祈求长生。他做了45年的皇帝，前20年还能够上朝，后20年干脆不上朝，整日躲在西苑里和一班道士一起炼丹，求长生之术。大臣一再劝谏，他都不听。由于明世宗一心修道，不问朝政，因此给了奸臣可趁之机。这一时期，出了一个历史上非常著名的奸臣，名叫严嵩。