大明朝廷因清兵入关，不得已而放松了对农民军的围剿。崇祯十三年（1640年），李自成东出河南后，失散的义军和饥民纷纷投奔，队伍很快发展为10万大军，声势浩大。随后牛金星、宋企郊、李岩、宋献策等将先后前来投奔，都得到闯王信任，也为农民起义军出过很多好主意，如“贵贱均田”、“迎闯王、不纳粮”、“平买平卖”等口号。李岩提出的“取天下以人心为本，请勿杀人，收天下心”和“散财物赈饥民”等好主意，都深得百姓的拥护，也对起义军的发展起到了积极的作用。崇祯十四年，闯王军攻破洛阳，杀死贪得无厌、残暴成性的福王朱常洵，将王府和官府的粮食、金银等分发给百姓，影响日益扩大。崇祯十四年九月至十五年年底，明王朝集中优势兵力，企图歼灭李自成军。但闯王在民众支持下英勇奋战，九月在项城全歼陕西总督傅宗龙10万人并擒杀傅宗龙，随后乘势南下南阳杀唐王、破禹州杀徽王。次年二月，又在襄城全歼新任总督汪乔年军并活捉汪乔年。四月开始围攻开封，明督师丁启睿率军10万来援，企图解开封之围。六月，李自成迎战丁军于朱仙镇，歼敌10余万，缴获辎重无数，丁启睿逃回汝州。十月，李自成再次围攻开封，明廷再派继任陕西总督、起义军的凶残对手孙传庭，纠结地主武装，妄图从背后偷袭，解开封之围。李自成在郏城讲武场击败孙传庭，歼敌近万人，孙逃回关中。崇祯十五年底，李自成军主力40万人向湖北襄阳进击，明军名将左良玉拔营东遁，所过之处鸡犬不留，千里一空。义军攻入襄阳，荆州惠王朱常润逃跑，荆襄之地尽归闯王，湖广巡抚宋一鹤自杀。
崇祯十六年春，李自成改襄阳为襄京，称新顺王、奉天倡义文武大元帅，建立农民起义政权，以牛金星为丞相，命创官爵名号，拜李过、高一功护卫左右，亲信用事。置权、制、威武、果毅等将军，凡五营二十二将，置上相、左辅、右弼，置吏、户、礼、兵、刑、工六政府，要地设防御使，还设府尹、州牧、县令。开科取士，宣布五年（一说三年）不征粮，并商讨征伐大计。牛金星率军先取河北，直进京师。杨永裕则先下金陵，断京都粮道。从事顾君恩认为：直取京师，万一有失，退无所归，失于急；下金陵，虽稳妥，但迟缓，他建议先取关中，建立基业，然后经山西进京师，则进可攻，退可守。李自成认为他说得非常有道理，便接受了他的建议。十月，李自成军攻破潼关，杀死孙传庭，进逼西安。崇祯十七年正月，李自成建国号大顺，建元永昌，改西安为西京，铸“永昌”宝钱。二月，率军渡黄河下太原，沿途发檄文宣布朝廷残酷统治的罪行，重申“贵贱均田之制”和“五年（一说三年）不征粮”、“平买平卖、公平交易”等政策。三月一日，在武宁关遭到守将周遇吉的顽抗，经过两天激战，周遇吉被杀。十四日居庸关守将唐通投降，接着又攻陷昌平，至此，号称天险的京师北大门就敞开了。十七日，义军兵临城下，将京城团团围住，奉命守城的襄城伯李国祯所部京兵三大营，已不听调动，不久全部投降。当时，守城军士虽然还有10余万，但已经无心恋战。义军从明军手中缴获的火炮等器械，反过来成为攻打明军的利器。
此时的崇祯帝朱由检心烦意乱，反复无常，一会儿痛斥提议迁都、退守南京的大臣，一会儿哀叹身边没有像岳武穆那样忠君报国的名将，此话一出倒引得大家想起了遭受酷刑惨死的爱国名将袁崇焕，不禁个个面面相觑，崇祯也觉得自己失言，于是就走下御座请求大臣们拿出退敌的良策。众大臣平日里只知道贪赃枉法，享乐享福，此时只能各顾各的，根本拿不出退敌的良策。朱由检做梦都没有想到，曾经能够呼风唤雨的他，现在却落到叫天天不应、叫地地不灵的地步。在万般无奈中，崇祯皇帝突然想到利用太监去御敌，于是带着哭声说：“总管，把太监集中起来，前去御‘贼’。”太监们一听，吓得胆战心惊，便怨怒道：“我们都不懂得打仗，怎么去御敌，这不等于叫我们去送死吗！”崇祯皇帝无奈，就拿出银子，分给太监让他们上阵杀敌。实际上，谁都明白，这已经没有什么用了。
李自成大顺政权印信
十八日，司礼监太监曹化淳见外城已守不住，于是挂起白旗，打开彰义（广安）门向李自成投降。
义军如潮水般涌入，外城失陷。崇祯闻报，大惊失色，知道大势已去，当晚便召见驸马巩永固，命他送太子、永王、定王去戚臣周奎、田宏遇等处，然后带护军送太子冲出城赶赴南京，以图后事。正在交代时，又闻报，内城也被攻破。此时已经可以听到震天的喊杀声，见到冲天的火光，崇祯帝只得命太子等化装后混在难民中逃亡而去。他告诉周皇后和妃子们，他决定只身突围，如果突围不成，便只有以死殉国。崇祯帝又令后妃们赶快自裁，交代完毕，他换上太监服，与心腹太监王承恩一起东突西奔，但处处碰壁，无法突围。十九日清晨，他想鸣钟召集百官，竟无一应召，崇祯已经绝望，唯有剩下自裁一条道路了，便与王承恩登上煤山（今景山）一同吊死。至此，大明王朝灭亡。
与此同时，李自成攻破了内城，各路军纷纷从阜成门、西直门、德胜门、安定门、宣武门、崇文门等涌入，李自成则由曹化淳引路从西长安门进入承天门（天安门），最后到达紫禁城皇宫。当时除崇祯帝吊死外，有的后妃自裁，其余则未能逃脱，被俘虏的皇太子等三兄弟，以及未自裁的贵妃和宫女们，李自成并未对他们加以处置，还为崇祯帝举行了隆重的葬礼。
李自成进入北京后，政权在西京政权基础上加以扩大。他仍以农民将领作为核心骨干，也录用明朝四品以下的官员，并开科取士，但废除了八股取才之法。当时政治机构设置基本上效仿明朝，以牛金星为天佑阁大学士，宋企郊等为尚书，分别掌管吏、户、礼、兵、刑、工六部，让刘宗敏掌管“粮饷镇抚司”，还在河北、山东、河南等许多省份的广泛地区建立起府、州、县各级政权，以恢复地方秩序、稳定国家局势。农民起义军能在短期内在如此广大的地区建立起权力机构，这是中国历史上前所未有的事情。大顺朝采取的财政政策是坚持农民五年（或三年）不用缴纳粮食，那么财政问题只好依托于“粮饷镇抚司”向明朝勋戚、显宦、贪官污吏和富商的追赃拷索解决。虽然规定：罪大恶极的处死，财产没收；害民的严刑追赃；民愤不大的，听其自行捐输。但在实际实行中，却出现了滥杀无辜、刑杀过重的情况。因而树敌过多，从中央到地方，不论官绅富豪，都出现了人人自危的局面。对明朝三品以上官员多半将他们刑杀，对官僚地主等不加区别便加以严刑拷打。当时得粮饷7000万两，其中得自勋戚和宦官的各3/10，得自官僚和富商各1/5。这样的财政政策和对待降臣的政策，都对李自成政权的巩固产生了巨大的危害。进京之后，李自成曾下令严禁扰民，军士若有违抗者，轻者断手砍足，重者斩杀。李自成本人依然过着粗茶淡饭的日子，保持着农民原来的本色，还不时过问民间疾苦。而牛金星、宋企郊等人则开始纳贿，结党营私，生活日渐腐化。李自成东征期间，牛金星终日来往拜客，遍请同乡。刘宗敏则以功臣自居，骄横自大，不遵守纪律，不执行命令，当李自成要他前去攻打吴三桂时，他竟然不听从命令，不服调遣，并且在旧官僚的美人计和金钱的引诱下也日渐腐化。李岩对牛金星等在政治上只依照旧制行事非常不满，也不赞成在追赃索饷中不加区别地对待地主官僚，而对于某些将领的以功臣自居、目中无人的作风也很反对。特别是在处理吴三桂问题上，原本已经决定投降的吴三桂，反而投清和起义军作对，这使李岩大为失望。李岩提出的这些问题都是大顺朝的致命伤，不但未受到重视，他本人反而遭到牛金星等谗言诬陷而被杀害。
李自成进京之后，原想借重吴三桂的兵力镇守山海关，以阻止清兵入关，即请其父吴襄作书招抚吴三桂。因老父和爱姬都在大顺军手中，吴三桂决定归降，但因传闻说陈圆圆落入李自成手中，又传闻说其父被索饷20万两，一怒之下，吴三桂挥师急回山海关，反而向李自成军挑战，并斩获万余人。李自成得悉后，知道问题严重，便决定亲自率军往讨。大顺永昌元年（1644年）四月十三日发兵，吴三桂闻报，便向清军多尔衮请求派兵救援。大顺军二十一日抵山海关，立即展开与吴军的激战，吴军失利，损失惨重。
二十三日，大顺军在乱战之中，眼看将要取得最后胜利，突然遭到清军骑兵的猛烈袭击，顿时乱了阵脚，纷纷后退，损失惨重。在这次军事失利后，大顺军随即撤回北京。此时，京城内外的地主武装闻讯便蠢蠢欲动。大顺军队认为北京已守不住了，久留北京不如速回西安以图再起。
四月二十九日，李自成匆匆在武英殿即位称帝，并于三十日撤出北京，六月经山西，七月到达西安。永昌二年，在清军两路夹击下，李自成又率军由陕西沿汉水转入湖广。同年四月，这位年仅39岁的农民起义军杰出领袖不幸在地主武装袭击下，遗憾地被害于湖北通山县九宫山下。
史可法拒不投降
史可法（1601—1645年），字宪之，号道邻，河南祥符（今开封）人，崇祯元年进士。史可法与东林党关系非常密切，对阉党专权和明末腐败弊政非常不满。同时，他那忠贞不屈的英雄气概永远值得人们敬仰和怀念。
明崇祯十七年三月（1644年），李自成攻陷北京，崇祯在煤山自缢，明朝官吏马士英、阮大铖拥立福王朱由菘为监国，东林党人史可法等人虽然对朱由菘非常不满，但为了顾全大局，不得不同意将朱由菘接到南京为监国。清顺治二年三月（1645年），朱由菘即帝位，建元弘光；南京政权即南明政权。
史可法守扬州
此时，南明政权依然拥兵近百万，有总兵刘泽清、高杰、刘良佐、黄得功驻守江北四镇，以及左良玉驻守武昌等，只要同心协力，尚可与清兵相抗衡，反清复明依然有希望。只是南明小朝廷内部矛盾重重，各利益集团之间闹得不可开交。首先，这些人在清兵压境时，仍以剿灭农民军为主，曾数次遣使与清议和以共同讨“贼”。其次，福王登位后，情势已经万分危急，依然终日花天酒地、寻欢作乐，对国事不闻不问。阉党则利用他的弱点，开始掌控朝政，他们卖官鬻爵，排除异己，将史可法赶出南京。再次，镇守各镇的总兵，只知道借口防务需要“增索金钱”。当时南明政权的全部收入仅500万两，而被他们要去的就有360万两，并且经常怂恿军士到老百姓家里抢掠财物，同时各镇将领之间又相互猜疑，争权夺利，仇怨极深。这给了清军以可乘之机，清军很快便平定了关陕，控制了黄河流域各省，准备挥师南下。到了这个时候，南京政权才逐渐感到了危机。
此时，兵力最雄厚的左良玉军与黄得功矛盾很大。马士英要在板子矶修筑工事，以防御西面之敌。左良玉大怒道：“在西面防御谁？不就是要防御我。”两人互相猜疑，后因马士英裁减军饷，左良玉前来索饷，未成。于是左良玉便以“清君侧”为名，在武昌起兵，并昭告天下，诛杀马士英。马士英急忙调刘良佐等率军回师保卫南京，刘泽清也趁机以勤王为名，沿途大肆掠夺。那时史可法督师扬州，对各镇将领之间的矛盾冲突做了很多的调解工作，但收效并不是很大，以至于发生许定国诱杀了高杰，黄得功、刘良佐被调去阻击左良玉的情况。史可法听闻清军马上就要渡过淮河，接连上书告警，请勿调动各镇兵力。但马士英认为这是东林党的借口，想放左良玉进入南京，故而对其建议不予理睬，这时左良玉刚刚走到半路，忽然暴病而死。这虽然减轻了一些内部压力，但此时清军除命吴亲王阿济格西征讨李自成外，又派豫亲王多铎率师南下。