郑成功将这一事件与施琅要谋反的猜测联想到一起，一怒之下命人包围了施琅的住宅，拘捕了施琅和他的父亲施大宣、弟弟施显。施琅被捕后，被关押在一艘船上。施琅原来的一些部下和亲信同情他，便秘密将其释放。出逃之后的施琅辗转回到大陆，投靠郑成功的叔父郑芝豹，并请求郑芝豹出面为两人调解。可不依不饶的郑成功并不买账，竟秘密排遣杀手刺杀施琅，一定要将其置于死地而后快。施琅因为有人报信而幸免于难，但计划失败的郑成功更加恼羞成怒，竟然下令将施琅的父亲和弟弟处死。施琅至此与郑成功结下血海深仇，走投无路又一心报仇的他，于顺治八年（1651年）被迫再次投降清朝。
施琅三度改易君主，两次在明朝军队效力，又两次投降清军，这样的经历难免惹来后人的非议。与同时代的史可法等人对比，在道德上受到了很大谴责。然而，就此否定施琅的功绩未免有失偏颇，因为施琅不仅有平台之功，更建立了保台护岛的千古功勋。
中秋之夜，当平台捷报送到康熙帝面前的时候，康熙帝脑海中对台湾未来的打算，并不是后来在历史中呈现的样子。在康熙帝看来，台湾不过是个弹丸之地，除了统一的名义以外，台湾的收复对于国家并没有什么实际利益。满朝文武也大都这样认为，他们甚至建议，应将台湾岛上所有的居民迁往内地，而将台湾作为空岛废弃掉。如果这一设想实施，今天的台湾恐怕早已不复存在。而在此刻力挽狂澜的，正是对台湾的地位和意义有着深刻理解的施琅。
施琅在收复台湾后不久，就上了一道《陈台湾弃留利害疏》，向康熙帝阐明了台湾的重要性。他深刻地分析了台湾在军事上的重要位置，并且建议康熙帝大力鼓励台湾的经济发展，轻徭薄赋，以此得到一个稳定繁荣的台湾岛。同时，他还力劝康熙帝废除实行多年的“迁界禁海”令，还地于民，让海峡两岸人民安居乐业，恢复遭到战事破坏的经济。后来，康熙帝采纳了施琅的建议，免除了千万百姓迁徙之苦，为日后海峡两岸的发展打下了基础。
由此说来，施琅不仅有“复”台之功，更有“护”台之功，可谓功在千秋。
驱逐沙俄
明朝以来，沙皇俄国便开始向我国东北部的黑龙江流域扩张。明朝末年，清朝忙于入关，放松了北方边境的戒备，沙皇俄国趁机进犯我国黑龙江地区。他们在那里掠夺财物，杀害居民，遭到当地各族人民的强烈反抗。
康熙即位初期，鳌拜擅权，政局十分混乱，沙皇俄国侵略军乘虚而入，潜入中国领土，占领了雅克萨。雅克萨在今天的黑龙江呼玛西北，漠河以东的黑龙江北岸。俄军占领雅克萨后，在尼布楚（贝加尔湖以东地区）修建碉堡，向当地居民征收大量的赋税，建立了殖民据点。沙皇俄国采用了两种手法，一面派侵略军蚕食中国领土，一面派遣使臣到北京进行恐吓和讹诈，康熙帝对此都不予理睬。
三藩之乱的时候，沙皇俄国又陆续蚕食了黑龙江的大片土地，到处建立侵略据点，掠夺了大量的当地土特产和矿产资源。同时，又于康熙十五年（1676年）派使团来北京讹诈。俄国使团在北京耶稣教会的传教士那里窃取了大量的情报。回国之后，他们向沙皇建议，派出2000名正规军进驻贝加尔湖以东的黑龙江流域。沙皇接受了这个建议，立即增兵远东，以雅克萨为巢穴，派兵分路侵扰，扩大在黑龙江流域的侵略范围，建立了更多的侵略据点。
对于沙皇俄国无耻的侵略行为，在平定三藩叛乱后，康熙有条不紊地开始施行其计划。他采取先礼后兵的办法，派遣大理寺卿去东北与雅克萨的俄军交涉，但俄军方面蛮不讲理。于是，在1682年，康熙皇帝亲自到边境考察情况，摸清了对方的实力。回京之后，康熙又派兵侦察，侦察的结果使康熙认为，俄军是很容易打败的，但又怕他们卷土重来。因此，康熙认为，应该在边地修建城池，屯田开垦，并修通水陆交通。
康熙派出1000多官兵带着家眷去屯垦驻防，做好战前准备。边区各族人民看到朝廷抵抗沙俄侵略的决心，受到了极大的鼓舞，积极支援清军备战。
1685年春，一切准备就绪。康熙下令，对俄军的据点雅克萨发动进攻。清军直抵雅克萨城下。他们按照康熙皇帝的旨意，先警告沙俄军，沙俄军却置之不理。于是，清军把雅克萨包围起来。在观察地形后，清军在城南筑起土山，让兵士站在土山上往城里放冷箭，城里的俄军以为清兵要进攻城南，就把兵力都拉到城南。而清军却出其不意在城北隐蔽，趁城北敌人防守空虚，突然以火炮发起攻击，炮弹击中城楼，清军又在城下堆放柴草，准备放火烧城。俄军在慌乱中举起白旗投降，并带着残兵败将逃走。清军收复雅克萨后，收缴了大量的俄军武器。
知识链接
《尼布楚条约》在两次雅克萨战争中，最终都以清军取胜告终。继而清政府便逼迫沙俄政府在尼布楚进行和谈。在和谈中，双方划分了边界，分别用满文、汉文、蒙文、俄文和拉丁文五种文字刻成了界碑，立于边境。这次和谈肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区都是中国的领土。这就是著名的《尼布楚条约》。
但是，俄军并没有死心。就在当年，沙俄侵略军的增援部队趁清军撤回休整的时机，又带兵开进雅克萨。康熙决定，这一次要彻底消灭沙俄军。于是，清军又一次包围了雅克萨，用猛烈火炮进攻。这一次沙俄进行了顽强的抵抗。几次出城反扑，都被清军打了回去，战斗持续了三个多月，沙俄守城的头目托尔布津中弹身亡，俄军最后只剩下不到200人，清军终于攻克了雅克萨。
两次雅克萨之战都以失败告终，沙俄政府不得不派出使者到尼布楚，请求谈判。康熙二十八年（1689年）八月，双方代表在黑龙江的尼布楚城，开始了有历史意义的边界问题谈判。沙俄方面的代表戈洛文首先提出土地的问题，要求黑龙江北岸划归俄罗斯帝国，南岸属于中华帝国。而清朝方面，在康熙的旨意下，索额图表示可以以尼布楚为界。戈洛文却不领情，谈判陷入了僵局。戈洛文为了进行武力恐吓，在尼布楚哨卡增派了300名火枪手，但清朝官员根本不为所动。
第二天，清朝使团又一次做出了让步，提出以格尔必齐河为界。但是戈洛文提出，要索取雅克萨，拒绝了清朝方面的建议。这样一来，引来了尼布楚周围的布里亚特人和温科特人的不满，他们纷纷起义。清政府的坚定立场和人民的起义，让戈洛文慌了手脚。在他们查明清廷割让给沙皇俄国的那部分土地蕴藏有丰富矿产资源的时候，终于同意以额尔古纳河为界，再沿外兴安岭向东直到海边为中俄边界，河东岭南属于清朝，河西岭北属俄国。沙皇俄国还保证要拆毁雅克萨城堡，把军队撤离中国领土。
1689年9月7日晚，索额图和戈洛文分别代表中、俄双方在条约上签了字，这就是著名的《中俄尼布楚条约》。
康熙亲征噶尔丹
《中俄尼布楚条约》签订以后，沙俄方面并不安分，就在条约签订的第二年，即1691年，沙俄唆使蒙古准噶尔部的首领噶尔丹进攻漠北蒙古，发动叛乱。
知识链接
怀柔政策“怀柔政策”是清王朝统治者为了团结蒙、藏等上层贵族，巩固政治统治而采取的一项措施。“怀柔”政策重视德化及人心向背，利用宗教信仰，用思想统治的办法来团结蒙、藏上层。而且还特别强调“满蒙一体”，以此来团结蒙、藏各族的上层王公贵胄。并给以他们优厚的廪禄，减免他们的徭赋，对他们加官晋爵，同时还对他们的世袭权力做出了保证。此外，政策还规定他们要轮流到北京或承德来觐见皇帝。同时又在蒙、藏中扶植了黄教，尊崇活佛，优礼喇嘛，利用宗教信仰，来对他们进行思想上的统治。怀柔政策的推行，得到了各族人民的拥护，这对于巩固清政府的封建统治有着十分积极的意义。
康熙时期，蒙古分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分，这三个地区都陆续归顺了清政府。噶尔丹统治准噶尔部后，野心勃勃，先是兼并了漠西的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。漠北蒙古被攻破后，几十万漠北蒙古人逃到漠南，请求清政府给予保护。康熙派使者来到噶尔丹那里，要求噶尔丹将侵占的地方交还给漠北蒙古。噶尔丹的幕后是沙俄政府唆使策划。因此噶尔丹认为，自己有沙俄政府撑腰，因此根本不理睬康熙的劝说，不但不肯退兵，还大举侵犯漠南，气焰十分嚣张。
谈判失败后，康熙认为，噶尔丹野心很大，不可小视。于是，他决定亲自征讨噶尔丹。1690年，康熙兵分两路，左路由抚远大将军福全率领，出古北口，右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口。康熙则亲自带兵在后面指挥。
平定准噶尔图
右路清军最先遇到噶尔丹军，打了败仗，噶尔丹变得更加得意，派使者向清军要求交出他们的仇人，噶尔丹又把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护、前面又有河流阻挡，又将上万只骆驼，绑住四条腿躺在地上，驼背上架上箱子，用湿毡毯裹住，摆成了一个长长的“驼城”，企图阻止清军进攻。康熙下令反击，福全以炮火分段击破。“驼城”被轰开一个大缺口，上万名清军骑兵冲杀过去。福全又派兵绕到山后夹击山下的骑兵，叛军猝不及防，被里外夹攻，损伤大半，剩下的纷纷逃命。噶尔丹见形势不利，急忙派人向康熙求和。实际上，这是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带着残兵败将逃到漠北去了。
噶尔丹回至漠北后，继续招兵买马。1694年，康熙约噶尔丹会见，以订立盟约。噶尔丹不但不来，反而暗地派人至漠南煽动叛乱，并扬言沙俄将支援6万名枪兵，来对付清军。
面对噶尔丹的阴谋，康熙决定再次征讨噶尔丹。1696年，康熙第二次亲征。分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃大军，从西路出击，截击噶尔丹的后路；康熙亲自带领中路军，从独石口出发。三路大军约定时间组织夹攻。
康熙带领的中路军先期抵达科图，遇到了敌军前锋，但东、西两路军还没有到达。康熙当即决定继续进攻克鲁伦河，并派使者去见噶尔丹，告诉他康熙亲征的消息。噶尔丹得知后，连夜拔营撤退，在三路大军的夹攻下，噶尔丹最后只带着几十名骑兵逃脱。
经过两次大战，噶尔丹的势力已经土崩瓦解。康熙要求噶尔丹投降，但是噶尔丹继续顽抗，过了一年，康熙又带兵渡过黄河亲征。此时，噶尔丹军队已经人心涣散，很多人纷纷投降，甚至愿意做清军的向导，噶尔丹走投无路，最后服毒自杀。
从此之后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。后来，噶尔丹的侄儿策妄阿那布坦攻占西藏。1720年，康熙又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世入藏。之后，清政府又在拉萨设置了驻藏代表，代表清政府同达赖、班禅活佛共同管理西藏。
康熙即位后，平三藩，收台湾，征服噶尔丹，澄清吏治，减轻赋役，招贤纳士，国家内部逐渐稳定，使天下由大乱走向大治。开创了中国历史上为数不多的“升平盛世”。
康熙在位61年，是中国历史上在位时间最长的帝王。他一生殚精竭虑、励精图治，于守成之中创业，使天下安泰、四海承平，为我国多民族国家的形成、巩固和发展建立了丰功伟业。康熙六十一年（1722年），69岁的康熙因病去世，他的皇子们又展开了激烈的皇位之争。
雍正登基之谜
康熙六十一年（1722年）冬天，一代明君康熙帝死了。康熙帝生前对于传位一事缄口不言，死后仅留下一份遗诏，指明由四皇子胤禛即位。消息一出，朝野震惊，诸皇子亦感到不可思议。
不久，民间就有传言，认为胤禛是矫诏篡位。最为流行的一种说法是，康熙帝遗诏原本写的是“传位十四皇子”。但皇四子胤禛买通康熙帝近臣，在遗诏上面添了两笔，改为“传位于四皇子”。但这种传言是经不起推敲的，因为清朝正式官文在提及皇子时，采用统一称谓“皇某子”，即真实的康熙帝遗诏中的文字如果是“传位皇十四子”，遗诏一改就成了“传位皇于四子”，明显不通顺。况且，当时还没有出现简体字，汉文文书采用繁体字，故“于”应为繁体的“於”，因此“十”也无法改成“于”。
那么，雍正帝有没有对遗诏进行更为复杂的篡改，而根据史料记载，康熙帝遗诏并非驾崩当日发布，而是几天之后才发布的。因此民间还出现了另一种传言，说康熙帝在弥留之际，令大臣隆科多宣皇十四子觐见。隆科多因与皇四子胤禛关系密切，便故意装作误听，宣了皇四子觐见。后来，隆科多又与皇四子封锁真实的消息，将篡改的遗诏公之于众。
这种可能性基本上也被史学界否定了，原因在于清朝的官方文献都是满、汉两种文字对照的，康熙帝遗诏应有满、汉、蒙三种文字版本。如果说篡改汉文版本尚能尝试，但修改满、蒙文字就非常困难了。更重要的是，近些年康熙帝遗诏曾于文物展览中面世，遗诏原件并没有被改动的痕迹。而且，遗诏并非像人们想象得那么言辞简略，仅仅是说明传位于皇四子，而是将皇四子的为人和才能进行了描述，写有“雍亲王皇四子胤禛，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统，着继朕登基，即皇帝位”等语句。由此看来，遗诏被篡改基本是不可能的。
然而，这仍然没有打消人们对康熙帝遗诏的怀疑。有学者进一步提出，现存的康熙帝遗诏根本就是伪造的，是雍正帝伙同亲信销毁原件，然后重新制作而成。但这种说法更加缺乏证据。
既然康熙帝遗诏的真实性已经得到了公认，那么另一个疑问也就随之而来：人们为什么如此不相信雍正帝即位的资格，即使在遗诏“篡改说”被推翻后，还不依不饶地提出“伪造说”呢？这还要从著名的“九王争储”说起。
康熙帝生前，曾两度废除太子，后来一直没有立储。诸皇子围绕太子之位展开了长达20年的争夺战。在这场储位之争中，皇四子胤禛始终没有形成自己的势力，呼声不高，这是他即位便遭人怀疑的一个重要原因。
康熙十三年（1674年），康熙帝的皇后赫舍里氏在生下皇子胤礽后便撒手西去。胤礽出生后不久，就以嫡长子的身份被立为太子，并深得康熙帝宠爱。在此后的30余年中，胤礽的太子之位稳固，诸皇子并没有争储之举。其间，只有皇长子胤禔与胤礽形成了一定的竞争关系，二人常常在文治武功上一争高低。胤礽自幼不合群，在诸皇子中只与皇四子胤禛和皇十三子胤祥关系较好。此外，因他的性格有些孤僻暴戾，在朝野中树敌也较多。