但是，此时天下的形势并不是一片大好。清朝虽然统一了中国的大部分地区，但四周依然危机四伏。北有罗刹国（俄国）不断侵扰，西面有噶尔丹擅自称王，南面有“三藩”意欲谋反，东面还有台湾孤岛自立。康熙亲政后，书写了一张“以三藩及河务、漕运为三大事”的条幅，悬挂于宫中的柱子上，时刻提醒自己。其中“三藩”是康熙面临的主要问题，也是治国安邦的头等大事。对于康熙来说，这是在擒杀鳌拜之后，出现的又一个政治考验。
平定三藩
康熙帝亲自执政后，大力整顿朝政，使新建立的清王朝逐渐强盛起来。但是，南方的三个藩王却成了康熙帝的一块心病。
三藩问题由来已久。早在顺治年间，平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂奉命南征，为清王朝统一天下立下了汗马功劳。因而顺治帝在统一中国后，并没有及时撤除三藩，而是命令他们留守原地。天长日久，三藩势力日盛，成为威胁中央的主要地方割据势力。三藩拥兵自重，把持地方财政，欺压百姓，甚至利用沿海交通的便利条件，置朝廷的海禁政策于不顾，大肆进行走私活动。
康熙（1654—1722年）
康熙帝即位之初，四大辅臣把持朝政。他们对三藩采取了笼络放纵的态度，企图借助他们的力量来对付南明、农民军余部，因此对三藩的所作所为不问不顾，三藩的气焰也因此而变得更加嚣张。康熙帝亲政后，敏锐地看出三藩已经成为了国家的心腹之患，将它列为自己亲政所必须解决的大事之一。
康熙帝亲政之前就采取了措施，逐步削弱三藩的势力，他收缴大将军印，裁撤兵士，严禁欺行霸市、借势扰民，解除藩王督管云贵两省事务的职务。亲政以后，康熙专心学习经史典籍，借鉴历朝历史，他清楚地认识到，三藩的性质不是同宋初的开国功臣一个类型，而是同唐末藩镇一个性质。于是他更加抓紧整顿财政，筹措军费，扩大兵力，并主动缓和满汉矛盾，以争取民心，为削藩工作做准备。
康熙帝虽有削藩之意，但鉴于“三藩俱握兵柄”，他也不敢贸然行动。正在他犹豫不决的时候，平南王尚可喜给他提供了一个机会。康熙十二年（1673年）三月，尚可喜上奏要求回辽东养老，主动提出了削藩问题。康熙帝立即抓住机会，顺水推舟，答应了尚可喜的要求，并对他的行为加以表彰。
一石激起千层浪，康熙帝的行为引起了其他两藩的恐慌。这时，吴三桂之子吴应熊正在京师，他立即派人快马加鞭送信给吴三桂，信中写道：“朝廷久疑王，今二王皆有辞职疏，而王独无，朝廷之疑愈深。速拜疏发使来，犹可及也。”吴三桂为了消除皇帝的疑心，便接受了其子的建议，立即上书“请求撤回安插”，耿继茂之子耿精忠迫于形势，也上书一封，请求撤回安插。
两王上书到达京城，朝臣对是否削藩的事情意见不一，大多数官员惧怕吴三桂势力，主张暂时妥协，先行撤去耿精忠的藩国。康熙帝则认为与其等吴三桂蓄谋已久，养痈成患，不如痛下决心，将三藩一起削除。
康熙十二年（1673年）八月，康熙帝派礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼带手诏前往云南，户部尚书梁清标赶赴广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，会同地方官员料理三藩迁移事务。
但是吴三桂申请撤藩不过是故作姿态，没想到康熙帝竟然如此迅速地批准他撤藩。吴三桂感到非常愤怒，于是便密谋党羽准备起兵。九月初，康熙帝所遣办理迁移事务的大臣到达云南后，吴三桂阳奉阴违，表面上接受诏书，暗地里却一再拖延动身日期，加紧叛乱的步伐。十一月二十一日，吴三桂杀死云南巡抚朱国治，逼使云贵总督甘文翯自杀，扣留折尔肯，自称“周王”，建元昭武，公开反叛清朝。
吴三桂反叛的消息传到北京，满朝震惊。大臣中主张向吴三桂妥协的人很多，大学士索额图竟然要求将“前议三藩当迁者，皆宜正以国法”。康熙帝也知情势严重，但他知道撤藩的决策没有错，此时向吴三桂妥协，只能助长他的气焰，而灭自己的威风，他下定决心要与吴三桂一决雌雄。吴三桂起兵前后，曾经致书平南、靖南二藩，台湾郑经以及贵州、四川、湖广、陕西等地官吏，他还发布了《反清檄文》。一时之间，滇、黔、湘、蜀纷纷响应。吴三桂主力东侵黔、湘，很快兵力便达到14万。接着河北总兵蔡禄也反于彰德，塞外又有察哈尔部布尔民的叛乱，可谓“东南西北，都在鼎沸”。
康熙帝没有退路可走，唯有采取措施，布置兵力。其措施有：增派八旗精锐前往咽喉要地荆州固守；停撤广东和福建二藩，孤立吴三桂；拘禁额驸、吴三桂之子吴应熊及家属，赦免散处各地的原属吴三桂的官员，削除吴三桂爵位，并悬赏捉拿吴三桂。
康熙十四年（1675年），吴三桂与清王朝的对抗达到了顶峰。叛军在全国形成了三大战场：耿精忠控制的福建、浙江、江西为东线，湖南是正面战场，四川、陕西、山西、甘肃为西线。康熙帝分析形势，定下战略方针：以荆州为战略立足点，顶住湖南战场的吴军主力，只对峙而不主动出击；主攻从侧翼入手，先解决耿精忠、王辅臣两股主要叛军，然后再集中力量对抗吴三桂。康熙帝还并用剿灭、招抚两手，亲自致书王辅臣、耿精忠等人，表示只要他们“投诚自归”，即赦免前罪，仍像从前一样对待他们。康熙十五年（1676年），王辅臣兵变降清。十月，耿精忠投降。十二月，尚可喜之子尚之信也公开反吴。康熙帝践约，一律优待他们。如此一来，那些参与反叛的将领和将官纷纷投降，吴军渐渐分化瓦解。
康熙十七年（1678年）八月，吴三桂暴病身亡，其孙吴世番即大周皇位，改元洪化。他见势不妙，退居贵阳。清军在解决两翼之后，开始战略反攻，进入湖南。康熙十八年（1679年）正月，清军攻克岳州。接着势如破竹，一路收复长沙、常德、衡州。至此，湖南、四川、贵州、广西被收复。康熙帝又下令兵分三路，进军云南。康熙二十年（1681年）十一月，昆明城破，历时8年的内战以吴三桂的覆灭而告终。
郑成功收复台湾
南明隆武帝在福州建立政权后，他手下的大臣黄道周一心想帮助隆武帝北伐，抗清复明。但是掌握兵权的郑芝龙贪图富贵，抛弃了隆武帝，向清朝投降，隆武政权随之瓦解。
郑成功（1624—1662年），原名森，字大木，隆武政权重臣郑芝龙之子。隆武帝对他十分宠信，封他为延平郡王，赐姓朱，改名成功，因此亦称为“国姓爷”。郑芝龙降清时，郑成功率师拒降，“不受诏，不剃头”，打出“背父救国”的旗号，单独跑到南澳岛，招募数千军马，誓死抗清。
郑成功是个将才，经过他的努力，队伍逐渐强大起来，在厦门建立了一支水师。他跟抗清将领张煌言联合起来，乘海船率领17万水军，开进长江，向南京进攻，一直打到南京城下。清军见硬拼不行，就用假投降的手段欺骗他。郑成功中了清军的计，最后打了败仗，又退回厦门。
郑成功回到厦门的时候，清军已经占领了福建大部分地方。他们采用封锁的办法，将沿海居民内迁30里。同时，禁止舟船出海，以切断东南人民与郑成功的联系。这给郑成功造成许多困难。为了扭转被动局面，郑成功准备收复我国被荷兰侵占的领土台湾，用做抗清斗争的最后基地。
台湾自古以来就是我国的领土。明朝末年，明王朝腐败无能，荷兰人趁机开始侵占台湾。1624年，荷兰殖民者被大明朝逐出澎湖后，又占领了台湾南部，并建立了许多据点，如台湾城和赤嵌城，并蚕食了大量土地。1642年，荷兰打败了西班牙独霸台湾，在台湾实行残暴的殖民统治。
少年时候的郑成功曾经跟随父亲到过台湾，亲眼目睹了台湾人民受到的苦难。这一回，他决心赶走殖民者，于是下令让他的将士修造船只，积蓄粮草，准备渡海。
这时，有一个在荷兰军队里曾经做过翻译名叫何廷斌的，赶到厦门见郑成功，说台湾人民受殖民者欺侮压迫，早就想反抗了，只要大军一到，一定能够把荷兰人赶走。何廷斌还送给郑成功一张台湾地图，把荷兰殖民者的军事部署都告诉了郑成功。郑成功有了这个可靠的情报，信心变得更足了。
1661年三月，郑成功亲率两万五千万名将士，乘坐几百艘战船，浩浩荡荡从金门出发。他们冒着风浪，越过台湾海峡，在澎湖休整几天，便直取台湾。
荷兰殖民者听说郑军攻打台湾，十分惊慌。他们把队伍集中在台湾城（在今台湾东平地区）和赤嵌城（在今台南地区）两座城堡里，还在港口凿沉了很多破船，想要阻挡郑成功的船队登岸。
何廷斌为郑成功领航，利用海水涨潮的机会，驶进鹿耳门，登上台湾岛。
殖民者将一艘最大的军舰“赫克托”号，气势汹汹地开了过来，阻止郑军的船只继续登岸。郑成功沉着镇定，指挥他的60艘战船把“赫克托”号围住，随即一声令下，60多艘战船一齐开炮，把“赫克托”号击沉了。还有三艘荷兰船只见势不妙，吓得掉头就跑。
随后，郑成功派兵猛攻赤嵌城。赤嵌城的殖民者拼死顽抗，久攻不下。有个当地人为郑军出主意说，赤嵌城的水都是从城外高地流下来的，只要把水源切断，敌人就会不战自乱。郑成功采用这个办法，没出三天，赤嵌城的殖民者果然乖乖地投降了。
郑成功收复台湾图
盘踞台湾城的殖民者企图顽抗，等待援兵。郑成功采取长期围困的办法逼他们投降。在围困八个多月之后，郑成功下令向台湾城发起猛攻。荷兰殖民者走投无路，只得扯起白旗投降。
1662年初，殖民者头目来到郑成功大营，在投降书上签了字，灰溜溜地离开了台湾。收复台湾后，郑成功在台湾设置行政机构，将赤嵌城改为安平城，在台湾设立承天府，下辖天兴、万年两县，将台湾城改为安平镇。建立了与大陆一致的郡县制，大力开发台湾，发展农业生产，鼓励开荒，招揽大陆移民，积极发展海外贸易，促进了台湾社会经济发展。同时，他还带来了先进的农耕技术。从此之后，高山族也同大陆一样使用牛耕和铁犁种田，生活逐渐安定。
1662年五月初八，郑成功病逝。他的儿子郑经率领军队，继续镇守台湾，进行抗清活动。1683年，清军进入台湾，设置台湾府。
郑成功是伟大的民族英雄，他驱逐了荷兰殖民者，收复了台湾，使台湾重新回到祖国的怀抱，捍卫了中国领土和主权的完整，结束了荷兰对台湾历时38年的殖民统治，保卫了中华民族的利益。同时，收复台湾还促进了当地的经济开发与社会发展，具有重大的历史意义，他的壮举必将永垂史册。
施琅平定台湾
在福建晋江的一座纪念馆中，有一副对联非常引人注目。上联是：“平台千古，复台千古”，下联是：“郑氏一人，施氏一人”。这副对联提到的“郑氏”，就是从荷兰人手里夺回宝岛台湾的“平台英雄”郑成功。而这里的“施氏”，指的就是为清朝立下平台伟业的大将军施琅。
施琅，字尊候，号琢公，福建晋江人，清代初年著名将领，曾历任清军副将、总兵，福建水师提督，加太子少保衔，深得康熙帝的信任。施琅擅长军事，尤其精通海战，所辖部队以作战迅速、勇猛、果断而著称，故人送他“海霹雳”的响亮绰号。施琅一生最为辉煌的事迹便是率领清军平台。因此在民间，他得到了足以与郑成功相提并论的殊荣。
清军入关以后，残存的明军势力继续进行抵抗。明朝旧将郑成功从荷兰人手中收复台湾后，便把那里作为了抗清的最后根据地。清军几次出兵攻台，都失利而归。康熙二十二年（1683年），施琅以福建水师提督的身份上书皇帝，陈述战备已足，可以攻台，并向康熙帝表达了必胜的信心。心怀统一愿望的康熙帝欣然应允了施琅的请战令。于是，施琅率领两万精兵和300艘战船出海，踏上了完成统一大业的征程。
当时郑成功及儿子郑经已死，台湾的统治者是郑成功的孙子郑克爽，政权则由权臣冯锡范把持。台湾军队长期割据海岛，海军实力很强。施琅采用稳扎稳打的战术，首先攻克了花屿、猫屿、草屿等岛礁，并利用南风将战船驶入了八罩湾。施琅的对手是台湾守将刘国轩，刘国轩将自己的部队撤到澎湖，并沿着海岸筑起矮墙，安装了火炮，设环岛20里的范围为堡垒抵抗清军。施琅机智地派遣快船游击敌人，敌军见状包围上来。施琅果断地率领大船出击，突入敌阵，与敌军展开决战。
战斗中，施琅被箭射中了眼部，鲜血浸透了包扎的手帕，但他仍奋勇督战，指挥若定。清军在他的指挥下连续攻克了虎井、桶盘两个岛屿，但战况依然胶着。见此情景，施琅命令部下将百余艘战船分东西两个方向进攻，以此分散敌人的兵力。自己则率领56艘战船在前，又命80艘战船为后援，径直冲入敌阵。在施琅重伤不退的激励下，清军将士舍生忘死，奋勇争先，历经半日的战斗，击毁敌船百余艘，取得了澎湖海战的胜利。
澎湖决战起到了决定性的意义。败退的台湾守军再无实力抵抗，绝望中的郑克爽决定投降，并派遣使者协商投降事宜。同年八月，施琅率战船登陆台湾岛。郑克爽率众出降，呈上象征统治权的延平王金印。捷报快马加鞭地传到京城时，正逢中秋佳节。康熙帝为这双重团圆的盛世时刻兴奋不已，亲自赋诗表彰施琅的功勋，授予他靖海将军之职，并封他为靖海侯，世袭罔替，还赏赐给他御用的衣物。施琅上书推辞，康熙帝不但不准，又另赐给他花翎，表示恩宠。
至此，施琅的仕途走到了巅峰，他的名字也被永远载入了史册。
从个人的能力到成就的功业，施琅丝毫不愧于世人的赞誉。他真正惹人争议的，是在明、清两军中几度反复的人生经历。
施琅出生于明朝末年，早年在郑芝龙手下。他凭借自己的努力，很快便得到了郑芝龙的重用，被任命为部队的左冲锋，也因此与郑成功结识。后来清兵南下，势如破竹，郑芝龙临阵降敌，施琅也随之投降了清军。
清军让郑芝龙劝说儿子郑成功投降。但郑成功耻于父亲的行径，与父亲决裂，率兵继续抗清。郑成功看重施琅统兵打仗的才能，不断地游说施琅，邀请他共同加入抗清义军。施琅经过几番考虑后，决定离开清军，再次回到郑成功的抗清部队中。此后，施琅协助郑成功接连攻下漳浦、云霄镇等处，搅得清朝海防不得安宁，而他也因屡立战功，名气越来越大。
施琅性格直爽，敢怒敢言，郑成功也是一个直脾气，而且性格暴躁。因此，两人之间难免出现矛盾，甚至发生冲突。此时的施琅因“大功不赏”对郑成功已心怀不满，而郑成功也因施琅的骄横跋扈而对其日渐疏远。据施琅自己撰写的《靖海纪事》记载：曾有一名叫曾德的属下因触怒施琅而逃到了郑成功的府内。好斗的郑成功不但不将曾德遣返，反而格外宠信他。施琅对此极为愤怒，派人到郑成功府上捉回了曾德，并不顾郑成功的阻拦将其斩首以泄愤。