倭寇的出现，是与日本的武士阶层的特性分不开的。日本学者井上清著《日本历史》一书中说：“杀人、劫财、强盗为武士的习性。”而在日本，自13世纪起的2次变乱（南北朝对立、战国时代）之中失去知行领地的武士成为浪人后，率先向海外寻求出路而形成海盗。此后，日本沿海大名（如大内、细川）见有利可图，便加以支持，于是形成有组织的侵略行径。及至王直等汉奸败类加入，以及明代海防废弛、国内土地兼并严重等情况，于是导致了嘉靖时代的倭寇大规模入侵。
前期倭寇与后期倭寇
“倭寇”一词，是从古代朝鲜“高句丽广开土王碑”（公元414年，中国是东晋十六国时期末年）碑文上所记载“日寇××（某地名）”而来。在这里“寇”当动词，即“日本侵略××（某地名）”之意。之后“倭寇”二字作为名词独立使用，用以称呼来自日本的侵略者。
而据日本学者田中健夫考证（《倭寇——海上历史》），“倭寇”一词见于文献，高句丽好太王十四年（公元404年）有碑文载：“倭寇溃败，斩杀无数。”在这里，倭寇就已经是名词了。
另外，在16世纪（中国是明朝后期）日本统治者丰臣秀吉发动侵略朝鲜的战争，中朝两国人民都称呼侵略的日本军为倭寇。而在以后的抗日风潮中，倭寇更成为日本侵略者的代用语。
在倭寇最强盛的时候，他们的活动范围曾远至东亚各地，甚至是内陆地区。倭寇的组成并非仅限于日本海盗，只是由于这批海盗最初都来自日本，所以被统称为“倭寇”。及至后期，由于日本国内政治形势转变，加上官府管制，日本人出海抢掠船只的事件减少。取而代之的，是来自中国和朝鲜的海商与海盗。他们仍按过去倭寇抢掠的方式继续在东海为祸，也被归于倭寇之列。
因此，虽然这些人同被称为“倭寇”，但两者的成分其实差别很大。根据年代，以中国明朝嘉靖时期为界，大致可以分为前期倭寇与后期倭寇。
日本古称“倭（矮小之意）奴国”（最初见于《山海经》、《后汉书》等古籍），故中国古代史籍将这些日本海寇以及后来与之勾结的内陆奸民通称为“倭寇”。自元末至明万历年间（13~16世纪），一部分日本武人、浪人（流亡海上的败将残兵）、海盗商人和破产农民，不断侵扰中国、朝鲜沿海地区，前后历时达300年之久。
前期倭寇（从元末、明初到正德年间）是以日本海盗为中心，主要攻击范围为当时臣服于元朝的高丽。由于先前臣服于元军的高丽军，在元世祖忽必烈两次进攻日本的军事行动中，对日本的对马、壹岐、松浦、五岛列岛等地的居民进行屠杀，因此前期倭寇以这些地区的残存者为主要构成部分。他们对朝鲜沿海进行含有报复式的海盗行为，目的一方面在于夺回被俘的岛民；另一方面则在于掠夺粮食以弥补因遭虐杀而下降的农业生产力。
明成祖发动叛乱、夺取政权、迁都北京后，据说建文帝在南方的残余势力与日本海贼合作，在中国东南沿海进行报复性侵扰。由于这些南方人体型上比北方人矮小，所以沿用“倭寇”一词来称呼由日本人与南方中国人所组成的海盗集团，这里指的就是后期倭寇。
嘉靖时期的倭患
明朝中期嘉靖以后，是倭寇活动加剧的时期。其原因有以下四方面：
（1）战争造成日本各阶层人士的大量破产和失业，遂多流为寇盗。
（2）由于日本商业的发展，大小藩侯的奢侈欲望日益增长，对中国大陆各种物资和货币的需求更加强烈。
（3）日本室町幕府名存实亡，无力控制全国政局，诸侯各自为政，尤其是南方封建主，将掠夺中国大陆视为利薮。
（4）这一时期有大量的中国商人、破产农民和失意知识分子等，由于各种原因留居日本。其中有资本者则纠倭贸易，无财力者则“联夷肆劫”，成为嘉靖、隆庆年间倭寇的重要组成部分，构成这一时期倭寇的一个显著特点。如侨居日本的倭寇首领王直、徐海、毛烈、陈东、叶明（叶麻）、邓文俊、林碧川、沈南山等，即为此类人物。
厦门大学台湾研究中心主任林仁川教授认为，16~17世纪明朝中叶时期，整个中国东南沿海就是一个海盗的世界。这里有中国海盗、日本海盗、葡萄牙海盗、西班牙海盗、荷兰海盗等。那时商、盗没有明确划分，有生意做的时候就是商（走私），没生意做的时候就是盗。他们有时候互相抢，有时候就上岸抢。
商人伙同倭寇，在日本封建主的支持下，袭用倭人服饰旗号，乘坐题有八幡大菩萨旗帜的八幡船，侵扰中国东南沿海地区，掠夺大量财物。但此时明世宗朱厚熜迷信道教，不问政事；而且严嵩专权，贪贿公行，致使吏治腐败，文恬武嬉，沿海士兵大量逃亡，战船锐减，海防设施久遭破坏，为倭寇活动猖獗提供了可乘之机。
嘉靖二年（1523年）六月，日本封建主大内氏使臣宗设谦导与细川氏使臣瑞佐及宋素卿，因争夺对明贸易，在中国土地上相互厮杀。宗设格杀瑞佐，又以追逐宋素卿为名，大掠宁波、绍兴一带，杀掳明朝指挥刘锦、袁琎等，夺船出海而去，此即震动朝野的“争贡之役”。
此后，明朝政府要求日方惩办宗设及倡首数人，放回被掳中国官民，缴还旧有勘合，遵守两国所订之约，如此方许换给新勘合，继续贸易。日方没有答复这些要求，致使双方贸易实际中断。于是倭寇走私贸易猖獗，并伺机多方掳掠。
嘉靖二十一年（1542年），倭寇由瑞安人寇台州，攻杭州，侵掠浙江沿海。嘉靖二十三年（1544年），许栋、王直等导引倭寇，聚于宁波境内，潜与豪民为市，肆行劫掠。倭寇在山东、南直隶（今江苏）、浙江、福建、广东沿海大肆烧杀掳劫，江浙一带民众被杀者达数十万人，严重破坏了社会生产力的发展，威胁东南沿海人民生命财产的安全，激起中国朝野上下各阶级、各阶层人民的愤怒反抗。
在福建巡抚谭纶、戚继光，总兵俞大猷等领导下，东南沿海军民浴血奋战，抗击倭寇。嘉靖三十二年（1553年），俞大猷率精兵夜袭普陀山倭寇老营，重创倭寇；又在王江泾歼灭倭寇2000人。嘉靖四十年（1561年），戚继光率戚家军等在台州九战九捷，痛歼入侵之敌。此后，戚、俞联合，基本肃清福建、浙江倭寇。嘉靖四十四年（1565年），戚继光与俞大猷两军配合，击灭盘踞在广东、南澳的倭寇。至此，东南沿海的倭寇被荡平。
东南私商领袖——净海王王直
如果翻阅在安徽歙县的《歙县志》，我们可以看到这样的内容：王直，又名汪直、汪五峰，号五峰船主。生月不详，但是卒年非常清楚，明代嘉靖时期人。青年时与徐惟学（徐海的叔父）业盐，后以“国中法律森严，动辄触禁”而转向海上走私贸易，是明嘉靖时期徽州商人和东南海商代表人物。
安徽歙县是一个山清水秀的地方，但是在当地百姓眼中可不是这样。对于以种田为生，而田地产量不高的古代人来说，这里绝对是“穷山恶水”，山多水多，就是田地不多，而且田又很瘠薄。
据说徽州有这样的民谚：“前世不修，生在徽州，十三四岁，往外一丢。”一丢，就是让你外出自谋生路。王直先是一名盐商，后来因为嫌内地禁忌太多，就想另谋出路。在东南沿海，他看到了商机。明代中国手工业发达，产品在世界各地广受欢迎，其利润也是相当可观的，“输中华之产，驰异域之邦，利可十倍”。
但是明朝法律禁止民间海外贸易，违者处以充军甚至死罪，加上海上海盗横行，没有强大武装保护的海商是无法做生意的。势单力寡的王直在踞1544年，加入了盘踞在宁波双屿岛的许栋集团。这个集团以武装保护为盾，抗拒朝廷缉捕和海盗袭击，大规模从事海外贸易。王直刚开始只是一个小头目，一个僚属。后来因为能力出众，逐渐从“管库”升为“管哨”，兼理军事，成为一个主要头目。
1548年，明朝将领朱纨率军围剿双屿岛，许栋被朱纨击败后生擒，而王直因为有人通风报信得以逃脱。以后，许栋的余党推举王直做了新的船主。王直率余部占据舟山群岛的烈港，东山又起。自此，王直既是海商集团首领，又是海盗魁首。当他们可以正常贸易时，他们就是海商；当他们商业活动受到朝廷海禁政策遏制时，他们就成为海盗。
因为王直营运有方，使徽州海商集团迅速崛起，称雄一方。但是，他还有一个劲敌，就是驻扎在横港的海盗陈思盼集团，这个海盗团伙屡次阻截王直的商船，令王直头疼万分，因此，他一直伺机准备铲除陈思盼。
1551年，陈思盼集团发生内讧，王直趁机发难，内外夹攻，消灭其武装，吞并其商业集团。此后，王直集团势力大振，控制浙江海面。再后来，王直集团依仗强大实力，“应官军所请”，杀败抢掠的倭寇。千里海疆悉归王直控制。明史记载“海商之寇非受王直节制者，不得自存，而直之名始振聋海舶矣”。大约有20万职业军人为王直效力，他麾下的船舶中载重量在120吨以上的恢宏巨舰就有100多艘。这是一个东南沿海人数最多、势力最强的海商集团，富可敌国，兵多将广，装备精良，即使当时号称最精良的葡萄牙皇家海军也畏之几分。
就王直的本意来说，是愿为商而不愿为盗的。在他消除了中国东南沿海的各股海盗时，王直多次上疏请求朝廷开放海上通商贸易。王直所写的《自明疏》也说：“窃臣（王）直觅利商海，卖货浙（江）、福（建），与人同利，为国捍边，绝无勾引党贼侵扰事情，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，臣心实有不甘。”“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。”他还向皇帝恳请：“如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驰驱，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。”也就是说，把广东允许开放通商口岸，设立海关收取关税的做法，推广到浙江沿海，并且恢复日本的朝贡贸易关系，那么，东南沿海的所谓“倭患”就可以得到解决。
王直的建议无疑是有价值的，但是明朝政府却丝毫不为所动，为了安抚他，明朝政府表面上答应了“姑容互市”，要他“悔罪自赎”，但是实际上却背信食言，用实际行动履行朱元璋时的一句话：“片板不得入海！”
嘉靖三十年，即1551年，王直在定海关主持开市，明政府派参将俞大猷，派遣数千水师开始大规模地围剿王直的根据地。在这次围剿中，王直孤舰突围而去，逃到日本。在异国的土地上，他重振旗鼓。他占据萨摩州的松蒲津，自称“净海王”、徽王，部署官吏，控制要害，周围“三十六岛之夷”都受他节制。
嘉靖三十一年，即1552年，王直率庞大的武装船队杀回中国报复。浩浩荡荡的百余艘舰船，“蔽海而来，浙东西、江南北、滨海数千里同时告警”。江浙为之动摇，官军望风披靡，时称“壬子之变”。王直占据定海。
1553年3月，王直的部队开始对浙江等沿海地区发动大规模的进攻，日本当地的一些流浪武士也加入进来，同行的还有散居的各种海盗组织。由于当时明朝的海防极弱，他们像蝗虫一样陆续扫平了当地的官署和海卫等一些海防设施。不仅如此，他们还陆续攻击县城和乡镇，对当地的百姓进行烧杀抢掠，给当地造成很大的损失，这也彻底改变了他们和当地百姓原有的亲密关系，各地民众和乡绅也开始自发组织抵抗“倭寇”的进攻。《明史》中记载：“王直勾诸倭大举入寇，连舰数百，蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警。破昌国卫。四月犯太仓，破上海县，掠江阴，攻乍浦。八月劫金山卫，犯崇明及常熟、嘉定。三十三年正月自太仓掠苏州，攻松江，复趋江北，薄通、泰。四月陷嘉善，破崇明，复薄苏州，入崇德县。六月由吴江掠嘉兴，还屯柘林。纵横来往，若入无人之境，忬亦不能有所为。”足可见当时“倭寇”声势之浩大。
1556年，明朝政府任命胡宗宪为浙江总督。胡宗宪是徽州绩溪人，进士出身。嘉靖皇帝决心一定要剿除匪患，对贼首绝不轻饶。当年3月初，王直再次要求开海禁，通商互市。甚至派人传话给明朝政府，表示愿意听从命令，协助剿除松江各处流民，并希望以此换得明政府开放沿海贸易的许诺。
胡宗宪先是同意了王直的请求。他将汪直的母亲和妻儿作为人质，并让其母给王直写信劝降，信的大意是：朝廷愿意宽宥你的前罪，愿意放宽海禁，允许日本互市，今派遣蒋洲等人带信前来说明。此后，胡宗宪派蒋洲、陈可愿充当正副使往日本招降王直，并上下故意制造出一种双方议和的气氛。
1557年，在官方和王直两者之间多次试探之后，王直以为时机已经成熟，便率领他的部下千余人返回浙江沿海的岑港，表示愿意投降，以求得通商的权利。
胡宗宪特地安排了场面壮大、声势煊赫的受降典礼。在王直受抚以后，胡宗宪对他也十分优待。然而这种做法，朝廷里的反对者们议论纷纷，有人造谣说胡宗宪接受了王直的巨额贿赂。此时，胡宗宪在朝中的内援赵文华已经被嘉靖皇帝罢官，主张招安王直的胡宗宪失势，形势对他十分不利。在这种情况下，他自身难保，态度立即变化。为了表明自身清白，他随即在奏疏中表态：王直等是海氛祸首，罪在不赦，今自来送死，请庙堂处分，臣当督率兵将歼灭其余党。兵部会同三法司议复：“王直背华勾夷，罪孽深重，着就彼处决枭示。”
很快，王直入狱。王直被关入监狱后，他的部下知道当局已经变卦，据守岑港与官军抗衡，并展开了疯狂的报复。当时被胡宗宪留在王直处做人质的夏正惨遭杀害，被众海盗肢解。而王直的亲属王敖带领队伍据险死守，死不投降。
由于当时沿海形势紧张，胡宗宪不敢贸然杀掉王直，把他软禁在杭州两年多，希望流寇因为失去首领自行解散，但效果不大。据守在岑港的海盗商人们至死不肯投降。明军在皇帝限期攻克的逼迫下，拼命围攻，双方死伤无数。最后，海盗商人们突围而逃，在福建沿海成为流寇。
嘉靖三十六年，海风凛冽。明朝廷的钦犯王直在宁波港口处被处斩。临刑前，王直叹息：“死吾一人，恐苦两浙百姓。”
王直的死，并没有消除“倭患”，恰恰相反，朝廷的背信弃义激起他的部下极大的怨恨。他们进行了更为疯狂的报复。王直是为了海上贸易合法化而投降的，但是他的牺牲并没有达到目的。海禁与反海禁的斗争愈来愈尖锐。直到10年后才终于有了改善。
舍人保己的胡宗宪最终也没有能保住自己，不久之后，胡宗宪被诬通盗，最终屈死狱中。
在王直死后，他的养子毛海峰继承了“倭寇”老大的位置，而且对沿海地区进行了更疯狂的进攻和掠夺。嘉靖三十七年（1558年）俞大猷被诬免职，倭寇数百人流劫诏安，先后数次对附近烧杀抢掠，从海澄月港进入石码、长泰，又由漳州天宝进入南靖，沿途“焚劫杀掠不计”。后又劫掠平和和漳浦等地，“倭患”愈演愈烈。
戚继光与倭寇
在明朝，治理倭寇的能人很多，戚继光是最为杰出的一人。
根据统计，自嘉靖三十八年（1559年）至嘉靖四十五年（1566年）仅7年时间，戚继光带领明军共与倭寇交战13次，每次歼敌率均达到80%，而他部伤亡均在百人以下，敌我比例为30∶1。如此说来，戚继光简直就是倭寇的噩梦。