七、渔翁得利
孙传芳入主杭州之后，浙军第一师师长潘国纲帅残部2000余人退据余姚、宁波一带，拒不投降。另外浙江名流及社会各团体公推蒋尊簋为浙江“自治省长”，声称“浙人治浙”，并要组建自治联军。孙传芳不敢掉以轻心，立即同夏超、周凤岐等军政长官商量各项善后事宜。
而此时，北方的直奉大战已经正式开打，所以北京的曹吴希望尽快结束东南的战事，派要员赴杭州敦促孙传芳出兵进攻上海。孙传芳本身也很想染指上海这个东南首富之区，眼看各路直军快把卢永祥打败了，必须尽快去分一杯羹。于是他把杭州的事草草安排，然后亲率主力大军进兵淞沪。
此时上海周围大军云集，双方杀的难解难分，孙传芳这一支生力军的出现立即使战况发生急剧变化。
孙军沿沪杭铁路前进，目标直指松江。9月29日，前锋部队占领嘉善、枫泾。10月3日，在石湖荡一带的铁路桥与浙军第十师发生激战。孙军携占领浙江的余威，冒雨向久战疲惫的浙军进攻，结果当然是孙军大胜，第十师全线溃退。
卢永祥在龙华得知孙军进攻的消息，大为震惊。松江是上海的南线的门户，一旦失守，上海是无法立足的。事关全局，但是兵力已经捉襟见肘了，无奈之下他立即将所有预备队两个团派往松江前线。命令第十师十九旅旅长王宾为该路司令，死守松江。
孙传芳的进攻也并不很顺利。松江一带水网纵横，行军困难。于是孙传芳将浙江水警厅长徐则恂所部水警部队调来，参加进攻。
10月4日，孙传芳大军在水警分署长沈子翔的引导下，绕过石湖荡，进攻松隐，以抚松江之背。这样虽然在路程上绕了个大圈，但是避开大量河汊、水湾，行军比较容易。很快，前锋谢鸿勋部占领松隐城，浙军节节溃退，至5日晨，孙军对松江已形成三面包围之势。黄浦江以南的浙军被炮火截断退路，纷纷投降。当夜，孙军大举进攻，激战一晚，终于将松江城攻克。浙军继续溃退，孙军跟踪追击，迫近龙华浙军大本营。
9日，北路苏军攻占青浦，12日，占领嘉定，卢永祥被三面包围，岌岌可危。
面对严峻的形势，卢永祥于12日晚间召开全军团长以上军官会议，讨论作战方略。目前浙军各部都已经残缺不全，只有第四师陈乐山部尚属完整，所以大家都很重视陈乐山的意见。但是陈乐山却第一个表态不能作战了，并称：“为了避免士兵再做无谓牺牲，为解救战区人民于水火之中，请卢联帅牺牲一己，即日下野离沪。”
陈乐山的话犹如晴天霹雳，卢永祥沉吟良久，知道大势已去，已不容他再恋栈了。当即同意下野，并起草了通电，将前线督师的何丰林也叫回龙华，一并出走。
10月13日早晨，卢永祥、何丰林及随从人等，乘车由龙华出发，至汇山码头，登上日本船“上海丸”，直驶日本长崎。其下野通电全文如下：
“全国父老公鉴：此次江浙用兵，齐为戎首，干犯众怒，曹实罪魁，义愤所激，遂动天下之兵，交绥以来，永祥迭经宣言，愿国人负共同改造责任，良以此事成败利钝，非个人得失所关，实人禽消长是判。本最大决心，期以公理战胜，所幸将士用命，舆论赞助，鏖战匝月，彼不得逞。现在敌方因我军正面防线不能越雷池一步，乃竭数省援兵，会攻松江一隅，彼众我寡，竟迫淞沪，现虽士气奋发如故，而子弹已罄，肉搏相持，徒令师徒牺牲，心实不安。爰毅然放弃淞沪，洁身下野。伏念讨贼戡乱，匹夫与有责任。救国未敢后人，功成不必自我。兹于本日解除兵柄，对国民引咎自劾，兵士均已付托有人，必能敬守秩序，以完天职。自惭棉薄，未竟全功，殊深内疚。倘有同志友军，国中义士继起奋斗，俾****迅膺惩创，大局早庆澄清，则永祥退作平民，与有光宠矣，临电悚惶，伏希亮察。卢永祥文。”
同日孙传芳亦发出通电，宣告占领龙华，电云：
“谨布者，顷据上海宪兵司令马葆珩派冯副官来称，敌被我军攻击，节节溃退，已不成军，卢何等见大势已去，于本日通电解除职务，乘船逃走，上海制造局暂由该司令维持等语。传芳一面指定地点收容溃兵，一面饬所部停止军事行动，传芳拟即日率带卫队进驻龙华，暂维治安，以俟齐巡阅使莅止，特此电布。孙传芳。”
卢永祥仓皇弃军出走，其实在形势上还不到不可收拾的地步，当时战局虽不利，可是除了松江、青浦、嘉定被齐、孙一方占领外，黄渡、南翔、浏河、吴淞尚在卢、何一方，其部队尚完整者，包括第四师、第十师、第六混成旅及臧致平、杨化昭之军队，合计不下3万余人，大都军械齐备，子弹军实犹有余储。卢、何出走后，这些军队群龙无首，纷纷退至闸北南市一带和人民杂处。
上海租界方面耽心溃兵涌入租界，乃在交界处遍布鹿角，网以铁蒺藜，各国海军陆战队和万国义勇团亦出动巡逻，华界民居，十室九空。
卢永祥通电下野，卢部下尚有可战之兵3万负隅上海，皖系诸人是很不甘心的。一直在上海的皖系健将徐树铮利用在福建时与臧致平、杨化昭等部的渊源，出面授意这些军队准备以租界为城池，抗拒苏军，以待变化。
于是浙军中级干部召开了一次秘密会议，陈乐山、杨化昭均列席，徐树铮乘机而起。他下令将卅七团和卅九团及闽军臧、杨部下由北火车站开至麦根路潭子湾一带布防，共设三道防线：第一道距真茹约三里许，第二道距闸北约三里许，第三道在闸北。
可是由于徐树铮是住在公共租界的南洋路，公共租界工部局出面表示为了维持租界的治安，所以派了若干巡捕把小徐从10月15日起软禁在家中，和外界完全隔绝，并于20日将小徐递解离沪。皖系的最后挣扎宣告失败。
10月17日，闽浙巡阅使孙传芳和苏军第一师师长白宝山先后抵达上海，会同苏皖赣巡阅使齐燮元的代表与浙沪联军磋商改编和遣散条件，战败一方由代理第十师师长朱声广出而接洽，先自行召开军官紧急会议，大家认为卢永祥等已弃军出走，徐树铮又被扣留租界，群龙无首，再战无力，决致函齐燮元和孙传芳，要求改编败军，军队中不愿改编者，每兵给饷20元，军官按级加给。这封信交由齐燮元的驻沪代表转致。
齐燮元复函表示，愿受改编的在原防听候点名改编，不愿改编的，则给饷遣散，孙传芳亦赞同齐的决定。10月19日败军集中至龙华、吴淞、江湾等处待命。
孙传芳和齐燮元向败军发表训词云：
“国民战争无胜败荣辱可言，况此次作战官兵伤亡甚多，言念及此，不胜痛惜，想各官兵转战月余，备经困苦，各该家属定必悬念，本使等久历戎行，深知此情，有愿回家者，每兵给川资廿元，司务长卅元，排长四十元，连长五十元，其愿改编者，即可收编，无兵之官则以原薪暂行候差。本使等对于各军一视同仁，绝无歧视，幸勿观望，其各凛遵。孙传芳、齐燮元。”
孙传芳的参谋处发布结束战事的通告如下：
“各报馆均鉴：敬启者，孙巡阅使旅沪以来，积极办理善后诸事，并与齐巡阅使代表刘参谋长迭次会议，现已完全结束，各部队已于本月十九日午后起分头开拔，遄赴各地驻防，沪埠既无游骑无归之兵，则地方治安及商业市政一切自可逐渐恢复原状矣，知关廑注，特此奉闻。闽浙巡阅使署参谋处启，十月十九日。”
齐燮元亦发布结束战争的布告云：
“照得卢何构乱，浙沪被兵，讨逆兴师，事非得已，兵连祸结，徒苦我民。今兹顺逆分明，天人交应，大憝既去，弥念孑遗，本使于欣幸之余，益觉惄焉如捣，所有善后各事，业经特派专员前赴淞沪一带分别筹议，克日施行。本使日内即亲莅沪滨，躬修慰问，各该地方官吏绅耆，务当绥靖流亡，借副国家吊民伐罪之至意。为此布告，俾众周知，毋违此布。”
最先到达龙华的是援苏鄂军张允明旅，他立即收编了臧致平部两旅，自称暂编第一师。孙传芳不甘示弱，收编了陈乐山的第四师，以本师第七旅旅长夏兆麟代理第四师师长。辖方先聪第七旅、范夺魁（范筑先）第八旅，退至松江驻防整编。又有何丰林所部及地方保安团队编为一混成旅，以原何丰林旧部刘永胜为旅长，驻浦东。齐燮元欲将卢永祥的第十师就地遣散，然而驻扎闸北的各旅团拒不受命，并架炮示威。无奈之下只好任命卢永祥的旧属朱声广代理第十师师长，将部队移驻江湾。而杨化昭坚决不投降，齐燮元派出王永泉出马，好说歹说才答应将所部改编为两个混成旅，归白宝山、马玉仁收编，直至20日，各部浙军终于改编完毕。
上海战事刚一结束，孙传芳立即回师浙江，因为就在他激战松江时宁波发生了一起自治运动，急需他亲自处理。
潘国纲据守宁波，浙江一班缙绅都聚到那里竟然宣布独立，推蒋尊簋为自治委员长吕公望为军政长，屈映光为民政长。
这还了得，孙传芳急忙调浙江第二师师长周凤岐率部至宁波镇抚。他明白现在不好对浙江人下手太狠，让浙江人自己处理比较好。10月18日，周凤岐到宁波，自治军政府无权无兵，瞬间即被弭平。22日，孙传芳回到杭州。
至年底，孙传芳对浙江大致收束完毕，军政关系基本捋顺，可以稳坐浙江督理的宝座了。他这一时期一下子收编了浙军近五个师的部队，实力大增，成为江浙战争的最大赢家，离雄霸东南的目标只有一步之遥了。
孙传芳各部驻防区域如下：
中央第二师卢香亭驻杭州
第三旅杨镇东驻杭州
第四旅谢鸿勋驻嘉禾
中央第十混成旅孟昭月驻宁波兼宁台镇守使
暂编第一混成旅彭德铨驻温州
中央第四师夏兆麟驻嘉善、松江
第七旅方先聪驻松江
第八旅范夺魁驻嘉善
浙江第一师陈仪驻绍兴
第一旅石铎驻余姚
第二旅徐震方驻宁波
浙江第二师周凤岐驻杭州
第三旅盛开第驻绍兴
第四旅汪镐基驻绍兴
中央第六混成旅刘永胜驻浦东
浙江保安第一队（相当于团）统带吴殿扬驻杭州
浙江保安第二队统带刘炳枢驻杭州
浙江缉私队（相当于旅）统领王茂桐驻杭州
督署卫队团团长李宝章驻杭州