1926年3月12日，冯玉祥国民军与奉军作战期间，两艘日本军舰护卫奉系军舰进入大沽口，并炮击国民军，守军死伤十余名。国民军开炮自卫还击，将日本军舰逐出大沽口。事后，日本认为国民军破坏了《辛丑条约》，与英、美、法、意、荷、比、西等8国公使，于16日向段祺瑞执政府发出最后通牒，提出拆除大沽口国防设施的要求，并限令48小时内答复，否则以武力解决。同时各国派军舰云集大沽口，用武力威胁北洋政府。
1926年3月16、17日，在北京的国共两党开会，徐谦以国民党执行委员会代表的身份同李大钊领导的中国共产党北方区委决定组织各学校和群众团体在天安门集会。3月18日上午10时，国民党北京执行部、北京市党部，****北方区委、北京市委，北京总工会，学生联合会等团体于80多所学校共约5000多人在天安门举行“反对八国最后通牒的国民大会”，广场北面临时搭建的主席台上悬挂着孙中山先生的遗像和他撰写的对联“革命尚未成功，同志仍须努力”。台前横幅上写着“北京各界坚决反对八国最后通牒示威大会”。
****北方区委的领导李大钊、赵世炎、陈乔年参加了大会，大会主席、中俄大学校长徐谦发表了慷慨激昂的讲话，大会决议：“通电全国一致反对八国通牒，驱逐八国公使，废除一切不平等条约，撤退外国军舰，电告国民军为反对帝国主义侵略而战。”最后大会一共通过了八条决议。
大会结束后，游行队伍由李大钊率领，按预定路线，从天安门出发，经东长安街、东单牌楼、米市大街、东四牌楼，最后进入铁狮子胡同（今张自忠路）东口，在段祺瑞执政府（今中国人民大学清史研究所）门前广场请愿。示威群众公推代表去向卫士长交涉，要求开门放队伍进去，并请段祺瑞和国务总理贾德耀出来见面。段祺瑞的执政府卫队旅担心局势失控，命令预伏军警悍然开枪，以武力驱散游行队伍，结果造成当场死亡47人，伤200多人的惨剧。死者中为人们所熟知的有北京女子师范大学学生刘和珍，李大钊和陈乔年也负伤。后来军警在清理现场时，竟然将死者财物尽行掠去，甚至连衣服也全部剥光。
3月18日当日，段祺瑞及北京国务院通电谓本日惨案乃徐谦等鼓动所致，令通缉徐谦、李大钊、李石曾、易培基、顾孟余五人。朱家骅、蒋梦麟、鲁迅等几十人也上了黑名单。李大钊、徐谦、鲁迅等人被迫转移，国共两党的领导机关则迁入苏联使馆。
3月19日各地舆论纷纷谴责国务院门口屠杀，3月20日，贾德耀内阁对三一八惨案引咎辞职，段祺瑞亦下令抚恤。3月20日同日，****中央发表《为段祺瑞屠杀人民告全国民众书》，号召“全国商人、学生、工人、农民、兵士，应急起联合起来，不分党派，一致奋斗，发动一个比‘五卅运动’更伟大的运动，以雪最后通牒之耻”。3月23日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学大操场，为亡灵们举行“三·一八死难烈士追悼大会”。鲁迅题写挽联：“死了倒也罢了，活着又怎么做。”后又就此惨案连续写了七篇檄文。由刘半农作词、赵元任谱曲的哀歌唱遍京城。
强大的民意压力迫使段祺瑞政府召集非常会议，通过了屠杀首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第311条之重大嫌疑。”
1926年4月，段祺瑞执政府倒台。张作霖进京后派奉军闯进北大、女师大、中俄大学及报馆，大肆查禁进步书刊，搜捕进步人士。4月26日清晨邵飘萍被秘密处决，北大教授朱家骅、代校长蒋梦麟等遁入六国饭店再秘密离京。军警查封了《京报》馆和一批进步报刊，张学良逮捕了共产党员郭隆真。
惨案发生，世界震惊。《泰晤士报》称这次事件是“兽性”的“惊人惨案”。鲁迅称这一天为“民国以来最黑暗的一天”。中国知识分子和媒体表现出前所未有的社会良知，周作人、林语堂、朱自清、蒋梦麟、王世杰、闻一多、梁启超、许士廉、高一涵、杨振声、凌叔华等纷纷谴责段祺瑞政府。《语丝》、《国民新报》、《世界日报》、《清华周刊》、《晨报》、《现代评论》等加入谴责暴行的行列。邵飘萍主持的《京报》，大篇幅地连续发表消息和评论，广泛而深入地报导惨案真相，《京报副刊》也发表了有关文章。
中国知识阶层无论其政治观点与学术观点有怎样的不同，均纷纷痛斥执政府和“执政”段祺瑞的行为为“倒行逆施”、“暴行”，“是政府自弃于人民矣”，“是民国历史上黑暗的一页”，学人如蒋梦麟、傅斯年、周作人、林语堂、朱自清、闻一多、王世杰、许士廉、高一涵、杨振声、凌叔华、邵飘萍、陶孟和等，均有文字见诸报端；梁启超刚刚动完手术，缠绵病榻之中，犹不忘口诛笔伐；刘半农与赵元任再一次词曲璧合，哀声凄楚，传唱京城；鲁迅则有《记念刘和珍君》等文，尤为悲天悯人……民意不可违。为此，傅国涌先生称：“这个时代的知识分子即使和俄罗斯最优秀的知识分子们相比也并不逊色，在他们身上我们看到了知识分子最可贵的那些品质，他们是民族的脊梁，是我们心中永远不倒的长城，是‘真的猛士’。”
对于该惨案，《申报》给予了充分报道，1926。03。22《申报》4版《本馆要电》：3月18日，北京群众五千余人，由李大钊主持，在天安门集会抗议，要求拒绝八国通牒。当学生游行队伍到北京铁狮子胡同执政府和国务院门前请愿时，执政府卫队在不加任何警告的情况下，向请愿队伍实弹射击，顿时血肉横飞，段祺瑞政府竟下令开枪，当场打死47人，200余人受伤。北京昨各界调查、为卫队击死者、男屍有姓氏十九名、黄日葵、宋昭世、时长福、陈桂生、王庆馀、赵从愚……
当时国民军尚未撤退，完全有能力控制局势，然而，纵观事件前后国民军的种种行为颇让人费解。因此上，国民军对惨案的发生，负有一定责任。
冯玉祥宣布“下野”后，在政治上日益右倾。他指使国民军其他领导人在全力向奉直军阀妥协“求和”的同时，增大了与左翼势力的距离，以减少“****”色彩。国民军名义上的最高领导人张之江虽然还受冯玉祥的遥控，但因其所居地位而有了更大的实际权力。他追随冯玉祥多年，在政治上与冯有较多的共同点，但是无论在才干及思想的觉悟程度上，都低于自己的长官。冯玉祥在政治上有一定的时代感，努力追求新的社会思潮。张之江则不同，政治思想比较保守。五卅运动后，冯玉祥对基督教的热情已大减，下令在军中停止举行祈祷仪式。但是，张之江在国民军打下天津后，仍为胜利举行了祈祷活动。苏联顾问记述他说：“张之江将军是一个不问政治的典型军人，他给我们的印象是智力平凡，没受多少教育，但是相当坚毅果断。”国民军撤出天津后，在政治上的倒退更日益明显。其中，张之江起了重大作用。当时的舆论界对此就有明显的认识，《孤军周报》曾评论说：“一年以来，各方面均以****及勾结苏俄等名词目国民军，勾结共产党亦为各方面声讨****之罪状，最近国民军四面受敌，为将来恢复势力起见，自不能不与各方面罢战言和，而罢战言和之条件，最重要者在排斥共产党”。
3月6日，张之江分别致电段祺瑞及内阁总理贾德耀，公开表示赞同“整顿学风”。他在给段祺瑞的电报中先称，“近来嵩目时艰，忧心如捣，所尤叹息痛恨者，则学风日下，士习日偷，此诚人心世道之忧也。”他诬蔑当前有人“喜为荒唐恣肆之说，以其诙诡幻怪之闻，抨击国学，不遗余力……；并攻击男女平等说：“……今则不曰解放，即日恋爱，既已合校，复欲共妻，鹑奔狐绥，丑态秽闻……”；诋毁学生“……山膏骂人，皮口喧天，甚至忌妒异己，肆意焚掠，行同盗贼，以他人之名誉财产，任其毁伤，……社会之秩序日紊，国家之法纪荡然，人而不仁，国将不国……”；他宣称：“……窃以为中国之可虑者，不在内忧，不在外患，惟此邪说横流，甚于洪水猛兽，其毒中于人心，其祸延于百世……，万恳钧座主持正义，设法抑制，维风化而奠邦本，则国家幸甚，教育前途幸甚……”。
同日，他在致内阁总理贾德耀电报中，更直接攻击学生运动是“恶化横流，邪说暴作”，青年“狂妄恣肆，荡检踰闭，蔑男女之界限，坏礼教之大防，父兄之训不行，廉耻之风将丧，道德堕落，人格破产，流弊所及，殆有甚于洪水猛兽……”他恳请：“设法矫正，痛加针砭，勿使嚣风异习，扫荡一空，国家前途，实利赖之……”。
张之江的上述态度得到段政府的喝彩，3月9日，时任执政府秘书长的章士钊奉段祺瑞“谕”，复电张之江称“……学风败坏，由于世道人心，来电痛切言之，具见爱国忧危之意，殊深嘉许。兹事关系国家前途，至为重巨，转移自当为图根本整饬，而且目前维持秩序，转移风化，亦为地方军警之责，但使妥加防范，勿令横决，挽救自易也……”章电已表示，要用军警对学生运动施加武力镇压。
3月10日，贾德耀也复电张之江，称其“尊电痛陈时弊，垂涕而道，具征谋国之深心，先属救国之要论，所称无论时局变化以及在职久暂，一切不问，而对此根本问题，力图挽救等语，自当实力进行，以副雅意……”
3月13日张之江复电章士钊，电文说：“烦接佳电，承示执政谕，以整饬学风当先责令地方军警妥为防范，诚为切要唯学业之猖獗，由于学说之邪，则所以正人心息邪说者似尤为刻不容缓之要图，一时风习之得失事小，万世道学之绝续事大，惟执政有以匡正之……”
三·一八事变发生后，《语丝》杂志把上述电文一起发表，并加以编者按语。按语说：“我们如把上边的文章来比较，评定他的丑恶，则张之江应考第一……”。“……但我想不到实行整顿却来得这样快，就会有十八日国务院的大残杀与通缉乱党令。”
上述事实表明，正是国民军上述表态，才促使段祺瑞敢对学生下毒手。段祺瑞企图以屠杀爱国学生向帝国主义及奉系军阀示好，来换取其对自己的谅解，以求延息苟且的政治生命。段祺瑞一伙是制造三·一八惨案的元凶，国民军领导人也难逃其责。
1926年4月6日，《大公报》曾以“整顿学风电之由来”为副标题披露张之江通电的出笼，据该报称惨案发生后，中外人士均认为国民军对此应负直接责任。“然据某方消息，则谓国民军始终无此意思，固非不欲借整顿之名，稍杀一部分急进者之锐气，以挽回各方对己****诬蔑之谅解，故亦绝无因此而与彼急进者立于敌对地位之用心”。该报说，张之江之鱼电，与章士钊无关系，与马君武更无关系，实为张之江秘书长顾兆庆（顾孟余之弟）起草，亦为顾氏之造意。他原为京师税务局副局长，后由京兆薛笃弼派为宪法起草委员，开始与国民军发生密切关系。去岁十一月二十八日、九日，民众围执政府并烧毁《晨报》馆，事件发生后，他以冯玉祥曾有不满徐谦的表示，且对学风，露其不平，遂去张家口谒冯玉祥，以整顿学风之说进言，并拟一电稿示冯。但是，冯玉祥不愿意得罪教育界，搁而不发。此事乃作罢。张之江继为边防督办后，顾得薛笃弼为介任张之秘书长，因见诬国民军****者，多以国民军接近徐谦等言，意以国民军计，莫若电请整顿学风，遂以此说进“张颇然之”。顾乃呈去岁未发之电稿，张认为可行，于是将原稿以原电拍出，即至贾德耀之电；同时，对段氏之鱼电也是由他起草。此后数次与政府当局往返之电报，也都是出自其手。
上述记述表明了国民军领导人声言整顿学风的缘由，基本是可信的。电稿不论是谁起草的，均得到国民军最高领导层（张之江，也应包括冯玉祥）的同意，代表了其政治倾向，这是不容疑的。
论及国民军与三·一八惨案的关系，还有一个非常重要的问题值得探讨。这就是国民军为什么没有派军队对民众集会及游行进行保护？其是否为此对民众有过承诺？
此前，国民军均派大刀队对民众及段政府进行“保护”，惟独此次民众为抗议帝国主义罪行，声援国民军的示威游行未得到其表示。据徐谦事后发表谈话说，3月17日发生段政府卫队刺伤请愿代表事件后，时任北京卫戍司令的李鸣钟命国民军代表唐悦良在当晚给徐谦打电话，说此事件实出误会，李总监（李鸣钟也兼警察总监）非常抱歉，即将撤换政府卫队，18日请愿当不致再有冲突。同日晚，李鸣钟又派前绥远教育厅长李泰棻代表自己赴学生联合会及女师大慰问，并致歉意。3月18日，民众在天安门召开大会，事先曾向警厅报告。李鸣钟有复函，谓本日开会当派警察保护。中国国民党北京特别市党部执行委员会在惨案发生后，曾对中央执行委员会呈报了一份书面报告，在介绍惨案经过时说：“十八日上午九时，北京警卫司令李鸣钟派李泰棻来学校道歉，谓昨日府卫枪伤代表为不当，今日当加保护。”此外，报告书在谈到惨案之后国民军的态度时再次强调：“事前李鸣钟派李泰棻到学总会道歉，并用公函在国民大会上申明，今后尽保护之责。”
但是，国民军对此说却坚决否认。惨案发生后，李鸣钟及其参谋长李兴中都向各方发表声明，国民军军方并未发保证派军队保护群众开会及游行安全的口头许诺及函件。李泰棻则在《国民军史稿》中说，17日晚，李鸣钟闻政府卫队将对学生有恶意，命他去见李石曾、易培基，同时还派唐悦良去见徐谦，请他们转告学生，明日不要前往执政府请愿，以防不测。李、易均应允，而徐谦则谓不足虑。李鸣钟为此甚为焦急，又在翌晨派他至各校劝阻学生，但仍无效，惨案由是发生。
李泰棻之说显然在为国民军辩解。李鸣钟既然知道段政府卫队将有对学生进行镇压的可能，更应当派军队给学生以保护。但是，不论其是否已对民众进行了承诺，而未派军队则是事实。李泰棻说，国民军开赴前方作战，李鸣钟卫戍京师仅是绥远都署卫队一个团，不足以与段祺瑞卫队旅对抗。此说显然是谎言。国民军所应做的是，派兵给群众以保护，而不是在北京城内与政府卫队开战。当时，国民军重兵驻在京畿，段祺瑞怎敢向国民军挑衅。国民军既然知道段祺瑞要对学生下毒手，更应当主动采取有效安全措施了。国民军之所以没有如此，就是怕再由此引起帝国主义、奉直军阀及右派势力对其“****”的攻击，要向各方表示自己要与革命民众“划清界限”，与其再没有政治联系，且也未料到段政府真敢对群众进行屠杀，故才没有再派军队给民众以保护（其有自食其诺允的可能）。
惨案发生后，李鸣钟与李泰棻当即到现场，李神色惊慌地连连说：“……叫我怎么办？叫我怎么办？”他与段政府卫队参谋长楚溪春赶到吉兆胡同去见段祺瑞。当时，段正在与吴清源下围棋，见李鸣钟后大声对他说：“李鸣钟，你能维持北京治安不能？你如不能，我能撤你，我能换你，我能枪毙你！”李鸣钟在门口立正鞠躬向后退，连声说：“执政，不要生气，我能维持治安，我能维持治安。”
下午5时，段祺瑞和贾德耀在吉兆胡同召开内阁会议商议惨案处理办法。李鸣钟列席会议。段为了推卸责任，反诬群众领袖，力主从严惩办，拟就通缉令稿，于次日发表。李鸣钟在会上反对颁发此通缉令。该令电中均以军警二字代替府卫队，且指民众为共产党暴徒，加以泼罐火油，抛掷炸弹，手持枪棍等罪名，明明有假国民军者，而假其责任于京畿警卫总司令部暨京师警察厅之军警之意。所以，该令发出后，国民军对此令中所指表示不满。但是，
3月18日晚，国民军控制的警察局又派警察监视、搜查了国民党北京执行委员会，并对全市进行了大搜捕。3月19日，国民军以京畿警备司令部名义发布布告，禁止群众集会、游行，略谓：“青年人血气方刚，酿成惨剧，值此军事未定，人心惶乱，群众动作，恐引起各方误会，特郑重布告，凡我全城士庶，务必安居乐业，无得再行集会，致生事端”。然而，身为警卫总司令的李鸣钟不肯在此布告署名。因此，此布告仍以鹿钟麟的名义发出。布告发出后，国民军又没真正执行。19日下午，北京一些民众团体就又照常集会。此外，国民军领导人又托与教育界接近者，分别走访教育界要人，说明国民军的态度，望其谅解。与此同时，国民军又向段祺瑞执政府力争多次，卒令其于3月20日再下对受难群众的抚恤令。该令除仍对群众进行诬蔑外，又称：“惟当群众复杂，互相攻击之时，或恐累及无辜，情殊可悯，着内务部行知地方官厅，分别查明抚恤，其当军警因执行职务，正当防卫，有无超过必要程度，着陆军司法部查明依法办理”。国民军的上述表现是与其政治立场一致的。
冯玉祥在集宁得知惨案发生的消息后致电李鸣钟，要他“对此案务宜妥为调解，勿令各走极端，致重罹惨祸”。他虽然电斥贾德耀等助段肇大祸，瞩速自对国民表白，而对段政府的暴行没有一丝谴责之意，并于3月20日匆匆取道蒙古赴苏联。他出国虽是早已拟就的计划，但此时急忙就道显然有逃避之意。否则，他就不会在后来就此事扯谎了。冯玉祥在1926年3月26日的日记中说：“本夕阅报，始悉三月一八日北京男女学生因反抗八国‘哀的美敦书’事游行至执政府门前，被卫队开枪轰击，遂酿成三·一八惨案。”其在《我的生活》一书中又说，他到库仑后不久，“此时陈友仁、顾孟余、鲍罗廷、陈启修、徐季龙等许多国民党朋友从北平取道海参崴到广东去，经过库仑，由他们的谈话里才知道北京闹起了三·一八惨案……”两说均是欲盖弥彰，但编造消息来源时却又不一致。
全国人民在声讨段祺瑞罪行的同时，也纷纷对国民军的所为进行了严厉的谴责。甘肃外交代表团在致张之江电报中质问道：“……贵军事前既疏于防范，事后亦惟乱命是听，而置人民之哀号于不闻……”，并要求其“逮捕此次屠杀民众之祸首及其爪牙，交国民公判，并解散卖国政府，而建设国民政府”。北京大学教员在3月20日发表的宣言中说：“……国民军当局既负有保护北京市民生命安全的责任，对于此次事变的发生，直接的或间接的亦决不能不负重大责任……”。3月21日，《京报副刊》发表评论，质问张之江力请整顿学风，“不知是何居心？”批评李鸣钟“事前不能先事预防惨案之发生”，事后“又不能立将肇事之卫兵缴械查办”。最后，文章说：“国民军做事总是优柔寡断，自班师以来只有驱逐溥仪一事尚惬人意，此外，绝无积极的设施，到了此时终于闹出这样的事件，为民国史上最大污点之一”。
惨案发生后，国民党北京区执委会召开紧急会议，讨论当前局势及善后工作。在会上，有的委员提出要宣布李鸣钟是人民公敌，但经过一番争论被否决了。其在报告书中指出：“国民军现在一反以前所为，为民众所唾弃，国民军实无一自解于民众”；并在《中国国民党为段祺瑞等惨杀北京市民告全国民众》中警告国民军，“对此亘古未闻之惨剧，应立即回顾其爱国爱民之标语，依国民公意之督促，完明本案之责任，否则将自堕于段祺瑞及帝国主义分散国民军与民众势力联合之陷阱，趋入于卖国军阀之末路，而无以自解”。此时，国民党左翼领袖对国民军的将领已持不信任态度。在国民军的苏联顾问对此问题的情绪也非常激烈，曾面见李鸣钟要求他逮捕段祺瑞，在遭到拒绝后又会见李大钊，向他建议要国民军撤掉李鸣钟，把鹿钟麟调回。李大钊同意他们的看法并采纳了其意见。几天后，鹿钟麟代替了李鸣钟。尽管如此，中国共产党及国民党左翼人士，还是坚持团结国民军，建立反直奉的联合战线。中国共产党在1926年3月20日发表的告全国民众书中仍明确提出“不惜以重大牺牲，实际援助冯玉祥所领导的国民军。”