1986年12月在武汉召开的第三次金融改革试点城市会议上进一步提出：
“金融体制改革必须加快步伐”，把加快专业银行企业化步伐作为改革的头一条任务。与此相配合，要求发展多种金融机构，实行业务交叉，开展相互竞争，允许客户选银行、银行选客户，专业银行实行两权分离等。邓小平同志在12月份听了国务院领导同志关于金融体制改革的汇报后，再次强调，要把银行办成真正的银行，我们过去的银行是货币发行公司，是金库，不是真正的银行。1987年3月六届人大五次会议《政府工作报告》进一步指出，“有条件地实行省以下专业银行、保险公司等金融机构的企业化，逐步做到独立经营、自负盈亏”。至此，我国基本明确专业银行改革的主要目标是实现企业化经营，这是我国金融体制改革的重要组成部分，也是把银行办成真正的银行的必然途径。
我国银行企业化改革目标明确提出，改革就是要按照社会主义市场经济体制和市场金融组织体系的要求，将我国的银行改造为自主经营、自负盈亏、自求平衡、自担风险、自我约束和自我发展的具有独立法人地位的金融企业，改变多年来半行政、半企业的性质，就是要把银行建成真正的企业，实行企业化经营，为中央银行实施间接金融宏观调控提供完善的微观基础，也为社会资源的有效配置和资金流向的合理引导创造有利条件。
要达到银行企业化改革的目标，就要按照以下原则来进行经营管理活动。
（一）以利润最大化为经营目标
银行是经营货币商品，从事资金买卖的金融法人，它所经营的一切业务活动都是商业行为。它以资金为商品，利率为价格，交易为方式，借贷而不是分配供给。它遵循资金供求的基本规律，实现从资产到负债的不断周转，最大限度地降低风险，争取最大化地实现利润，从而实现资产的不断增值。它是金融市场中的微观主体，也是社会经济中的融资和结算中心，具有连接政府与市场、宏观与微观的功能。它不承担宏观调控的职能和任务，而是根据中央银行发出的政策信号，按照自身利益的所在，调整业务规模、结构、资金投向和利率水平等，从而将中央银行的政策意图传导给市场与企业。
（二）按照市场法则进行经营管理
以利润为经营目标的金融企业，具有一般企业的基本特征，也就是要恪守市场原则，实现自主经营、自求平衡、自负盈亏、自担风险。在市场经济中，银行一般不能得到政府的补贴与保护，只能以自己的经营利润，维持自己的生存和发展。其方式是通过资金的合理投向与尽快回收来取得，这要求银行按市场法则自主经营、自求平衡、自负盈亏、自担风险，成为自我约束的独立的经济法人，摆脱行政干预，根据资金的供需状况和企业的经济效益自主决定资金投向和利率水平。同时，要创造一个优胜劣汰的银行竞争制度，从根本上保证银行体系的运行效率。
（三）实行资产负债比例管理
银行企业化改革就是要按照商业银行经营的根本原则，“安全性、流动性、效益性”要求，实行资产负债比例管理。安全性是经营的前提，流动性是实现盈利和安全的手段，效益性是经营的目的。其中任何一点的有所偏废，都会影响银行经营的正常进行。为此，商业银行必须按照《巴塞尔协议》要求，实行资产负债比例管理，保持适当的资本充足率，合理调节资产负债结构，形成良好的自我补偿机制。
四、我国银行企业化改革的初步成果
我国专业银行的企业化进程是逐步深入展开的。1994年前，这一进程较为缓慢，但仍取得了不少阶段性的成果，并且，为国有银行下一步的企业化改革创造了条件。
（一）专业银行的恢复与二元体制的形成
我国金融体系改革的思路是按照市场化取向的要求，借鉴国际做法，破除原有的单元银行体制，建立“二元银行制度”。即，一方面建立我国的中央银行制度；另一方面建立我国的专业银行体系。至中国建设银行的成立，我国初步形成了二元银行体制，包括一家中央银行和四大专业银行，每家专业银行的业务各有侧重，又相互交叉，另有一些金融机构作为这个金融体系的必要补充。专业银行的分设打破了大一统的银行体系，形成四足鼎立的专业银行格局，形成了金融竞争格局。新的银行体系建立后，理论界关于银行性质的认识渐趋于一致，多数人认为，中国人民银行作为中央银行，是国家管理金融事业的国家机关，而国有专业银行基本上是一种经济实体，即经营货币的特殊的国有企业。新的银行体系的建立和对银行性质的重新认识，是专业银行企业化改革的关键一步。
（二）新型商业银行的诞生和发展
1980年代中期，为实现经济和金融改革的协调，打破按行政区划设置机构、按行业分工、以条块为主的资金调配格局，在金融领域引入竞争机制，开通新的资金融通渠道。我国决定采取“农村包围城市”的方法，建立新型的商业银行，增加专业银行的竞争对手，以样板的力量来推动专业银行的改革。但又可避免率先对四大专业银行进行改革的困难，如历史遗留问题不易解决、现实的政策性借款要求无法回避等。
1984年，国务院金融体制改革研究小组提出要建立多种金融机构，通过竞争建立新型银企关系、新的银行组织体系和管理模式。1985年，“七五计划建议”的通过，标志着中国金融体制改革进入实质阶段，该“建议”明确强化中央银行调控职能，建立多种金融机构，运用多种渠道融资，实行专业银行企业化经营，允许它们的业务交叉。此后，一批新型的商业银行应运而生，包括重新组建交通银行、全国性和区域性商业银行、大型企业（集团）发起组建新的商业银行，以及城市合作银行相继成立。
这些新建的商业银行按照企业化机制组建和经营，所以具有以下这些特点。
1.产权关系清晰，制约力强新型商业银行的资本结构大多是以公有制为主体的股份制，由国家控股、地方财政入股、企事业单位参股组成。如此组建方式决定了其产权关系的清晰，并为其从企业经济效益的角度来进行日常经营和管理奠定了基础。
2.运行机制合理，进入良性循环的轨道新型商业银行不承担国家政策性贷款业务，很少受政府的直接干预，也不像国有专业银行那样依赖国家保护，所以基本建立了自主经营、自负盈亏、自担风险、自求平衡、自我约束和自我发展的运行机制。
3.人事制度灵活，有利于人才的脱颖而出新型商业银行按照现代企业制度的要求，进行人事管理制度的创新，采用灵活的人员聘任制和行员制，甚至还取消了过去的行政级别制，这就形成了一个激励员工奋发进取的环境，从人事制度上保障银行的企业化经营。
4.业务经营多元，内部管理严密新型的银行大都以严密的风险管理制度和以资产负债比例管理为核心的内部管理条例为基础，不断开拓金融业务和提供新的多功能、全方位的金融服务，具有较高的经营管理水平。
这些新的商业银行的组建和发展，不仅给国有银行的发展带来了业务上的竞争，增加了其加快企业化改革的压力，而且为其企业化的改革和发展提供参照的坐标。
（三）1994年前国有银行全业化改革
1.实现业务的适度交叉和适度竞争
我国四大专业银行成立初始有着明确的分工，即中国工商银行为专营城镇居民人民币储蓄业务和工商企业信贷业务的专业银行；农业银行为专营人民币农村储蓄业务和农业及乡镇企业、农户贷款业务的专业银行；中国银行为专营外币存放汇业务的专业银行；中国人民建设银行为专营人民币基建信贷业务的专业银行。国家以法规形式明确这些分工范围，并配有何种企业必须在哪家专业银行开户的明确规定。但实际上从专业银行始建的1985年，这种业务分工限制已被打破，出现“农行进城”（即农业银行发展城市业务），“工行下乡”（即工商银行发展农村业务），建设银行发展短期流动资金贷款业务，“中行上岸”（中国银行经营境内人民币业务），所有专业银行都经营储蓄和外币存放汇业务，并且一业为主、全面交叉。这种格局满足改革后多元化经济主体的多样化需求。同时，企业客户也可以自由选择开户银行，这就促使专业银行之间形成客户和业务竞争的压力，迫使他们竞相改善服务，革新操作手段，努力开拓业务，带动金融业的发展。
2.加强财务管理和经济核算随着金融改革的深化，银行的经营意识逐步加强。四家国有银行先后将其运营模式由三级管理、一级经营改为一级管理、三级经营。各级分支机构在一定财务范围内进行独立核算，实行利润留成制度和承包责任制，并下放了部分财权。各家专业银行还推行行长责任制，完善多种形式的目标经营责任制以及单项承包责任制，以不断完善权责利相结合的经营责任制。
3.建立贷款管理的制约机制为实现贷款决策科学化，提高贷款使用效益，并从制度上保证金融系统的廉政建设，防止由于信贷人员个人素质缺陷造成贷款决策的失误，各银行先后将原来的“贷前调查、贷时审查、贷后检查”制度，改变为“审、贷”分离制度，大大提高了贷款的安全和效益。
此外，各行还在不同程度上进行了劳动、人事、用工制度的改革以及资产负债比例管理的试点工作。
（第四节）我国银行深化改革的主要困难
我国银行业的改革涉及我国社会经济文化的各个方面，它不仅需要企业的改革与之配套，还需要社会信用制度和信用意识的支撑，因为信用制度和信用意识是商业银行运行的基础，这就决定了我国商业银行改革的深化还将面临许多困难。
一、存在大量的不良债权
我国专业银行的不良资产一直是其商业化转制的主要障碍。这种不良资产表现为国有企业与国有商业银行之间的巨额不良债权债务，它不仅拖累了国有企业改革的深化，而且阻碍了国有银行的商业化转制，加大金融风险。据中国人民银行统计，1997年我国各银行贷款余额中，不良贷款约占25%，其中逾期两年以上的呆滞贷款约占5%—6%，预计无法收回的呆账贷款约占2%，这些已超过银行的自有资本总额。1999年已经有不少学者撰文证明四大国有银行的不良贷款绝对额达6000亿元，其中逾期两年以上的呆滞贷款和无法收回的呆账达10%以上，是国际货币基金组织出示黄牌警告的五个国家之一。我国国有银行净资产已经远远小于按25%计算的不良资产，因此在“技术上已经破产”。
银行业不良贷款90%以上集中在四家国有银行。大量贷款流失和沉淀，严重影响了银行资金的周转，降低了银行的盈利水平。造成这种情况的直接原因是国有企业负债率过高、资本金严重不足。当时，国有企业平均负债率在75%以上，流动资产负债率更高。许多企业资不抵债，特别是那些效益差、长期靠银行贷款支持度日的老国有企业，以及1980年代初“拨改贷”以后建设起来的一批几乎完全没有资本金投入的国有企业，如不计算可能有的资产重置价格升值，它们基本上是零净资产或负净资产的企业。本世纪初，我国国有商业银行仍有25%左右的不良贷款率。人民银行要求国有商业银行今后几年不良贷款比例每年下降2—3个百分点，用3—5年时间，把不良贷款率降低到10%以下。
巨额不良债权使银行经营环境恶化，严重阻碍了银行自身的发展和银企关系的正常化。尽管在1999年确定以债权转股权，建立金融资产管理公司等方案来处理不良资产，2000年大量剥离国有银行的不良资产，但是，对这种方案实施效果的评价还要待以时日。这就是说，我国专业银行在转轨过程中所面临的这一个主要难题还没有得到根本的解决。
二、国有银行的股权高度集中
真正的商业银行是责任有限的股份制银行，而不是股权主要为国家控制。
因为政府为主的控股难以真正做到政企职能分开。真正的商业银行也是以社会信用为基础的中介组织，而不像我国的专业银行那样，以政府信用为基础，近两年出于对信贷风险的防范，对工商企业的信用贷款比重大大降低，不管什么样的贷款都要求财产抵押或担保，银行似乎成了当铺。这就决定了我国目前的商业银行只是在法律上，而不是在运作机制上成为真正的商业银行。而要成为真正的商业银行的关键在于将四大国有银行改造成股份制银行。
国有银行进行股份制改革的难点不仅在于前面所论及的、至今未能妥善解决的坏账和尚未摆脱的政策性业务，还在于需假以时日，才能改善居民金融意识淡薄，容易产生信任危机等问题。长期以来我国公众已经形成了这样的心理定势，认为国有商业银行是国家独资的大银行，不会发生任何危机，在这种认识基础上，如果对国有商业银行进行股份制改造，必然会增强部分居民对国有商业银行信心。这也决定了我国国有商业银行产权制度改造必须瞄准这个方向，做好长期渐进的准备，积极稳妥缓慢地释放国家垄断所积聚起来的风险，公众将逐步认识和接受市场经济存在的各种不确定因素，以及由此可能带来的损失。至今，我国已经有了十几家股份制银行，它们具有代表银行股份制发展方向的意义，但是，国有独资银行的股份制改造仍将待以时日。
三、扭曲的政银关系
政企合一、政资合一、官商合一是我国计划经济的一大特征，也是国有经济低效率的症结所在。尽管我国已经成立了政策性银行，但四家国有独资商业银行仍然承担着一些政策性业务，不仅原有的政策性业务没有全部划转给政策性银行，新的政策性贷款还在发放。如“救灾贷款”、“特困企业贷款”等，这就导致政银合一的延续。
诚如前述，彻底分开政策性金融与商业性金融是推进我国银行商业化改革的重要条件。在政策性业务和商业性贷款业务之间的划分还没有规范化，两者没有形成独立运转的资金体系之前，我国商业银行还要承担政策性贷款业务，这就使得它们的运作要受国家产业政策或其他因素约束，从而偏离了它们自己的盈利目的，商业银行就难以成为真正的经营货币和信用的特殊企业。同时，商业银行承担政策性业务由国家各级经委、计委审批项目，做出决策，但由商业银行承担项目的风险，我国商业银行因此承担过多的风险，在审批决策和承担风险两者背离的情况下，政策性贷款中的相当部分很容易转化为商业银行的不良资产。
四、扭曲的银企关系