1956年5月，毛泽东在最高国务会议上提出“在文学艺术和学术研究中应该实行‘百花齐放，百家争鸣’”的方针。所有这些都给师生员工以极大的鼓舞。他们为党中央对知识分子的关怀和信任而深受感动，一致表示要努力工作和学习，使教育工作适应社会主义建设的需要。当时学校出现一派欣欣向荣的景象，师生员工政治热情高涨，每个人、每个单位都订出提高的规划，在此基础上又制定了学院十二年的远景规划。在执行规划的过程中，出现不少先进人物，武汉水利学院出席全国英模大会2人，出席省市先进工作者会议2人。
四、贯彻执行中央“百家争鸣”的方针，开展科学研究
在“向科学进军”的号召和“百家争鸣”方针的鼓舞下，广大教师积极开展科学研究活动，大家在提高教学质量的同时，写出了大批论文和专著。1956年10月华东水利学院召开了第一届科学报告会，1957年5月初，武汉水利学院召开了第一次科学讨论会。
（第四节）学习《关于正确处理人民内部矛盾的问题》和开展整风反右派斗争
一、学习《关于正确处理人民内部矛盾的问题》
1957年2月，毛泽东发表了题为《关于正确处理人民内部矛盾的问题》一文，武汉水利学院和华东水利学院根据中央的指示，组织师生员工学习《关于正确处理人民内部矛盾的问题》。
深刻理解《关于正确处理人民内部矛盾的问题》发表的伟大意义，并认真学习毛泽东提出的教育方针。
毛泽东明确提出：“我们的教育方针，应该使受教育者在德育、智育、体育几方面都得到发展，成为有社会主义觉悟的有文化的劳动者。”通过学习，广大教职员工进一步明确了培养什么人的问题是教育部门必须正确解决的问题，社会主义国家的教育必须培养为社会主义服务的人。但是由于我们思想认识上的片面性，有时因强调思想政治工作而忽视文化科学知识学习，有时因重视文化科学知识学习而放松思想政治工作。我们必须认真吸取教训，全面理解和贯彻全面发展的教育方针。
毛泽东在总结新中国建立后教育工作正反两方面经验的基础上，回答和解决了在社会主义社会时期，青年一代成长的方向。
他强调提出：“没有正确的政治观点，就等于没有灵魂。”要求青年应当努力学习，除了学习专业之外，在思想上要有所进步，政治上也要有所进步。在学习中，大家认识到毛泽东把德育放在首位，把有社会主义觉悟作为前提，这鲜明地体现了社会主义教育的本质特征，给青年的成长指明了方向。
毛泽东强调青年要树立劳动观点，使自己成为一个建设伟大祖国的劳动者。通过学习，广大教师干部从思想上明确了，社会主义教育要培养的人才，是既有社会主义的思想觉悟，又有文化知识的体力劳动和脑力劳动相结合的新一代劳动者。
在学习中，大家逐步认识到，毛泽东提出的教育方针是马克思主义和中国教育实际相结合的正确方针，是长期指导我国社会主义教育的方针。通过学习，进一步提高了广大教职员工贯彻教育方针的自觉性。这对于两所学院全面贯彻教育方针，培养社会主义建设人才起了重要作用。
二、开展整风反右派斗争
为了解决党内脱离群众和脱离实际的官僚主义、宗派主义和主观主义，中共中央决定在全党重新进行一次普遍的、深入的反官僚主义、反宗派主义、反主观主义的整风运动，提高全党的马克思主义的思想水平，改进作风，以适应社会主义改造和社会主义建设的需要。1957年4月27日中央政治局会议通过了《中央关于整风运动的指示》关于整风的要求，《指示》指出：应当以毛泽东2月在最高国务会议上和3月在中央宣传工作会议上所作的两个报告为思想指导，“把正确处理人民内部矛盾的问题作为当前整风的主题”。关于整风的方法，《指示》指出：“这次整风运动。应该是一次既严肃认真又和风细雨的思想教育运动，应该是一个恰如其分的批评和自我批评的运动。”开会应该只限于人数不多的座谈会和小组会，应该多采用同志间谈心的方式，而不要开批评大会，或者斗争大会。应放手鼓励批评，坚决实行“知无不言，言无不尽；言者无罪，闻者足戒；有则改之，无则加勉”的原则。关于这次整风的范围，《指示》指出：“应该首先从县级以上、军队团级以上的党的组织以及大的厂矿和大专学校的党的组织开始，并且应该首先从检查领导干部的思想作风开始。”
要贯彻整风和工作两不误的原则，使整风运动的进行同工作的改进结合起来，同人民内部矛盾的具体解决结合起来。
中共中央关于开展整风的指示发布以后，华东水利学院和武汉水利学院党委认真贯彻中央指示，召开各种座谈会向教职工征求意见，学生也积极参加提意见。学校领导建立了整改小组，及时整理群众意见进行研究。
正当整风运动开展的时候，极少数资产阶级右派分子向党和社会主义发起进攻，掀起了一股反党反社会主义思潮。针对这种情况，中共中央决定开展反右派斗争。《人民日报》发表了题为《这是为什么？》的社论，指出：在“帮助共产党整风”的名义下，少数右派分子向共产党和工人阶级的领导权挑战。他们企图乘机把共产党和工人阶级打翻，把社会主义伟大事业打翻，拉着历史向后倒退，退到资产阶级专政。可是他们忘记了，今天的中国已经不是以前的中国，要想使历史倒退，最广大的人民是决不许可的。这就宣布了反右派斗争的正式开始。
此后，中央连续发出指示，指导全国开展反右派斗争。根据中央的部署，整风运动中断，反右派运动陆续在全国展开。武汉水利学院从7月3日至10月底止，开展了4个月的反右派斗争，全院有194人被划为“右派分子”，当时被划的“右派分子”占全院教职员工总数的66%，这些人都在不同的范围内受到批判斗争。华东水利学院从6月26日至8月26日开展了反右派斗争，全院批判斗争了22个“右派分子”。
由于错误地估计形势，无根据地夸大右派的力量，严重地混淆了两类不同性质的矛盾，特别是用大搞群众运动的方式进行清理内部的敌人，造成了反右派斗争严重扩大化，产生了严重后果。1981年6月27日，党的十一届六中全会《关于建国以来党的若干历史问题的决议》对1957年的反右派斗争作了正确的结论，《决议》指出：“在整风过程中，极少数资产阶级右派分子乘机鼓吹所谓‘大鸣大放’，向党和新生的社会主义制度放肆地发动进攻，妄图取代共产党的领导，对这种进攻进行坚决的反击是完全正确和必要的。但是反右派斗争被严重地扩大化了，把一批知识分子、爱国人士和党内干部错划为‘右派分子’，造成了不幸的后果。”
1959年国庆十周年前夕，根据毛泽东的提议，9月16日中共中央、国务院作出了《关于确实表现较好的右派分子的处理问题的决定》。9月17日中共中央下发了《关于摘掉确实悔改的右派分子的帽子的指示》。11月2日中共中央还作出了《关于摘掉右派分子帽子的人员的工作分配和生活待遇的规定》。从此，武汉水利学院和华东水利学院分期摘掉了一批右派分子帽子。党的十一届三中全会以后，对全部被错划的右派分子进行了平反。
1957年7月，在一次研究全党整风和反右派斗争的省市委书记会议上，毛泽东对全党整风部署作了调整，他指出，整个整风过程分为四个大阶段：大鸣大放阶段，反击右派阶段，着重整改阶段，每人研究文件、批评反省、提高自己阶段。武汉水利学院和华东水利学院于1957年秋季开学后，按部署进入了着重整改阶段。这个阶段主要做了这样几件事：（1）采用大鸣大放大字报的群众运动方式揭露问题，提出整改意见，然后由院领导整理归纳成若干专题，再后按专题开座谈会研究解决，向群众公布解决方案，征求群众意见，进一步完善方案，再按方案进行整改。
（2）根据整风运动的指示和《中共中央关于各级领导人员参加体力劳动的指示》，学校开展了精简机构、干部下放和进行劳动教育的活动。华东水利学院精简下放123人，武汉水利学院下放108名教职工。学生则在校内安排参加公益劳动或就近参加农业生产劳动。
（3）改进领导作风。各级领导接受群众批评，在一定范围公开自我检查，提出改进意见，有的院领导兼任学生班主任，参加政治课教学等。
（4）批判资产阶级思想。在学生中开展了红专大辩论，学生就“红与专”、“政治与业务、技术的关系”等问题开展大辩论。
（5）进行社会主义教育。根据高等教育部《关于在全国高等学校开设社会主义教育课程的指示》的规定，各年级普遍开设“社会主义教育”课程，内容以《关于正确处理人民内部矛盾的问题》为中心，同时阅读一些必要文件和马列主义经典著作。要求学习必须联系学生的思想实际，用无产阶级思想批判资产阶级思想、小资产阶级思想，学习时间为1年，每周8小时，原教学计划安排的四门政治课全部停开。