《苏报》案发前，爱国学社社员曾有风闻。早先，清政府派江苏候补道俞明震“检查革命党事”，俞明震思想开通，对倡言革命的知识分子不无同情。他一到上海，马上去拜访陈范，陈推说出门，不见。俞明震通过儿子俞大纯约见了爱国学社教员、《苏报》的重要撰稿人吴稚晖，透露了捕人的信号，吴稚晖出逃，《苏报》主持人陈范去了日本，蔡元培也避往青岛。当时章太炎如果想逃，机会也是有的，但他不逃，租界巡捕来时，他迎了上去，指着自己的鼻子说：“我是章太炎，要抓就抓我，别人都不在。”，随即被捕入狱。
然而作为《苏报》主笔的章士钊却不在被捕名单之列，因此他也就没有被拘捕。后来据章士钊自己在《苏报案始末记叙》中解释，他当时一个人掌理《苏报》笔政，竟然逍遥法外，主要原因是俞明震的有意保护。他原来是南京陆师的学生，深受俞明震的赏识。虽然在1903年的学潮中，他带30多名同学集体退学，进入上海爱国学社，还曾多次在报上抨击俞明震，但俞明震读了只是置之一笑。拘捕名单上没有章士钊的名字，显然是俞明震有意安排的。
随后不久，帝国主义悍然由租界会审公廨判决章太炎监禁三年，邹容监禁两年。陈仲彝、钱宝仁、程吉甫三人，因无关紧要，被关押四个月后即被释放。
在入狱期间，章太炎和邹容毫不畏惧，仍与革命派保持联系，继续坚持斗争。
《苏报》案发后，《新闻报》刊载了《论革命党》一文，诬蔑革命。章太炎在狱中看到后，立即作书痛加驳斥，指出苏报案是“逆胡挑衅”、“盗憎主人”，认定对满清政府只能进行革命，“不能变法当革，能变法亦当革，不能救民当革，能救民亦当革”。自己入狱并非个人之不幸，而是“满洲政府与汉种四万万人构成此大讼”，他坚信“天命方新，来不复远，请看五十年后，铜像巍巍立于云表者，为我为尔，坐以待之，无多聒聒可也。”这篇文章在《苏报》刊载，文章发表后的第二天，《苏报》就被查封了。
章太炎在狱中看到了《江苏》杂志刊载了自己的学生柳亚子的《郑成功传》，于是立即给予鼓励。柳亚子在清光绪二十九年（1903年）加入中国教育会，不久到上海入爱国学社，开始革命生涯。他受教于蔡元培、章太炎，并与邹容结为好友。苏报案发生后，他退学回乡。柳亚子曾为《江苏》、《苏报》、《醒狮》、《民吁日报》等革命报刊撰写了大量宣传民主民族革命的政论文章和诗词。章太炎对柳亚子在教育会“爱国诸君，飘摇失所”的情况下，仍能尽力维护并坚持从事革命活动，也给予了肯定和高度的评价。
章太炎还为章士钊在日本出版的《孙逸仙》一书题词，题词中称颂郑成功、洪秀全，贬损清朝统治者为“索虏”。
1903年7月19日，参与唐才常主持的自立军事件的沈荩被人告发，遭到清政府逮捕，7月31日在狱中被杖毙。8月2日，《大公报》发表了沈荩的绝命词四首。消息传到狱中，章太炎和邹容无比愤慨，立即同声谴责清政府的滔天罪行。章太炎写为此赋诗一首：
不见沈生久，江湖知隐沦。
萧萧悲壮士，今在易京门。
魑魅羞争焰，文章总断魂。
中阴当待我，南北儿新坟。
此诗发表在8月14日的《国民日日报》。8月23日，上海各界在愚园举行沈荩追悼会，章太炎以其如椽大笔写下悲愤的祭文。同年，章士钊编写的《沈荩》一书出版，章太炎再次提笔作序。
邹容也写出了题为《和西狩〈狱中闻沈禹希见杀〉》的诗句：
中原久陆沈，英雄出隐沦。
举世呼不应，抉眼悬京门。
一瞑负多疚，长歌召国魂。
头颅当自抚，认为墨新坟。
诗中的沈禹希即沈荩，西狩是章太炎的署名。全诗爱憎分明，从容慷慨。通过这首诗，邹容表达了自己悼念烈士，痛恨清王朝的感情，表明了为革命牺牲的壮志，呼唤人民继续他们的革命事业。
当时改良派在知识分子中还有一定的市场，他们以维新变法“古有名训”为名目压制革命，章太炎在狱中援引古籍对改良派予以了痛斥，公开论战。
章太炎与邹容被捕后同囚于捕房，二人互相写诗鼓励，激励斗志，共作绝命词三首：
1
击石何须博浪椎，
群儿甘自作湘垒。
要离祠墓今何在，
愿借先生土一坯。
2
平生御寇御风志，
近死之心不复阳。
愿力能生千猛士，
补牢未必恨亡羊。
3
句东前辈张玄著，
天盖遗民吕晦公。
兵解神仙儒发冢，
我来地水火风空。
这三首《绝命诗》联句表达了章、邹二人高尚的理想，坚强的信念和视死如归的精神。
在租界监狱，章太炎与邹容坚持斗争，因此受到不人道的待遇，经常遭受狱吏的侮辱，动不动就遭拳打脚踢，吃的是霉烂变质、难以消化的食物。章太炎曾经绝食七天抗议，表示誓死推翻清政府的决心。
1905年2月，离两年的刑期期满不到三个月的邹容因不堪折磨而不幸病倒，章太炎再三向监狱长交涉，要求找医生为邹容治病，竟被无理拒绝，直到病情十分险恶，才允许保释就医。然而会审公廨同意将邹容保释出狱的前一天，在服用了工部局医院的一包药之后，邹容竟于4月3日凌晨去世，死时年仅20岁。人们都怀疑他是被中外反动势力毒杀致死。噩耗传出，中国教育会立即为他开追悼会。遗骸由革命志士刘季平冒险运出，安葬于上海华泾乡。南京临时政府成立后，临时大总统孙中山批示：邹容“照陆军大将军阵亡例赐恤”。邹容以短暂的年华，为中华民族的解放和人民的自由幸福，建立了不朽的勋绩。
章太炎于1906年刑满出狱后，被驱逐出租界。孙中山将其迎去日本，参加同盟会，继续从事革命活动。此后，章太炎曾任《民报》主编、《大共和日报》主编，并参加讨袁活动、护法运动。“九？一八”事变后，主张抗日救国，谴责蒋介石“攘外必先安内”的政策。1936年6月14日在苏州病逝。
会审公廨——中国法律的尴尬
《苏报》案发生之后，为了禁绝反满革命言论，清政府曾极力主张通过外交途径从租界引渡《苏报》案的涉案人员回南京审讯，并想按照传统文字狱的酷刑予以凌迟处死。中外舆论为之哗然，新闻界开始介入和关注。正所谓“弱国无外交”，由于《苏报》案发生在租界内，又有会审公廨的存在，这使清政府的绝对权力失去了随心所欲的用武之地。
清廷的总理各国政务衙门虽知国际法中引渡制度的存在，但却对引渡制度中“政治犯不引渡”的例外条款不甚了解。此外，有的国家法律还规定倘若有证据表明被引渡者在引渡国无法受到公正的审判的话，可以拒绝引渡要求；还有的国家法律规定对被引渡人可能被判处死刑的，也不予引渡。《苏报》案的涉案人明显属因言获罪，清政府当时提出的引渡理由也是在报纸上攻击政府。在西方人的人权观念中，因在报纸上发表对政府不满的言论而面临审判，甚至可能遭受凌迟、株连九族这些违反人道主义酷刑的制裁，是不可理喻且难以容忍的，因此遭到租界当局的拒绝。这对于清政府来说是莫大的耻辱，列强的这样一些主张，分明是在侵夺中国的主权，特别是司法主权。
清政府不肯就此善罢甘休，于是围绕引渡一事与租界展开了一场马拉松式的艰难交涉。清廷甚至还想以劫囚的下策把章太炎、邹容这两个要犯劫持到手上，但因工部局巡捕房看守得非常严密，计划未能实施。清廷于是又派袁树勋同各国驻沪领事谈判，甚至不惜以出卖沪宁路路权为交换条件，力求把章、邹等人引渡到手，杀一儆百。正当这时，发生了上文曾提到的沈荩一案。
沈荩是湖南善化（今长沙市）人，字愚溪，原名克诚。戊戌变法时，与谭嗣同、唐才常等交往甚密。变法失败后，留学日本。光绪二十六年（1900年）春返回上海。与唐才常等共同组织正气会，后改名“自立会”，任自立军右军统领。事败后，继续从事反清活动。1903年初，天津《新闻西报》披露了沈荩搜集到有关《中俄密约》的内容。国人无不愤怒，指斥清廷卖国，由此还引发了前面提到的南洋公学退学风潮等一系列的爱国学生运动。而当时的日本留学生在日本发起了一个更大的拒俄运动，发展到最后甚至成立了学生军。由于清廷和日本当局的妥协，日本当局便不允许有这样的活动。于是这些抗俄学生就成立了一个团体，叫做军国民教育会。使得国内、国外遥相呼应，给清廷增加了压力。清政府恼羞成怒，于是将沈荩逮捕入狱，处以死刑。恰逢慈禧万寿庆典，不宜公开杀人，遂改判立毙杖下。于是，刑部的官吏用竹鞭捶击沈荩，酷刑连续四小时，打得沈荩血肉横飞，惨不忍睹，沈荩骂声不绝，尚未气尽，最后竟被绳索勒死，时年31岁。
沈荩是中国第一位殉职的新闻记者，他为中国近代的新闻事业献出了自己宝贵的生命。他的死也对租界当局最终拒绝引渡章太炎、邹容等产生了直接的影响。沈荩惨死后，驻北京的公使夫人曾会同向慈禧施压。天津、上海、广州等地的报纸纷纷刊出报道和评论。清廷想以此作为一个例证，给章太炎、邹容一个压力，但没有想到的是，此案在报纸上刊登后，得到的却是相反的社会评价结果。沈荩一案的结果使得列强更为敏感，也使得清廷和列强的交涉更加困难。因此，在经过两个多月翻来覆去地讨价还价、密谋筹商之后，清廷最后放弃了引渡《苏报》案犯的努力。
清廷本拟借《苏报》案以兴大狱，杀害章太炎、邹容等一干革命人士，使参与爱国学社、张园集会、拒法抵俄等活动的人们畏惧后退，并遏制《革命军》、《驳康有为书》、《苏报》等反清书刊的流行。因此，它不惜放弃历来矜持的天朝体统，雇请律师，与《苏报》案的“钦犯”章、邹公堂对簿，在上海租界会审公廨打了一场独特的官司。
会审公廨又称会审公堂，是1864年英、美、法三国要挟清政府同意，在外国租界地设立的特殊审判机构。会审公廨制度派生于领事裁判权，是由英国政府驻上海领事与清朝地方政府官员以补充章程的方式确立。1867年，英国领事文极司脱和上海道应宝时商谈组织正式法庭事宜并订立章程10条，经英领事同意后报总理衙门及各国公使核准。经过两年的修改，《洋泾浜设官会审章程》于1869年4月20日正式公布生效，此章程成了会审公廨这一公共租界里畸形司法制度的主要法律依据。当时的所谓会审公廨名义上还是中国上海道在租界开设的机构，专门处理租界中国居民刑民案件的审讯。但由于租界实际上是“国中之国”，不但捕人要经各国领事同意，审讯也要外国领事派人陪审，所谓的“会审”只是空有其名，审判的主动权完全被外国领事所操控，这项制度本身就是对中过司法主权的干涉，中国的法律在这里遭遇到了前所未有的尴尬。
公廨名义上是清王朝在租界设立的最基层的一个法庭，实际上外国享有治外法权，朝廷的权力难以企及。这样的案子实际上是个笑话，中国政府在自己的低级法庭与中国人打官司，难怪章太炎会这样说：“噫嘻！彼自称为中国政府，以中国政府控告罪人，不在他国法院，而在己所管辖最小之新衙门，真千古笑柄矣。”
1903年7月15日上海租界会审公廨开始会审《苏报》案，一场以清政府为原告，以章、邹等为被告的特殊审讯开始。事实上，事情到了这个地步，审判的结果已经不重要了。以堂堂一个至高无上的清政府去壮告它治下的“草民”，不论结果如何，清廷注定是输家。
清政府指控章太炎《驳康有为书》中直呼光绪皇帝为“载湉小丑”是“大逆不道”，对此，国学造诣雄厚的章太炎当庭辩解：“我写的《驳康有为论政见书》里边确实有这样的话，叫做载湉（载湉就是光绪帝的名字，在传统帝制社会，皇帝的名字是不可以直呼的）小丑，未辨菽麦，小丑当‘类’字讲，当小孩子讲，说这没什么不可以的，至于名讳，我不知道有什么名讳？”至于邹容《革命军》中的激烈言辞是无可辩解的，可没想到邹容只承认著书却不承认印书，说《革命军》书稿系放在纸篓中被别人偷去私印的，自己并不知情。此类戏剧性的辩护内容当时被报章广为转载。
1903年12月清政府不顾各界反对，单方面拟定判决章太炎、邹容终身监禁。也许，比之当年对吕留良们的刨棺戮尸、株连九族来，清政府觉得已经是委曲求全、格外开恩了。但这个判决所立即招致的中外各界抗议之强烈，仍超乎他们的预料，已达到朝廷无法承受的程度了。于是，在各方面的压力下，1904年5月终审判决改为：邹容监禁二年，章炳麟监禁三年，《苏报》永远停刊。
《苏报》案是中国报业史上一场难忘的文字狱，是帝国主义和封建势力联合镇压爱国革命运动的事件，它第一次给腐朽没落的中国封建社会注入了法治的理念，也使中国的大地上出现了民主的曙光。