毛泽东在领导全党整风的过程中，还随时注意运动中出现的偏差。他针对运动中出现的极端民主化的干扰，于1942年3月底在改进《解放日报》工作座谈会上指出，绝对平均主义、极端民主化观念和“冷嘲暗箭”的办法，是从不正确的立场说话的。批评应该是严正的尖锐的，但又应该是诚恳的坦白的与人为善的。他的讲话，防止和纠正了极端民主化的倾向。
在整风运动期间，中共中央各部委和延安的一些机关、学校还从1942年12月开始，进行了审查干部工作。本来，通过学习提高以后，党的组织对自己的干部进行审查既是正常的，也是必要的。但是一些预想不到的原因使审干发展成反特斗争。特别是在1943年7月15日中央总学委副主任、中央社会部部长康生在延安干部会上作报告，提出“抢救失足者”以后，错误进一步发展，形成了所谓的“抢救失足者运动”。审干，特别是“抢救失足者运动”，虽然也清查了一些真正的特务，但严重扩大化了，通过“逼、供、信”的错误方法，制造了一大批冤假错案，使许多革命者和进步青年蒙受不白之冤。
毋庸讳言，毛泽东对此也应负有一定的责任。1943年8月15日，毛泽东主持制定的《中共中央关于审查干部的决定》，开宗明义，第一句话就是“特务之多，原不足为怪”，并说：“特务是一个世界性群众陆的问题，不认识此点，就不能采取正确的方针。”这反映了毛泽东对形势估计过于严重。随着审干运动和“抢救失足者运动”的发展，党内和根据地内受到打击的对象越来越多，对立情绪也越严重。任弼时发现问题后及时报告给毛泽东，任弼时在反映情况的基础上，并提出制止错误做法的意见。毛泽东采纳了任弼时的建议，并着手纠正那些错误做法。但在关键时刻，毛泽东又犹豫了一下，认为不能给群众运动泼冷水。这样，尽管隋况有所缓和，但事态并没有彻底扭转过来。
毛泽东经历过第二次国内革命战争时期恶劣环境的严峻考验。那的根据地肃反扩大化的教训永远难以队他的记忆中抹去。毛泽东经过瞋重考虑，于1943年7月1日提笔写信给康生，指出，防奸工作的两条路线——正确路线是：百长负贡，自己动手，钡导骨十与厂大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。
错误路线是：逼、供、信。我们应该执行正确路线，反对错误路线。
7月30日，毛泽东再次重申了防好工作的正确路线，指示要停止“抢救失足者运动”。中共中央根据毛泽东提出的防奸工作的正确路线，制定了审查干部的九条方针。8月15日，中共中央通过《关于审查干部的决定》，重申了九条方针。但是，康生不执行正确路线，大搞逼、供、信，而且开始大量抓人和杀人。毛泽东知道这些消息后，及时制止，并于1943年10月9日明确提出“一个不杀，大部不抓”的肃反方针，避免了更严重后果的出现。
从1944年春起，中共中央开始对受冤屈的同志进行甄别平反。4月，毛泽东约见李克农、周兴和师哲等人，专门谈论逼、供、信的问题。毛泽东开门见山地表示对各类口供的真实性持怀疑态度。他回忆起江西肃反的经验教训，说，在江西反AB团时，每一个犯人也都有口供。半夜三更，我睡不着觉，悄悄地走到审问犯人的地方，用舌头将窗纸舔了一个洞，偷偷地看，看见审讯人员正在摘逼供信，我才知道了AB团是怎样出来的。毛泽东问李克农等是否也在搞逼供信。当毛泽东知道审讯科长是江西过来的，送给他的口供材料是这位审讯科长提供的时，毛泽东似乎明白了什么。他说，你们送来的6份口供，我只看了1份，第二份我就看不下去了。以后也不要给我送来了。毛泽东继续解释他为什么不想看这些口供，说，是因为这些口供像写文章、小说，不像口供。他反问李克农、周兴和师暂，这些口供，每一句话，每一字都是真实的？没有一句话、一个字是错的。有人回答，一句两句错，恐怕难免，但这无关紧要。毛泽东听后说，如果有一句是假话，会不会有十句假话？有十句假话，会不会有一段假话？有一段假话，会不会全篇是假话？写口供不是写小说，不能编假的。你们回去对犯人说，一个字如果是假的，就改正一个字；一句话是假的，改正一句话；一段话是假的，改正一段话；全篇是假的，那就全部推翻。你们把他们的口供交给他们，叫他们自己改，要说明一个字、一句话都不要假的。毛泽东最后强调，我们要弄清的是真反革命，不是假反革命；要的是真材料，不是假材料。你们要搞清楚，口供是从哪里来的，绝对禁止用刑逼供。要让犯人讲真话，绝不允许讲假话。保卫工作要坚决一个不杀，大部不抓。要严格把好关，不要冤枉一个好人。毛泽东的一席话使李克农等深受教育，茅塞顿开，也使全党受到教育。
毛泽东还亲自抓各种案子的甄别工作，一边甄别，一边平反。1943年底，延安大学合并到行政学院。这里被审查过的同志意见很大，有些同志给毛泽东、周恩来写信申诉，说他们不是特务，不是国民党，不是三青团，但挨了整，被戴上特务、国民党、三青团的帽子，要求党给他们作出实事求是的结论。毛泽东投到信后，亲自到行政学院，在1000多名教职员工和学员大会上讲话，说在审于中，伤害了不少好同志，冤枉了好人。这像洗澡，为了消毒，在水里放些灰锰氧，但放多了，烧坏了皮肤，这很快会好的。他还说，有些好同志被戴了帽子，我们党是实事求是的，帽子戴错了就要把它摘下来。并说，有反必肃，有错必纠，这叫实事求是。现在要对审查过的同志进行复查，甄别定案，错了的平反纠正，帽子戴错了摘下来，放下包袱，轻装前进。听了毛泽东讲话以后，学院选调了一批干部，和专门机关相结合，开展甄别定案工作。这项工作在毛泽东的关心下进行得很顺利。
1945年初，毛泽东在中央党校给五部、六部的同志作报告，讲到审干问题时，对运动中出现的错误作了全面的分析，以严以律己的精神主动对错误承担了责任。他说，我们对错误的本身要加以分析，一个叫做坏处，一个叫做好处，坏处是犯了错误，好处也是犯了错误。要从错误中总结经验，给人戴错帽子的同志，以后给别人戴帽子时，你就要注意慎重；被戴错帽子的同志也得到了一条经验，以后你们不要乱给别人戴帽子，因为你自己吃了亏，以后要谨慎。有了这两方面的经验，将来我们到北平、上海、南京去审查干部，做反奸工作就会好得多。在会上，毛泽东把手举到帽檐下，对被戴错帽子的同志行礼说：现在，我把戴错了的帽子给你们取下来，向你们行个礼，赔个不是。接着他又说，你们该还我一个礼吧，你们不还礼，我这手就放不下来了。这时全场爆发出热烈的掌声。不久，毛泽东又在党的七大上，对审干中的扩大化问题，再次公开作了自我批评。他说，我们各个地区在肃反运动中走过弯路，我也走过弯路。这次整风审干，使一些同志受了委屈。当他讲到这甸话时，举起右手，沉重地说，我向你们道歉！毛泽东这种胸怀，再一次深深地感动了全场代表。
整风运动过程中发生的审干和“抢救失足者运动”只是一个小小的插曲，它丝毫不影响整风运动的伟大意义，不影响整风运动的主要目的的实现。
整风运动的主要目的是扫除主观主义、宗派主义和党八股，通过学习马克思主义、学习党的历史、学习整风文件，统一全党对王明“左”右倾错误的认识。1941年5月以后，毛泽东一面主持编辑中共党的历史文献《六大以来》和《六大以前》，一面号召和组织党的高级干部学习理论，并有针对性地研究党的历史问题，总结党的历史上因主观主义、宗派主义错误而带来的严重危害及其历史教训。
1941年9月10日至10月22日，中共中央召开的政治局扩大会议，在毛泽东主持下检讨了党的历史上的政治路线问题。会议对党的历史上的重大问题作出初步结论，认为：一、第二次国内革命战争后期的“左”倾错误，从六届四中全会开始了，从“九一八”以后则发展为路线错误；二、以博古为首的临时中央的组成，王明负有重要责任；三、王明到苏联后，虽然在一些具体政策问题上和五中全会以后的中央有不同看法，但在形势的分析和政治法线上是完全相同的，并且一直给予了很大的支持；四、抗日战争时期，王明负责长江局工作期间，也犯有严重错误。与此同时，毛泽东几次同王明谈话，进一步明确指出王明在1937年12月中央政治局会议上的发言和武汉时期都有错误，即在政治上犯有带原则性的错误，组织上有闹独立性的错误。具体地说，就是：“（1）对形势估计问题一主要表现为乐观；（2）国共关系问题一一王明在统战下缺乏独立性与斗争性；（3）军事战略问题一一王明助长了反对洛川会议的独立自主的山地游击战的方针的思想；（4）组织问题——长江局与中央关系是极不正常的，常用个人名义通电给中央和前总，有些是带有指示性的电报，不得中央同意，用中央名义发表了许多文件，这些是极不对的。”不难看出，毛泽东是希望通过揭露和批评王明的历史错误，来教育全党，达到破除迷信，解放思想，清除王明等人的影响的目的。
在整风运动中，王明一方面表示接受毛泽东的批评，“以毛泽东为模范”，“始终追随毛泽东为毛泽东伟大事业而奋斗”，并且公开申明拥护“以毛泽东同志为首的中共中央”和它的“惟一正确政治方针”。另一方面，又企图为自己的错误辩护。
1943年9月上旬至12月初，中共中央连续召开了三次政治局会议，讨论王明在土地革命战争时期和抗战初期的错误，总结党的历史经验。许多同志在会上发言，批评了王明的错误，有的同志还作了自我批评。毛泽东在会上发言强调：检查王明的错误，要用历史的方法，从实际出发的方法，自我批评的方法。全党要团结，我们的标准是，把党斗好，不是斗翻，这次要避免历史上错误的斗争方法，要实行惩前毖后，治病救人的方针。这时王明因病未参加会议，毛泽东多次去看望他，并派人去听取他的意见。周思来也去探望，有时和他交谈达5个小时之久。经过细致的工作，王明的思想认识有了一定的提高，并承认了自己的错误。后来在中共六届七中全会讨论通过《关于若干历史问题的决议》时，王明写信给中共中央，表示完全拥护决议，承认犯了“左”倾路线错误。
1943年10月10日，中共中央决定高级干部进一步研究和讨论党的历史问题，整风运动转入第三阶段。1944年4月12日，毛泽东在延安高级干部会议上发表《学习和时局》的讲演，对高级干部讨论党的历史中涉及的一系列问题，发表了重要的看法。他指出：对于任何问题应取分析态度，不要否定一切，不要不作反复深入的分析研究，就对于复杂事物作绝对肯定或否定的简单结论。这次整风，是要着重地清算1931年至1934年的“左”倾错误。但他提醒大家注意，对于这个时期中央的领导路线问题，应作两方面的分析：“一方面，应指出那个时期中央领导机关所采取的政治策略、军事策略和干部政策在其主要方面都是错误的；另一方面，应指出当时犯错误的同志在反对蒋介石、主张土地革命和红军斗争这些基本问题上面，和我们之间是没有争论的。即在策略方面也要进行分析。例如在土地问题上，当时的错误是实行了地主不分田，富农分坏田的过左政策，但在没收地主土地分给无地和少地的农民这一点上，则是和我们一致的。”毛泽东人情人理的分析，既为全党总结党的历史经验，认识历史上的“左”右倾错误提供了基本方法和基本思路；同时又如春风细雨给过去犯错误的同志以真诚的安慰，许多过去犯错误并排挤过毛泽东的同志为毛泽东的坦诚而感动，因而深刻地作了自我批评。这些又使毛泽东由衷地感到高兴。
整风运动中延安是主战场。各根据地的领导先后回到延安，毛泽东总是怀着久别重逢的喜悦心情迎接来自前线或国民党统治区的战友。1943年8月，周恩来偕邓颖超由重庆返回延安。毛泽东率在延安的中央委员、高级干部2000余人参加由中共中央办公厅举行的欢迎晚会。陈毅是毛泽东在井冈山时期的老战友了。自1934年红军长征后，两位老战友一别多年。延安整风期间，陈毅回到延安。久别重逢的老战友相见，毛泽东格外高兴，对陈毅的到来，表示热烈欢迎，并询问陈毅分别后的情况，陈毅一一作答。通过整风学习，陈毅对自己在井冈山时期与毛泽东的误会有了新的认识，他找毛泽东谈自己的认识，并多次在公开场合作自我批评。毛泽东说，认识了，就好了，过去了的事情就让它过去。
凯丰在第二次国内革命战争时期犯过“左”倾错误，而且在遵义会议上是顶毛泽东最厉害的一个，甚至到1935年的瓦窑堡会议还声称要“走着瞧！”
在整风过程中，他认识了王明的“左”倾错误，也认识了自己的问题，作了深刻的检查。毛泽东既往不咎，非常信任他，让他作中共中央宣传部代部长。毛泽东几次作整风的报告，都是凯丰主持的。
在经过几年整风的基础上，1944年5月21日，中国共产党六届七中全会在延安开幕。在全党学习党史，总结历史经验的基础上，经过近一年的讨论，全会通过了《关于若干历史问题的决议入《决议》清算了党内历次机会主义错误，特别是王明“左”倾机会主义错误。从政治、军事、组织和思想各方面深刻地批判了王明“左”倾机会主义错误及其危害，分析了产生错误的社会根源、历史根源和思想根源，提出了克服的方法。使全党在马克思列宁主义、毛泽东思想的基础上达到团结和统一。《决议》的制定和通过都倾注了毛泽东的满腔心血。《决议》的通过标志着整风运动的基本结束。
毛泽东发动和领导的延安整风运动在中国共产党的历史上写下了光辉灿烂的一页。它像一部播种机，把马列主义、毛泽东思想播送到每个革命者的心田上，培育了党的实事求是、群众路线的优良传统和作风；它像一座熔炉，锤炼出成千上万的干部，使全党空前团结一致；它像一盏明灯，照亮了前进的航程，为抗日战争以至民主革命的最后胜利奠定了坚实基础。而这一切都是与毛泽东的名字联系在一起的。
文艺领导的纲领性文献发表
毛泽东为总结文艺领导工作，发表了这篇非常重要的谈话，尽管有不同议论，但它仍成为毛泽东文艺思想的纲领性文献，在全党整风运动中，延安文艺界的整风占有重要的位置。毛泽东也为此付出了大量心血。