日军官兵们从西方画报上看到美英舰队的照片，见官兵们对军舰上的大炮的态度很随意，不是骑在上面，就是在上面画裸体女人，而日本海军的大炮上，却很庄重、“尊贵”地刻画着天皇的菊花纹章。他们由此认为，美英如此随便，如此不“尊重”大炮，和中国清朝北洋水师在炮管上晾内裤，把烟叶末子撒了一甲板的作风，没有什么区别，自然也不会有战斗力。即便有那么一星半点儿，在他们那已经被山本训练得出神入化的夜战技能下，也会化为乌有。
到了1942年上半年，日军怀着这种狂妄自大的心理，接连出击，占领了荷属东印度，还将中途岛以西的几千座海岛以及3000多万平方公里的海域尽收囊中。
从日本各地寄给山本的信函，仿佛樱花一样纷纷飘落到“长门”号上。一夜间，山本被推崇为日本的“海军之花”。
可是，愈成功，愈危险，一想到美国有可能闯到东京去实施报复（山本断定美国人是有仇必报的），山本就觉得连这花儿也是黯然失色的了。他认为现在是应该停战的时候了。
“日本赢不了这场战争，如果把吞下去的东西全吐出来，美国会同意谈判的。”至于把哪些“东西”吐出来，包不包括中国、朝鲜，他却止住不言了。
怀着极大的忧虑和畏惧心理，山本很反感日本的喜庆局面。他在写给姐姐的信中说：“国民盲目乐观，终日吵吵嚷嚷，议论纷纷，像是怎么的了似的……我看大可不必。”
在写给日本驻中国的上海舰队司令古贺峰一的信中，他仍反复诉说此事：“就像被豢养的家犬狠狠地咬了自己的手一样，美国不会甘心，不久就会进兵日本本土。国内民众吵吵嚷嚷，实为轻佻，倘传到国外，并非好事……胜了，也没有什么了不起，倘失败了，各种议论、指责、埋怨就会扑面而来。所以，我的心情并不愉快。”
山本对大本营的宣传造势更是不满，他公开说：“愿意报道就原原本本地报道，用不着大喊大叫故意鼓动人们……吹牛说大话，有害无益。”他每一听到有官兵称日本联合舰队为“无敌舰队”，就面露不悦之色。
可是，就在他如此担忧和焦虑的情况下，他仍然在制订下一步入侵计划。
同时，为了防止美国对日本本土实施空袭，山本在距本土600～700海里的位置，设立了巡逻线，还要求日军占领中途岛，以便发现、阻止驶往日本的美国舰队，但大本营认为这是庸人自扰，不，是“天”人自扰——此时的山本已被尊奉为战神了。
大本营不当真，山本却是当真的。这位总是在女人身上动心思的海军大将，给一位与他关系深厚的艺妓丹羽美智写了一封信，说：“敌人还没有前来空袭，是敌人本身的错误，（日本）应该去感谢美国……到敌人前来轰炸的那一天，国民们不把责任都归咎于海军，我便足矣了。”他告诉丹羽美智，城内的人最好把财产都转移走，人也避到僻静的乡下去。
如果按照山本的劝告行事，也许日本的确会减少一些损失，但遗憾的是，没人相信他的话。
1942年4月18日，天刚蒙蒙亮，一架日军侦察机突然发现，一支美军舰队正向日本的方向驶来。侦察员将情况汇报给山本后，山本当即断定，美军的目标定是东京！他下令，尽全力拦截！轰炸美军航母！
美军舰队这时陷入了危险中，因为事实正如山本所料，有16架准备轰炸东京的B-25轰炸机正整齐地摆放在航母甲板上。按照计划，飞机到东京扔下炸弹后，因路途遥远，无法再飞回美国，所以，将飞往中国浙江和江西的机场降落。但是，现在距日本本土还有700海里，如果于此放飞16架轰炸机，就意味着飞行员们很可能飞不到中国机场，轰炸也无法在夜间进行，这次袭击也就相当于自杀性袭击。如果继续前进200多海里，在预定区域放飞它们，那么，飞行员生还的希望就很大，到达中国机场的机会也很大，但有可能付出的代价却是航母上几千名官兵的性命，牺牲美国航母50%的作战力量。
权衡再三后，舰队指挥官终于忍痛下达了放飞的命令。早晨8点钟，他把从前日本赠与美国的“日美亲善纪念章”及各种勋章，交给负责此次行动的陆军航空参谋詹姆斯？杜立特尔中校，让他把这些鬼玩意儿从东京上空扔还给背信弃义的日本小人。
杜立特尔接受了任务。然后，他转身面向他的飞行员，说：“死神将会迎接我们……我们的燃油每一加仑都是计算好的。我们不得不在白天轰炸日本，而且没有一架战斗机护航。有谁害怕吗？”
世界陡然静下来，静得连声音都是透明的了。也许，没有人是不害怕的，但是，却没有人退缩。
8点15分，杜立特尔率先起飞了，随后，其他飞行员们跟随着他，也按序起飞。机身上携带着大量炸弹，炸弹上还有他们用粉笔写的字，如：“我不是要火烧世界，我只火烧东京。”他们穿行在了浓浓的海雾中。他们的内心或许仍是紧张的，但他们的行动却是果敢的。
在3个小时的飞行中，他们一直贴在波浪上超低空慢速飞行，以便节约油料，这使得16架轰炸机看上去像一群迁徙的海鸟。之后，他们终于看见了日本海岸。至此，山本已经无能为力了。
来到日本领土，杜立特尔原以为会遭到地面扫射，但却是多虑了。当飞机从田地上掠过时，农民们还向空中挥手致意，他们以为是日本飞机，他们从未想过山本的“癫狂之语”会变成事实。
但稍后，一件惊险的事情发生了。对面有两批日本战机飞过来。是准备截击他们吗？杜立特尔很紧张，硬着头皮继续前飞。
倏地一下，日机毫不犹豫地掠过去了。原来，日机飞行的位置比美机高出大约500米，没有看见在它们身下溜着边飞行的美机。虚惊一场。
又是半个小时过去了，杜立特尔一行进入了东京。就在这时，又一件令人难以置信的事情发生了。他们再次遇到了迎面飞来的日本飞机，而且，机上正坐着一位大人物——日本首相东条英机。
在交错而过的一刹那，就好像光阴回转了一样，双方都产生了一种异样的感觉，先是觉得对方的飞机怪怪的，接着，双方飞行员都看清了对方的脸，顿时都猛醒过来。飞机却已如离弦之箭一样倏地远去了，彼此安安静静，一弹未发。
杜立特尔惊魂甫定，觉得事不宜迟，他下令立即向东京投弹。
随着一枚枚500磅的炸弹轰然坠地，这个大约有800万人的城市，顷刻间响起了呼喊声、叫骂声，各个街道的人都交叉着胡乱奔逃。虽然整个轰炸过程仅仅持续了30秒钟，但沉浸在山本的胜利幻境中的日本人，还是被火光和浓烟惊扰得万分恐惧。
空袭后，杜立特尔率机撤向中国的南昌机场。一路上，甚是艰难，不仅要躲避日军本土部队的高射炮和飞机拦截，还要应付长途飞行。虽然南昌相对于美国来说，距日本要近一些，但也要花费很长时间。在飞行了13个小时后，飞机的燃料耗尽，他们在浙江西部跳伞降落。
16架轰炸机上，共有80名飞行员，其中1人在跳伞时遇难，2人失踪，8人被日军俘虏。在这8人中，裕仁天皇指示日军枪毙了3人，另外5人中，1人被虐死在狱中，4人在战后被解救出来。还有1架飞机在中途飞到了海参崴，苏联将机上的5个人扣留了一年零一个月后，将其释放。另外的64人都幸运地在中国着陆了，并先后返回了美国。
为了报复中国与美国的“串通一气”，在此后的几周内，约10万侵华日军受命在江浙地区烧掠作恶，残害了大约25万中国人。
此次空袭，对东京造成的物资损失很小，不过，东京大本营在发表了“损失甚微”的声明的同时，竟说：“击落敌机9架。”朗朗乾坤，清清白日，如此厚颜扯谎，让一些日本平民也难免愤愤然，嘲讽道：“皇军是不是击落了空气？”
不可否认，空袭对日本人的心理打击是巨大的，山本自觉无地自容，再三向裕仁天皇上书请罪。
5月2日，他又给驻扎在中国的古贺峰一写了一封信，说：“空袭一事，给人一种感觉，好像一个自鸣得意、飘飘然的人，突然上了别人的当那样尴尬……更令人遗憾的是，竟连一架敌机也没击落，实在有失国体。”
空袭迫使海军将两艘大型航母及大批舰只留在了日本海附近，这无形中牵制了山本在太平洋战场上的兵力。
为了进一步确保本土的安全，海军军令部和山本决定，加速实施控制澳大利亚珊瑚海的计划，夺取莫尔兹比港和图拉吉岛，将以拉包尔为中心的日本防御体系扩大。然而，山本自以为隐秘的计划，实则已经尽为美国人所知。
玄奥出在“伊-124”号潜艇上。
1942年1月，日本“伊-124”号潜艇到澳大利亚海域布雷，被美加联军击沉。但它沉没的地方只有几十米深，潜水员用了不到两个昼夜的时间，就把它打捞了上来，从舰上找到了日本战略密码本、技术密码本。而山本对此一无所知。因此，当他于5月3日占领了图拉吉岛后，立刻招致了袭击，出现了伤亡。
此后，双方舰队都拼命地在茫茫大海中寻找对方航母，欲图轰炸，但好几次都因为厚厚的雨云和浓雾的影响而错过了。
5月7日，他们各自寻找了一天，到黄昏时仍然没有结果。
此时，气候突然变化了，天地间扯起一片狂风，大朵的乌云涌出来，吞噬了镶着金边的落霞，沉甸甸地栖在海浪上，仿佛就要坠落到深海中，能见度变成了零。
山本派出的一群侦察机因气候突变，陷入了困顿懊恼中，正在茫然逡巡时，无意间遇到了美军的一群侦察机，双方由于都没有找到对方的航母，飞行员们都憋了一肚子气，这下便怀着蚀骨的仇恨朝对方冲过去，杀气腾腾地在空中上下翻滚，你追我击，子弹噼啪四溅。转眼间，就有9架日机在空中解体，残骸纷纷落在了海水中，其余的日机撤退了。
天已经完全黑下来了。美机返回到“列克星敦”号航母上。航母上的模糊光亮，好像是从天空的缝隙中泄漏出来的微光，有一种温暖和安全的感觉。不一会儿，航母上的信号观察员却突然吃惊地瞪大了眼睛，他看到又一群飞机正朝航母飞来，准备降落到甲板上。就在他努力反应着这是哪里的飞机时，领机已进入了航母的降落航线。
怎么回事？航母上的很多官兵都注意到了这些黑夜里的“来客”。当他们看到正在降落的飞机打开了航标灯时，猛然意识到，是日机！是刚刚被美军打散的日军侦察机！因为美军飞行员在降落时从来不开航标灯。
原来是找错家门了。甲板上的美军士兵不约而同地开始射击，有好几架日本飞机直接栽进了海里，只有6架伤痕累累地挣扎着飞走了。
5月8日的战斗依然难解难分，由于过于激烈，双方都有些难以撑持。几乎是在同一天下午的同一个时间，双方指挥官都不约而同地发出了同样的命令：撤离。
这场珊瑚岛大海战，双方损失相当，没有分出明确的胜负。但山本因为没有达到自己的目的，心中的挫败感却因此而加重了。
代号“AF”
虽然山本为自己是个“暗杀者”而感到耻辱，但是，当受害者前来报仇时，他也为自己未能尽情杀戮而感到耻辱。珊瑚岛海战后，山本五十六感觉颜面尽失，因而，他决定亲自指挥“AF”之战。
他将200多艘舰只和700多架飞机，分编为6支作战队伍，第一主力编队由他指挥，第二支机动舰队由南云忠一指挥。
部署就绪，他在晚上给艺妓河合千代子写了一封信，说：“对这次出征作战，我并没有寄予多大的期望。道路崎岖坎坷，已到顶点……我在呼唤着你的名字，热吻着你的照片，消磨着这难熬的时光。”
在没有绝大胜算的情况下，就去贸然进攻“AF”，这只能解释为山本已经陷入了疯狂的歇斯底里状态。
但是，“AF”究竟是指什么地方呢？
对于这两个字母，美军很眼熟。在美军情报组截获的日本联合舰队的电报中，里面频繁出现这两个字母。但情报组的工作人员在废寝忘食地工作后，仍未能破解出它们代表的含义。
情报组负责人罗彻福特看着这两个简单的字母陷入了冥思苦想中。
“AF”，“AF”……突然，有一个情报人员想起来，日军在偷袭珍珠港时曾使用过这两个字母。
大家立刻振作起来，开始翻查一摞摞的电文，最终找出了那份电文，只见上面写着：命水上飞机到“AF”附近的一个小岛上，由潜艇补充燃料。
根据调查，这个小岛就位于夏威夷和中途岛之间，罗彻福特由此断定，“AF”就是中途岛的代号。
但毕竟只是猜测，万一判断失误，后果将极其严重。那么，如何才能证明“AF”就是中途岛呢？
罗彻福特想来想去，遂让驻守在中途岛基地的美军指挥官拍发了一份明码电报，说中途岛的淡水蒸馏设备发生了故障，请求供应淡水。两天后，日本联合舰队果然截获了这份电报，并将这一情况又用密电拍发给了下属各个舰队。这条密电被罗彻福特情报小组截获，只见上面写着：“据报‘AF’缺淡水……”
“AF”之谜被彻底揭开了，“AF”就是中途岛！
中途岛位于太平洋中的波利尼西亚群岛，西邻珍珠港，岛上有美军在1903年建成的海军基地。如果该岛失守，美军就无法派遣侦察机巡逻，自然也无法掌握日本舰队的动向。美军于是开始了军事部署。山本因为毫无察觉，仍于5月29日率舰队倾巢而动。
好像祸不单行似的，就在突起的惊涛骇浪的颠簸中，山本突然患了胃病，脸色灰黄，无精打采。海面上接连几天都是大雨如注，小雨就算是好天气了，能见度极差，舰队转着圈地找加油船，也没找到。加油船也找不到山本的舰队，逼得没有办法，只得向山本舰队报告了自己的位置，这使得山本强调的无线电静默被打破。
一旦无线电静默被打破，美军就有可能截获日军的信息。山本隐约感觉到，或许，美军已掌握了他的行动。
他想起了一个飞行员不久前遭遇的一件事。当时，飞行员到理发馆去理发，理发师表情神秘地跟他说了一个“绝密”的悄悄话：“又要打大仗了！是中途岛！”小道消息比公函还来得快，如此不像话，又是如此令人困惑。但他原以为“绝密”只是在日本人中间小来小去地流传流传而已，而现在，他却有一种直觉，美国人应该也是知道的。近日，日本舰队截获的美军从夏威夷发出的180份电报中，竟有72份都是急电，这足以说明了问题的严重性。
但是，山本并没有将截获的这些情报转发给南云，他想当然地以为，行进在他前面约600海里的南云，也会截获这些情报。而事实上，南云所在的旗舰“赤城”号上的无线电接收能力很有限，根本捕捉不到美军的电讯，南云对美军的异动一无所知，而这一切，导致了南云几乎全军覆灭的结局。
6月3日，漫天的白雾与海面连成了一片，由于分不清东南西北，南云舰队的飞行员无法进行攻击，只好在舱室里打扑克。山本所在的海域，尚且晴朗，雾气很薄，流岚很快消散了。这一天，他的舰队又截获了一条情报，显示美军的舰队可能从夏威夷驶向中途岛了。但他依然没有知会南云。