11月28日，到了山下为自己申辩的时间。检察官果然像滨本预料的那样向他发问了。在接连3天的时间里，山下也像滨本设计好的那样回答了。而且，他不仅声称自己无罪，还辩称自己从不到马尼拉城里去享受好生活，以避免打扰马尼拉人民的生活。
山下极力想逃脱刑罚，试图恢复自由身。
其实，对于死亡，他不是完全没有想过。当年他从中国战场调到菲律宾战场时，他的夫人正准备去哈尔滨购买毛皮大衣，得知他即将调任马尼拉，还要求他把她留在牡丹江，因为牡丹江的生活条件远远好过了东京，他却低声道：“不，如果反正是死的话，还是在亲兄弟的土地那边好吧。”那时因为还没有死到临头，所以说过了也未深究，而现在却真的到了生死关头，他唯一的反应就是无耻抵赖。越无耻，越抵赖。越抵赖，越无耻。把旁听的菲律宾人气得都瞪起了眼睛，恨不能剜死他。
山下此举还引起了英军的强烈愤怒。几天后，还没消气的英军，派参谋瓦尔德来到监狱，对山下说，即便马尼拉法庭宣判他无罪，英国也会马上把他捉到新加坡去，在新加坡召开军法会议，照样把他判死！
你就等着吧！瓦尔德说完后气鼓鼓地走了，背影还充满着愤懑。
瓦尔德也是新加坡作战失败后，扛着白旗向山下投降的人之一，所以，他对山下的愤恨，大概也只有死刑能够平衡了。
12月5日，马尼拉法庭再次开庭。
至此，法庭记录已达4000多页，证物也有400多项。检察官喀少校在论罪量刑时认为，山下犯有过失致死罪。
既然是过失致死罪，那么，应该只判5年左右的徒刑吧。没想到喀少校接着说，应判绞刑。
其他法官都感到很意外，决定暂时休庭，再统一一下意见。
12月8日星期五下午2点钟，对山下的最后一次审判开始了，但只持续了15分钟就结束了。
庭长雷诺鲁兹宣读了判决书：“因部下一人犯了残杀或强奸罪，便把指挥官也看成杀人犯、强奸犯，是不合理的；但是，发现了这样的犯罪行为，而指挥官却没有加以取缔，那么，指挥官对部队的不法行为就必须负责……”
随后，雷诺鲁兹准备宣读最后的判决。这时，山下却提出请求，说自己有一篇小文，想宣读一下。雷诺鲁兹同意了。
这是一篇誓言，在朗朗乾坤下把罪行歪曲成了无罪。同时，还表达了对法庭和辩护人的感谢。
一字一句，雷诺鲁兹都仔细地倾听着。短文读完后，他看了看山下，然后，用英语招呼了一声“山下将军”，便开始宣读：“本法庭同意起诉书指控的情形判为有罪，宣告判处绞刑。”看来，短文没有起到任何作用。
山下似乎很怀疑自己的听力，他向左手边的翻译滨本询问。滨本低低地说：“是上吊啊。”
“啊，是吗！”山下下意识地说。然后点点头，心里翻腾着，想道，今天是12月8日，4年前的这一天，日军正在袭击珍珠港，盟军专门选了这个特殊的日子让他上吊去，不是报复是什么。
山下回到监狱后不久，他的6个辩护人来走访了。一进去，参谋长武藤就蹦出来叫道：“为什么不让像军人那样，被枪打死！”听这话的意思，好像不是反对死刑，而是不满被勒脖子。
山下却一句话也不说，完全消沉了。他把箱底都掏出来，挨个分发遗物。为他辩护的6位美军军官也都有份。
大号的皮带给了肥胖的中校：“这个你可以扎得上！”
皮靴的刺马针给了一个高个子：“你是骑兵，这个合适。”
一枚圆圈里刻有“福”字的金币，给了一位少校：“这上面，写着给你的幸福。”
临死寄望“乳房教育”
宣判后，山下奉文等人被移送到了位于马尼拉北部的一个收容所。将官的帐篷，位于收容所的中央位置，名叫“17号帐篷”。周围的帐篷里，安置着其他战犯和日侨。
山下的帐篷，依旧是独立的，周围安插着带刺的铁丝，与其他人隔离开了。他换上了蓝色囚服，和老部下们只能隔着铁丝对望。有一段时间，他被禁止戴老花镜，所以，张望的时候，那一对铜铃鼓眼，显得怪怪的。
为山下辩护的6位美军军官，不知是否有感于山下的馈赠，有3个人已经飞往华盛顿去了。山下通过他们，向美国最高法院递交了一份请求，要求延期处刑，被按战俘而不是战犯来对待。
一个星期后传来消息，美国最高法院将于1946年2月4日重新下达判决。山下豁然轻松了一些。有时，他会和一位名叫赫尔曼的看守军官套近乎。因军官是德籍美国人，所以，他蹲在地上，一边用小石子摆出菲律宾的战况，一边用德语解说。
但2月4日，山下被告知，请求被驳回了。驳回的理由是，此案属军事审判对象，超出了最高法院的管辖范围。
山下不甘心，垂死挣扎，又向杜鲁门总统提出请求，但也被驳回。麦克阿瑟还发表声明道：“……其犯罪，乃对文明之耻辱……”并禁止山下穿军服，勋章和其他物品均被收缴。
消息蔓延开后，山下彻底蔫了。他的老部下仍在散布谣言，说盟军对山下的审判，是在一种兴奋的气氛下进行的，充满了偏见，“这令人不禁想到，近来在不大受尊敬的某些国家所惯用的做法……如果为了处理战败的敌将，在正式合法的手续的掩盖下，进行复仇和报复，这种精神的遗毒将是无穷的。”
这种话传扬开来，被置若罔闻，多数盟军士兵和菲律宾人都觉得，和日本人是没法讲道理的。
1946年2月22日晚上8点钟，山下被送出了收容所，乘车来到位于马尼拉南郊的行刑地——罗斯？巴尼约斯。
山下穿着草黄色的衬衣和裤子，看起来脸色也有些焦黄。看守他的军官赫尔曼问他是否还有什么需要。山下没搭腔。同时被处刑的太田看了山下一眼，说：“想喝啤酒。阁下怎么样？”
山下表示同意。于是，啤酒、龙须菜、面包等食物被拿过来。山下喝了几口啤酒，把面包也吃下去一片，然后说：“我到地狱当阎罗王去吧！”
森田教师担负着教诲和祈祷的任务，他问山下是否有话说，山下沉思了一下，说道：“由于我的疏忽和天性昏庸的缘故，贻误了对全军的指挥和统率，杀死了很多用什么也换不回来的你们的儿子和梦中也难忘怀的夫君，实在是很对不起的事情……距我受刑的时间只有40分钟了，这40分钟是如何的宝贵，恐怕除了临刑的死囚以外，再没有能体会这种心情的人了。想到我和森田教师的讲话，将来也许会传播出去，因此我想告诉大家……希望（日本）能把重点放在科学教育的振兴上。特别是对子女的教育……我对于现代教育是从学校开始的这一点，常常感到极大的不满……教育不从赋予可爱的婴儿以新生命的哺乳期开始是不行的。我甚至想把这叫做‘乳房教育’的。请把这平凡的话放在诸位的心中吧。这是夺去了诸位孩子的我的最后的话。”
凌晨2点50分，山下被告知，处刑开始了。接着，他的手脚被捆绑以绳索，眼睛被蒙以黑布，在美军军官的引导下，上了绞刑台。站定后，他问美军军官，哪里是东方。美军军官扶着他朝向了东方，他于是深深地鞠了一躬。
2月23日凌晨3点27分，60岁的山下留下他那“惊世骇俗”的遗言，气绝身亡。
山下的父亲是位赤脚医生，山下自幼家境贫寒，他就读于日本陆军幼年学校、士官学校、陆军大学，是因为军人在当时是最有保障的职业之一。军官除了有75元的月薪外，每月还有20元津贴，几乎是其他大学毕业生的2倍。但这也让他的血液里渗透了军国主义思想。他临死前回顾了自己的一生，认为正是日本的国民教育欠妥，才导致了军队和国家的惨局。但也正是这种“反省”，使他在日本人心中陷入冰火两重天，一半是荣誉，一半是批判。
山下接受的是以美军为主的审判，因而他在中国的暴行多被忽略，但他终究还是被施以惩罚了。
对山下的处刑在绝密状态下进行，他的参谋们事先并不知道。次日清晨，参谋副长宇都宫在帐篷边散步，看到铁丝网那边很寂静，没有山下的影子，猜测山下大概感冒了。午后，忽地听闻山下已被处决，神色大变。25日中午，参谋们窝在帐篷里，仓皇地为山下举行了默祷仪式。
3个月后，在日本镰仓一个静谧的房间里，一位夫人收到一份正式通知。上面写着：
原籍东京都涉谷区神泉町番地
陆军大将山下奉文
该人于昭和21年2月23日在吕宋岛马尼拉因系战犯被处死刑，特此通知。
夫人侧对着门坐着，身旁还放着一张彩纸，是山下前往吕宋岛之前留给她的，上面写着：“如果时机到来，要飞回旧巢，燕子呀！”