1998年后，我国初步形成了从中央银行到货币市场，到金融机构，再到企业的间接货币政策调控机制。但是，我国的货币政策传导机制尚在建立阶段，实际中仍存在许多问题，制约着我国货币政策传导机制和货币政策有效性的发挥。主要包括：
一、货币市场的发展尚不完善
通常来说，一个有效率的货币市场应该是一个具有广度、深度和弹性的市场，其市场容量大，信息流动迅速，交易成本低，交易活跃且持续，能吸引众多的投资者和投机者参与。货币市场的效率程度对中央银行货币政策宏观调控的实施及其效果有着重要影响。这是因为：货币市场是中央银行运用间接性货币政策工具调节基础货币和金融机构流动性的重要场所，为中央银行实现货币政策间接调控提供了基础性的条件和传导渠道；货币市场上形成的利率信号为中央银行宏观金融调控提供了监测指标和调控杠杆，为传递调控意图提供了条件；货币市场的发展状况影响着货币政策工具的选择和实施效果。
因此，从各国货币政策实施的情况来看，货币政策效应的传递需要以金融市场作为依托，依赖金融市场与实物经济的联系，进一步使货币政策效应扩展到整个宏观经济中去。
反观我国在进入改革开放过程之初，在以促进经济增长为首要目标、尚未明确实行市场经济体制的改革初期，金融市场的发展也受到明显的忽视，货币市场发展的滞后已经越来越制约货币政策有效性的发挥。尤其在1998～2000年，当中央银行取消长期计划经济条件下多年来沿用的信贷资金规模分配制度后，由于与市场经济相适应的宏观金融调控机制尚未建立，特别是由于缺乏一个比较发达的货币市场，中央银行试图扩张信用的政策努力在市场上难以找到合格的操作对象（三大政策工具效果受到影响），迫使中央银行以“窗口指导”的方式在不同程度上恢复使用了信贷规模的管理。
二、适应现代市场经济要求的企业制度和银企关系亟待全面建立
这主要表现在缺乏能适应市场经济要求、具有财务硬约束、以利润为导向的交易主体。例如，作为货币政策传导过程中的参与主体，国有商业银行仍处于商业化改革的进程中，以利润为导向的经营动机尚未占据主导地位，这就弱化了在我国社会资金流动中占据主导地位的国有商业银行积极参与、配合中央银行宏观调控的作用。
从产权的角度来分析，多年来，国有企业、银行一直是政府机构的附属物，银行、企业的信用就是国家的信用。企业欠企业、企业欠银行的债，实际上都是由政府来承担。根本就没有真正意义上的信用问题，企业也没有独立的信用。在体制转轨时期，尽管强调责任明确、债权债务关系明晰，银行企业从法律上要从政府的附属物转变为独立的企业，但相当多的企业和银行行为又是以政府支持为背景的。旧体制的惯性作用依然存在，企业间信用关系并没有实质性的变化。这种靠“政府信用”支撑起来的信用关系包含了诸多虚假成分。
这样由于有了政府充当“最后贷款人”的角色，交易的债权方在投资时就不必进行认真的财务审计、项目评估，不必承担投资的风险损失。而债务方也没有了还不了债就倒闭破产的压力。责、权、利完全不对称，债权债务关系也只是名义上的，整个社会也就没有了信用观念，信用成了一种毫无约束力的经济关系。
因此，必须深化国有银行、国有企业制度，尤其是产权制度的改革，彻底转变国有企业的经营机制，强化企业的自我约束和风险机制，让企业能够按照市场规律办事，强化内部管理，使其成为自主经营、自担风险的主体。强化金融机构的自我约束和风险激励机制，建立健康真实的银企信用关系。只有这个问题解决了，货币政策的有效性才有可能进一步提高。
三、货币市场利率市场化程度低抑制了货币政策调控的有效性
利率市场化是中央银行利用间接货币政策工具进行宏观调控能否有效的关键性因素。中央银行若动用基准利率和公开市场业务作为调控工具，那么就必须放开利率，至少是应有较大灵活性，以使调控工具有一个作用空间。借贷资金市场的运行结果，表现为形成了一系列密切联系、真实反映不同金融产品风险收益状况的市场化利率体系；市场越完善，利率形成的市场化程度就越高，市场的利率弹性就越高，对于货币政策的反应就越敏感，货币政策工具的操作才越有效。
应当说，我国货币市场体系中，利率体系还不是完全市场化的，有的利率受到管制，有的利率依市场供求生成，还没有形成合理的市场利率体系。在市场利率形成非完全市场化的条件下，即使中央银行具有足够的独立性，也难以及时掌握准确的信息，及时根据市场状况变动去运用政策工具实施宏观调控。由于时间长，效果滞后，等到政策真正作用于经济变量时，不但效率会大大降低，有时还会得到相反的政策效果。
总的来说，我国目前货币政策传导机制的研究还处于探索阶段，货币政策操作过程中的一些基础条件还不完全具备，在实践中仍有许多关系有待理顺，这些都是需要通过改革逐步解决的。