高拱在内阁的排名，虽然是第五，但兼管吏部，拥有人事大权，实际上他成为了朝廷上的头把交椅。
张居正希望高拱不要念旧恨，但高拱不是圣人。在他看来，当初把自己逼迫下野的言官，不但是私人恩怨，还是政治对头。在他雷厉风行的报复下，短短几个月间，接连有二十多个言官遭到惩罚，罢官的罢官，调任的调任。
曾经在弹劾高拱的浪潮中作为主将，并最终导致高拱下台的欧阳一敬，因为高拱上台，为了避祸而主动辞职。然而就在离职回家的路上，却原因不明地死了；而当初曾在嘉靖末年弹劾高拱，引起高拱和徐阶严重冲突的胡应嘉，担忧高拱的报复，竟然忧虑交织，一命呜呼。
高拱的厉害，在这时候已经显露出来了。
他却并不满足。他的主要仇恨，集中在一个人身上，那就是徐阶。在高拱心中，徐阶布下重重陷阱，一步一步把自己给逼得下野，今天一定要加倍的报复回来！
于是，高拱针对徐阶的战斗开始了。虽然在入阁之初，包括张居正在内的许多人曾经劝过他，他也表示说，徐老先生对我昔日是有旧恩的，后来因为一些小事发生冲突，不足为怨。我一定会抛弃那些旧日的心思，与诸位共同为国家出力。这样安抚了人心。
然而说归说，事实证明，随着高拱势力的快速扩张，他很快就对徐阶集团展开了报复。
第一步，是否定徐阶的政治成就。
前面说过，嘉靖皇帝临死那一夜，徐阶拉着张居正，抢先拟定和发表了遗诏。在遗诏中，徐阶借嘉靖皇帝的名义，把嘉靖自己一辈子的错误痛痛快快检讨了一遍，把一些嘉靖朝中因为被贬损的官员重新任用。这是徐阶树立自己政治地位，争取支持的重要措施。
而高拱对这份徐阶私人出品的遗诏恨之入骨。他上奏说：“有人借着遗诏，把当初先皇时期得罪的这些人，全都起用褒扬，这不是在抽先帝的嘴巴么？先帝在天之灵怎么安宁呢？陛下您每次入太庙去祭祀，又怎么对得起他们呢？”于是就把这一批官员全都重新贬斥了。这一方面树立自己的威势，同时也打击了徐阶留下的势力。
此外，嘉靖皇帝临死前信任方士，让他们行医进药，给予高官厚禄。嘉靖死后，徐阶的遗诏中，称这些庸医害死了嘉靖，把这些人统统下了监狱，准备处死。高拱也要来插一脚，他上奏说：“先帝在位45年，60岁去世，可谓寿终正寝。如果按照某些人假托遗诏所说，说是被这些方士所害，岂不是在给先帝脸上抹黑么？”于是把这些方士也改判为流放，就这样，徐阶用以树立自己地位的遗诏，完全被推翻了。而张居正这时处在一个很微妙的局面。因为当初遗诏是徐阶和他一起拟定的。推翻遗诏，不仅削弱了徐阶的力量，也削弱了自己的力量。
应该怎么办？是为此事和高拱开火么？张居正当然不愿意。
经过思索和决策，他选择了就此事妥协。在高拱60大寿，门生为高拱贺寿所做的诗文集的序言里，张居正恭维高拱此举是“分辨了君臣父子的大义，就好比拨开乌云，重现日月的轨迹！”
高拱的第二步，则是收拾徐阶本人。
原本，这样的举动风险很大，因为徐阶虽然已经离职，却拥有很高的地位，很广的人脉，在社会上也有很大支持度。
然而天赐了高拱一个最好的机会。
原来徐阶虽然精于国政，但却不擅长对自己子弟的教育，他的几个儿子在老家上海松江一带横行不法，强占了许多土地。
对于一个退役阁老而言，这本来不算啥大问题。但偏偏在隆庆三年上任的应天巡抚，是出名的大清官海瑞。于是，多占了田地的徐阶，便遭到了海瑞的严厉清算——尽管，当初徐阶救过海瑞的命，还把他提拔起来。
高拱抓住了这个绝好的机会，利用徐阶被海瑞搞乱阵脚之时，指挥自己阵营中的干将，搜寻他的各种罪状，进行弹劾追究。高拱亲自进疏，说徐阶“大治产业，黜货无厌，越数千里开铺店于京师，纵其子搅侵起解钱粮，财货将等于内帑，势焰熏灼于天下”，甚至还“故违明旨，潜往京师，强阻奏词，探听消息，各处打点，广延声誉”。
在高拱一派的群起攻击下，徐阶招架不住，其积累的政治势力，逐渐被清除和剥夺。到隆庆五年，高拱又提拔原苏州知府蔡国熙为苏松兵备副使。蔡国熙是高拱的门生，而与徐阶有些仇怨。在他的有意对付下，徐阶遭到了严厉的追究，三个儿子都被抓起来，家产也要被全部抄没。
走投无路之下，徐阶只得向高拱上书求救。这标志着当初势不两立的对手，如今分出了高下。张居正也向高拱进言，希望他有点恻隐之心。高拱看徐阶彻底被斗倒服软，也就心情舒畅，放了徐阶一马。
在高拱收拾徐阶的过程中，张居正并没有表现出任何政治上的反抗。仅仅是在徐阶惨遭清算之际，出于人道主义原则，予以进言，保全了恩师的家庭财产和人身安全。
高拱对徐阶的报复，是从隆庆四年初持续到隆庆五年的漫长过程。而就在徐阶完全失败之前，高拱同时又已经在内阁中掀起了激烈的争斗。
当时的内阁五人，首辅李春芳和次辅陈以勤都是忠厚的老好人，位居第三的张居正资历最浅，因此斗争的爆发，便在第四赵贞吉和第五高拱之间展开了。这两人都是才志双修，气度却又都不够恢弘。高拱掌管着吏部，赵贞吉则把持着都察院。两边的党羽，都开始投入到激烈的相互弹劾之中。赵贞吉在年龄和资历上略胜高拱，但从个人的手段和职权的大小来说，则是高拱完胜赵贞吉。因此双方的斗争渐渐分出了胜败。
然而被战火波及的还有无辜。就在高赵斗得不亦乐乎时，张居正的房师，次辅陈以勤却先辞职了。这个老好人实在受不了，高拱是自己的老同事，赵贞吉是自己的老乡，在他看来，这种争权夺利的斗争，无理可说，又无法可想。干脆走了吧，把权位留给你们爱争的人！隆庆四年（1570）的七月，陈以勤辞职。
老好人受不了走了，剩下的却还在斗。失去了房师，另一位老好人首辅李春芳，更是束手束脚。而从排位上升任次辅的张居正，在这斗争中，也并未过多参与。从立场上，他或许稍稍偏向高拱吧。
到隆庆四年十月，“赵高”的决战终于来临。
事件起因，是高拱提议，对于六科给事中和十三道监察御史，也就是担任监察任务的这些言官们，进行一次临时京察。这种考察，应该由吏部和都察院来一起举行，于是考察就成为吏部尚书高拱和都察院老大赵贞吉钩心斗角的战场。
高拱试图通过这种考察，把赵贞吉的党羽来一个一网打尽；而赵贞吉一面上疏给皇帝劝阻这种做法，另一方面也还以颜色，要通过这种考察，把高拱的一派全部驱逐。这样，主持考察的两家老大，形成了互相釜底抽薪的僵局。
经过调解，两派的人员一律得以保留。但高拱的手段和职权更狠，虽然赵贞吉的手下没有丢官，他却借机把其他的一些政敌给赶走了，比如说御史王圻，大理少卿魏时亮，大理寺右丞耿定向，广东巡抚右佥，都御史吴时来等。
通过这一次考察，虽然赵贞吉和高拱在直接的战场上打成平手，高拱却借机清除了另一批政敌，从而占据实际上的优势。朝中斗争的天平倾斜得更加厉害了。
很快，更加兵强马壮的高拱一党，又向渐渐孤立的赵贞吉再次大举进攻。高拱手下的言官韩楫出马，弹劾赵贞吉才能平庸，作风蛮横，在刚刚结束的考察工作中偏袒自己的私人！赵贞吉差点气歪了鼻子。在官场上颠仆了大半辈子的老资格，老前辈，到如今终于明白了，自己是搞不过高拱这小子的。别再留恋权位了。于是在十一月，赵贞吉上书辞职。辞职书里，他很辛辣的把高拱讽刺了一顿：
我确实是很昏庸的！我自从掌管都察院以来，仅仅在不久前这次考察里面和高拱冲突了一次。而在其他的大半年时间里，面对某些人种种胡作非为，违法乱纪的行为，我都装聋作哑，没有及时出来指正，实在是玩忽职守！我离职之后，如果还让高拱留在内阁，希望不要让他再兼任吏部尚书，以免权力过大，私党建立，危害国家了！
这封奏章的内容，应该说还是很靠谱的。当年曾两次顶撞严嵩，后来又和高拱斗了大半年的赵贞吉，毕竟不是一个只会发脾气的老官僚。然而限制高拱权力的这奏章，当然不会得到隆庆皇帝的批准。在隆庆皇帝看来，赵贞吉虽然也值得尊敬，却不如高拱贴心。
这样，斗遍内阁的赵贞吉，被高拱请下了课。由于在政治斗争上的卓越表现，原本排名第五的高拱，得以超越张居正，成为位居李春芳之下的次辅。
另一方面，隆庆皇帝当年在裕王府里面的第四位老师，时任礼部尚书的殷士儋进入内阁，成为排行第四的大学士。这并不符合高拱的心意，因为高拱想要的是听话的阁僚，而殷士儋性情倔强，不比赵贞吉更好对付。不过，只好先这样了。
在这次斗争中，张居正的立场，应更偏向高拱。毕竟从志向才能上，他是认可高拱的，而倚老卖老乱发脾气的赵贞吉，他也有些讨厌。
然而另一方面，在高赵决战的考察事件中，被高拱借机整掉的那些官员中间，有他的同门吴时来，有他的朋友耿定向。看着熟人们一个个被高拱干掉，张居正隐隐有了一丝寒意。
先让你得志吧，高拱。现在的内阁，也需要一个强有力的人来支撑。我的肩膀还稍显稚嫩。只要能为国出力，我不介意暂时给你打下手。
当然，只是暂时。
从高拱的角度来看，对于张居正的感情，也是相当复杂。
正如张居正所知道的那样，他对张居正的才能，气度和志向，都非常认可。可换一个角度说，张居正毕竟是徐阶的门生，嘉靖四十五年那个夜晚的遗诏，总是让他难以释怀。所以对这个才能仅次于自己（高拱自认为）的人，高拱有隐约的防备之心。
不过，高拱虽然要夺权，却也要做事。从这一点上，他和徐阶是一样的。要做事，就需要有才能的人。既然张居正本人对我表示了善意，我也就接受这善意，让他帮我一起振兴大明吧。
张居正的最厉害之处，在于他善于和人处关系。既不锋芒毕露得罪人，也不阿谀奉承去讨好。无论对待谁，都是堂堂正正，有一说一。这样，反而让所有的人都觉得他光明磊落。无论在徐阶和严嵩的斗争中，还是在高拱揽权的斗争中，他虽然是有立场的人，却能在对峙各方中间来去自由，不受到任何一方的牵连，这无疑是极大的本领。