张居正的去世，使得明神宗的亲政提前到来，但是清除『威权震主』的张居正的影响，却并非易事。首先必须除掉冯保。冯保倚仗太后的宠信、张居正的联手，有恃无恐，对小皇帝钳制过甚，垮台是迟早的事。谁也没有想到事情来得那么快。仅仅过了六个月，明神宗在言官弹劾冯保十二大罪的奏疏上批示，说冯保『欺君蠹国』，本来应当处死，念他是先皇托付的顾命大臣，从宽发落，发配南京去赋闲养老。
这是一个信号，冯保可以攻倒，张居正有何不可！
张居正改革十年，成效得来并非易事，一事一议都历经艰难。这不仅是因为改革要触动豪强权贵的既得利益，遭到他们的顽强抵制，更重要的是封建社会发展到明朝后期，封建肌体已经衰老和僵化，留给革新的余地已经非常狭小。封建社会走向下坡路时，因循守旧，姑息偷安，容不下哪怕最微小的变动，稍许更新，也不愿意接纳。张居正作为当事者，更有深刻的感受。
改革要触犯豪强权贵的利益，冲击习以为常的陈规陋习，反对者不会就此罢休。万历五年（1577）张居正父亲病逝，由此引发了冲突的高潮，导火线是张居正要不要回乡奔丧，这就是夺情与反夺情的斗争。
夺情是古代官员父母丧礼中尽孝的礼仪，在职官员凡遇父亲亡故，按惯例要辞官回乡守制三年，以尽人子哀痛之情。讲究孝治天下的王朝，官员们都遵守祖制守孝，为此丢了官职也在所不惜。但是遇有特殊情况，经皇帝指令，可以穿素服办公，不必解职回乡，或提前复职，这称为夺情。明朝在正统、弘治、正德年间三令五申不准夺情起复，但也有例外。宣德年间内阁大学士金幼孜、杨溥都因丧回乡守孝，又被召回视事；成化年间首辅李贤也曾夺情任职。所以这夺情既有前例可援，也为古礼所优容，并不是什么了不得的大事，可在万历五年（1577）却掀起一场风暴。
这一年，改革从政治推向经济，新政方兴未艾，时当改革面临高潮的关键时刻，张居正若在此时离职奔丧，显然对改革不利。首先是未成年的皇帝就离不开张居正，张父一病故，神宗就亲自写信慰问，明确要求他“以朕为念”留职居丧。
与此同时，一批支持改革的官员，户部侍郎李幼孜、御史曾士楚、吏科给事中陈云谟等倡议夺情。张居正也无意离职，夺情势在必行。
反对派却趁机而起，以恪守礼制大造舆论，对张居正施加压力。一边是改革大业，一边是传统孝道，张居正陷入两难的境地。
神宗极力挽留他，要他为社稷、为苍生，务要勉遵前旨，入阁办事。并对吕调阳和张四维说，即使再上百本奏疏也不同意张居正回乡守制，挽留的话已说到了极点。但此举仍然被反对派怀疑是张居正在幕后的主使，从神宗的态度和实际情况看，这是不实之词。
夺情已成定局，张居正居官守制的办法是，居丧期间，不领俸禄，在内阁办公，不随朝，不参加吉礼，在家穿丧服，外出穿青衣角带，黑布袍。“上不食公家之禄，下不通四方交遗，惟赤条条一身，光净净一心，以理国家之务，终顾命之托，而不敢有一毫自利之心。”虽说如此，神宗还是优抚有加，要光禄寺每日送酒饭，每月供米十石，香油二百斤，茶叶三十斤，仍然维持张居正体面的生活。
张居正夺情留任后，反对派群起而攻之，刑部员外郎艾穆、主事沈思孝声称离职守孝是“万世不易之制”，“纲常不顾，何社稷之能安？”翰林院检讨赵用贤指责张居正“背公议而徇私情，蔑至性而创异论”。编修吴中行斥责张居正是“忘亲贪位者”，刑部邹元标大骂“亲死而不奔”的是“禽兽”，甚至有人把这种谩骂抄成小字报贴在大街上进行煽动。
反对派搬出封建礼教，慷慨激昂，真实目的是要夺权。张居正感到很大压力，包括他的一些知交好友，次辅吕调阳、张四维，大理寺卿陆光祖、蓟镇总兵戚继光等也都纷纷劝告他如期服丧。反对派早在两年前就要轰走张居正未能得逞，此时正是天赐良机，哪能轻易放过。因此敌对的、友好的、抨击的、规劝的，都在维护伦理的名义下，掀起反夺情的风潮。
张居正是一个真正的强者，面临铺天盖地的种种指责和非难，他毫不气馁，抓住要害问题，一一予以对答。友人周友山说他恋权，他在《答宪长周友山》的回信中坦然地说：
“恋”之一字，纯臣所不辞。今世人臣，名位一极，便各自好自保，以固享用，至哉斯言！学者于此，能确然自信，服行勿失，便可为天地立心，生民立命，为万世开太平，非谫见设闻所可窥也。
当有人以彗星掠过东南方这一星变，攻击他犯了天怒，他狡黠地说：“天道玄远，灾祥之应，皆未可知。”趁机利用星变打击反对派，以进为攻。按明制京察是六年为期，因为星变，这就有了提前考察的借口，动用监察程序，不露声色地予以摧毁性的反击。在这次斗争中，他处变不惊的从容，敏锐而犀利的驳斥，快速而猛烈的反击，连连出手，使得反对派毫无还手之力。
斗争的结果是残酷的，带头上疏的艾穆、赵用贤、吴中行、沈思孝、邹元标等分别处以廷杖、削籍为民和充军。
反对派遭此严重打击，从此一蹶不振，再也无力公开反抗。
夺情风波平息后，反改革的斗争不再表现为正面的冲突，而是以隐蔽的形式，暗传各种流言蜚语，对张居正及其新政加以败坏和中伤。万历五年和八年，张居正的两个儿子蝉联状元和榜眼，有人诬说其中有弊，作诗讥讽说：“状元榜眼俱姓张，未必文星照楚邦。”作弊是否属实，史无明证，但这样一些未经证实的流言，广为流传，多年不息。
张居正为了富国强兵，主张铁腕治国。他对朝中那些迂腐的官员，空谈儒家的王政，不切实际，非常鄙薄。张居正从来不讳言他推崇申、韩这些法家。
张居正执法严酷，令人胆战心惊。遇有抢劫，斗殴致死的，不论是灾民还是生员，立即正法。凡是案情隐匿不报的“虽循吏必黜。得盗即斩决，有司莫敢饰情。盗边海钱米盈数，例皆斩，然往往长系或瘐死。居正独亟斩之，而追捕其家属，盗贼为衰止”。遇有灾情，按惯例可以减刑的，张居正一律不予宽宥。他认为：“春生秋杀，天道之常”，“稂莠不除，反害嘉谷，凶恶不去，反害良民。”
正是有这过人的魄力和胆略，张居正处世断事具有莫大的威慑力。他限制内臣干预内阁事务，“中贵人无敢有一毫阻挠”，驾驭群臣能使“百僚皆惕息”。他的威严和权势，在万历初年无人敢于抗拒，这才使中央政权内部没有出现像北宋司马光为首的反对改革的大官僚集团，不像王安石那样几起几落，新政很少引起正面冲突，比较顺利地从政治推向经济，十年功效非比寻常。可以这样说，万历新政的成功，主要是因为张居正在主观上具有把改革引向胜利的信心与能力，16世纪后期的社会环境给他提供了充分展示的舞台，使他主导了明王朝败落时期重又短暂复苏的新局面。
然而，改革也使他积怨甚多，对于自己的结局他也有预感。但他说，“苟利国家，何发肤之足惜。”意思是，只要对国家有利，他不在乎自己的个人荣辱和安危。