李秀成叛变之谜引起了史家的极大关注。学术界展开了一场旷日持久的争论。以罗尔纲为代表的一派观点认为，李秀成诈降，另一派则认为李的表现是"乞活求生"的叛徒行径。
天国后期，洪秀全一心想营建自己的家天下，始终对异姓诸王抱有戒心，但他同时却又不得不在军事上借重之。无奈之下，洪秀全只好在两者之间寻找平衡。
李秀成不时受到天王的猜忌和洪姓大臣的掣肘。为了获准回救苏杭，李秀成被迫将包括自己老母在内的家眷留在京城作为人质，并且捐助饷银十万两，便是一例。他所受的委屈是显而易见的。尽管如此，李秀成依旧对天王忠心耿耿，忍辱负重，苦撑残局。因此，身陷囹圄之后，李秀成痛定思痛，难免就会在供词中倒苦水，发牢骚，其文字也难免会有些情绪化。这是情理之中的事，是李秀成真实心态的一种流露。
"诈降"说惟一直接的依据是曾家流传的"李秀成劝文正公做皇帝，文正公不敢"这一口碑。著名学者陈寅恪当年曾经推测，曾国藩不肯将原稿公布，必有不可告人之隐。那么，他不愿示人的部分究竟包含哪些内容呢？这已是一个永远也无法破解的历史之谜了。不过，至少在残存的忠王供词原稿中，丝毫也看不到任何挑动曾国藩反清的痕迹，相反，"大清"、"大清皇上"之类的称谓倒并不少见。反过来说，即使口碑属实，也只能说明李秀成有心投效曾国藩，而不能据此断言李秀成这么做仅是一种手段，伺机恢复太平天国才是他真正的目的。
对天国前景的绝望是李秀成乞降的重要原因
在亲笔供词中，包括在与曾国藩机要幕僚赵烈文的对话中，李秀成都流露出一种强烈的宿命意识。在被俘当晚与赵烈文进行的长谈中，李秀成将1861年错失解救安庆的良机解释为"天意"，并根据天上的星象，预言洋人在十余年后必成大患。在亲笔供词中，类似的文字更是屡见不鲜。在再三批评天王"一味靠天"、"言天说地"的同时，李秀成自己的宿命思想却急剧膨胀，这一矛盾现象恰好说明，此时的李秀成心如死灰，已对太平天国彻底感到绝望，断无伺机复国的念头。
李秀成身经百战，九死一生，他当然不会怕死，但在被俘之后，他却多少显得有些贪生。这也不难理解，他曾经叱咤风云威震四方，如今却束手就擒，生死仅在旦夕之间，这使他感到心有不甘，求生的欲望也陡然变得强烈起来。在后来上报清廷的奏折中，曾国藩谈了自己对李秀成的印象，认为他"献谀乞怜，无非图延旦夕之一命"。当然，这种言语明显带有夸张和泄恨的成分。赵烈文则在日记中记述了他在李秀成被俘当晚与后者进行长谈的内容。据载，当被问到"汝今计安出"时，忠王答道："死耳。顾至江右者皆旧部，得以尺书散遣之，免戕贼彼此之命，则暝目无憾。"既做好了死的准备，同时又主动提出招降旧部，隐约流露出求生的念头。赵烈文觉察出忠王"言次有乞活之意"，便答复说："汝罪大，当听中旨，此亦非统帅所得主也。"忠王听后低头不语。曾国藩利用李秀成性格中的弱点，使事态沿着自己设计的方向发展
28日下午，曾国藩赶到南京，几小时后便亲自审讯李秀成。老谋深算的他对李秀成施展了攻心战，并随即萌生了将李秀成就地处决的念头。当然，他也清楚有一件事不可忽视，所以在同一天的日记里又特意写上"取伪忠王详供"这一条附记。
曾国藩的攻心策略果然收到了效果，李秀成自愿书写供词。李秀成是从7月30日开始动笔的。从李秀成说曾国藩"有仁爱"、"有德化之心"等语来判断，曾国藩肯定对李秀成表露过安抚之意。至于曾国藩究竟对李秀成有过什么暗示或许诺，令李秀成感到前者对他有"恩情厚义"，现已无从知晓。以李秀成的阅历，他绝不可能天真到对曾国藩深信不疑的地步，但他显然对后者抱有幻想。他在供词中自叹"一身屈错，未遇明良"，这可能掺杂着他当时的一些真实心态。他虽然不是怕死之辈，但因为哀莫大于心死，对太平天国已彻底感到绝望，对曾国藩抱有幻想，所以难免会流露出一些反常、复杂的心态和意识，萌发一丝求生的念头。
可怜李秀成终究还是被曾国藩算计了。8月3日晚，曾国藩垂询赵烈文的意见，表示打算不等朝廷降旨，便将李秀成从速"正法"。赵烈文回答说："生擒已十余日，众目共睹，且经中堂录供，当无人复疑，而此贼甚狡，不宜使入都。"两人不谋而合。8月6日夜，曾国藩第二次也是最后一次与李秀成照面。据赵烈文讲，李秀成"有乞恩之意"；曾国藩"答以听旨，连日正踟蹰此事，俟定见后再相复"。
第二天，即8月7日，仍在赶写供词的李秀成写下了"昨夜承老中堂调至驾前讯问，承恩惠示，真报无由"、"昨夜深惠厚情"等语。结果墨迹未干，曾国藩就派李鸿裔向李秀成摊牌，表示"国法难逭，不能开脱"，并于当天傍晚将李秀成处死。
曾国藩之所以擅杀李秀成，与他内心的担忧有很大关系。他早就认为李秀成"狡诈百端"，对他在供词中奉承自己的话并不当真。曾国藩心里清楚，一旦献俘到京城，他们兄弟二人欺瞒朝廷的一些事情，如曾国荃洗劫天京中饱私囊的真相等，便都会曝光，难免会落个欺君之罪。无论从哪个方面考虑，他都不能留下李秀成这个活口。
从对洪秀全、对太平天国一片愚忠，发展到被俘后在绝望心理的驱策下，对洪秀全和太平天国有所不忠，李秀成在生命尽头表现的起伏十分令人感喟。忠王不"忠"的现象从一个侧面说明，太平天国后期人心离散，士气低落，气数已尽，纵有天才而忠勇的将士苦撑，也无法使太平天国摆脱败亡的厄运。
李秀成对太平天国败亡原因所作的分析，诸如"我主无谋"、"自惹而亡"、湘军"将相用命"等等，虽然字面有些刺眼，但总体上仍比较中肯和深刻。至于认为中国日后"要防鬼(指洋人，引者按)反为先"，确乎是过人之见。尽管他写了一些有辱气节的话，给他的晚节留下了污点，但他并没有一味地向曾国藩卑躬屈膝，并且最终慷慨赴死。就此而论，李秀成仍然不失为一个有污点的英雄。