太宁元年（323），晋明帝封王导为大司徒，主管朝廷政务要事。而王敦自兵变之后，一直退守武昌，遥控掌握着朝中的一举一动。如今，王导重获朝廷重用，王敦又兴起了篡位夺权的念头。于是，他带领大军从武昌移镇姑熟（今安徽当涂），自领扬州牧一次起兵谋反。
王导对王敦自私自利的行为深恶痛绝。为了维护东晋政权，也为了表明自己决不与王敦同流合污，王导决定大义灭亲，他主动请求晋明帝批准自己率军前去平定王敦叛乱。
明帝同意了王导的请求，并加封王导为大都督，领扬州刺史，带领东晋军队征讨王敦。王导派遣庾亮、郗鉴、温峤分路据守石头城，以防止王敦进攻建康，并征调临川太守、兖州刺史刘遐入京师护卫。
王敦任命兄长王含为元帅，分别和钱凤、周抚、邓岳等将各率5万大军进攻建康。明帝和王导亲自率兵迎战，两军多次交战，各有胜负。过了几天，王敦因为长途跋涉，积劳成疾，且多次攻打建康而不得，郁闷不已，病势加重，只得卧床休息。王导听说后，就派人到四处散播谣言说王敦已经病死了，并亲率王氏宗族子弟穿上孝服假装为王敦发丧。
王敦的部下信以为真，顿时群龙无首，军中乱成一团。王导乘机发动进攻，全歼王敦的叛军，并将王含、钱凤等将领处死。病重的王敦闻听此讯，怒火攻心，当场毙命。
在平定了王敦叛乱之后，东晋王朝的统治更加稳固。晋明帝认为王导平叛立下大功，故此仍复太保、司徒官位，并进加始兴郡公，甚至允许他剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，以示对王导忠心的认可和信任。
晋明帝和王导都认为，东晋已经充分做好了北伐中原的一切准备工作，现在可以发动北伐，以完成中兴大业。正当他们紧锣密鼓地做着北伐前的最后准备工作时，公元325年，在位仅仅3年的晋明帝司马绍突染重病而亡，死后葬于武平陵，北伐之事不得不再次搁浅。