晋元帝司马睿死后，其长子司马绍继任帝位，是为晋明帝。遵照晋元帝遗诏所托，王导得以重新执政，辅佐新帝。
晋明帝深知王导的忠诚和才干，因而对他十分倚重，且对王氏一家都恩宠有加。王导感怀先帝临终的信任，更对新帝的宠信心怀感激。他决心辅佐明帝，重振东晋国威。
王导仍然重视农业生产，以经济发展为根基；此外，他不断加强东晋的军事实力，为北伐中原做准备。王导劝说司马睿南迁，偏安江左，直到建立东晋，但他心里始终没有忘记——北伐复国，这才是他此生最大的目标。就在东晋政权建立不久，祖逖就在他的支持下，进行了第一次北伐。
祖逖出身士族官僚之家，因此也有着很深的北伐情结。东晋初建，祖逖就上谏请求晋元帝出兵北伐，但未获许可。但幸运的是，祖逖得到了王导的支持，经过王导不懈的劝谏，晋元帝终于松了口，但不是派兵北伐，而是允许祖逖自己招募兵马，自己解决粮草、装备等问题。
公元313年，祖逖率领宗族部曲百家渡江北上，进驻淮阴（今江苏淮阴），招募将士，同时锻造武器，不久，募得2000余人。祖逖率部队北上，经过数年征讨，祖逖不仅兵力日渐壮大，还控制了豫州，并联合了当地各大家族，多次打败后赵石勒的军队，收复了黄河以南各州郡。当祖逖在河南驻兵屯田，储备粮饷以备渡河北伐的时候，晋元帝却担心祖逖将来不服东晋管制，不仅不愿意助其北伐中原，还派戴渊担任六州都督，以监视、控制祖逖。
本来全力支持祖逖北伐的王导，这时正好处于人生的低谷。晋元帝宠信刘隗，王导自身难保。祖逖失去了这位强有力的支持者，北伐之事变得遥不可及。祖逖忧愤成疾，不久抱憾而逝。第一次北伐未曾正式开展，就以失败而告终。
王导对祖逖的死，一直深感痛心，也十分遗憾北伐之举竟然半途而废。现如今，北伐中原的计划终于得到了明帝的支持，于是，王导传命荆州刺史庚亮、庚翼准备第二次北伐。可还未曾出征，王敦却再次起兵，发动了叛乱。