随着秦国统一战争的节节胜利，吕不韦的权势也日益扩大，取得的封地也越来越多。吕不韦多次受封，拥有三大食邑，奴仆过万，这在秦国以前的宰相中是从未有过的事，吕不韦所预想的“无数的利”似乎全部兑现了。但吕不韦是一个外来的客卿，其权势之大，财富之多，不能不引起秦王室以及那些豪门贵族的忌恨。一般的权臣倒也无法撼动吕不韦的地位，于是秦王政与吕不韦争夺最高政治权力的斗争就必然不可避免了。
秦王政八年（公元前239年），嬴政21岁，按照秦国的惯例，下一年就要举行冠礼并开始亲自执政。吕不韦不早不晚，就在这年把早已开始编纂的《吕氏春秋》抛了出来。很显然，这是做给秦王政看的，是要借此表明自己是秦国真正的理论权威，要秦王政亲政后能够按照他制定的施政方针行事。
然而，秦王政偏偏不是吕不韦所想的那种顺从的君主。他生性专横独断，又具有雄才大略，根本不愿听从吕不韦的摆布，也决不能容忍吕不韦独揽大权。他们都主张统一，这一点能够促使秦国较快地统一天下。但他们在其他方面存在着极大的分歧。秦王政十分信仰法家韩非的政治学说，这与吕不韦的政治学说在不少地方是针锋相对的。韩非反对大臣专权，而吕不韦恰恰是个专权的大臣。韩非反对讲仁义，主张严刑峻法，而吕不韦是主张讲仁义，反对只讲严刑峻法，反对杀无罪之民的。吕不韦主张国君要“处虚”，不必过问具体政务，而秦王政却是事必躬亲，所有国家大事，包括一切刑事案件都要由他专断。权力的冲突、政见的分歧，看来是无法弥合的，两人的冲突随时都会爆发，而突如其来的“毐事件”给了秦王政以借口，于是，两人的争斗一触而发。事情是这样的：
嬴政最初即位时，才13岁，但他已听说母亲和吕不韦有私情，只是装作不知道，不过他并不知道吕不韦就是他的亲生父亲。后来秦王政长大了，太后赵姬还是淫乱不止，吕不韦怕奸情败露，灾祸降临，就把自己的门客“大阴人”毐献给太后。吕不韦还假意教人告发毐犯了该受宫刑的罪，私下里又教太后暗中厚赏主持腐刑的官吏，假称毐受了腐刑，拔去他的胡须让他冒称宦官，这使他才得以进到王宫侍奉太后。太后和他私通后，十分宠爱他，后来他们生了两个私生子，并且密谋：嬴政一死，就把私生子立为继承人。
秦王政因为母亲宠爱毐，封他为长信侯，把山阳和河西、太原两郡作为他的封地，并任用他主持国家大事，毐一时权势显赫。毐家有奴婢数千人，许多人为了求得一官半职，专去毐家做门客。
秦王政九年（公元前238年），有人告发毐不是阉人，常和太后私通，养有两个儿子，都藏起来了。秦王政借机下令调查，毐无言以对，决定谋反，并趁秦王政到秦故都雍城蕲年宫举行冠礼之际，偷走了秦王的御玺和太后的玺印发兵作乱。早有戒备的秦王政当即命令吕不韦、昌平君、昌文君等率军反击叛军，咸阳一战，诛杀数百人。毐兵败逃走，被活捉。毐和他的党羽被车裂而死，毐三代被诛灭，他的门客都被收审，家属迁到蜀地。秦王政痛恨自己的母亲淫荡不止，将她囚禁在雍宫，并杀掉那两个私生子。直到齐国茅蕉来劝说秦王时，他才到雍宫将太后迎回咸阳。
这次事件也牵连到吕不韦。毐被杀后，秦王本想也杀死吕不韦，只因他侍奉先王有大功，以及他的门客和一些说客替他说好话，这才没有给他定罪。不过，秦王还是免去了他的宰相一职，并遣返他回到自己的封地洛阳去。
在免职的一年多时间里，各国诸侯的宾客和使者频繁往来于洛阳，问候吕不韦，大有请他出山之意。秦王政怕发生变乱，就写了一封信给吕不韦说：“你对秦国有什么功劳？可秦国给你10万户的封地。你跟秦国有什么亲属关系？可以自称‘仲父’？现在请你与你的家属迁到蜀地去居住吧！”吕不韦知道事情已无可挽回，不久就迁往蜀郡。他忖度自己的处境，害怕被杀，于是在流放途中喝毒酒自杀了。吕不韦死后，他的门客偷偷埋葬了他。秦王政知道后，又分别给予他们处罚。这场斗争以秦王政的完全胜利而告结束。
吕不韦作为一名商人跃为宰相，可谓奇人奇事。早期，吕不韦立子楚为王储，固然表现了他惟利是图、贪求权威的性情，但他在主持秦国朝政期间励精图治，使秦国在政治、军事、经济、思想方面都为以后一统天下打下了良好的基础。尽管他与秦王政有政见分歧，并发生权力冲突，但是事实说明秦王政的统一与吕不韦的功绩有着不可分割的联系。