礼仪之争的根本起因是基督宗教观念与中国文化间的差异，直接原因则是利玛窦（Matteo Ricci）为在华耶稣会士确立了以文化适应原则为原则的传教策略。耶稣会创始人罗耀拉（St。Ignatius Loyola）自一开始就为本会的传教活动规定了两大原则：走上层路线，奉行灵活传教方法——以学习传教地区的语言和风俗为必要条件。这两条原则在美洲、印度和日本都得到运用并取得显著成果，在华耶稣会士的传教策略正是这两大原则的延续，也是他们根据自身所处环境对其进行深化和具体化的结果。利玛窦在这一过程中的突出贡献就是将上述原则性指导与中国的文化与政治实况相结合，发展出一套明晰的、可操作的行动计划。
利玛窦1582年8月自果阿来到澳门，与罗明坚（Michele Pompilius Ruggieri）一起学习中文和中国风俗，次年两人共赴肇庆。大约10年之后，利玛窦在适应策略上迈出具有标志性的一步，即在1592年底之后在衣着上易僧服为儒服，以便为中国士人接纳。此后数年里，一套完整的适应策略在他的思想和行动中逐渐明朗。利玛窦的理想是融合中国文化与基督宗教而建设一种“中国——基督宗教”式的综合体，使基督宗教真正植根于中国，而摆脱那种被政府视为异端、令民众心怀疑惧的边缘性地位。为了实现这一理想，除了需要做好打持久战的准备，关键的是为糅合基督宗教与中国文化订立一个可行方案。利玛窦深思熟虑之后决定在社会性与道德性因素上沟通两种文化，并最终选择了儒学而非佛道作为沟通的平台，这不仅是基于对传教士在中国所面临之政治形势的仔细考虑，也是出于对中国这几种教义各自内在动力的考虑。利玛窦明白，基督宗教与佛教在教义上存在某种相似性，以致佛教实际上是基督宗教的一大竞争者。明确这个方向之后，利玛窦提出了四个方面的“本土化”要求：生活方式、表达基本思想和概念的术语、伦理道德、意识形态性的礼仪和习俗。生活方式上的本土化就是接受中国人的举止态度、饮食习惯、睡觉模式、衣着打扮，比如穿士人的丝质长袍、蓄胡须、雇仆人、乘轿子，并学会向有影响的人物赠送厚礼。伦理道德方面的本土化则表现在利玛窦在中文宣教书和实际讲道中以儒家的仁、德、道等概念来解释基督宗教的伦理，并且将天主教戒律和圣礼中与儒家伦理有冲突的部分略去。在术语问题上，利玛窦采用中国古籍中频繁出现的“天”或“上帝”指代God。礼仪问题中，利玛窦起初禁止天主徒从事祭祖祀孔礼仪，因为其中有叩头举动，这在天主教徒眼里是膜拜神的行为。但他很快就发现，中国人宁肯拒绝天主教也不愿放弃这些礼仪。现实困境使他更仔细地观察这类礼仪，发现这类礼仪在中国具有法律规范和身份认同的性质，不执行它们将意味着背弃中国社会，反对它们无异于反对中国政府。同时他又发现，叩头礼也用于对皇帝或父母等生人。因此，既考虑到传教士在中国立足有赖于中国统治阶层的优容，又考虑到叩头行为在中国社会中具有礼节性涵义，利玛窦便通融地把祭祖祀孔礼仪理解为社会性和政治性举动而允许执行。
在生活方式、伦理、术语、礼仪方面顺应中国人的传统做法，并不意味着利玛窦果然认为中国文化或儒家教义与天主教会的规定及教义不冲突，而只是他为了敲开中国的大门所采取的权宜之策。因为根据传教士掌握的信息，中国人因为自视文明发达而排斥一切外来的、新鲜的并自称优于中国文化的思想。利玛窦传教策略中的核心内容就是要利用中国古代文献向中国人展示，他们自己的古代宗教与基督宗教具有相似性，因此基督宗教不是野蛮的外来事物；同时也可提醒中国人，基督宗教因为包含了中西两种古代文明中共有内容而能够成为中国人找回他们那神圣却已被遗忘之过去的一座桥梁。他设想，当中国人认清这一点后，便会自动归信，而有了这个基础就可以进一步慢慢清除中国人观念中的异教形态，纯洁其信仰，亦即最终以基督宗教改造儒学。从先秦文献中寻找术语表达基督宗教的概念和依据古书解释中国人的宗教形态及礼仪性质是利玛窦这一主旨的具体表现之一，这也是在术语和礼仪问题上坚持本土化的原因。此外，利玛窦的方法也体现出他本人尊重中国人与中国文化的真挚与谦虚之情，正是凭借这种谦虚的尊重、敏锐的洞察和慎重的取舍，利玛窦才能够被环境接纳，为耶稣会士中国传教区的开辟与发展奠定基础。但是，站在以天主教为中心的立场上，利玛窦的文化适应方法显得很危险，它可能导致形成一种中国信仰与基督宗教信仰胡乱融合的混合物，严重损害天主教信仰力图保持纯洁性与优越性的基本宗旨。所以1610年利玛窦甫一去世，在华传教士就因为对其术语和礼仪方面的顺应做法意见不一而拉开了礼仪之争的帷幕。这场争议也可以说是利玛窦对中国文化超乎先例的妥协导致天主教会对传教过程中适应特定社会之程度问题的争议。