礼仪之争以耶稣会士内部的术语争议开篇。利玛窦以“天”或“上帝”来传达God/Deus的概念，是因为他发现中国古籍中出现的这两个概念被中国人用来指一个灵魂与人类的统治之主，这个统治主的性质正与天主徒所说的真神一样，比如他是一切力量与法律权威的源泉，是道德法律至高的约束者和捍卫者，他全知全能，奖善惩恶。而且“天”与“上帝”出现在最受中国人尊崇的古代文献中，也是中国人很熟悉的词语，从策略性角度考虑，它有助于破除中国人中反天主教的偏见，适合天主徒接受。利玛窦上述思想集中体现在他的中文宣教书《天主实义》中。利玛窦的意见得到当时耶稣会士远东视察员范礼安（Alessandro Valignano）的支持而得以推行，但耶稣会士内部自一开始就存在分歧，以1597年到达中国的龙华民（Nicolas Longobardi）为代表。不过，最先就中国传教区术语问题公开提出疑议的是日本的耶稣会士，他们也曾在日本经历过术语难题，最后选择以Deus的译音作为通行名称，以求保持基督宗教概念的纯洁性；所以当他们读到利玛窦的中文著作后，立刻判定利玛窦的做法不妥，并将他们的担心通过澳门的耶稣会士东亚总部转达给在华耶稣会士。当时，龙华民已经接替利玛窦任中国传教区会长，日本同僚的意见与他一拍即合，他早就担心，中国人并未把他们的“上帝”视为一尊人格化的神，而仍然按经典著作的传统诠释视之为天道和天命式的无形力量。于是龙华民借此机会建议当时的视察员巴范济（Francesco Pasio，1611-1612年在任）重新审查整个问题。但巴范济征求过徐光启、杨庭筠、李之藻和其他士人的意见后，发现他们都支持利玛窦的观点，因此尽管他本人赞成龙华民的看法，却出于维持传教区良好发展态势的考虑而将此问题搁置不议。数年之后的1616年，又一位日本耶稣会士陆若汉（Joao T？uzu Rodriguez）重新挑起这个问题，并向耶稣会总会长申述，从而扩大了该问题的波及面。与此同时，龙华民也一直未放弃维护自己观点的努力，并在中国同僚中发现了一位同盟熊三拔（Sabbathin de Ursis）。1617年，龙华民向当时的视察员维埃拉（Francisco Vieira）呈交一篇关于术语问题的论文。1618年，已被逐到澳门的熊三拔写了一篇随笔和一篇正式论文来支持龙华民，坚持认为中国人不了解上帝、天使和灵魂。大约同年，澳门的耶稣会士卡米洛·迪斯科坦佐（Camillo di Costanzo）也向维埃拉递上一篇攻击利玛窦术语策略的论文。维埃拉赞成这几人的意见，但他知道庞迪我（Diego de Pantoja）和王丰肃（Alphonse Vagnoni）不同意这种看法，因此也命他们写文章表述观点。于是二人写了一篇与熊三拔等人针锋相对的文章，坚持中国人具备关于上帝、天使和有理智的灵魂的知识。在这种情形下，维埃拉最终未做决断。其后不久，新任视察员骆入禄（Jerónimo Rodrigues）1621年在澳门召集传教士讨论术语问题，由于讨论中的主流观点是支持利玛窦，所以骆入禄颁发了一系列赞成该立场的指示。
但龙华民并不妥协，1623年，他将自己1618年以来在中国人中调查利玛窦术语之含义所得的结论写入《孔子及其教理》一书，次年又写文章批评《天主实义》。这些又引出新一轮关于利玛窦术语问题对错与否的文字辩论并日趋激烈。于是，1627年12月底，一群耶稣会士聚集嘉定，奉当时的视察员班安德（André Palmeiro）之命再度举行会议讨论术语问题，由中国副省会长阳玛诺（Emmanuel Diaz Junior）主持。由于龙华民的强硬态度，会议始终无法就术语问题达成共识。将近1月底时，因天启皇帝驾崩，会议被迫草草收场，因为在这种情形下大规模集会将令格外顾念政体安全问题的中国政府产生怀疑。不顾会议最终还是做出一项基本决定，即总体上维持利玛窦的传教方法，只是禁止使用“上帝”一词，而改用最初曾被使用过的“天主”一词，不过利玛窦的已公开著作不受此限。
然而嘉定会议并未宣布“上帝”或“天”是彻底错误和无法接受的，所以龙华民对此仍不满意，1633年又写文章攻击“上帝”一词，再度引发在华耶稣会士的激烈辩论。眼看争论不止，1635-1641年间任中国副省会长的傅汎济（Francesco Furtado）破釜沉舟，下令焚毁那些反对利玛窦的作品，以求结束这场拖宕二十多年的争论。截止1630年代写成的50多篇这类文件就此消失，龙华民的作品几乎全无幸免，惟有1623年所写的《孔子及其教理》被秘密保存下来，后经一位耶稣会士汪儒望（Jean Valat）之手转给耶稣会士的坚定敌人、多明我会士闵明我（Domingo Navarrete）。闵明我将其收入《中华帝国历史、政治、伦理和宗教论集》（Tratados historicos，politicos，ethicos，y religiosos de la monarchia de China）在马德里出版，又在1701年被摘出来译成法文，以《论中国宗教的某些要点》（Traité sur Quelques Points de la Religion des Chinois）为题，由外方传教会在巴黎刊印，成为18世纪外方传教会反对耶稣会士的利器。
值得注意的是，嘉定会议中，传教士们在祭祖祀孔礼仪问题上轻易地达成共识，认为它们有较浓的世俗意味，沿用利玛窦的容忍做法，连龙华民都未就此质疑。究其原因，术语问题尽管是个严肃的神学问题，但对于中国教徒而言，更改一个称呼最多会引起一些理解上的障碍而要求更多的解说与指导，却不会对传教事业的推进有实质性影响。而如果在礼仪问题上不适度容忍中国人的做法，就会导致中国人拒绝天主教；传教士如敢完全禁止中国天主徒祭祖祀孔，就会被指责是在攻击中国政府和家族而遭严厉惩处。可见，在耶稣会士内部，始终还是以中国传教区的大局为重，对于利玛窦策略中明显涉及到传教区存亡命运的内容，宁愿维持现状，尽管他们同利玛窦一样清楚，在礼仪问题上让步只是权宜之计。所以，1630年以前耶稣会士内部尽管就术语问题和知识传教策略中的一些具体做法有过激烈持久地讨论，却没有影响传教区的统一与安宁。然而随着多明我会士、方济各会士、巴黎外方传教会、传信部传教团陆续入驻中国，中国传教区的格局发生显著变化，各宗教团体的传教思想不通，彼此间的利益冲突也在所难免，于是有关利玛窦策略的争论逐渐从耶稣会士的内部探讨扩展为修会间不同传教方针的冲突。在这种背景下，礼仪之争的重心从术语问题转为礼仪问题，并一发不可收拾而最终导致中国传教区的分裂与崩溃。