1626年，后金汗王努尔哈赤乘明朝内乱，率八族精锐长驱直入。其军“前后如流，首尾不见，旌旗剑戟如林”。十几万大军直逼由明朝大将袁崇焕镇守的宁远城下。努尔哈赤派间谍去诱降袁崇焕，袁崇焕断然拒绝道：“义当死守，岂有降理！”
然而，袁崇焕仅有两万兵力。为了固城死战，袁崇焕动员了全城军民，刺血作书，激励士气，并派武官生把守街口巷尾，盘查奸细，捕捉内奸。严格保守了宁远城内的军事兵力、布防、储备等机密，使努尔哈赤无法侦知。
几天后，努尔哈赤发起了强大的攻城战。袁崇焕一面用红夷大炮猛轰，一面又派敢死队缒城出击。经过六天六夜的激战，努尔哈赤中炮负伤，只好解围退兵。自命“战无不胜，攻无不克”的努尔哈赤对袁祟焕“大怀忿恨”，不久伤重去世。
袁崇焕得间谍密报努尔哈赤去世，便“遣使吊，且欲以知虚实”。他一边跟新即汗位的皇太极谈判停战，一边又争取时间加紧重修宁远城。皇太极也“遣使报之，崇焕欲议和，以书附使者还报。”然而，皇太极岂能忘杀父之仇！不久，他便率十五万大军兵临宁远和锦州城下。双方大战一月有余，不分胜负。袁崇焕命令号称“万人敌”的名将祖太弼，率敢死队出城反击，祖大弼一马当先，直冲皇太极而来，他挥舞马刀，差一点砍伤皇太极的坐骑。皇太极见“士卒死伤甚重”，“大放悲声”，愤然而还。袁崇焕指挥的这场宁、锦保卫战，使皇太极大伤元气，史称“宁锦大捷”。
同年八月，崇祯帝即位。任袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽。袁崇焕赴任前，崇祯召见了他。崇祯问他何日能打败皇太极，收复辽东失地。袁崇焕夸口道：“五年之内。”崇祯大喜，赐给他一柄尚方宝剑，授予他先斩后奏的权力。袁崇焕为了扩大自主权和防止奸臣的谗言诬陷，特地对崇祯说：“我大明朝现在急于消灭皇太极，他们也一定会大行反间。而我作为一个戎边大将肯定会碰到许多意想不到的阴谋及困难，望皇上明察支持我。”崇祯都一一应允。
为了实现“五年复地”的承诺，袁崇焕一上任，就不顾崇祯和文武大臣的反对，与皇太极取得秘密联系，企图以巧妙的和谈技巧和重金厚币，来诱使皇太极交换辽东土地。然而，他怎么也没有想到，皇太极是一个极为善于用间的高手。他在与袁崇焕进行“和谈”的同时，殚精竭虑设下了一个连环间谍阴谋：
皇太极利用袁崇焕急于交换辽东的心理，写了一封密信给他，信中假意答应袁崇焕的要求，但附加上了一个条件：杀掉毛文龙。毛文龙是镇守辽南海中战略重地——皮岛的总兵官。袁崇焕早年与毛文龙结有私怨，于是便应允了。皇太极为了让袁崇焕掌握毛文龙的“谋反罪证”，能名正言顺地杀掉他，又向袁崇焕提供了伪造的毛文龙暗通后金阴谋反叛的几封密信，信中说：“尔(指皇太极)取山海关，我(指毛文龙)取山东”，“我虽为此地之官，而归顺之心常有也……上(指皇太极)诚有意于我，如我用时，遣人来告。”
1629年夏天，袁崇焕携带尚方宝剑和“密信”，登上皮岛。他以观将士校射之名，把毛文龙骗到山上捉住，历数其十二大罪状。然而，袁崇焕问毛文龙部将说：“毛文龙如此罪恶，你们说该杀不该杀？如果我屈杀了他，你们就上来杀掉我。”部将谁敢冒犯兵部尚书，连说该杀。袁崇焕又对毛文龙说：“我如果不杀你，这一块土地就非皇上所有了！”于是喝令旗牌官执尚方宝剑斩杀毛文龙。这一消息传到京师，崇祯“意殊骇”，“天下闻之，诧为奇举”。袁崇焕自以为可加速收复辽东失地，殊不知他正在加速向皇太极布下的死路走去。
三个月后，皇太极突然亲率十万大军，实施了一个奇怪的军事行动：他避开袁崇焕重兵把守的宁锦防线，绕道蒙古直插北京。部将亲信们不解其中奥妙，纷纷劝谏他不可“孤军深入，劳师袭远”。因为稍有不慎，将导致全军覆灭。皇太极却坚定地说：“我意已定，休得多言！”袁崇焕得知皇太极绕道入关，立即率大军连夜回援北京。
皇太极见袁祟焕被诱上当，便派大批间谍潜入京城，四处散布流言蜚语，说什么“袁崇焕引清兵入关，率兵抵京师，欲伺机生变”。一时“满城怨谤皆起，谓崇焕纵敌拥兵”。袁崇焕对这些全然不知，他在北京城广渠门外与皇太极大战，两胁中箭多处，因身穿重甲，才未致死。经过昼夜兼程、连续作战的袁崇焕军队，极为疲惫。这时袁崇焕又犯了一个致命的错误，他几次进宫求见崇祯，请求军队入城休整。“遇事多疑，躁急苛细”的崇祯早已听到流言蜚语，加上朝中大臣屡次上奏说：从捕获的后金间谍处得知，袁祟焕常与皇太极暗通书信“密有成约”，“引敌胁和”，“擅杀毛文龙，便是明证”。于是崇祯坚决不许袁崇焕军队入城，生怕有变。
这时皇太极见时机已到，便打出了致袁祟焕于死地的最后一招：他突然下令撤退，不与袁崇焕作战，并密令副将高鸿中和鲍承先施行反间计。两名副将深夜回到营帐，对在入关后俘获的两个明朝太监假意审讯呵斥了一番，就坐到一旁聊天。当两个太监刚睡下不久，他们就故作耳语道：“此次撤退，是皇上(指皇太极)的妙计呀！几天前，皇上曾单骑到袁崇焕大人阵前谈了很长时间，袁大人和我们有密约，此事马上大功告成了！”一个姓杨的太监假装睡着，但全都听到了这番话。第二天早上，后金军队又乱哄哄地拔营撤退。杨太监乘看守“不意”，偷偷逃回了北京，并立即上朝向祟祯报告这一“重大情报”。这时，当年魏忠贤党羽的漏网分子王永光也对崇祯说：“袁崇焕引敌长驱直入，这是要挟迫皇上订城下之盟呀！”
至此，崇祯对袁崇焕暗中通敌、阴谋反叛之事不再有任何怀疑了。他以“议饷”名义诱召袁崇焕进宫，又以“擅杀毛文龙和纵敌深入、进京不战”等罪名，间成通敌谋反死罪，喝令拿下，投入特务机关锦衣卫的大牢。北京满城官民百姓听说此讯，都认为早该除掉这个“死有余辜”的“心腹祸患”，根本无人出来为他讲话。这时礼部尚书兼东阁大学士温体仁，“阳托严正之名、阴行媚嫉之私”，收买了袁崇焕的部将谢尚文做伪证，诬证袁祟焕确实通敌。于是，崇祯下诏令处死袁崇焕。这位自谓“大明国里一亡命徒”的一代名将，被绑赴西市，千刀万剐，处以磔刑，并割下首级，送至边境示众。
皇太极计杀袁崇焕，是史称明朝“自坏长城”的一个杰作。以至于此后很长一段时间内，也无人知晓内情。一直到1644年清军入关建立清朝后，修撰《清太宗实录》时，真相才大白于天下。《孙子兵法·用间篇》说：“事莫密于间。”皇太极是深通其意的。他冒险出兵诱使袁祟焕回师北京的意图，即使对拥立他登上皇位、盟誓一心的亲兄长大贝勒代善及三贝勒莽古尔泰，也守口如瓶，毫无透露。他先运用“假和谈”，然后以“五个利用”最终除掉了这个与自己有着刻骨仇恨的强劲对手：一是利用袁崇焕“急于复辽东”心理；二是利用袁崇焕与毛文龙的私怨；三是利用突袭北京，袁祟焕必然回兵而造成京城混乱局势；四是利用崇祯猜疑多忌；五是利用太监充当反间，终于如愿以偿，借祟祯之手使袁崇焕枉为“冤死鬼”。尤其值得重视的是：皇太极竟敢冒全军覆没之危，率十万大军调动袁崇焕；兵临北京城下后，又决然弃城而撤，用如此大规模的反常军事行动来实施反间计划，可以说是史无前例的。从中可见皇太极驾驭军事行动及间谍活动的才略已达到炉火纯青的地步。