护国战争结束后，为实现自己的政治理论，宣布要当“在野政治家”的梁启超又一次放弃了自己的誓言，决定再次和统治阶级当权派携手合作。此刻，军务院已取消，国会召开在即，为了控制国会使之成为宣传和实现自己主张的有利舞台，他决定把各地进步党人组织起来，壮大进步党的势力。在梁启超的号召下，进步党人成立了“宪法案研究会”和“宪法研究会”两个组织。两会名称虽有别，宗旨却无异。
在进步党人组党的同时，国民党人也相继组织起“丙辰俱乐部”、“客庐系”和“韬园系”三个政团。并于1916年9月9日将三政团合组为“宪法商榷会”。它集合了参、众两院的国民党议员380余人，是国会中的第一大党。鉴于国民党各派系的合流，进步党人也于12日宣布将自己的两个政团合并为“宪法研究会”。集合参、众两院进步党议员160多人，成为国会中第二大党。这就是所谓的“研究系”。
不久，以段祺瑞为总理，包括段系成员、商榷系、研究系议员在内的新内阁组成。在国会中，研究系和商榷系皆以国会为舞台展开了斗争。在国会外，北洋地方军阀张勋于6月成立徐州的“督军团”，肆无忌惮地干涉国会、宪法和内阁，形成一股军人干政的恶势力。在国会与督军团、商榷系与研究系、总统和总理的府院之间，都交织着异常复杂而尖锐的矛盾。由此演出了许多光怪陆离的斗争，使政潮此起彼伏，北洋政府一直处于动荡之中。
以梁启超为首的研究系始终站在打击商榷系、支持段祺瑞的立场上。梁启超还和张勋拉扯关系，旨在借督军团的力量壮大自己的声势。
研究系和商榷系的争斗，更激烈地表现在制宪问题上。梁启超坚持认为中国国情不适于两院制，而只能实行一院制，同时他也反对省制入宪。对于省长要不要民选的问题，梁启超更是持否定态度。梁启超在制宪问题上的这些主张实际为“研究系”日后在国会中就宪法问题和“商榷系”展开争论定下了调子。1916年9月下旬，宪法审议会议开始审议宪法草案，研究系与商榷系展开了旷日持久的激烈论争，甚至不惜大打出手。
双方在国会体制上的争论同样十分激烈。1917年初，梁启超还亲自离沪北上，为国会中的研究系同仁撑腰打气。然而，在修改宪法的这场斗争中，研究系及北洋军阀到底没有取胜，他们的主张最终没有如愿。
国会中两派的斗争，另一个突出的表现就是对德参战案问题。第一次世界大战爆发后，美、日为了争夺在华的利益，对中国是否对德宣战持相反的态度，并争相对中国政府施以利诱。段祺瑞为了进一步扩展自己的势力，扩充军队的财源，增强自己左右中国政局的资本，对日本的要求表示响应。国会参、众两院分别通过了其对德绝交案。当时的国内舆论，主张居中立者多，一时朝野上下形成了强烈反对参战的舆论。
在国内舆论主流反对中国参战的时候，梁启超则完全站在支持段祺瑞、力主对德宣战的立场上。本来，梁启超是德国必胜论者，这时一变而为积极的对德参战派，促其转化的原因是多方面的，首先是德国失败的迹象逐步显露出来。梁启超很想借此机会在外交上搞一次政治投机，增强中国的国际地位，改变中国几十年来的外交窘境。第二个原因是重视对日本的关系，更重要的一个原因是他对段派势力的支持在于希望通过外交问题压倒反对派商榷系。
梁启超就对德参战问题上给段祺瑞献计献策，同时还四处活动，并派人和张勋取得联系，以便获得北洋督军的支持。此后他不断地出入内阁、相府、国会，阐述主张。
梁启超力主 对德宣战的立场 理所当然遭到反对派的谴责和抨击。国会议员中多数反对对德绝交、参战。国民党人士、外交总长伍廷芳还致信梁启超，从中国的形势分析，力劝梁放弃参战主张。对反对派的意见，梁启超却不以为然。尽管以梁启超为首的研究系尽全力支持段政府，但由于总统黎元洪和国会中的第一大党商榷系坚持对德方针只能做到绝交为止而反对参战，段政府参战意图难以实现。于是1917年4月，在段召开的北京督军团会议上，发出了一片对德宣战的叫嚣。5月，督军团策划组织各种“公民请愿团”包围国会，强迫议员通过对德参战案。议员坚决不买帐，商榷系阁员相继辞职，国会则通过对内阁不信任案。段祺瑞针锋相对，令督军团压迫黎元洪解散国会，黎严加拒绝，并罢免段祺瑞国务总理职务。段祺瑞不甘示弱，立即通电煽动督军团反对黎元洪。5月29日，皖、奉等8省督军宣布独立。继而，研究系另一首脑人物汤化龙辞去众议院议长，研究系议员也纷纷辞职南下。北京政府陷入瘫痪状态。黎元洪孤立无援，一筹莫展，不得不向张勋发出进京调停的邀请。于是，张勋率4300余辫子军向北京进发，民国史上最丑恶的复辟一幕就要开场了。