经过郑成功的苦心经营，郑成功从南澳回来时，已有了数千人的队伍。他听说桂王已在肇庆即位，便放弃了隆武年号，改用永历记年。
郑成功命洪政和陈辉为左右先锋，杨才和张进为亲丁镇，敦泰、余宽为左右护卫镇。这年四月（公元1647年），郑成功联合郑彩、郑联兄弟，进攻海澄。清军入福建后，海澄一度成为清与残明势力争夺之地。郑军这次进攻，只攻破了九都地方，但因计划不周，而清军援兵又及时赶到而失利。洪政中流矢受重伤，监军杨潢阵亡。郑成功不得不退兵。
郑成功整顿兵马，鼓舞士气，准备再战。郑鸿逵颇为欣赏郑成功不怕挫折的勇气，但同时担心郑成功行动鲁莽，万一孤军深入，会给清军造成可乘之机，便写信给郑成功：“无论什么事情都要先稳固根本性的基础，然后才能求得稳定的发展。现在你只占据安平这个弹丸之地，又没有天险可以依靠，一旦清军攻打过来，你怎么办呢？你应该火速回军，我领军相助，我们两军合力攻下泉州，做为暂时的安身之地。然后养兵蓄锐，攻打清军之不备。”郑成功觉得叔父的话很有道理，当即回兵安平。
顺治四年（公元1647年）八月，郑成功与郑鸿逵合兵进攻泉州。清朝福州提督赵国祚驻守泉州，他认为郑成功年轻无能，不过率领一群海盗而已，一战即可将其击溃。他率领骑兵500人，步兵1500人，分两队前往桃花山迎战。一队人马从涂门出发，一队人马从东门出发，直冲郑成功营垒而来。
郑家合兵约有10000人，分别部署在桃花山下。郑成功见清兵杀来，便令洪政、陈新两员大将迎战。战斗从早晨一直打到中午，双方相互冲突相拒，未见胜负。郑鸿逵见不能立时取胜，便命林顺从旁夹攻。同时郑成功也命余宽出奇兵截杀清军。清军经不住郑氏大军的勇猛攻击，阵势大乱，郑成功乘机挥军追杀，清军大败而逃。郑军追至城下，也鸣金收兵。
郑军每次攻击泉州城，清军溜石寨参军解应龙都出兵救援，使郑军不能全力攻城。于是，郑成功决定设计除掉这个隐患。
他带着队伍来到泉州城下，命人吹号进军，猛攻泉州城。赵国祚看见城下到处都是郑军的旗帜，好像所有的队伍都在攻城，急忙呼救。解应龙果然率兵来援助。他却不知道，郑成功已派出一支部队，攻击他的溜石寨，而另派一支队伍，埋伏在解应龙所经的大路上。当解应龙走到中途时，得到快马来报，说郑军正在攻溜石寨。他急忙率军回救，路上走入郑军的埋伏圈。解应龙所率1000人被团团围住，他本人被乱军打死。溜石寨也被攻破了。
郑军声势大振。赵国祚才开始注意加强防守，不敢轻视郑军，日夜在城内巡察。
郑成功见解应龙被歼，已无后顾之忧，便亲自督阵，在泉州城四下摆好大炮，四面齐攻。命令洪政、陈新、余宽、郭泰等将，率兵架起云梯一齐登城。赵国祚千方百计防守。郑军没能打下泉州城。
清漳州守将王进，绰号“王老虎”，作战非常勇敢。听说泉州被围，他说服总兵杨佑，说明“唇亡齿寒”的道理，杨佑答应了他的要求。为了防止漳州被郑彩军队攻击，王进只带了1500人去援助泉州。
王进率骑兵500名、步兵1000名，分三队前行泉州。第一队由总领旗赵英和左哨千总杨得功会同安营游击廉郎，声言攻击安平。因为安平是郑成功的根据地，郑成功肯定会回兵救援。王进亲率一队，相机而动。第三队由右哨千总李玉和游击祁光秋作为援兵。首先派人号称是王进率大部队，会合潮州援兵数万人，抵达泉州城下，攻击郑成功部队，以解泉州之围。
郑成功与郑鸿逵商量后决定分兵回救安平，余部进攻泉州城和防范王进军队的进攻。
王进率军来到大盈，命杨得功、董之制造进攻安平的假象，自己悄悄带领骑、步兵，乘夜由冷水井出发，经何坑，前出到南安，突到泉州城下。洪政率兵出战，败下阵来。赵国祚在城墙上远远望见，知道救兵已到，便命士兵在城上四面呐喊，以造成相助之威。
郑鸿逵心虚，以为清军大队人马来到，不敢再战，急忙退回金门。郑成功正率部在王陵防守，而郑鸿逵已退，自己势孤难战，便也退回安平。
王进进入泉州城后，恐郑军知道真相后进行反攻，谢绝赵国祚的挽留，率军急忙返回漳州。
果然，郑成功侦知真象后，追悔莫及。急命几路人马截追王进部队，然而此时王进军队已过去两天了。
泉州之役郑成功虽未达到目的，但他在桃花山打得清军落花流水，在福建人民中产生巨大影响。他的声望日益提高。又有许多人投靠到郑成功手下，如原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎、武艺精熟的蓝登、通晓谋略的施琅及显贵等人。郑成功对他们非常尊重，待如上宾。郑成功加紧操练部队，并在安平筹集粮饷。
泉州之役也给清军很大的震动，造成了不少的困难，郑军越来越引起了清政权的重视。
顺治五年（公元1648年）闰三月，郑成功率部进攻同安。把守同安的清军将领是游击祁光秋和协防游击廉郎。二人集合步兵、骑兵和九都的乡勇，抵抗郑军，双方大战于店头山。甘辉挺身出战，清军守备王廷的坐骑失蹄被斩。清军溃退入城。夜半二更，祁、廉与知县张郊龄打开西门逃走了，第二天城中百姓开城门迎接郑军入城。郑成功发布命令，安抚百姓，不许骚扰。命叶翼云为同安知县，劝说百姓追征粮饷，以助军需；又命陈鼎为县学教谕，传告在学诸生，起义勤王。
同安被郑军败破后，清军提督赵国祚得到消息，飞报总督转题奏朝廷。皇帝下诣，派遣佟鼐、李率泰、陈锦三人督师恢复各处地方。三人便派兵攻击同安。
郑军使守同安的将领丘缙等得到清军攻击同安的报告后，马上与叶翼云、陈鼎商议防守的策略。三人商定誓死守卫同安城，同时向郑成功求援。
清军在佟鼐的率领下攻到同安。郑军出城迎战被击回城中。同安郑军便回兵城内，准备死守同安，以待郑成功大军来援。
八月十六日，清军攻破同安城，丘缙、林壮猷、金作裕在与清军巷战中力竭而死。叶翼云与陈鼎被俘，从容而死。
佟鼐收复了同安，却痛恨同安的百姓支持郑军坚决抵抗，造成清军大量伤亡，便下令尽屠城中百姓，血流沟渠，令人发指。
郑成功正在铜山整顿船只，训练士卒，忽然接到叶翼云等从同安发出的告急请援文书，便立即率大队舟师回救同安。但天不作美，这几天北风甚烈，航船难于驾驶，郑成功带兵5天才抵达金门。而这时探军来报说，同安已被攻陷，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城惨遭屠杀。郑成功不禁痛哭。他设坛遥祭阵亡将士和被杀的军官、百姓，三军无不为之动情感愤，发誓定报此仇。
郑军不能再北上，于是便移师于镇海、铜山一带。这年十月，永历帝诏封郑成功为威远侯，郑成功高兴地接受了封号。第二年，永历三年（公元1649年）七月，永历帝遣使再封郑成功为广平公。
几年来，郑成功以安平为据点，游战于南国，给清军造成了很大的压力。但是郑成功军队的发展，始终受到一定的限制。