尽管存在着东北亚各国环境合作的种种动力，但现实中还存在着对环境合作的制约因素。
权力因素
东北亚地区的环境合作深受现实主义权力因素的制约。“在国际关系中，如何看待权力问题是多年来一直争论的问题”，现实主义强调权力的重要作用，并以“权力界定利益”，认为“没有实力的国际关系是空想的国际关系”，“国际政治是一种权力的斗争”。现实主义认为追求国家利益、国家权力是国家这一国际社会行为主体的永恒目标。作为一个国家来说，在权力限定下的国家利益是决定一个国家外交政策的主要依据。因此，从某种意义上讲，国家之间的关系是一种权力关系，国家间能否合作、合作的深度与广度完全是以本国利益为出发点的。因此有必要运用现实主义理论范式，以权力和利益为视角，从经济、政治、安全和外交政策等方面进行分析。东北亚这一特殊的地区，历史上形成的积怨较多，社会政治制度和经济制度差异很大，安全困境广泛存在，大国力量汇集，都对东北亚环境合作的发展构成强有力的制约。
第一，经济上，由于各国经济发展水平不同，面临环境问题的轻重缓急各异，对不同环境问题的关注也各有侧重。经济发展水平和阶段的差异，使东北亚环境合作缺乏一定的经济基础。东北亚地区是一个充满多样性的区域，其中既有发达国家还有新兴工业化国家和发展中国家。由于所处发展阶段不同，各国在一些环境问题上自然存在着不同观点，比如说主权问题、保护环境与发展的关系问题以及行动的侧重问题。日本是世界经济大国，国内环境问题已解决得相当好，在地区合作中最关注的是跨国界的环境问题，如大气污染、酸雨等。韩国国内环境状况也有较大改善，目光也开始由国内环境问题转向区域性环境问题。作为发展中国家，中国处在经济起飞阶段，伴随着高速工业化，中国的环境问题十分严重，中国目前最关心的是如何解决国内的环境问题。蒙古和朝鲜经济基础薄弱，在一定程度上阻碍着其参与东北亚地区的环境合作。另外，地区环境合作需要大量资金和技术，而这方面缺口很大。资金不落实，区域环境合作便不能顺利地进入实施阶段。由于关注问题各有侧重，各国在地区合作项目的安排顺序上各执己见，这些分歧在不同程度上阻碍了区域合作的进展。
第二，政治上，东北亚环境合作深受政治因素的干扰，东北亚各国间的政治矛盾是制约环境合作的重要因素。首先，东北亚国家间社会政治制度存在差异。东北亚地区存在着不同的社会制度。中国和朝鲜是社会主义国家，日本和韩国实行的是资本主义制度，俄罗斯和蒙古过去曾实行社会主义制度，目前属于向资本主义过渡的转型国家。东北亚地区各国社会制度和意识形态的非一致性，对地区合作的展开产生重大影响，这是一个必须正视的基本事实。它不仅会在较大程度上影响区域内各国共同利益的形成和确定，而且将直接影响到东北亚环境合作的模式和原则。其次，东北亚是世界上最复杂、最特殊的地区之一。围绕着地缘战略利益，东北亚地区产生了多重复杂的矛盾，形成了错综复杂的双边关系、三角关系和多边关系。东北亚各国间的政治矛盾是制约环境合作的重要因素。
第三，安全上，东北亚地区广泛存在的安全困境制约着东北亚环境合作的深入。各国有许多历史纠葛、“冷战”遗留问题以及现实利害冲突，如领土争端、朝鲜半岛问题、中国台湾问题等一些棘手的问题，有引发争端甚至是冲突的可能性，它们很需要在适当的时间用适当的方法去解决。这些问题和国家间安全观的分歧使“安全困境”成为很难逾越的障碍。在东北亚地区尤其是有关国家在领土等问题上的争端以及该地区广泛存在的安全困境，都严重制约着环境领域合作的深入进行。日俄“北方领土”问题；朝鲜半岛南北双方的对峙；日韩竹（独）岛之争；中日钓鱼岛争端等领土争端错综复杂。同时，朝鲜半岛南北双方之间的安全困境；中日、中美、日俄、日朝之间的安全困境，也是造成东北亚局势紧张、对立和冲突的常见缘由。各国在安全、领土问题上的互不相让，都基于一种现实主义的考虑。在这种战略主导下，各国显然难以在环境领域的合作中走向深入。
第四，外交政策上，中日韩三国作为东北亚合作的核心国家，其对外环境政策直接关系到东北亚环境合作的进程。中国作为一个发展中国家，在对外环境政策上支持发展中国家的立场，坚持发展中国家和发达国家“共同但有区别的责任原则”，抵制和自身发展水平不相适应的环保义务。对于东北亚环境合作，中国同意东北亚环境合作的基本原则，并且将会积极参与为此而进行的各种会议和行动计划，但中国一定会强烈反对以环境保护为理由，对中国的贸易壁垒以及主权的干涉；由于东北亚环境问题本身的政治性质以及日本在东北亚地区内微妙的国际政治形象，在东北亚的环境问题中，日本最为关心的问题是酸雨等跨国境大气污染以及海上油污泄漏和废弃物的海上投掷等海洋污染问题，但这样的环境问题很容易引起域内国家之间的政治纠纷。日本基本上更倾向于利用双边和现有的国际机构开展合作；韩国对于国际环境合作的关心不仅在于环境问题本身，更是出于对经济发展和国家安全等环境外部因素的考虑。就东北亚地区环境合作而言，韩国从一开始就做出很大的努力，甚至发挥了主导性作用。韩国力主建立区域性的正式环境合作机构，从调整者的角色出发，一直致力于东北亚环境合作的形成与发展，这是韩国对外环境政策的集中点。
制度因素
制度因素是制约东北亚环境合作的一个重要变量。当前，东北亚环境合作存在的一个主要问题就是缺乏一个强有力的旨在推动地区可持续发展的地区环境合作机制。关于东北亚环境合作的制度需求可以从新自由制度主义理论中得到理论依据。以罗伯特·基欧汉为代表的新自由制度主义主要借鉴新制度经济学的研究成果，运用微观经济学的市场失灵理论来解释国际制度如何克服国际政治市场失灵所带来的一些问题（即阻止合作的因素），并根据国际制度的功能通过制度安排、制度创新来实现合作。其国际合作的制度需求动因可归结为两个方面，尽管这两者之间有着紧密的联系。
其一，交易成本与国际制度。所谓交易成本，按照新制度经济学的理解，就是指“个人交换他们对于经济财产的所有权和确立他们的排他性权利的费用”，或者说，它是指“事前准备合同（契约或制度）和事后监督及强制合同执行的费用”。因此，交易成本包括与交易有关的所有费用或者代价，例如获取信息、讨价还价、监督和执行和约等方面所需要的费用。在现实生活中，只要存在交往或交易，就肯定而且必然产生交易费用问题。环境的不确定性、信息的不对称性以及主体在交往过程中存在的机会主义倾向，是世界政治中交易成本存在的重要原因，同时也是国际合作出现、维持和延续的障碍所在。而国际制度的一个重要功能就在于能降低国际交易成本。
其二，公共物品与国际制度。公共物品按照布坎南的解释，就是“任何集团或社会团体决定，为了任何原因，通过集体组织提供的物品或服务，都被定义为公共的”。公共物品的最重要特征在于它的不可分性以及排他的不可能性。由此产生了两个问题即外部性和搭便车问题。外部性概念从广义上说，就是“任何人在任何时候他的效益都受到其他个体行为的影响”。但外部性只有置于公共物品的概念框架下才具有特殊的分析意义，只有公共物品的消费才存在外部性问题。外部性有消极的，也有积极的。环境污染、军备竞赛就是消极的外部性，而“搭便车”属于积极的外部性。所谓搭便车，就是指某些个体参与了消费，但不愿承担公共物品生产的成本，而自动享受了别人的成果。公共物品产生的外部性效应和搭便车问题，是国际合作的重要障碍。
从以上的分析可以看出，国际制度安排对于实现国际合作具有重要的意义，它可以降低交易成本，改善信息交流状况，减少不确定性，促进信任的产生，帮助国家形成关于合作的稳定预期。从东北亚的环境合作来看，一方面东北亚的环境问题属于公共物品的范畴，另一方面也必然存在交易费用问题，因此，东北亚的环境合作也必须有可靠的制度安排作为保障。
目前东北亚的环境合作有多种形式，已形成多渠道、多层次、多领域的新格局。既有中日、中韩等双边环境合作形式，又有东北亚环境合作高官会议、东北亚地区环境合作会议、中日韩三国环境部长会议等地区环境合作形势以及通过多边与国际组织进行的环境合作。而且迄今为止，无论是中国与东北亚国家之间的环境合作，还是其他东北亚国家之间的环境合作，已经开始显现出如下成效：这些双边与多边环境合作，逐步启发与强化东北亚国家的“环境共同体”意识。这种环境共同体意识，既表现为对共同面临的国内环境问题的认识，又表现为对跨界环境问题的日趋一致的认识，还表现为对全球层面环境问题立场的相互理解与协调意愿：这些双边与多边环境合作，已开始使一些导致国家间矛盾与纠纷的跨国环境问题，转化为解决这些问题的具体的积极的行动计划。如现在正在进行中的“东亚酸沉降监测网”，“西北太平洋行动计划”，“大气污染长距离输运”研究项目等。这些双边与多边环境合作，正在促进东北亚地区环境产业与环境市场的迅速发育与发展，已开始产生一些积极效果，如中俄边境、中蒙边界的生物多样性（包括珍稀动物）开始逐渐恢复。但是东北亚环境合作的这些形式都还是些松散的环境对话框架，其约束力是相当有限的。从长远来看，也将制约东北亚的环境合作的进一步发展。而且虽然目前讨论东北亚地区环境合作的机构和会议很多，但相互之间的关系尚未完全理顺，存在机构重叠、效率不高的现象。由于东北亚还没有建立正式的地区环境合作机制，也就是说，与欧盟相比，东北亚缺乏一个稳定的组织结构着眼于地区的整体利益而做长远的规划，因此虽然目前的环境会议对于推动东北亚地区多边环境合作机制的建立起到了一定的积极作用，但会议本身具有协商性质，还没有稳定的组织保障。由于缺乏一个强有力的旨在推动地区可持续发展的地区环境合作机制，一些严重的问题还不能得到有效的解决，因此加强东北亚地区环境合作的制度化建设，使多边环境合作制度化，构筑东北亚多边环境合作机制，是东北亚环境合作的一项重要任务。
认同因素
认同或观念因素也是制约东北亚环境合作走向深入的一个重要变量。建构主义认为，认同是能够产生动机和行为倾向的有意图行为体的一种属性。文化、认同、规范构成了建构主义的核心概念，文化或共有观念决定国家之间的认同。建构主义大师温特认为物质性因素本身的意义十分有限，它只有通过社会意义上的结构，主要是指观念的分配，才能对行为体起到有意义的影响。建构主义强调国际体系中的观念或认同因素。对于东北亚地区的环境合作来说，也不可避免地受到认同或观念因素的影响。
（1）东北亚的环境合作
不仅受到东北亚地区权力结构的制约，还在很大程度上受到观念结构的制约。温特认为国际结构主要是文化结构，并分析了三种无政府文化结构，即相互视为敌人、不受限制地使用武力威胁的霍布斯式文化结构，相互视为竞争对手，但承认彼此权利、不排除毁灭性厮杀的洛克式文化结构和互为朋友，不使用暴力、并共同抗击威胁的康德式文化结构。与之相对应，有学者认为国际关系中的角色认同结构有三种类型，即“敌人”模式、“对手”模式和“朋友”模式。国际力量结构构成国家政策选择的限定环境，如何在一定的环境中对各种可能政策进行选择，则取决于观念结构的影响。目前，东北亚地区仍处在洛克式文化结构的初级阶段，东北亚国家尚未完全摆脱互相敌对的观念，诸多的历史纠葛和“冷战”的长期对峙在观念上给东北亚各国留下了很深的敌对因素，国家间的角色结构在一定程度上还停留在敌人的层面上，存在着共有理念的缺失，还远未达到朋友认同的阶段。因此，东北亚的总体观念结构也必然会对东北亚国家的政策选择和地区环境合作的发展产生影响，很大程度上制约着东北亚环境合作走向深入。东北亚地区的权力结构和观念结构是制约东北亚环境合作的深层次规律性因素。
（2）东北亚的环境合作
也受地区认同因素的影响。依据认同形成来源的差异，地区认同大致分为三种：归属性地区认同、回应性地区认同和功能性地区认同。东北亚地区的“归属性”认同较弱，“回应性”认同尚处于萌芽状态，而“功能性”认同呈现不断强化的趋势。相应地，东北亚环境合作的内聚性不强，制度化欠缺，而实用性却很突出。
第一，“归属性”认同，即地区内各国在长期的交往中造就了本地区的历史、文化和各种亲缘关系。归属性认同是一种象征性观念，是国家的地区属性和身份的标志。拥有归属性认同的地区内，国家会产生一种亲近感，从而影响着地区内国家的政策选择并赋予国家一定的地区责任。东北亚地区的“归属性”认同比较弱，这从日本的自我定位中能得到清楚地确认。日本在20世纪90年代以前把自己定位为“西方民主大家庭中的一员”，国内就日本国的外交战略究竟是“脱欧入亚”还是“脱亚入欧”展开激烈争论。尽管20世纪90年代以来，日本国内展开了“重新亚洲化”的讨论，但从日本的外交行动看，日本仍在“东向”和“西向”之间来回摇摆，“仍然生活在两个世界里”。
第二，“回应性”认同，即地区内国家在与外部国家、地区以及整体国际环境的互动过程中，清楚地认识到自我与外部世界国家和地区的相对性和差异性，从而确认自己的地区身份，也清楚地认识到本地区与世界其他地区的差距。“回应性”认同源于对地区外力量和进程的回应，体验到自身与外部的相对性和差异性后产生对本地区生存和发展的危机感和紧迫感，由此推动本地区的合作，确认自己的地区身份。东北亚的“回应性”地区认同有一定的观念基础，但仍处于萌芽状态，对外部进程和外部力量团结一致的回应仍比较微弱。
第三，“功能性”认同，即在地区内国家相互交往过程中形成的相互依赖的基础上，尤其是在突发事件中体现出的相关性。功能性认同与一体化理论的先驱——厄恩斯特·哈斯阐述的“溢出效应”有相似之处，即随着地区内国家间交往的加深，相互依存的形成，在市场力量的推动下各国间的联系日益加强，逐渐形成牵一发而动全身的利益共同体，区域内的国家认识到自身与本地区国家利益的不可分割性，从而形成集体认同。东北亚的功能性认同比较突出，在目前看来东北亚国家不管是在经济领域的合作还是在安全领域的合作，当然更不用说在环境领域的合作都体现了功能性认同，实用性比转强，在性质上属于功能性合作。
从这三类地区认同来看，由于东北亚地区的“归属性”认同较弱，东北亚环境合作的内聚性也就较低，也就是说未来东北亚环境合作的发展乃至东北亚环境共同体的建立将不会一蹴而就，是一个长期的、不断加强凝聚力和向心力的过程。而东北亚地区的“回应性”认同尚处于萌芽状态，因此东北亚环境合作的对外性不强，制度化欠缺。而东北亚地区“功能性”认同的不断强化，是长期以来推动东北亚环境合作的重要因素。但东北亚的环境合作在目前看来仍停留在功能性合作性质上，制度化程度比较低，从未来发展来看，制度化合作模式将是东北亚环境合作的理想选择。