清军水师的战船和兵器基本上是沿袭明朝水军的，虽有某些改进，但无多大发展。与此同时，欧美一些资本主义国家的海军却得到了迅速发展，成为对外侵略、掠夺殖民地的主要工具。战船和兵器的落后，标志着中国古代海军已从世界强大海军的地位跌落下来，日趋衰弱。
战船
这里所说的战船，是泛指清军水师编制内的战船、巡船（哨船）、运船、渡船、塘船（联络船）等各类军用船舶，种类繁多，从总体上大致可分为外海战船和内河战船两大类，也有少数战船是江海兼用的。
从顺治到乾隆年间（1644年～1795年），清军外海水师共有战船28种，主力是赶缯船和舟居船；内河水师共有战船41种，主力是唬船和哨船。这一期间的战船追求庞大和威风，机动性能差。蔡牵海上起义后，清军水师战船屡被蔡牵用商船改建的灵巧战船击败，迫使清军水师改弦易辙，征用或新造大批能机动作战的船只，而将原有的笨重战船逐步淘汰。嘉庆帝当政以后，清军水师根据海上作战的需要，作了较大的改革。坚实、轻捷的新式战船取代了原来的大战船，同安战船成为外海水师的主力。同安战船是在福建同安商船的基础上改建的，很适于海战。清军内河水师因长期没有参加大规模水战而无变化，仍以唬船和哨船为主力。清军水师对战船的建造和修理制定过不少规章制度。早在清朝初期的顺治八年（1651年），清军水师就规定：战船3年一小修，5年一大修，使用10年后拆造。康熙二十九年（1690年），清政府改定为：外海水师的战船和哨船使用3午后进行小修或大修，再使用3年后视情进行大修或拆造；内河水师的战船和哨船，按期小修或大修后，使用3年，再修理后继续使用。这些规章制度，对清军水师战船能得到及时维修，保持水师的战斗力起了一定作用。
清军水师战船在建造和修理中，出现了许多问题，引起了清政府的重视。雍正二年（1724年），清政府下令：凡各地水师战船原由地方官员负责修造的，均改派专职人员监造，以保证战船质量，减少浪费。雍正六年（1728年），清政府又规定：今后，每当新战船建成时，船厂所在地的总督、巡抚、提督、总兵等文武官员应会同前去验看，以示负责。雍正八年（1730年），清政府指令各地总督、巡抚严惩贪污战船营造费和盗卖造船材料的监造官，并指出这方面的问题数京口（镇江）水师最为严重。雍正十一年（1733年），清政府还规定了修造战船的限期，最长为10个月，最短为4个月，不得延误。尽管如此，但营私舞弊的种种现象仍屡禁不止，愈演愈烈。道光年间，“承办各员，冒领中饱，不能如式制造，或以旧代新，或操驾不勤，驯致腐朽”。福建船厂承修的战船“甫经拆造，即致破坏”，“积压各船至三十艘之多”。（《清史稿》卷一三五）这种状况，严重削弱了清军水师的战斗力。
赶缯船原为东南沿海渔民使用的渔船，清军水师在前期定为主力战船。大赶缯船船长36米多，宽7米多，深3米，24个船舱，可载重1500石。每船配水手、船工30余人，水兵80人。中赶缯船长23米，宽6米，深2米，配水手、船工20多人、水兵60人。大、中赶缯船均是双桅、双舵、双铁锚及4个木碇、2支大橹和1支头梢。
赶缯船舟居船原为闽浙沿海的运输船，清军水师改成战船。依作用或形制的不同，又可分为水舟居船、双篷舟居船、舟居哨船、舟居犁船等。一般用松木制造，长29米多，宽7米多，深2米多，桅高26米。大舟居船配水兵35人，中舟居船30人，小舟居船20人，另配水手、船工若干人。
同安船船体呈梭形，航行快速，宽5米左右。清军水师自18世纪末以后以同安船为基础改建的大横洋同安梭式战船，宽8米左右，成为清朝中期的水师主力战船。
唬船分为外海唬船和内河唬船两类。外海唬船长26米多，宽5米，深2米。内河唬船较小，吃水也较浅。
红单船长30余米，宽6米，可装炮20～30门，官兵80人，是广东水师当时最大的海上战船。
舟居船战船是水师的基本作战单位，为了便于识别和管理，清政府于康熙五十二年（1713年）下令各地水师在船舷上漆上本营代号和序号。如“为”字一号、“大”字五号、“捷”字八号等。舷号的使用，是水师正规化的一个标志，对进行大规模训练或作战起了积极作用。
兵器
清军入关以前，主要依靠骑兵击破明军，使用的兵器多为弓箭和刀矛。宁远之战以后，清军开始注意发展炮兵部队。在统一全国和平定“三藩”之乱、镇压抗清武装的作战中，清军大量使用了火炮。后来全国形势稳定后，清朝统治者就把大部分火炮贮藏起来，据《嘉庆大清会典事例》卷五二四记载：清政府决定，除东三省以外，其余地区每千名士兵只准留炮10门，但在水师战船上及海边防、省城要隘，原有火炮均可以保留。
子母炮清军水师战船上使用的兵器分火器和冷兵器两大类。火器这是水师水上作战的主要兵器。雍正年间，天津水师每艘大赶缯船装有大炮4门、斗头炮1门、百子炮4门、子母炮2门、鸟枪28杆、火药200斤、大铁弹200颗，铅弹50斤，火箭8桶、火郎8个、火罐40个。小赶缯船装有大炮4门、百子炮4门、子母炮1门。鸟枪16杆，火药150斤、大铁弹150颗、铅弹30斤，火箭8桶、火郎8个、火罐30个。（《八旗通志·初集》，第569页）在江南、江西等水雷地水师中，大赶缯船有排枪42杆，中赶缯船30杆，小赶缯船25杆，大舟居船16杆，中舟居船14杆，小舟居船10杆，还有火药、子弹、火罐、火箭等。其他水师的战船也装备了相应的枪炮和火器，例如喷筒也是清军水师使用的主要火器之一。清军水师使用的枪炮一直停留在前装滑膛的水平，没有什么发展。
冷兵器这是水师近战时使用的重要兵器。雍正年间，天津水师每艘大赶缯船配有弓箭8副、藤牌10面、排刀10把、木牌8面、钩镰枪8杆、割撩刀8把、竹杆枪20杆、挑刀8把；每艘小赶缯船配有弓箭4副、藤牌8面、排刀8把、木牌6面、钩镰枪4杆、割撩刀4把、竹杆枪巧杆、挑刀4把。鸟枪江南、江西的水师战船上也配有弓箭、大刀、藤牌、钩镰枪、过船枪、钺、斧、标（亦称镖，分为手标、犁头标、铁斗标多种）等，其他水师战船的冷兵器配备也大体相同。此外，在战船上还配置了牛皮、战被等物品，用于扑火和阻挡敌军射来的箭矢、弹丸。
清军水师负责守卫江海要地，设立了不少江海防炮台。这些炮台，装备了较大的火炮，如威远炮等。在不少海防要地，清军水师还设立了水雷营，专门负责布雷和设置其他水中障碍。