训练和巡逻是清军水师两项基本的日常任务。清军水师作战和执行重大任务时，通常是根据作战规模或任务需要，从水师各部队抽调官兵和战船，临时编组部队，而很少使用原来的建制单位。作战结束或任务完成后，官兵和战船归还原建制单位。清军水师的训练和巡逻却是完全按建制单位进行的，而且有较完整的规章制度。清军水师日常训练和巡逻主要是培养官兵的基本军事技能，如驾船、射击等，而协同作战的能力则主要是在战斗中获得锻炼提高。
水师的训练
清朝前期，水师训练比较严格，并制定了一些规章。同步兵、骑兵相比，水兵训练不仅要提高单兵的素质，更强调增强每艘战船的整体作战能力。
八旗水师各部一般由驻地的将军或正、副都统率领，开赴预定海面或江面进行会操。在海上会操的有八旗天津、奉天、福州、广州、乍浦水师，战船通常在海口附近演练防守海口的战术，很少到远海去练兵，因此缺乏远海作战能力。在江河上操练的有八旗江宁、墨尔根、吉林、齐齐哈尔等水师。每年四至八月间，各地八旗水师于潮平风顺时，张帆起碇，列阵启航，鸣炮操练。官兵们体验“风色水性”，练习“驾驶、行阵等法”和“凫水、打枪、斗械、爬桅”等技能。其余时间，各部在营地进行基本操练，讲习水上战术。绿营水师训练情况也大致相同。每年春、秋二季，各地绿营水师在驻地主将的指挥下，“乘舰列阵，扬帆驶风，鸣角发炮，操演咸如军律。”（《粤志》卷五、《清史稿》卷一三九）清政府经常派出官员检阅各地水师的会操。
清政府多次下令各地将领，要求提高水师的训练质量。雍正五年（1727年），清政府命令八旗江宁将军“督旗兵习水战”，并指示江南、江西各地水师官兵除操练弓箭、鸟枪之外，还须增习大刀、藤牌、钩镰枪、过船枪、斧、钺、镖等兵器，提高接舷作战和登陆作战能力。
福建水师重视培养水兵游泳和爬桅技能，不少水兵可以在风浪中爬上战船桅顶悬挂号旗或踩水举枪射击。湖广水师1000多名水兵拥有400支鸟枪，注意提高射击水平。清政府从福建水师挑选“精卒”，前往“技艺生疏”的浙江水师和“不谙战务”的奉天水师担任教习，帮助浙江和奉天水师进行训练。
清朝中期，由于多年没有大规模水战，各地水师训练逐渐松弛。这种状况，引起清政府重视。乾隆十年（1745年），清政府“以沿海水师，经大臣察阅，其操演多属具文，未谙水务，通饬将军、督、抚、提、镇，实心训练甄别”。（《清史稿》卷一三九）嘉庆十一年（1806年），嘉庆帝指责沿海各地将领：“当乾隆五十五年，曾严饬统兵官实力训练舟师，乃日久玩生，弁兵于操驾事宜，全不练习，遇放洋之时，雇用舵工，名为舟师，不谙水务”，并命令“嗣后通饬所辖各营，勒期训练，一切帆舵各技，务皆娴习。其最优者，不次擢用，惰者惩之。”（《清史稿》卷一三五）尽管如此，但水师训练并无转机。
总之，清军水师的训练起初很严格，后来逐渐松弛，其主要原因是清政府统治越来越腐败。长期没有大规模海战和以骑射为本的清军训练思想，也使广大水师官兵产生了无仗可打的麻痹情绪和“善水战不如精骑射”的消极思想。因此，清军水师素质自嘉庆帝当政以后逐步衰弱，以致在后来的多次作战中遭到惨败。
水师的巡逻
在清代初期的统一战争中，水师起过重大的作用。特别是在江河纵横的南方各省及沿海地区，一支不断壮大的水师，弥补了以骑兵为主的清军的缺陷，使清军越战越强，终于统一了全国。然而，当台湾回归祖国，全国局势安定之后，水师的职能由水战（包括海战）为主转变成仅为“防守海口、缉捕海盗之用。”（《清史稿》卷一三五）水师履行这种职能的主要方式是，定期派遣战船在所辖水域巡逻，并在约定的时间、地点与邻近的水师战船会哨，交换文件以备查验。清军水师的巡逻又分作巡海和巡江两大类，制度有所不同，以下分别介绍。
1.巡海
巡海，清代通常称作巡洋。清军水师初建时，规定较严格，但后来松懈了。嘉庆五年（1800年），清政府重新规定：清军绿营水师以各地总兵为统巡官，副将、参将、游击为总巡官，都司、守备为分巡官，千总、把总为专巡官或协巡官，不得以微员擅代。八旗水师以协领为总巡官，佐领、防御、骁骑校为分巡官。统巡官每季须派定巡海军官，并造册送兵部及总督、巡抚、提督核查。
出巡时间。山东登州水师每年4月开始，10月收兵；江南水师以3个月为1班轮流出巡；广东水师以6个月为1班，轮流出巡；福建水师以3月～6月为上班，7月～10月为下班，11月～次年2月则按单双月轮班；浙江水师在3月～10月间以2个月为一轮，11月～次年2月以1个月为一轮。
各省水师巡海的界线：山东水师北巡至隍城岛海面与直隶、奉天水师会哨，南至莺游山与江南水师会哨；江南水师南至大洋山与浙江水师会哨；浙江水师南至镇下关与福建水师会哨；福建水师南至铜山大澳与广东水师会哨。每一省水师的各镇、协、营、讯也必须派船在预定时间和海域同邻近的水师单位会哨。凡误哨的水师官兵被视为失职，其主官将会受到相应惩罚。
2.巡江
水师在江河湖泊巡逻，统称为巡江。所谓巡江，主要是巡逻长江。长江自四川而下，经过岳州、武昌、九江、安庆、江宁、镇江、狼山、崇明等地水师的防区入海，沿途还有许多支流，水域宽广。长江各地水师每月会哨2次，并具报备考。
广东内河水师必须每季轮流派出战船巡逻各江河。广东水师提督每年夏、冬二季还要亲自率领船队出巡，视察各地水师的训练和设防状况。