秦朝水军最早是由秦军攻克巴蜀地区后组成的，后来又在进军东南江海地区过程中得以壮大。《战国策·楚策一》和《史记·张仪列传》等典籍都载有秦国战船的形状。“舫船载卒，一舫载五十人，占三月之食，下水而浮，一日而行三百余里”。（《史记·张仪列传》）秦国战船先进，从蜀地沿汉水下长江，五天即可抵楚国郢都。秦将司马错伐楚，率十万大军，乘万艘大船，载米六万斛，沿江而下。（《华阳国志》）
秦朝二世而亡，只存在了短短的14年。但由于秦始皇建立了统一的全国政权，利于承袭前人的成果和便于组织力量进行开发，所以在水军建设和运用方面所取得的成就是空前的，有以下几件大事可资证实：
一、大规模的水上漕运。秦始皇三十二年（公元前215年），秦始皇命蒙恬发兵20万北击匈奴。蒙恬收复黄河以南44个县以后，驻兵扼守北河（今内蒙古自治区磴口以下黄河地段）。为了保障军队的供应，派出大型船队从山东沿海港口出发，渡勃海（今渤海），入黄河，向北河防地运送粮食。这是我国海上漕运之始。
二、开灵渠。秦始皇二十七年（公元前220年），秦始皇发兵50万大举南下征讨百越所处的江南和岭南，其中主力是由尉屠睢指挥的楼船士，并由监禄负责在今广西兴安县境内开凿了一条长约60里的运河——灵渠，沟通湘江和漓江，使长江和珠江水系相连接，保障了进军和开发岭南的需要。
三、徐福东渡。秦始皇二十八年（公元前219年），秦始皇命徐福（懂航海技艺的方士）带童男女数千人入海东渡，未能成功。徐福谎称大鲛鱼为患，请增派弓弩手随行。秦始皇同意所请，命徐福再次于秦始皇三十七年（公元前210年）出海远航。（《史记·秦始皇本纪》）据中日两国学者考证，这次远航到达了日本。在日本的佐贺、和歌山、福冈等多处存在徐福东渡的遗迹。徐福带去了水稻生产技术和铜铁冶炼术，促成了日本的“弥生文化”。
四、秦始皇巡海。从秦始皇二十六年（公元前221年）统一中国起，到秦始皇三十七年（公元前210年）病死为止，前后12年，曾4次到沿海巡视。其中以第4次规模最大，行程最远。先南巡到九凝（今湖南宁远），然后沿长江而下，过丹阳，到钱塘（今杭州），由此再沿海北上，达到琅琊港（山东诸城东南，属今胶南）。
从这四件大事中，我们不仅看到秦代航运的发达，而且可以推断造船业的兴旺。远程水运几十万人的给养，派童男女数千人东渡日本，没有数量多、质量好的船舶，也是不可想象的。