诸葛亮为了维护蜀汉的统治，增强国家的经济力量，供应军事上的需要，在积极进行政治改革的同时，也注意发展生产，利用当地的自然条件，广开财源，尤其是推行『务农殖谷』的政策，促进农业经济的进步。
诸葛亮用人，打破地区和集团的界限，既用外籍人，也大量使用益州本地人，使本地人的地位有所提高。
诸葛亮治理西蜀的指导思想是德治、法治并用，儒法结合。他尊奉先秦儒家思想，吸收法家思想的有利因素以及西汉新儒家的政治思想，主张“礼法并用”，“德威并举”。而这个“礼”主要就是指儒家倡导的“三纲”（君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲）“五常”（仁、义、礼、智、信）等伦理道德。
这种儒法结合的治国原则，是对先秦儒家思想的继承和发展。儒家强调德治，从来没有放弃法治。为了维护刘备集团在益州的统治，为了蜀汉政权的长治久安，诸葛亮治理西蜀时，根据西蜀当时的具体情况，首先把实行法治摆在重要的地位。
益州原来的政治状况很不稳定，除统治阶级内部矛盾复杂外，阶级矛盾非常尖锐。其主要原因是地方豪强和官僚们的专横恣肆，侵夺百姓，天府之国广大劳动人民创造的财富，大都落入他们的腰包。公元188年，即在刘焉为益州牧前夕，曾发生以马相、赵祗为首的农民起义。起义者自称黄巾军，攻下绵竹县（今四川绵竹东南），杀死县令李升，攻破雒县，杀死益州刺史邵俭，还占领了蜀郡、犍为郡。这次起义虽然被镇压下去，但阶级矛盾并没有缓和。刘焉父子统治益州后，仍然是“德政不举，威刑不肃”，继续宽容豪强官僚侵夺百姓。“士大夫多挟其财势，凌辱小民”，所以蜀地百姓作乱的情况非常普遍。
为了解决这个“乱”的局面，诸葛亮采取了“先理强，后理弱”的方针。先理强就是限制、打击“专权自恣”的豪强官僚，后理弱就是扶植农民发展生产。
厉行法治是诸葛亮治蜀的一个重要手段，把限制、打击豪强官僚的不法行为，作为一个重要方面。正因为诸葛亮把这些人也当成了行法对象，从而引起了他们的不满和反对。他们攻击诸葛亮“刑法峻急”，是不“度德量力”，要求诸葛亮“缓刑弛禁”。时任蜀郡太守的法正也出来替他们说话，劝诸葛亮说：“从前汉高祖入关，除秦苛法，约法三章，宽禁省刑，关中父老百姓，都感念他的恩德。如今我们刚用武力占据益州，还没有垂恩德于地方，就施用权威。按着主客的关系，我们也应该多行点恩德，把刑罚、禁令放宽些，以安慰他们。”
诸葛亮说：“你是只知其一，不知其二啊。秦时的情况是暴政虐民，逼得人们起来造反。汉高祖针对这一情况，采取了宽刑弛禁的办法，这是对的。现在益州的情况则不同，刘璋暗弱，从刘焉以来就德政不行，威刑不肃，放纵地方豪强官僚，使他们专横跋扈，为所欲为，君臣之道，逐渐被破坏。宠爱他们，给以高位，官位高了，他们反而不觉得可贵；顺从他们，施以恩惠，恩惠到顶，他们反而轻慢无礼。这就造成一些弊病。现在我们威之以法，法行之后，人们才能知道什么是恩德；限之以爵，爵加之后，人们才会感到爵位的尊荣。行法和恩赐相辅而行，上下秩序才能正常。法治的成效，就从这里体现出来了。”
诸葛亮在执法时，能够不避权贵，不徇私情，注意依法行事，而不随心所欲。
早在刘备死前，其养子刘封（时为副军将军）守上庸等地，关羽围攻襄樊和受困于荆州时，几次要他发兵配合和救援，他都托词加以拒绝，有意不去。关羽的覆败，刘封负有不可推卸的责任，因此“先主恨之”。刘封还依势“侵凌”统兵控制汉中以东三郡的孟达，也是促使孟达投降曹魏的原因之一。刘封又在西城太守申仪背叛时，败逃回成都，上庸太守也投降了曹魏。因此，三郡的丢失，刘封也有责任。刘封犯下如此严重的罪行，理应受到严处，当刘备“责（刘）封之侵（孟）达，又不救（关）羽”时，诸葛亮没有因为刘封属于皇亲国戚而劝刘备宽恕他，并且考虑到刘封“刚猛，易世之后终难制御”，建议刘备将刘封处死。
武陵人廖立，诸葛亮认为他和庞统一样都是“楚之良才”，刘备以其为长沙太守。孙权派兵攻打荆州三郡时，他未加抵抗就逃走了，刘备未加深责，以他为巴郡太守。刘备称汉中王时，以其为侍中。刘备死后，廖立为长水校尉。校尉次于将军，廖立对此非常不满。他自命不凡，不可一世，认为自己是诸葛亮第二，应当掌管朝政，可现在使他落在李严等多人之后，心里经常怏怏不快，还在刘备梓宫之侧抽刀杀人，以发泄心中的不满。他利欲熏心，“诽谤先帝，疵毁众臣”，肆意攻击蜀汉的大政方针，指责诸葛亮任用的官吏都是“俗吏”，将领们都是“小子”，挑拨群臣不和。诸葛亮得知情况后，认为他的行为不仅仅是对人、对事的不同看法，而是属于“乱群”行为，危害很大，于是上表刘禅弹劾廖立。
刘禅见表后，下诏将廖立徒往不毛之地。于是诸葛亮将廖立罢官，流徙汶山郡（今四川汶川西南）。
再如南阳人来敏，是东汉光武帝中兴功臣来歙的后代，父亲来艳，灵帝时为司空。来敏很有学问，擅《左氏春秋》，刘备、诸葛亮以其为典学校尉，掌管教育，又为太子家令。刘禅即位以后，为虎贲中郎将。诸葛亮北驻汉中，提拔他为军祭酒、辅军将军，地位不算低。但来敏好争荣利，与群僚不和，公开反对诸葛亮选用“新人”的政策，扬言说：“新提拔上来的人，有什么功绩和德行，而夺我的荣誉地位给他们，大家都憎恨我，为什么会这样呢？”诸葛亮对来敏“年老狂悖”，不顾大局，有害于政策贯彻执行的做法，很是不满，上表罢了他的官，要他闭门思过。
又如襄阳人马谡，才华卓越，好谈论军事，诸葛亮对其十分器重。北伐时提拔他为参军。一出祁山时马谡为前锋，违犯军令，不听诸葛亮的作战部署，被曹军打得大败，损失严重。诸葛亮不顾马谡是自己亲信的人，按军法将其处死。蒋琬来到汉中，对诸葛亮说：“天下未定，杀戮智能之士，岂不是可惜吗？”诸葛亮回答说：“孙武所以能够制胜于天下，就是由于他的军法严明。现在刚开始和敌人交兵，就因人而使军法受破坏，怎么能够讨伐敌人呢？”可见诸葛亮对以法治军是非常坚决的。
还有襄阳人向朗，诸葛亮很器重他，以他为丞相府长史。诸葛亮南征时，留他在丞相府，统理后方事务。北伐时，让他随军出征。马谡失街亭逃跑，向朗由于和马谡私交很深，“知情不举”，以私害公。诸葛亮也不留情面，把他罢官，令还成都。后来根据他的情况，又起用为光禄勋。
诸葛亮还弹劾顾命大臣李严（后改名为李平），使他被削职流放。
李严是蜀汉的重要大臣，刘备死前为犍为太守、辅汉将军。刘备临死时他与诸葛亮同受遗诏辅佐刘禅，是另一位顾命大臣，一正一副，其地位仅次于诸葛亮。刘禅即位后，封李严为都乡侯，假节，加光禄勋（掌领宫廷宿卫）。公元226年，转为前将军，领兵屯驻江州。诸葛亮与李严二人互相尊重，关系比较协调。公元230年，李严迁为骠骑将军。为了防备曹魏进攻汉中，诸葛亮命李严将兵二万人赴汉中，以李严的儿子李丰为江州都督督军，接替李严领兵屯驻江州。公元231年，诸葛亮领军北伐，以李严为中都护，负责管理汉中丞相府事务。但李严在品德上有严重缺陷，诸葛亮也听到了一些官员的意见，陈震在出使东吴时，曾向诸葛亮反映李严的问题，说“正方（李严字）腹中有鳞甲”，诸葛亮对一些人的意见没做认真处理。
诸葛亮第四次北伐出祁山时，李严在汉中负责监督催促供应前线的军需物资（主要是粮食）。时值雨天，运输不便，在军粮供应不上时，他不但不设法赶运军粮，反而派参军马忠（又称狐笃）、督军成藩到前线假传圣旨，要诸葛亮退兵。当诸葛亮退兵后，他又假装吃惊，责问诸葛亮说：“军粮还很充足，为什么就退兵了呢？”欺骗不明真相的将士，把北伐失利的责任推得一干二净。另一方面，他又向后主刘禅上表说：“我们退兵是假的，目的是引诱敌人出来，再与其交战。”不仅如此，他还想杀掉督运粮食的将领岑述，同样是推脱自己的责任。李严的这种不以军国之事为重，贻误军机，耍两面派手段，弄虚作假，企图逃避罪责、嫁祸于人的做法，被诸葛亮发觉，他感到事情非常严重，必须加以制裁。
诸葛亮搜集详细证据，将其罪行查清，把李严有关的亲笔书信文书及其本末全部公布出来。李严在铁的事实面前，无法抵赖，只得承认罪行。诸葛亮上表刘禅，要求处置李严。
时年25岁的刘禅看到这一奏章后，全面地了解了李严的罪行和大臣们的态度、意见之后，将李严削职为民，流放梓潼郡。
诸葛亮对李严的处理，是严肃认真、小心谨慎的，并没有夹带着个人的恩怨，完全是从维护国家的根本利益出发的。