为了治理好西蜀，完成北伐曹魏大业，诸葛亮很注意统治集团内部的团结。
刘备攻取成都时，马超从汉中来投奔，关羽写信给诸葛亮，问马超的才能可以跟谁相匹敌。诸葛亮针对关羽的高傲自负，回答说：“孟起（马超字）文武双全，雄烈过人，是一代俊杰，够得上黥布、彭越一类的人物，可以和翼德（张飞字）并驾齐驱，然而不及美髯公的超群绝伦。”关羽看过之后，非常高兴，扬扬得意地把信给将吏和宾客们传看。诸葛亮这样称赞关羽，虽然不能说纯属溢美之词，但也有顺情说好话之意。其用心是为了协调两员大将之间的关系，避免在关羽、马超之间产生矛盾。
刘备称汉中王后，以关羽为前将军，张飞为右将军，马超为左将军。由于黄忠在争夺汉中时立了大功，刘备想以黄忠为后将军，与关羽等处于同一个等级。诸葛亮考虑到关羽的性情，对刘备说：“黄忠的名望，向来与关羽、马超不能相比，如今却令他们同列，平起平坐。马超、张飞当时在近处，亲眼看到了黄忠的战功，还可以理解汉王的用意，而关羽在远处，听到这个消息，恐怕必定不会高兴的。汉王这样安排黄忠，大概不太妥当吧？”刘备回答说：“我自然要对此事加以解释。”于是把黄忠与关羽等人安排在同一等级的位置上。
正如诸葛亮估计的那样，当刘备派费诗将拜关羽的敕令送往襄樊前线时，关羽十分不满地说：“大丈夫终不与老兵同列！”由于诸葛亮的提醒，刘备派费诗去时已让他有所准备。费诗劝解关羽说：“从前萧何、曹参和汉高祖年幼时就有交情，而陈平、韩信是逃亡来汉的，论定官位次序时，韩信居最高位，没听说萧何、曹参因此事而抱怨。如今汉王根据一时的功劳，使汉升（黄忠字）的地位尊宠，然而他在汉王心里的轻与重，怎么能和将军等同呢！况且汉王与将军如同一体，忧乐同享，祸福共当，我要是将军，就不会把计较官号的高低、爵禄的多少当做心事。我不过是个使者，奉命行事的人，将军如果不接受任命，我就这样回去，但是为将军这个举动而痛惜，恐怕将军会后悔的！”关羽听后大为感动，并且有所省悟，马上接受了任命。
刘巴很有才能和智谋。诸葛亮对刘备说：“运筹于帷幄之中，我不如子初（刘巴字），比他差远了。至于击鼓指挥部队，誓师军门，激励将士，使他们乐于冲锋陷阵，这还可以让人们评议我俩的高下。”刘备进入成都时，将士们把库藏财物给分了，致使军用不足，刘备很是忧虑。刘巴献策说：“解决这个问题也不难，只要铸造些直百钱，平抑物价，由官吏把官市管理好就可以了。”刘备按他的办法去做，不长时间，府库就充实起来，可见刘巴还有经济头脑。然而，刘巴自命不凡，特别高傲，张飞尊重他，到他家里拜访，他不加理睬，连话都不同张飞说，张飞很是气愤。
诸葛亮得知这一情况后，主动去劝刘巴说：“张飞诚然是一介武人，但尊敬仰慕足下。主公（指刘备）当前正在广泛招纳文武，以便完成大业。足下虽然禀性高雅，但也应该随和些。和张飞搞好关系。”刘巴回答说：“大丈夫处世，当广交四海英雄，和一个武夫有什么好谈的？”
刘备听说此事后，非常生气地说：“我想定天下，刘子初专和我作对。他是想回到曹操那里去，借道于此，哪是真心帮助我成就大事呢？”可是张飞反倒很有度量，对刘巴的态度仍然如初。他虽然生刘巴的气，但并没有到刘备那里去告状，仍与刘巴正常共事。针对这一情况，刘备只好又说：“刘巴才智绝人，看来要不是我，别人很难驾驭他呀！”诸葛亮和刘备软硬兼施，使刘巴的态度有所转变，后来代替法正为尚书令。
诸葛亮还十分注意调解魏延、杨仪之间的复杂关系。
魏延“善待士卒，勇猛过人”，被刘备提拔为汉中太守后，对汉中重镇的防务很为重视。他创立“围守”御敌的方法，即在汉中一线依地势建起围寨，积粮屯兵，“敌若来攻，使不得人”，后来在抵御魏军进攻中发挥了重要作用。诸葛亮北伐曹魏时，魏延建议偷袭长安，诸葛亮没有同意。因此，他常说诸葛亮胆量太小，“叹恨己才用之不尽”。对此，诸葛亮并未计较。公元230年，魏延率军入羌中，大败魏军，诸葛亮上表提拔他为前军师、征西大将军，进封南郑侯。
杨仪很有政治才干，刘备称汉中王时，提拔其为尚书。刘备称帝后，杨仪因与尚书令刘巴不和，被降职。刘禅即位后，诸葛亮以其为参军。诸葛亮北伐时，杨仪随军北上，被提拔为长史加绥军将军。诸葛亮每次出征，杨仪留守汉中，指挥调度有方，筹备粮草，保证前线供应，军队戎旅的约束调度，大都由杨仪安排处理。
魏延、杨仪一武一文，身居要职，为蜀汉立功不小。魏延勇猛善战，有胆略，但骄傲自大，人们都不敢冒犯他。杨仪熟谙军国计策，很精明，然而心胸狭窄，对魏延毫不忍让。因此，二人不和，经常争吵，魏延甚至拔刀相威胁。
在这种情况下，诸葛亮“深惜仪之才干，凭魏延之骁勇”，经常为他们两人不和而感到遗憾，不忍心在他们之中偏袒一方而废弃另一方，都委以要职，发挥其特长，并且注意协调他们之间的关系，在百忙中抽出时间写了《甘戚论》，主张“贵和”，来教育他们，感化他们，希望他们能够团结。但“二子不感”，并未感悟。诸葛亮又示意有辩才的费祎多次出面调解魏延、杨仪之间的矛盾，最终取得了一定效果。尽管两人的矛盾没有得到彻底解决，但诸葛亮能这样苦心调解也是十分难得的。
在治理西蜀过程中，诸葛亮为了维护封建国家的政治稳定、政策统一，使官员间保持和谐一致，除对那些危及军国大计、妨碍政策贯彻执行的官员采取不同方式加以镇压制裁外，对那些私心较重、心胸狭窄、闹名誉地位、与同僚不和、只犯一般错误、危害不大的官员，不管级别高下，采取直接或间接的办法，加以说服教育，协调他们之间的关系，减少内耗，争取他们克服缺点或改过自新。尽管这些做法有的成效不大，个别的还发展成为“窝里斗”（如后来的魏延同杨仪），但总的看来是成功的。