LJ城是世界上最繁华的大都市之一，同时也是一个污染最严重的城市，污浊的空气、刺耳的噪声每时每刻都在侵袭着人们的身心，而城里城外那一座座“垃圾山”则更是叫人触目惊心。随着人口的不断增加消费的不断增长，城市垃圾产生的也越来越快越来越多。正当有关部门为此大伤脑筋之时，一个喜讯传出让他们兴奋不已——经过多年潜心研究，科学家Y博士终于繁殖出一种能够快速嗜食垃圾的新型物种——垃圾苍蝇。
果然，当那种苍蝇被放出实验室之后，便纷纷落到垃圾堆上。它们看起来和普通苍蝇没什么区别，可是吞食垃圾的本领却不能不叫人叹为观止——偌大的一座垃圾山，几天工夫便叫那些小苍蝇们打扫一空。
垃圾苍蝇越来越多，因为它们总在不停地采食、不停地繁衍。随着垃圾的越来越少，LJ城出现了少有清洁，Y博士被誉为城市卫士、环境治理大师，正当有关他的报道连篇累牍铺天盖地之时，人们吃惊地发现——垃圾苍蝇长大了。
经过观察，人们发现这种苍蝇每繁殖一代，下一代身体就要比上一代增长一倍。当它们开始引起人们注意的时候，身体已由普通苍蝇大小膨胀到了小蝴蝶那样大。而且因为身体暴长数量骤增，垃圾的产生已填不满它们无底洞般的胃口了，所以它们开始骚扰市民了。市场和超市都要严密看守，否则很快会被苍蝇们洗劫。家庭也都要严阵以待，不能放进一只苍蝇，人们购买食品也要格外主意，否则就会遭受垃圾苍蝇的偷袭。面对叫苦不叠的市民，Y博士一时也无良策，只好鼓励市民尽快尽多地制造垃圾，以供垃圾苍蝇食用。但现在的问题是，人们制造垃圾的能力远远跟不上垃圾苍蝇的数量和食量了。
有人开始指责Y博士了。
Y博士没办法，只好忍痛推出了一种专门对付垃圾苍蝇的杀虫剂。这种杀虫剂开始对垃圾苍蝇还比较有作用，可时间不长，它不但不再对垃圾苍蝇有毒杀作用，反而成了苍蝇的营养品助长灵，最后麻雀一样大的苍蝇吃光了所有的垃圾苍蝇杀虫剂，而它们的身体也很快变得和母鸡一般大小了。
现在垃圾苍蝇已经变得很可怕了，它们肆无忌惮地在LJ城飞来跑去，搜寻所有可吃的东西。人们的食品都被它们抢走了，城市开始闹饥荒了。Y博士成了这场灾难的罪魁祸首，可是人们现在已顾不上责怪他的了。有人已逃出了这座城市，不过更多的人还在关门闭户坚持着，他们不相信人类会被苍蝇所吓退，他们等待着。
果然，一场剿灭垃圾苍蝇的战争在一天早晨开始了。坦克装甲车在直升飞机的配合下对垃圾苍蝇进行了毁灭性的打击，一时间LJ城被硝烟战火所笼罩。如果不是已在电视报纸上看到了政府通报，肯定所有人都会以为LJ城遭到了恐怖分子攻击或是世界大战爆发了。
近晚，市长电视讲话中宣布：垃圾苍蝇已被基本消灭，他动员市民们马上清理家中和城市每个角落，彻底消灭残余的垃圾蝇和蝇卵。Y博士和家人清扫完家里，马上又来到了街上。街上还弥漫着硝烟，街上到处都是丑陋的垃圾蝇尸体，它们的尸体散发着刺鼻的气味。已有不少市民来到街上清理蝇尸寻找蝇卵。Y博士怀着愧疚的心情参与到大家中间，他希望这次行动真的能彻底消灭垃圾苍蝇。但是他又实在担心，因为蝇类的繁殖能力超乎人类的想象……
果然，这天夜里，惊恐兴奋过后的LJ城市民们正在酣睡之中，忽然一阵刺耳的嗡嗡声把他们惊醒了。Y博士从窗口向外一望，立时惊呆了——窗外垃圾苍蝇已经卷土重来了，不过这新一代垃圾苍蝇比刚刚被消灭的蝇类更可怕更恐怖，它们的个头差不多有两只鸡那么大，头上的复眼充满了邪恶和仇恨，是那般恐怖骇人。它们现在已不分什么东西了，垃圾、食品、树木花草动物，甚至人类都以成为它们的攻击对象，它们不断狂叫着，象轰炸机一样俯冲过世，撞击玻璃。
Y博士家的玻璃很快被撞碎了，蝇类马上要冲进来，他赶忙带着家人逃往他设在地下的实验室。可是半路上，他的女儿跌了一跤，Y博士刚要回来抱她，可是已经来不及了，冲破玻璃的垃圾苍蝇扎到了Y博士女儿身上，当Y博士和妻子拼命赶开它们时，小女儿已经血肉模糊。博士夫人惨叫一声晕了过去，更多的垃圾蝇扑到了她的身上……
LJ城被垃圾蝇占领了。这时它们的身躯比鸵鸟还要大，它们布满了LJ城各个角落，攻击吞食它们遇到的一切，包括汽车、楼房、甚至飞机坦克。而且它们的繁殖和进化速度已经变得惊人迅速，它们雌雄一体，一只垃圾蝇死亡之后，它体内马上会衍生出新一代来，它们已生出牙齿和利爪，它们已变成长着翅膀的野兽、妖魔。
不断整户的人家被垃圾蝇杀死，不断有整座的楼房被垃圾蝇吞食，人们现在想逃也走不了啦，整座垃圾城都被垃圾蝇包围了，不要说人了，就是总统派来的飞机和装甲部队都被它们击退了。现在市民们只能躲在家里，但这也难以逃脱，因为总有一天全城都会被越来越大越来越多的垃圾蝇毁灭，何况有些人根本等不到那一天就会被饿死。而城外的军队只能把全城围死，防止垃圾蝇扩散，而没有拯救LJ城良策，除非让LJ的市民们和垃圾蝇同归于尽。但是不到最后一刻，谁也不敢下这个命令。
垃圾蝇们像一个个魔鬼，在LJ城里肆虐着。正当人们绝望之时，忽然城里飞来了大批蚊子，它们个头虽然很小，但却是垃圾蝇的克星，它们专门吸收吸食垃圾蝇的脑浆，而且它们的分泌物中含有特殊化学成分，叮咬一口，垃圾蝇便再难活命。那些疯狂的食人蝇对小小的蚊子竟然无可奈何，没用多久，它们便被蚊子消灭殆尽了。重获新生的人们这才知道，是Y博士拯救了LJ城——这是他又繁殖出的一个新物种——食蝇蚊。
LJ城解放了，人们又一次把Y博士当作了英雄。可是在人们的欢呼声中，Y博士心里却很是不安，总有另一场更大灾难就要来临的预感，因为他制造食蝇蚊完全是没有办法的办法，他时刻担心着。
果然，Y博士的担心很快应验了。有一天，Y博士感到脖颈突然挨了一针，他下意识地伸手一拍，一只蚊子应声而落，Y博士认得那是他的食蝇蚊，不过它现在长的已经比一般的苍蝇还要大了……