台湾正式归入中国版图是在宋朝，属福建省晋江县管辖。赵汝适著《诸蕃志》一书中有：“泉有海岛曰澎湖，隶属晋江县。”赵汝适系宋朝宗室，曾任宋朝“提举泉州市舶使”，相当于海关关长之职。元朝顺帝时设立巡检司，隶属泉州。明朝人陈第，于1603年与明军将领都司沈有容同赴台湾，先击破倭寇，后又击退荷兰殖民者。赶走入侵者之后，他在台湾广泛考察，返回大陆后，著述了《东番记》一书。对台湾的民情、物产、商贸情况作了细致描述。关于沈有容击退荷兰入侵者的战绩，至今澎湖的马公镇仍矗立着纪念碑，上刻：“沈有容谕退红毛番韦麻郎碑”。明朝万历年间诗人陈建勋有《谕退红毛夷诗》歌颂此事。诗曰：“艨艟百丈势如山，矫汛扬帆泊海湾。黑齿红毛惊异类，轻裘缕带破愁颜。一尊立解他年衅，寸吞能教即日还。犹恋将军真感泣，无劳飞雁落弓弯。”
关于“台湾”之名的来历，大约经历了这样一个过程。最早称“夷州”、“流求”，明朝时称“东番”。台南有个小地方叫“大员”、“大湾”，用闽南语去读，语音正好是普通话中的“台湾”之音，这就是“台湾”的来历。郑成功消灭荷兰人之后，改热兰遮堡为安平镇，这里就变成了台湾政治、经济、文化的中心，于是以部分指代全体，“台湾”就成了整个“台湾”岛的称谓了。明朝末年正式起用“台湾”之名。《明史·鸡笼传》写道：“祟祯八年，给事中何楷陈靖海之策云：今欲靖寇氛，非墟其窟不可，其窟维何？台湾是也。台湾在澎湖岛外，距漳、泉止两日夜程，地广而腴……其他，北自鸡笼（基隆），南至浪峤（恒春），可一千余里；东自多罗满，西至王城，可九百余里。水送顺风，自鸡笼、淡水至福州港口，五更可达，”这是官方文书正式叙述台湾的疆域图划。明朝末年，大陆发生大旱灾，许多地方赤地千里，饿殍遍野。福建粮荒十分严重，巡抚熊文灿为减轻灾害压力，决定迁移数万人去台湾。明朝天启元年（1621）郑芝龙（郑成功之父）去台湾投靠颜思齐。五年后颜思齐病亡，郑芝龙被推为首领。他将台湾建成自己的根据地，设立佐谋、督造、主饷、监守、先锋等官职，对当地军民实行有组织的管理。在海峡两岸进行大规模的走私活动，趁福建饥荒之年，大力扩展队伍，于是“求食者，争往投之”。他采取“劫富济贫”，来才不拒，去者不追的政策，很快扩展到三万余人的队伍。崇祯元年1628年，郑芝龙归顺明朝，授海上游击，实际上归而不顺，自行其是。在官方的支持下，郑芝龙组织数万移民到台湾进行开发垦植，使台湾人口大增。
明朝末年，台湾处于大批大陆移民开发垦植的初级阶段，生产力低下，经济落后，生活贫困。加之明朝政府腐败无能，农民起义不断，在自顾不暇的情况下，没有能力去保卫和管理台湾。于是，日本、荷兰、西班牙几股殖民势力垂涎台湾的鹿皮等贸易，不断对台湾进行侵扰。台湾原住民和大陆新移民对几股外国势力进行了反复地坚决抗击，但弱不敌强，致使荷兰人和西班牙人在台湾获得短时期盘据。荷兰人从1624年至1661年，对台湾统治37年。西班牙人从1626年至1642年，对台湾统治16年。不管是荷兰，还是西班牙，他们的势力均未能控制台湾全境，只是海盗分赃式地同时各控制一些商贸较为发达的城市和村镇。
朝廷虽然腐败无能，对外国势力的入侵掠夺自顾不暇，视而不见，但是爱国的民族英雄却不能容忍殖民主义对国土的任意掠夺。从1646年起，台湾就不断传出郑成功要攻打台湾的消息，荷兰殖民者闻讯惶惶不可终日。1661年4月21日，郑成功率2.5万大军乘坐400余艘舰船，从金门岛的料罗湾出发，直取澎湖，22日占领澎湖，人不解甲，兵不歇刃，29日直指台湾。30日黎明通过鹿耳门进入大员湾，势如破竹直逼赤嵌城。郑成功5月1日命令荷兰长官揆一投降。在兵临城下，水断粮绝的困境中，荷兰殖民主义者于5月4日签署了投降书。台湾宣告光复。郑成功光复台湾之后，将热兰遮堡改名为安平镇，将赤嵌地方（今台南市）改名为东都明京。在台湾设立一府两县，设立南路安抚司。北路安抚司和澎湖安抚司，规划基层社区组织，基层设里。将明朝的规章典籍、行政区划制度运用于台湾。
郑成功特别重视文教事业，将一大批反清复明的文人学士延揽重用。郑成功的参军陈永华是个饱学之士，在文教建设上起了重要作用。他建议设孔庙，建立各级学校，起用科举取仕制度。于是，一套自上而下的较为完整的文化教育体制便创立起来，中华文化很快复盖全岛。经济上组织军人拓荒屯垦，对外开展贸易，郑氏政权很快将台湾理得井井有条。文学方面，以沈光文为代表的一批大陆来的文人，积极投入创作，使台湾由无文人到有文人，由无文学到有文学，开启了台湾文学的发展里程。郑成功实现了他的“开国立家”，建立“万世不拔基业”之目的。