中医药是中国古代自然科学中唯一至今仍与西方自然科学竞存的学科，是世界上最完整、最系统的传统医药体系。日本是除中国外研究应用中医药历史最久、水平最高的国家，中医药学被日本人称为“汉方医学”。
南北朝时期，针灸术传到日本。隋唐时期的《黄帝内经太素》，以及中国第一部国家药典、唐代的《新修本草》，早已在中国失传，现都保存在日本。
日本镰仓时代的《顿医抄》广泛参照、征引中国《诸病源候论》等唐宋各代医书，同时采撷日本俗方和疗法，使其内容丰富，药方疗效可靠，代表了当时日本医学的最高水平。1370年，日本医师竹田昌庆医治好明太祖朱元璋皇后难产，使母子平安，被赐封为“安国公”。
明治末期，日本用中国配方生产的祛热解暑药“仁丹”行销中国，在当时的民间仿佛变成无所不能的万灵药。留着“八字胡”的人头商标在大街小巷张贴悬挂，妇孺皆知，以至于中国当代的《舞蹈艺术概论》一书说：“舞台布景的墙壁上出现带有东洋胡子头像的仁丹广告，观众就知道舞蹈内容是表现日本军国主义侵华时期所发生的事情。”
据说，日本侵略者一踏进中国，它的特务间谍机关就制造了这种表面上是“仁丹广告”，实为引领日军行进的路标暗记。其画法内藏玄机：如八字胡子微微向上翘起，表示此路畅通无阻；八字胡子的左角向下垂，即表示左转弯不通，应向右转；八字胡子的右角向下垂，表示右转弯不通，应向左转；如果八字胡子都向下垂，就表示此路不通，不能前进。
1965年，日本召开世界第一届针灸大会。日本电针仪打开了国际市场，还用针灸麻醉进行眼科等手术，没有痛苦，取得良好的效果。他们还采用兼蓄并用、自成体系的战略，努力使汉方医学成为世界通用的治疗手段。虽没有体现中医学的整体观念和辨证治疗原则，但在中医病症、经络实质及中药药理研制生产上取得重大进展，并把中医“望闻问切”四诊法最先实现现代化，如应用声频开展闻诊，应用电子传感器开展切诊等。
1995年，日本中医药科研人员占医药职工的16%，中国占0.5%。日本从事汉方医学、针灸及按摩的医师超过10万人，普及率高于中国。富山医科药科大学的“和汉药研究所”处于世界领先水平。春山茂雄借鉴中医理论和实践，创造了臆想、运动及饮食相结合的脑病医疗方式，取得可观效果。他创作的《脑内革命》再版重印88次，行销300万册。
日本进行中医药的现代分析，研究深入到细胞分子水平，制定明确科学的数据成分和质量标准。精制的生药剂量只有中药常用剂量的30%左右，不用费时煎煮，服用方便，药效却更为显著。同样的中成药配方，日本生产的中成药往往比中国的更有疗效。
中国中药研制生产主要依靠传统经验，缺乏配套，开发迟缓，只有定性分析，没有定量分析，“一抓一大把，一煮一大锅，一喝一大碗”的整体格局仍未彻底改观。还偷工减料，掺杂使假，重金属、农药含量高，造成动植物中药原料被大肆损坏。
据说，民国时期，日本人用5万块大洋和欺骗手段，从中国购得半张六神丸处方，并加入人参、沉香等中药，进一步研制成治疗心脏病的特效药——救心丹。1999年，日本救心丹创汇额1.13亿美元，相当于中国近千种丸散膏等全部中成药的创汇额。卫生部前部长崔月犁服用日本的救心丹，感觉吃一粒就麻到舌头根，服用中国的6粒也无法达到这样的效果。他说：“我们绝不能眼睁睁地看人家用我们的东西去超越我们啊。”
传统上，中国中药出口额占世界市场90%以上，由于出口竞相杀价，从1984年到1999年平均价格下降了70%。世界市场上的中成药贸易额80亿美元，日本占80%，中国占5%，而且中国出口的大部分是原料、保健品。中国每年还进口日韩两国中药10亿美元，出口远不如进口多，日本等国“洋中药”也在中国境内抢注专利。
日本医学家大冢敬节临终希望：“一定要中国向我们学习中医。”日本向世界卫生组织申请把以中医药为基础的“皇汉医学”、“汉方医学”改称“东洋医学”，力争使日本成为世界传统医学中心。