民间传说沈万三与朱元璋同年同月同日同时生，沈万三富甲天下，朱元璋贵为天子。这是上天安排的，命也。
沈万三为什么这么有钱呢？一说是祖上积德。传说沈的外祖父陆通判在苏州以极低的价格购买了一套闹鬼的住宅。一天深夜，陆正在读书，有两个女鬼在他面前笑个不停，陆通判就用剑将她们砍走。第二天，陆通判发现他昨晚砍的是院中两棵冬青树，挖掘树下，发现了金银无数。作为外孙的沈万三自然也跟着发了。
另一种说法是他的运气好。话说沈万三小时候家里很穷，但他为人善良。有一天，沈万三见一打鱼的老渔翁网网落空，便帮助拉网，结果网网是鱼。最后一网网上来一只泥瓦盆，老渔翁将泥瓦盆送给他以示感谢。谁知这是只聚宝盆，一颗米放进去，一盆米倒出来；一锭银放进去，满盆银变出来。“沈万三的家资——用不了”这一歇后语就是这么来的。
不管是什么原因致富，总之沈万三很富，而且还带动原本就富足的家乡——浙江湖州南浔镇更上一层楼，让南浔镇有了“一个南浔镇，半个苏州城”的说法。后来，沈万三觉得南浔地方太小，难以发挥自己的才智，于是举家乔迁到苏州周庄。有一年，当地闹瘟疫，只有乌梅能有效救治，沈万三做起了乌梅生意。他有一个竞争对手，是农民军将领朱大麻子。沈万三用薄利多销的手段把朱大麻子挤了出去。
后来，明朝建立，南京成为明朝首都。极有商业头脑的沈万三立即进京，买了九十九间半大房子，将生意做进了京城。一天，皇帝朱元璋带了大臣刘伯温到沈万三开的酒楼用餐。沈万三一看，当今皇上竟然就是当年与他竞争卖乌梅的朱大麻子，非常尴尬，执意不收餐费，算是请客谢罪。朱元璋可不领情，他拿了一枚洪武通宝（朱元璋时期的货币）寄存沈家，要求每日翻倍，月后来取，算下来一月本息合银几万两。沈万三明知是皇上找茬，也只能按期按数上交。
1366年，朱元璋开始修筑南京城墙，营建皇宫。明代南京城墙长三万多米，面积合七十四平方公里余，从1366年一直修到1386年，历时二十一年，是世界上最大的一座砖石城。朱元璋把难度最大的一段城墙，即今洪武门到水西门近二十里的一段让沈万三建造。沈万三按约完工，朱元璋却让扒掉重建，理由是城墙比金銮殿高。
奇怪的是，沈万三重修城墙时，砌起即塌，怎么也修筑不成。有人说是惊动了秦淮河中的水怪，并建议沈万三用聚宝盆去堵住水眼。聚宝盆一扔下去，秦淮河果然就此风平浪静了。那段城墙筑成后，城门洞就叫聚宝门，也就是今天的南京中华门。朱元璋借聚宝盆时承诺五更时还，为了永远不还，他下令不准敲五更的鼓，沈万三就此失去了聚宝盆。
朱元璋不但收了真正的聚宝盆，还把沈万三本人当作了王朝的聚宝盆。当时有个叫田艺蘅的人写了部《留青日札》，其中写到，朱元璋初定天下时，沈万三与弟弟沈万四（沈贵）付税万担，献白金五千两，以佐用度。但朱元璋嫌少，要他一年“献白金千鋋，黄金百斤”。
沈万三虽然为朱元璋出了不少力，但朱元璋总觉得他不可靠，有可能造反。后来朱元璋北伐灭元，班师回朝，让沈万三出钱犒赏三师，并且要他当场交付。沈万三要回家取钱。朱元璋不允，说：“听说你左脚生金，右脚生银，往地下挖掘就可得到金银，何必回去？”说着就命人揭去沈万三脚下的方砖，动手开挖。结果当然一无所获。于是朱元璋借机诬说沈万三“造谣惑众，扰乱军心”，将其打进天牢，准备处死。多亏马皇后说情，最后沈拿钱消灾，用五个儿子顶罪充军，才回到周庄。
朱元璋放了沈万三后，思前想后还是不放心，于是又下圣旨，对其杀无赦。谁知秉笔大臣笔误，将沈万三写成沈万山，结果把苏州那个为沈万三经营典当的沈万山杀了。沈万三见自己境况危险，就烧掉周庄自家住宅，逃往云南避祸。朱元璋听说此事后大怒，派了三千御林军准备尽诛周庄百姓。周庄有个书生叫徐民，冒死上疏皇帝，慷慨陈词，为全镇百姓辩护，为沈万三说情。朱元璋被他感动，亲笔赐御书“尔是好百姓”，并赦全镇百姓不死，对沈万三也网开一面。周庄百姓为表感谢，抬着徐民游街庆祝，并世世代代以徐家后人为周庄镇长。
流落外地的沈万三不久病死，其妻将他的棺椁悄悄运回周庄，葬于银子浜水底。据说水冢至今犹在，去周庄的游客，都喜爱去寻踪一番。
关于沈万三的结局，在民间还有一个传说，即他在云南得道成仙，康熙年间还有人说在云南见到了长生不死的沈万三。这可能是善良的老百姓不太愿意一个财富传奇老死边陲，编造的故事。
以上传说是野史以及《宋史》的结合体，与《宋史》内容相对照，大方向上无误，但细节上却有诸多杜撰。首当其冲的是关于聚宝盆的传说，这一点在今天看来根本不值得一驳。那么，沈万三哪来的那么多钱呢？说不清楚。
历史上富甲一方的名人，史料中通常都会对其致富原因交代得清清楚楚，比如战国时期的吕不韦，是在赵都邯郸经商致富的；晋朝与皇亲比富的石崇，他的钱是令手下人装强盗抢劫富户得来的；清朝乾隆时期权臣和珅，他的财富是贪污受贿而来的。只有沈万三致富原因不明。目前大致有三种说法：“垦殖说”、“分财说”和“通番说”。
“垦殖说”在许多史料上都有记载，大意是说沈万三的先祖从躬稼（即种地）起家，继而广辟田宅，富累金玉，以致家财亿万，田产遍于天下，号称“江南第一富”。
“分财说”也有史料记载。例如《周庄镇志》中说：“沈万三秀之富得之于吴贾人陆氏，陆富甲江左……尽与秀（沈万三）。”也就是说，沈万三是得到了吴江富商陆氏的资财，才成为江南巨富的。
“通番说”，是说沈万三之所以发财，是由于作海外贸易。著名历史学家吴晗持这种观点。《吴江县志》则明确记载：沈万三在吴江县有二十九处房产，故居在周庄，富甲天下，“相传由通番而得”。
事实上，沈万三之所以成为江南巨富，以上三个因素缺一不可，是密切关联的。其先祖以躬稼起家，而后大富，说明他有立业的根本。沈万三由于治财有方得到了汾湖商人陆氏巨资，显示了他出色的经商才能。当他有了巨资后，一方面继续开辟田宅，另一方面利用白砚江（东江）西接京杭大运河，东入走浏河的便利，把江浙一带的丝绸、陶瓷、粮食和手工业品等运往海外，使他迅速成为江南第一豪富。所以说，沈万三一跃而为巨富，是以垦殖为根本，以继承财产为经商的资本，以大胆通番为手段而成功的。
所谓“聚宝盆”一说，乃明、清两代好事者所编造的故事。而南京的聚宝门一名的由来，是因为城门外有一座聚宝山（今称“雨花台”）而得名。
沈万三与朱元璋的过节的确存在，这在《明史》中有明确记载，但并不是因为抢了朱大麻子的乌梅生意，而是因为沈万三富得连朱元璋都眼红，因此，遭到朱王朝三次沉重打击，最终衰落了。
第一次打击是在明洪武六年（1373年）前后。在《明史》马皇后的传记里，白纸黑字写得明白：吴兴的富民沈秀，也就是沈万三，帮朱元璋修筑了三分之一的南京城，又请求出资犒劳军队。朱元璋发怒说：“匹夫敢犒劳天子的军队，绝对是乱民，该杀。”马皇后进谏说：“我听说法律这个东西是用来诛杀不法之徒，而不是用来诛杀不祥之人的。老百姓富可敌国，是老百姓自己不祥。不祥之民，苍天必然会降灾祸给他，陛下又何必再杀他。”朱元璋听了有些解气，饶过沈万三没杀，把他流放到云南去了。几年后，沈万三客死云南，临终前，沈万三关照子女一定要将其尸骨安葬到周庄故里的银子浜底。
这一段在《周庄镇志》中也有记载。除沈万三充军云南之外，他的第二个女婿也被流放潮州。在此之前，沈万三除筑洪武门至水西门城墙外，还出资修建了南京的廊庑、酒楼等，另外又献了大量金银、马匹等。
第一次打击不仅使沈家失去了沈万三这个当家人，也让沈家的富气减去了大半，可谓人财两空。不仅如此，沈万三被捕时，周庄镇上株连甚多，有尽诛周庄居者之说。幸亏镇人徐民等人不畏生死，告御状至京城，才救下周庄全镇老小。
第二次打击是在明洪武十九年（1386年)春，这次沈万三的两个孙子沈至、沈庄（伯熙）因为田赋坐了牢，伯熙当年就死在牢中，后移葬于周庄杏村。这样，从根本上动摇了沈家的基业。
第三次打击是在洪武三十一年（1398年）。这次沈万三的女婿顾学文被指称参与胡蓝党祸，结果株连妻女及其他七十二家。《周庄镇志》记载：“万三曾孙德全六人，并顾氏一门同日凌迟。”近八十余人人头落地，没收田地，可谓是满门抄斩。自此，沈万三苦心经营的巨大家业，急剧衰落。当时，“沈万三家在周庄，破屋犹存，亦不甚宏大”，沈家大族遭受如此三次沉重的打击，只能家破人亡。
朱元璋与沈万三的较劲故事，是历史上唯一一次大政治家与大商人的角斗。至高无上的皇权，必然地取得了胜利。
虽然《明史》等史书言之凿凿地说有沈万三这个人，但是有人考证后却说，正史、传说中的沈万三根本是个虚构的人物。倒是在正史中发现，元朝时有一个货真价实的沈万三，他非但不可能帮助朱元璋去修什么城墙，甚至极可能一生从未见过朱元璋。
乾隆年间编纂的《吴江县志》里有一句注释说，“莫旦说张士诚占领吴会的时候沈万三早已经死了”。莫旦家和沈家是儿女亲家，所以莫旦的话有很高的真实性。
张士诚的军队是元朝至正十六年（1356年）占领吴会，朱元璋是1366年开始修建南京城。按照莫旦的说法，沈万三当时至少已经死了十个年头，既然是死人，就不可能修城墙。但《明史》里又说沈万三帮高皇帝朱元璋修南京城，请求犒劳军队，被高皇帝抄家流放。谁对谁错，很难说清。
还有其他证据可以证明沈万三与朱元璋没有什么渊源。