渊源于西方的地学观念认为大气圈、水圈和岩石圈是没有生命的无机界，只有生物圈和人类智慧圈才是有生命的有机界。但是，中国古代传统的风水地理思想与此不同。不仅认为人和生物有生命，而且认为天、地、生、人各大系统之间组成一个整体性的大自然也是有循环、轮回、有新陈代谢的系统。同时，把一个相对独立的生活空间也看成是一个有生命的活体。例如，一套住宅、一个村庄、一个城市或都城，甚至整个大地，都可以看成是一个活体。在这独特的地理思想之下，大自然的生命在于阴、阳的结合。阴、阳是宇宙间最基本的两种力量。它是深层次的关于物质世界结构的最终原理。《黄帝内经》说：“阴、阳交而不离乎中”、“天地感而万物生化”。这个“万物”包含了大气圈、水圈、岩石圈、生物圈和人类智慧圈。它们组成一个活体。
中国古代的地理观念认为：这个活体“石为山之骨；土为山之肉；水为山之血脉；草木为山之皮毛。皆血脉之贯通也。”宋代蔡元定的《发微论》则把构成大地的四种主要元素直接与人体类比，说：“水则人身之血，故为太柔；火则人身之气，故为太刚；土则人身之肉，故为少柔；石则人身之骨，故为少刚。合水火土石而为地；犹合精气骨肉而为人。近取诸身，远取诸物，无二理也。”唐代章贡、卜应天的《雪心赋》说：“体赋于人者，有百骸九窍。形著于地者，有万水千山。自本自根，或隐或显。胎息孕育，神变之无穷。”
其次，古代地理思想中的“大地有机”自然观，还表达了一种“天人合一”的思想。汉代董仲舒提出“人副天数”，认为：“人有360节，偶天之数也；形体骨肉，偶地之厚也；上有耳目聪明，日月之象也；体有空窍理脉，川谷之象也……天以终岁之数成人之身，故小节366，副日数也；大节12分，副月数也；内有5脏，副五行数也；外有4肢，副四时（季）数也；乍视乍瞑，副昼夜也；乍刚乍柔，副冬夏也；乍哀乍乐。副阴阳也。”他又说：“天地之常，一阴一阳。阳者天之德也，阴者天之刑也……天亦有喜怒之气、哀乐之心，与人相副。以类合之，天人一也。”因此，“事各顺于名，名各顺于天，天人之际合而为一。”“道之大源出于天。”这样，“天地是个大宇宙，人身是个小宇宙”，中国古人就这样从自身去推测宇宙。《周易》，中所谓“近取诸身，远取诸物”的说法，也包含着这样一层意思。
大地经络学说，产生于远古，其后不断与中医经络学说互相渗透、彼此促进。
1.生气沿经络而运行
中国古代认为：大地是一个有新陈代谢与循环活动的活体。大地内部的各部分之间是通过类似人体内的经络互相贯通的。郭璞《葬书》中说：“铜山西崩，灵钟东应，木华于春，栗芽于室。气行乎地中，其行因地之势；其聚也因势之止。丘垅之骨，冈阜之支，气之所随。经曰：‘气乘风则散，界水则止。古人聚之使不散，行之有止。’”大地内部有生气，生气是阴阳结合之果小。“生气发而生万物。”生气聚集流出地表的出口就是穴位。“生气”是沿大地的经络而运行的。
在天地人体之中，经络主运血气。
《灵枢·脉度》说：“气之不得无行也，如水之流，为日月之行不休。故阴脉营其脏，阳脉营其腑。如环之无端，莫知其纪，终而复始。”这里还把气血运行与自然界的水流和日月的运行现象联系起来，从而提出人“与天地相参”、“与日月相应”的论点。当时把“血气”视为生命的主要特征。《管子·水地》篇说：“水者地之血气，如筋脉之通流者也。”因此，大地血脉是否流通，是该地是否有生气的具体表现。地表水和地下水是天地的津液。《黄帝内经》认为“气”这个真灵，不仅弥漫于空间，也存在于地下。它们通过大地经络把大地山河联系成像人一样的整体。“土精为石。石气之核也。气之生石，犹人筋络而生爪牙也。”生气沿着山脉走向流动，遇到丘陵、山冈，生气就会高起；到了凹地之内，生气就会下降。这正是《易传》中所说的“山泽通气”。
2.生气与天地相参、与日月相应
“经络者，所以决死生、起百病、调虚实，不可不通。”大地经络中的生气流动“如水之流，如日月之行不休。”它“常营无已，周而复始。”生气在地下，其活动与天地相参、与日月相应。“经脉者十二，以应十二月。十二月者，分为四时。四时者，春、秋、冬、夏，气各异。”“盈天地皆气也，而行乎山、适乎水，有升降变化之机”（《黄帝内经》）这是和季节、日月相应的。
穴位是大地的“元窍”。《地理辩证疏》中说：“夫地，静物也；水，动物也。水之所止，即是地脉所钟。一动一静之间，阴阳交媾，雌雄牝牡化育万物之源，所谓元窍相通也。”穴位是大地的生气通过龙脉（经络）出露于地表的孔道和藏蓄生气的地方。它是大地生气通过经络通达于地表的特殊部位。穴位是大地阴阳交媾与胎息的地方。“胎息孕育，神变无穷；生旺休囚，机运行而不息。”“万里之山，各起祖宗，而见父母。胎息孕育，而后成形。是以认形取穴，明其父之所生，母之所养。天门必开，山水其来。地户必闭，山水其回。”“穴居其中，不居其旁。”
3.人体穴位多源于大地穴位
据《黄帝灵枢经》和《针灸大成》上的穴位，可以看出，人体穴位的名称，多来自山川、丘陵、河谷的名称。如：海（照海、小海）、河（四渎）、溪（太溪、后溪）、沟（支沟）、地（地仓）、井（天井）、泉（涌泉、阳陵泉、阴陵泉）、池（阳池、曲池）、泽（尺泽、少泽），渊（太渊）、渚（中渚）、山（承山、昆仑），丘（商丘、丘墟），陵（大陵、下陵），谷（合谷、然谷）等。
4.天地阴阳与循环
《庄子》认为字宙之中，形之最大者为天地，气之最大者为阴阳。“大明之上”是“至阳之原”，“窈冥之门”是“至阴之原”。“阴阳相照相盖相治，四时相代相生相杀”，而有万物。人亦“受气于阴阳”，“阴阳于人，不翅于父母”。正由于此，人体内部作为一个小宇宙，也有阴阳二气，为人应该“静而与阴同德，动而与阳同波”。她和大自然一样，阴阳变易，生生不息。之所以能生生不息，是因为其周有“生气”。
对大自然间的循环，中国古代早就有观察和记录。屈原（前340年～前278）在《天问》中提出了“九州安错，川谷何湾？东流不溢，孰知其故？”意为：川谷幽深，众河川日夜东流，为什么海水不会满溢出来？先秦时《管子》一书提出：“天气下，地气上，万物交通”的循环思想。成书于西汉的《黄帝内经》中进一步提出：“地气上为云，天气下为雨；雨出地气，云出天气。”表明当时已有水气循环的思想。晋郭璞（276～324）在《葬书》中说：“夫阴、阳之气噫，而为风。升而为云，降而为雨，行乎地中而为生气。生气行乎地中，发而生乎万物……是以铜山西崩，灵钟东应，木华于春，栗芽于室，气行乎地中。”
什么是“气”？《黄帝内经》中说：气是“天覆地载，万物悉备，莫贵于人。人以天地之气生，四时之法成。”郭璞《葬经》认为气是阴、阳的结合体，成为风。升为云、降为雨，到了地中就成为“生气”。它最初是流动的，毫无硬度，无间断，无终止。“气”是人们想象中最稀薄的物体，是天地万物的基本元素，是一种微粒流，它或轻或重，或清或浊。轻浮为阳，重浊为阴。“气”又酷似物理学中的磁场。“生气”由阴、阳交感生成，是使万物形成生命的活跃因素。它是一种生命“场”，在机体内起到能量和力量的作用。由于这生气场的存在，地球表层所发生的变化，是会相互感应的。当着铜山西崩之时，灵钟在遥远的东方也能感应。这在当今地震研究中已得到证实。地球表层也像人体一样有经络和穴位的存在。在郭璞的地理观念中，阴、阳、风、雨循环变化都受生气场的控制，它们形成一个有机的整体系统。
此后，明代状元杨慎（1488～1568）也进一步解释了水气循环的原理。他说：
“余谓，水由气而生，亦由气而减，今以气嘘物则得水，又以气吹水则干，由一滴可知其大也……又庄子云：日之过河也有损焉。风之过河也有损焉。风日皆能损水，但甚微而人不觉，若暴衣于日中，标湿于风际，则立可验此，随时而消息也。”（明·杨慎：《总纂升庵全集》，卷217，第8册，郑宝琛辑本）
他明确地指出水的蒸发作用，是东流不溢的原因，解决了水、气循环的问题。
在明末清初，出现了《日火下降，旸气上升图》。它附于《诸葛武侯白猿经风雨占图说》一书。据中国科学院自然科学史研究所地学史组主编的《中国古代地理学史》一书研究，此图“对太阳辐射在空气对流中的作用，作了形象化的生动表示。它说明了风、云、雷、电、雨等的形成原理和过程。”“说明水汽上升，成云致雨，流湿地面及渗入地下的水分循环情况。”明代朱谋1615年在《水经注笺序》中说：“夫水在天地间，犹乎世之货财也，发源名山，流成江河，趋为四海，蕴为云气，还雨天下，以浸润万物”，他说明了水气循环的过程。
由于有了循环，更产生了“和谐”。“和谐”就是指的多样统广和有序运动。我国的庄子在《逍遥游》中说：“天地有大美而不言，四时有明法而不议，万物有成理而不说。”他认为物质世界之美，根本不需要人去加工、去刻意雕凿，去“言”、“议”、“说”，万物本身就有一种自然之美。比如百花齐放、彩蝶纷飞无疑是美的，但仔细观察一下，就可以发现花朵及蝶翅的形成有严格的造型规律：其图案线条的对称非常和谐，色彩浓淡的转换配置非常柔和，它们几何学意义上的造型的精确性常令数学家惊叹不已。其他如冰雪的结晶、彩虹的曲率、树叶的叶脉、蜂巢的六边形结构以至人体的四肢，都具有精确的几何造型的规律。近代物理学家发现天体的运行和原子的构造以至许多数学物理公式都是非常和谐有序而又简洁匀称的，难怪德国天文学家开普勒说：“数学是这个世界之美的原型。”所有这些形式规律都不是人类按照自己的意愿创造出来的，而是大自然鬼斧神工的造化，但它们很美。因此，《易经》的易变和不易、简易的统一，即“循环”与“和谐”既是大自然的规律，也是美的规律。
对于中国古代的这一由阴、阳结合而构成天、地、生、人系统的整体有机观，英国李约瑟博士所著《中国科学技术史》中总结说：
“中国人的科学或原始科学的思想包含着宇宙间两种基本原理或力量，即阴和阳……大多数欧洲观察家都指责它是纯粹的迷信，阻碍了中国人真正科学思维的兴起。不少中国人，特别是现代自然科学家，也倾向于同样的意见。但是……我考察的是，事实上古代和传统的中国思想体系，是否仅只是迷信或者简单地只是一种‘原始思想’，还是其中也许包含有产生了那种文明的某些特征性的东西，并对其他文明起过促进作用。”
李约瑟博士所提出的疑问与思考，是值得我们重视的。事实上，李约瑟博士对中国古代的这一天、地、生、人系统的整体有机观曾予高度评价，他说：“在希腊和印度发展机械和原子论的时候，中国则发展了有机的宇宙哲学。”
东、西方地理科学思想的这一基本差异为世界上不少学者所共识。19世纪英国的伊特尔比较了东、西方的科学思想之后认为，中国的传统科学思想是“一种精神生命的金带，运动于所有存在的物体之中，并把它们联结为一体。”
西方的自然科学是以拆零为技巧、微观分析的定量研究，这种研究必须把宇宙分割成互不相关的各种科学领域，它虽然取得了辉煌的成就，但由于肢解了宇宙的整体性而在一些方面显出不足。现代的自然科学家已经注意到这一点。F·卡普拉在他的《物理学之道》中说：“东方哲学的有机的、生态的世界观无疑是它们最近在西方泛滥的主要原因之一，在我们西方的文化中，占统治地位的仍然是机械的局部的世界观。越来越多的人把这看成是我们社会广为扩散的不满的根本原因。有许多人转向东方式的解放道路……而向《易经》求教。”而诺贝尔物理学奖获得者、量子力学的奠基人玻尔则发现物质的原子结构和太极八卦非常相似，从而对《易经》表示赞赏。所以《易经》不仅是中国文化的瑰宝，也是世界文化的瑰宝。为了获得解释《易经》的科学基础，我们还必须向西方人学习条分理析的精确的自然科学。“东海西海，心理攸同；南学北学，道术未裂。”宇宙和人类本是一个整体，它是不可分割的。
中华文化的伟大，也在于她科学思想的广博、深厚与细密。她作为东方科学文化体系，与渊源于古希腊、古罗马并演变到今天欧美的西方科学文化体系，长期交光互影、互相渗透而又各自独立发展，并不逊色。只是近百年来，灾难深重的中华民族，才在科学上比西方落后了。如何对待中国的传统科学？英国李约瑟博士说：“至于远东文明，特别是其中最古老而又最重要的中国文明对科学、科学思想和技术的贡献，直到今天仍然被云雾所遮蔽，而没有被人们所认识。”然而，中国古代从天文、历法、物理、化学、数学、地理、生物、建筑、陶瓷、冶金、医学、农学一直到“四大发明”的伟大成就，都硕果累累，灿如繁星。这极大地丰富了人类文化的宝库，推动了世界文明的进程。
近几年来，前中国科协主席钱学森大力提倡“建立现代地理科学系统”，号召要研究“天、地、生、人的相互关系”，提出“地理科学是开放的复杂巨系统”。这些精辟的见解，揭示了现代地理科学应走把握整体，从细致分科到在更高层次上向综合化回归的研究道路。这是当前地理科学发展的迫切需要，也是在更高阶段上继承了中国古代地理学的传统。