1909年春天，本来计划去欧洲留学的许寿裳，因为公费申请的环节出了问题，大抵是留学监督辞职所致。恰好，杭州有一所师范学校新建好，校长沈钧儒邀请许寿裳到校做教务长。
许寿裳向鲁迅辞行，鲁迅当即对许寿裳说，你回国也好，我这里恐怕不久也要回去了，因为起孟（周作人）马上要结婚，生活费用从此增多，如果我不去谋事做，起孟恐怕也不能支持下去。你如果在师范学校立住脚以后，便帮我谋划一份饭碗。
鲁迅后来在自传里也说道：“终于，因为我的母亲和几个别的人很希望我有经济上的帮助，我便回到中国来。”
浙江两级师范学校是一个新式的学校，学校聘请了许多外籍老师，其中植物老师是日本人。而鲁迅回到两级师范学校，重要的一个工作，便是日本老师的翻译。
除了日籍教员的翻译以外，鲁迅还兼教学生们生物课和化学课。
鲁迅的生物课很是大胆，他决定给学生们讲生殖系统的课。自己认真地编了一些讲义，油印了发给学生们看。他上课前对学生们说，我讲课的时候不许笑。后来，他向同事们解释，这样的课因为讲授者单纯是从科学的角度在讲，所以态度是严肃的，如果这个时候有学生笑了，就会破这种气氛，让单纯的科普课而变成了笑话堂。
因为鲁迅的生物课准备得充分，并引述国外的学生是如何上课的，所以，学生们竟然听得认真。课堂纪律一直很好。下课后，学生们广泛传播鲁迅先生的生物课，惹得其他班级的学生来也来借鲁迅先生的讲义看。
鲁迅对学生们说：“恐防你们看不懂的，要么，你们就拿去。”
鲁迅在两级师范学校的同事夏丐尊曾经写过回忆文字，说：“原来他的讲义写得很简略，而且还故意用着许多古语，比如，用‘也’字表示女阴，用‘了’字表示男阴，用‘系’字表示精子，诸如此类，在无文字学养未曾亲自听过他阐释的学生来看，就好比一部天书了。”
除了打破传统地讲生殖系统的生物课，鲁迅还在课外的时候延伸讲解尸体解剖的知识。那时的封建传统，对死去了的人都是恐惧或迷信的，认为人死以后便会成为鬼。然而，鲁迅却说人死了以后，身体会慢慢变凉，器官会慢慢停止运动。他说：“我曾经解剖过不少尸体，有老年的，壮年的，男的，女的。最初也曾感到不安，后来就不觉得什么了。”
作为日籍老师的翻译，他发现日语老师有时候讲课有些枯燥。有一次学生在日籍老师的课堂打哈欠出了声，老师罚学生站，认为学生不尊重他，一定要学校处分学生。那是一个毕业班的学生，如果处分了，学生毕业后颇受些影响。如何是好呢，鲁迅自然要保护一下生，居中调停，给全班每一个学生都记处分。结果，日籍老师自然也不好意思执著，但心里一直不平。为活跃学生们上植物课的气氛，鲁迅建议学校同意他们上户外课，这样，既避免了同学们上课打瞌睡的尴尬，又实际考察野外生长的植物，采集植物标本，增长了实践的知识。1910年3月1日至29日，鲁迅与学生共外出采集标本12次，地点遍及杭州郊外的山山水水。有一次，鲁迅和日籍教师一起带学生外出采集标本。在路上，学生看到一株开着黄花的植物，就问那个日籍教师它叫什么名称。日籍教师回答说：一枝黄花。学生们暗笑，私下议论以为他信口开河。这时鲁迅严肃地对学生说，要指出别人的错误，自己应该有把握有根据。你们回去可以查查《植物大辞典》，这个植物属于菊科，汉语名就是“一枝黄花”。你们这样不懂装懂，轻率地不相信老师是不好的。
学生们回到学校查完词典，向日籍老师道歉。鲁迅巧妙地调和了师生之间的矛盾。
然而，鲁迅的学生，也并非总是如此听话，也有恶作剧的学生。那是在鲁迅教生物化学的课堂上。有一次鲁迅讲硫酸，鲁迅怕学生们不知道厉害，反复强调这硫酸的腐蚀性极强，皮肤沾到一点，便会立即被烧伤。然而，分组做实验的时候，仍然有学生恶作剧用棉签蘸了一点硫酸在另外一个学生的后颈上点了一下，这个学生立即用手按住后颈，连声叫痛。鲁迅当时就震惊了，他马上过去给叫痛的学生搽药止痛，同时批评了那个恶作剧的学生。还有一次，恶作剧的学生竟然故意捣他的乱，故意整他。是俞芳在一篇回忆文字里说到的：当时，鲁迅把烧瓶中的氢气和实验仪器拿进教室时，才发现没有带火柴，鲁迅只好对学生们说：“我回去取火柴，你们千万别去碰这个瓶子，瓶子一旦进了空气，再点火就会爆炸的！”当鲁迅拿火柴回到教室，一点火，那氢气瓶“嘭”的就炸开了……这时候，鲁迅才发现，坐在前面两排的学生早已转移到安全的地方去了。
除了学生的恶作剧，还有一些同事的无聊。杭州的日租界开了数家妓院，那些老师在周末的时候会去光顾，然后回来便炫耀他们的见识，这让鲁迅有些气愤。他觉得嫖妓并非不可，但身为师长，嫖妓回来，还要大肆炫耀一番，实在是无耻。
加上，后来，校长沈钧儒离开，新来的校长夏震武是一个极端保守主义分子，要复古，对新学加以抑制。鲁迅觉得工作非常不开心，便辞了工作，回到绍兴的一所中学去了。