早在前南斯拉夫时期，科索沃就同社会主义南斯拉夫的其他共和国和自治省一样被划分为若干乡镇/行政区（市政当局），作为地方自治最为重要的基层组织。战争结束以后，行政区划被确定为30个乡镇（这些乡镇共包括有约3000个村庄），但在国际管理的制度中没有相关的法律规定。其后，联合国科索沃临时行政当局特派团1999年第14号规章（于1999年10月21日通过）为这种地方管理结构奠定了法律基础。根据该规章，联合国秘书长特别代表有权为科索沃的五个地区（普里什蒂纳、佩奇、米特罗维察、普里兹伦和吉兰）任命地方行政官员，负责监督各地区及乡镇的管理和地方机构。这样，在战争结束四个月以后才有了激活、建立、监督乡镇范围内行政结构的明确的框架条件。
2001年5月通过的《科索沃临时自治宪法框架》从国家组织的角度将科索沃定义为一个中央国家，同时以乡镇形式进行地方分权管理。这样，这30个乡镇构成了地方自治的基本领土单位，联合国科索沃临时行政当局特派团2000年第9号和第43号规章定义了地方自治的权限。
科索沃乡镇管理的一个基本要素是可以在乡镇内运用辅助性原则，也就是说可以将职权和职责委托给所谓的“亚市政单位”。这些亚单位通常相当于过去的“Mesna zajednica”（塞尔维亚语）或者“Bashksia lokale”（阿尔巴尼亚语）；它们首先可以在科索沃一些较大的乡镇，比如像普里什蒂纳、佩奇、普里兹伦或者吉兰减轻乡镇管理的负担。至少根据上面提到过的联合国科索沃临时行政当局特派团2000年第45号规章，各乡镇可以同亚单位缔结某些专门合同；依据这些合同，亚单位就能够独立接受乡镇在某些领域的任务和职权。欧洲理事会2003年11月提出的改革地方自治和公共管理的计划（详见第9章）建议在科索沃建立240个左右这样的亚单位，称为“地方市政当局”。
战争结束五年多了，乡镇层面的地方管理也暴露出一系列的弱点。2003年初美国国际开发署的一份报告对乡镇层面的困难做了如下描述：“1999年以来，在建立地方行政机构和提高地方官员技能方面的确取得了一些进步，但是地方行政的任务、职权和职责混乱不清，地方官员缺乏明确的职权，缺乏充分计划、分配和管理资源的能力。尽管科索沃各市政当局的情况各有不同，但很少有可以被称作有效的或者透明的管理情形，也很少有提高服务效率和地方经济条件的创新举措，严重问题在增多，结构改革势在必行。事实上，人们可以进一步得出结论，地方行政内部的职权混乱和能力匮乏导致地方管理的功能紊乱达到了相当严重的、不可为人所接受的程度。”
除去塞尔维亚族人的平行管理结构（详见下面）和沿着种族路线进行分权的危险不谈，行政管理的一个明显问题是权限分配不够明确，对联合国科索沃临时行政当局特派团各项规章的理解不够正确。科索沃的管理层面很多，从全科索沃的临时自治机关到联合国科索沃临时行政当局特派团再到各个地方机构，科索沃居民首先对乡镇的职权感到很困惑。总的趋势是人们将大多数的职权和责任——尽管它们在法律上已经转交给了地方行政机关——仍然归给联合国科索沃临时行政当局特派团。联合国开发计划署2003年对地方管理的一项研究表明，对于那些明确属于乡镇的职责，约5%到30%的科索沃居民将其仍然视为联合国科索沃临时行政当局特派团的责任。例如，23%的科索沃人认为退休金的支付由联合国科索沃临时行政当局特派团负责。
乡镇领域的另一个问题是乡镇公职人员缺乏职业化，这一点首先表现在工作岗位的分派和采购事业当中。人事决定通常依据政治标准或者家庭关系，专业技能位居其次。当然，这些问题也是铁托—南斯拉夫时期低效、不透明的管理结构和阿尔巴尼亚族居民在塞尔维亚族压制的几十年内被完全排除在地方管理之外的后果。
科索沃各乡镇及其管理的另一问题在于各乡镇在收入水平和接受教育方面极不平衡，差距非常大。2004年春天公布的《科索沃人类发展报告》汇总了的数据颇具启发性，其基础是所谓的“地方人类发展指数”（Municipal human development index，即MHDI）。地方人类发展指数是一个混合指数，由收入、预期寿命和教育指数（入学率和文盲数）组成。科索沃的平均地方人类发展指数为0.680，同世界上的其他国家相比处于“中等”人类发展水平的末端。地方人类发展指数最高的五个乡镇为普里什蒂纳（0.723）、祖宾波托科（0.714）、兹维坎（0.714）、列波塞维克（0.706）和斯特普利斯（Shtrpc/trpce，0.701）；地方人类发展指数最低的五个乡镇是Novobrd/Novo Brdo（0.682）、马里瑟夫（0.625）、Shtime/timlje（0.631）、Kaanik/Kacanik（0.644）和Skenderaj/Srbica（0.648）。引人注目的是，最为发达的五个乡镇中有三个在科索沃北部（祖宾波托科、兹维坎和列波塞维克），并且是纯塞尔维亚族的；另外处于马其顿边界的斯特普利斯（Shtrpc/trpce）的多数居民也为塞尔维亚族，且居住在飞地。塞尔维亚族人占主体的乡镇地方人类发展指数较高，其原因首先在于其教育指数同阿尔巴尼亚族人占主体的乡镇相比明显偏高。各乡镇的人均收入差距也很大。普里什蒂纳的人均年收入为1586欧元，而在Shtime/timlje仅为623欧元。人均收入较高也是普里什蒂纳地方人类发展指数较高的原因。
各民族居民对乡镇管理效率的评价也很不同。39.3%的科索沃—阿尔巴尼亚族人和63.4%的科索沃—塞尔维亚族人对乡镇的行政服务不满意。
联合国开发计划署2003年春天大规模的调查“科索沃马赛克”表明，在对地方管理的评价方面，各乡镇之间也有明显差别。苏瓦雷卡、吉兰、Kaanik/Kacanik、卡梅尼卡和贾科维察居民的满意程度最高，相反，祖宾波托科、奥比利克、Novobrd/Novo Brdo、兹维坎和马里瑟夫的居民最为不满。这里非常有趣的是，在居民对乡镇服务满意程度最低的五个乡镇当中有四个是纯塞尔维亚族的（祖宾波托科、奥比利克、Novobrd/Novo Brdo、兹维坎）。考察各乡镇居民对不同部门，更确切地说是对乡镇职权范围内不同管理任务的满意程度，我们可以看出，最让居民不满意的是供电，其次是养老金较低以及支付不及时的问题、街道维护问题、垃圾处理问题以及社会服务问题。相反，科索沃居民对消防服务、医疗卫生部门的建立和初级、中级教育的管理工作最为满意。
上文所提到的乡镇居民不能明确区分乡镇和科索沃中央机构，即联合国科索沃临时行政当局特派团的职权和责任的问题在此得到了再次体现。居民最不满意的两个领域（供电和养老金问题）的责任其实决不仅仅在乡镇，也在科索沃的其他相关机构。同对乡镇工作效率的评价相仿，各乡镇居民对地方权威人士（市长、乡镇会议的成员、行政人员）解决问题的能力的信任程度也有着很大的差别。联合国开发计划署的研究中有一问题为“你认为你所在市政当局的问题能够由地方权威人士解决吗？”苏瓦雷卡80%的居民回答“是”；而在祖宾波托科，只有30%的居民在这点上信任他们的乡镇负责人。除了苏瓦雷卡之外，在伊什托克、科索沃波列、佩奇和格罗高维卡，居民对乡镇负责人的信任度最高；相反在兹维坎、斯特普利斯Shtrpc/trpce、Skenderaj/Srbica、Novobrd/Novo Brdo和祖宾波托科最低。
不同民族的科索沃人对关于乡镇的一些最重要问题的回答也颇具启发意义。绝大多数的调查者——无论哪个民族——都认为高失业率和供电不足问题很严重；除此之外，特别在行动自由和个人安全问题上，塞尔维亚族人（在行动自由问题上）和其他少数民族（在个人安全感觉上）同科索沃阿尔巴尼亚族人的看法有着明显的区别。