群龙不能无首，赵昰死后，眼看赵氏家族就要分崩离析，众臣便又拥立年方7岁的赵昺为帝，由杨太后垂帘听政，改元祥兴，延续奄奄一息的赵氏家族政权。
德佑二年（1276年）正月，蒙古大军逼近临安，在文天祥等人的强烈要求下，赵昰被封为益王，赵昺被封为广王，朝廷命他二人前往福州、泉州经略闽、粤，徐图恢复。当时，赵昰8岁，赵昺5岁，还是不懂事的孩子，根本不能处理政事，跟随他们一同起行的是驸马都尉杨镇、益王母亲杨淑妃的弟弟杨亮节、广王母亲的弟弟俞如硅等人。这三人被任命为提举二王府事，代替二王处理闽、粤之事。
德佑（1276年）二年正月，宋朝败亡已定。在元军进入临安以前，谢太后封赵昰为益王、判福州、福建安抚大使，赵昺为广王、判泉州兼判南外宗正，命人保护二王逃出了临安。二月初五，谢太后率领宋恭宗赵和百官于临安降元，宋恭帝被元朝押送到北京。赵昰一行则躲过元军的层层围堵，到达温州。
南宋名臣陆秀夫派人招来了躲藏于此的陈宜中，张世杰也率兵从定海前来会合。温州有座江心寺，南宋初年高宗南逃的时候曾到过这里，此时，其御座还保存完好，众人于座下大哭，拥戴益王赵昰为天下兵马都元帅，广王赵昺为副元帅。此后，二王就成为了宋室遗民心目中仅存的希望。
五月，二王抵达福州，陈宜中、张世杰、陆秀夫等人拥立赵昰为帝，时为端宗，改元“景炎”，封杨淑妃为太妃，广王赵昺为卫王，陈宜中为左丞相兼枢密使、都督诸路军马，张世杰为签书枢密院事，陆秀夫为端明殿学士。不久，文天祥被诏至福州，任右丞相兼枢密院事，后又命为同都督，命他前往江西召集义士，恢复失地。南宋流亡小朝廷在福州建立起来，且颇具规模。
流亡政权刚建立，外临强敌，内部却开始争权夺利，官员之间相互倾轧，分化了本已非常孱弱的力量。当时，杨淑妃的弟弟杨亮节居中掌权，秀王赵与榫以赵氏宗亲的身份对杨亮节的所作所为多有谏止，遭到杨亮节的忌恨。杨亮节便把赵与榫派往浙东。朝臣有人言秀王忠孝两全，应该留下来辅佐朝廷，杨亮节听后更为忧虑，担心自己地位难保，驱逐赵与榫的心意更加坚决。赵与榫后来在处州与元军交战，被俘不屈而死。宰相陈宜中此时也使出自己擅长的党同伐异手段，排斥异己，指使言官将陆秀夫弹劾出朝廷。在小朝廷立足未稳的时刻，陈宜中的这种行为，引起众人的普遍不满，陈宜中无奈之下，将陆秀夫召回。
赵昰即位以后，朝廷初步草创，南宋又有了抗元的大旗，人们重又归心宋室。广东经略使徐直谅本来已经投降元朝，现在又重新表示归附端宗；广西守将基本上仍旧忠于宋室，他们派使者向宋端宗表示服从；文天祥率军进攻江西后，各地义军纷起响应，收复除赣州之外所辖九县，吉州八县复其半。但是在元军的猛烈进攻下，江西、广东很快相继失守，文天祥被俘、徐直谅被杀，广西各地不久之后也被元军攻破。
九月，蒙古大军杀向福州，试图一举荡平南宋的残余势力。他们派出骑兵和水兵由江西和浙江明州出发，进攻闽、粤。不久，浙江全境为元军占领，元军继续南下，连破建宁、邵武、南剑三城，兵锋已经达到福州前沿。由于小朝廷在福建刚刚立足四个月，根基不稳，陈宜中、张世杰、陆秀夫等不敢和元军展开决战，慌忙护送端宗等人登舟入海。
十一月十五日，陈宜中、张世杰护送着端宗赵昰、卫王赵昺及杨太妃乘一艘海船逃跑，刚一入海，就与元朝水军相遇，幸而天气不好，大雾弥漫，才得以脱身。离开福州之后，小朝廷失去了最后一个根据地，此后，只能建立海上行朝，四处流亡。
赵昰一行辗转泉州、潮州、惠州等地。景炎三年（1278年）春，来到雷州附近的硐洲。逃亡途中，宰相陈宜中借口联络占城，一去不返，又一次充当了可耻的逃兵。
蒙古将刘深攻打浅湾，张世杰与之大战，兵败，护卫赵昰逃亡秀山，不久，秀山失守，又逃亡井澳（珠江口外）。刘深追兵赶到井澳，宋元两军在海上大战，赵昰因为在逃亡途中受到飓风惊吓，惊恐成疾。
十二月，赵昰只能带病出海，在七里洋，宋军和元军又发生一场恶战，只因宋军一路败退，又长期在海上流亡，食物严重缺乏，故而战斗力大减，被元军击败，广王赵昺母亲的弟弟俞如硅被元军俘虏。此时，南宋小朝廷已经被追得穷途末路，很多人都灰心丧气了。张世杰、陆秀夫等少数几个人，仍然怀抱着坚强的复国信念，他们鼓舞下属，激励士兵，又护卫着病体沉重的宋端宗转移到硇州岛。
景炎四年四月，赵昰在硇州岛病逝，年仅11岁。由于军情紧急，就地草草埋葬。赵昰自即位以来，就一直在亡命的旅途之中，虽然贵为皇帝，实际上没有享受过一天的荣华富贵。他死了之后，当地的百姓还是非常怀念他，经常到他的墓地上祭扫。
赵昰死后，群龙无首，眼看小朝廷就要分崩离析，陆秀夫慷慨激昂，振作士气：“诸君为何散去？度宗一子还在，他怎么办呢？古人有靠一城一旅复兴的，何况如今还有上万将士，只要老天不绝赵氏，难道不能靠此再造一个国家么？”众臣便又拥立年方7岁的赵昺为帝，由杨太后垂帘听政，改元祥兴。