无论是个别财务报表还是合并财务报表都反映企业财务状况、经营成果和现金流量情况，所以在分析时，合并财务报表与个别财务报表的分析在原理和方法上基本相同，在此不再赘述。但是，由于合并财务报表本身有区别于个别财务报表的特殊经济本质的特殊性，在分析时，应注意以下一些问题。
一、合并财务报表与个别财务报表的本质差异
由于个别财务报表反映的是单个企业法人的财务状况、经营成果和现金流量，不能有效反映整个企业集团的会计信息。而合并财务报表是在统一母子公司会计政策的前提下，由母公司以纳入合并范围的企业个别财务报表为基础，根据其他有关资料，按照权益法调整对子公司的长期股权投资后，抵销母公司与子公司、子公司相互之间发生的内部交易对合并财务报表的影响，然后按照合并财务报表的项目要求合并个别财务报表的各个项目的数据编制的，基本消除了对集团资产、收益、负债和现金流量的虚估，能够为集团的利益相关者提供诸多决策所需的增量信息。
合并财务报表虽然提供了资产、利润等方面的资料，但是由于运用这些资产是特定法律主体的权利，作为母公司，并不能直接地运用和处置这些法律主体的资产，这也与个别财务报表中反映的资产运用能力存在重大差异。同样，合并利润表中的利润也不是母公司的利润，还包括子公司的利润。但子公司的利润在未经股利分配前是不能由母公司支配的，也并非母公司现实拥有的。
由于合并财务报表是以个别财务报表为基础编制而成的，在进行合并财务报表分析时，应结合母公司和子公司的个别财务报表来进行分析，掌握其对合并财务报表数据的影响，充分认识这些信息所具有的局限性，以对企业集团的财务状况、经营成果和现金流量情况有一个较为客观的分析和判断。
二、合并财务报表与个别财务报表在项目上的差异
合并财务报表与个别财务报表在项目上存在差异，在合并财务报表分析中也应当加以注意。在合并资产负债表中，与个别资产负债表相比，有3个不同的项目：合并价差、少数股东权益和外币报表折算差额。
（一）合并价差项目
该项目是长期投资（包括股权投资和债权投资）的调整项目。当合并价差是由长期股权投资产生时，反映母公司对子公司权益性资本投资数额与子公司所有者权益总额中母公司所拥有的份额抵销时所形成的差额。如为借方余额，表示母公司对子公司权益性资本投资额大于子公司所有者权益中母公司所拥有的份额；如为贷方余额，表示母公司对子公司权益性资本投资额小于子公司所有者权益中母公司所拥有的份额。一般情况下，合并价差主要是集团内成员企业通过集团外的交易所产生的。
（二）少数股东权益项目
该项目是在负债和所有者权益之间单列的一个项目，反映除母公司以外的其他投资者在子公司的权益，表示其他投资者在子公司所有者权益中所拥有的份额。它具有特别的性质，既不是母公司的债务，又不是母公司的股权，只是在数量上等于子公司的所有者权益与少数股东持股比例的乘积，视同为对少数股东的负债。
（三）外币报表折算差额项目
我国会计制度规定，对以外币表示的会计报表进行折算时，所有资产、负债类项目都必须按照合并财务报表决算日的市场汇率折算为母公司记账本位币；权益类项目，除未分配利润外，均按照发生时的市场汇率折算为母公司记账本位币，折算后资产类项目与负债类和所有者权益类项目合计数的差额，作为“外币报表折算差额”在未分配利润项目后单独列示。
在合并利润表中，与个别利润表不同的项目只有一个，即“少数股东本期收益”，该项目反映企业少数股东在净利润中所占的份额，其金额等于子公司净利润与少数股东持股比例的乘积。
三、合并财务报表与个别财务报表在分析指标上的差异
（一）偿债能力分析
企业集团只是一个经济实体，而不是独立的法律主体。债权人是相对于独立的法人主体而言的，每个公司的债权人只能针对法人财产行使求偿权。因此，母子公司的债权人进行偿债能力分析时应主要依据个别财务报表数据，在此基础上综合考虑合并财务报表数据和集团的资金管理与控制政策，以做出正确的信贷决策。
由于企业集团成员间存在各自的利益取向，即使母公司控制着子公司的财务决策权，也不可能不顾公司中少数股东的利益任意在企业集团内部无偿划拨资金，合并流动比率不能简单地等同于所有母子公司流动比率的加权平均。母子公司的偿债能力是相对独立的，债权人首先要考虑母子公司之间转移现金的能力和这个过程的时间，同时还要进一步考虑内部交易或事项的抵销对流动资产和流动负债的影响，企业集团内部债权债务的抵销和未实现内部损益的抵销对合并短期偿债能力指标的数值影响是双向的，需要根据内部交易情况具体评估。
（二）营运能力分析
在进行企业集团整体营运能力分析时，应具体情况具体分析。如果企业合并是横向合并，即母子公司所从事的经营活动性质相同，合并营运能力指标能够真实反映集团各项资源运用对外实现的运转效率，对于评估集团资源的运用效率是客观的；如果企业合并是纵向合并或混合合并，即为了分散经营风险，企业集团采用多元化经营方式，合并财务报表可能掩盖不同地区、不同行业企业之间资产的周转效率和经营风险水平的差异。特别是各个行业的财务指标衡量标准不同，个别财务报表合并后，便会使得合并财务报表财务分析和财务预测的意义大大削弱。因此，在企业集团跨行业经营的情况下，更应针对企业集团的各成员单位具体分析。
另外，合并财务报表中许多项目是在抵销集团内部往来业务后得出的金额，这也给集团营运能力分析带来一定的困难。如果集团公司内部交易占它们各自交易量的较大比重，抵销后的周转额代表整个集团对外完成周转的存货或流动资产规模，与集团内单一公司完成的周转额并不相同，后者会随中间环节增多而增大，因而合并营运能力指标有可能虚假地反映出周转速度的加快。
（三）盈利能力分析
企业集团作为一个整体，其合并财务报表解决了集团内部交易重复计算的问题，能较个别财务报表更真实地反映出企业集团的整体经营成果和盈利能力。例如：母公司个别利润表中有1 200万元是向子公司销售商品取得的营业收入，该批商品的销售成本为800万元，当期已全部实现对外销售。
母子公司营业利润之和与企业集团营业利润总额的绝对值相等，但母子公司营业利润率之和大于合并营业利润率。这是由内部交易产生的营业收入在母子公司进行重复计算所导致的。因此，合并财务报表是解读企业集团盈利能力的有效工具。
同时，还应注意对合并财务报表的利润构成和利润质量加以分析。在企业集团跨行业经营的情况下，利润构成是盈利能力分析需要关注的重点。例如，零售贸易集团编制合并财务报表时，将其下属的房地产销售收入和利润都并入合并财务报表的营业收入、营业利润项目中，可能会使合并财务报表营业收入、营业利润看起来比较乐观，但它实际上已不再反映母公司的主业经营情况，而是反映母公司占控股地位的投资项目的经营情况（当然也存在着相反的情况）。此外，从现金流量的角度评价企业集团的利润质量也有重要意义，分析会计收益与现金流量的比例关系，关注母子公司之间转移现金的能力，有助于更好地反映企业集团的收益质量。
（四）成长能力分析
成长能力是指企业集团未来的发展趋势和发展速度。反映成长能力的指标主要有销售收入增长率、净利润增长率、股东权益增长率。企业集团的发展能力是由其内部所有成员有机结合所形成的合力决定的，因此在分析企业集团未来发展能力时，一方面必须从企业集团整体的资产结构、融资能力、盈利能力、发展潜力等方面出发进行综合考核；另一方面要关注数值的高低并结合趋势分析法挖掘深层次的原因。例如，合并销售收入增长率较高不足以说明企业发展趋势良好，还要了解销售增长的原因，并结合可比期间的数据进行趋势分析，才能判断企业集团产品的市场占有率是否持续、稳定上升。
此外，在合并会计报表分析中还应注意合并会计报表附注所披露的事项，这样才能全面、准确地了解集团的生产经营情况，对集团的财务状况和经营成果作出准确判断。