回国后，黄建军发现自己原先的同学有很多都已成为年轻的成功学者，甚至博导，而他自己，本可以成为一个出色的学者，看上去很儒雅的他也更像一个学者，而不是商人。回国前他想当然的认为自己拥有先进的技术，一整套的河湖治理、净化的解决方案，他将成为国内环保市场的领先者，市场在他面前如利刃切菜般，订单会滚滚而来。但是他在国内一直没有找到精通商务的合作者，阻碍了企业的发展。从1998-2003年整整五年，他的公司平均每年赢利不到万元，当初胸怀高远的创业者尝了太多苦头。
回首这段时间的辛酸，黄建军依然欷？不已。刚到北京时，由于偶然的机会黄认识了水利局的相关负责人，他们给他机会展示自己的产品。在郊外的实验水塘，黄的产品治理效果异常明显，混浊污水治理过后清澈见底，在水利局内部引起了轰动。黄的产品一反相关产品静止式、过滤式治理污水的办法，而采用动态水和微生物治理相结合的方式，这在国际环保市场上都是具有高度竞争力的性价比高的尖端产品。但是这么好的效果也引起了别人的不安，黄建军等来的不是订单，却是同行不正当的竞争和压制，在市场上更举步维艰了。
从最初在丰台成立的公司到后来萎缩到家里办公，黄的事业跌进了谷底。归国时，黄带回了很多日本电器和自己积攒的宝贵书籍资料，昂贵的音响他送了朋友，整整20箱资料他留了下来。带回来的血汗钱他一分未动全投在了公司，甚至连套房子也没买。抛弃了在日本的优裕生活，抱着理想回国，遭遇的却是如此困境，对内心的打击可想而知。黄建军的父母和亲戚都劝他放弃吧，去家外企打工一样可以赚很多钱的。黄动摇了，可是一直以来对梦想的渴望，过去无数个因为创业而兴奋的夜不能寐，这样放弃了，就很难捡起来了。行为上可以放弃，信念决不能动摇。黄再一次在大家惊叹的目光下放弃了去本田汽车工作的机会，而去了一家国企赚着每月两千多块的微薄薪水，仅仅因为这家国企的老总对黄的产品产生了兴趣，表示出对投资环保产业的一点点可能性，听到这里，我的心才真正地被触动了，有着过去辉煌经历的他，怎样可以每天挤着人潮如流的公车，去一家国企从零开始。后来该公司老总的反目使黄建军再次坚定了自己单干的信心。他又开始了创业的历程。
2004年，转机年到来了。黄认为转机的到来是自己多年积累的结果，当你积累到一定阶段，再坚持一下，机会就来了。先是无锡太湖治理这个国家“863”项目全国招标中，黄建军的技术被国内最顶尖的专家组相中，获准参与了这个国家“十五”规划重大项目。后来北京水科所由于多年来耗费大量资金却没有取得良好的治理效果，北京市河湖治理部门也向黄建军的公司少量订货，用于故宫筒子河、北护城河、什刹海等重要水域的治理，均取得满意的效果。随着国内对城市河湖景观水的重视，市场迎来了春天。北京钓鱼台国宾馆是接待国外元首要人的禁地，但其内部湖水也同样受到污染。在国内外众多高端技术的竞争中，钓鱼台国宾馆经过长期实验验证，最终决定只选用一家日本公司的技术和黄建军的技术搭配治理。
房地产市场的人工湖一直是个热门，北京有个叫“顺驰领海”的高档房地产项目，黄建军以不到其原来预算1/3的钱将人工湖治理得清澈见底，在房地产业内树立了响亮的名声。
现在京津华北地区的水景住宅市场，黄建军占据着绝对的市场竞争优势，很多用户慕名而来。最近3年，公司进入了高速发展阶段，每年的销售额和利润都在翻倍增长。今年上半年下来，销售额已达到7000多万元，到年底突破一个亿是没有问题的。黄建军现在已经拥有了一个初步的创业团队，团队中不乏具有10年以上国内、国外大型企业工作经验的策划和营销人才。但是由于公司规模的限制，发展早晚将再次遭遇瓶颈，黄建军正在积极争取风险投资融资，计划在资金和社会资源的助力下，用三四年的时间成为年收入超亿元的业内领头企业。
黄建军的经历曲折而富有戏剧性，连他自己都在感叹命运的力量。当天才、时代跟命运交织在一起的时候，这种戏剧性使得命运显得异常的华丽而绚烂。一路坦途不是命运的力量，一路失败也不是命运的力量。天才有自己的性格，时代有自己的性格，命运也将有自己的性格，但是它们都被黄建军牢牢地把握在自己手中。
季涛撰稿