敢将私谊哭斯人，文化神州丧一身。
越甲未应公独耻，湘累宁与俗同尘。
吾侪所学关天意，并世相知妒道真。
赢得大清干净水，年年呜咽说灵均。
——1945年冬天，陈寅恪所做的一首七律诗
这是一首令陈寅恪哀伤欲绝的诗，因为他在写这首诗的时候，好友王国维已经与他天人永隔了——1927年6月2日，一代国学大师王国维自沉于颐和园昆明湖中，而作为王国维在清华大学的同事，也是学术上的知交的陈寅恪，一直无法从好友自杀的阴影中走出来。
此时，陈寅恪早已经结束了自己长达十余年的留学生涯，且名列“清华四大导师”之一，成为了蜚声国内文坛的当代大儒——1925年，清华大学成立了“清华国学研究院”，主张用现代科学的方法整理国故，培养“以著述为毕生事业”的国学人才，学识渊博的陈寅恪在国学院研究主任吴宓和梁启超的推荐下出任国学院导师。
当时，清华大学校长曹云祥并不看好陈寅恪，因为他既无“一部大部头著作，亦无博士学位”，结果梁启超直接对曹云祥说道：“没有学衔，没有著作，就不能当国学院的教授啊，我梁启超虽然是著作等身，但是我的著作加到一起，也没有陈先生三百字有价值。”梁启超还说道：“这样的人如果不请回来就被外国的大学请去了。”最终，清华大学校长曹云祥向陈寅恪递上了一纸聘书，刚刚满36岁的陈寅恪与王国维、梁启超、赵元任组成清华大学史上最强大的导师团队，被时人称为“清华四大导师”。
1926年7月，初到清华大学的陈寅恪与几位单身男教师住在工字厅，其中的一位男老师叫做郝更生。翌年春天，陈寅恪在和郝更生聊天过程中得知其女友高梓的一位好友家里挂着一幅字，署名为“南注生”。郝更生向学识渊博的陈寅恪请教“南注生”到底是何许人也。结果，陈寅恪张口就说道：“此人必灌阳唐景崧之孙女也。”
原来，“南注生”就是清朝驻台湾巡抚唐景崧的别号，而陈寅恪读过唐景崧的《请缨日记》，对于唐景崧的很多事情都是非常之了解。所以，他从郝更生的嘴里一听说“南注生”三个字，就断定那位女子“必灌阳唐景崧之孙女也”。紧接着，对于这幅字非常感兴趣的陈寅恪向郝更生提出，希望能够有幸拜访一下子那位女子。
令人意想不到的是，陈寅恪就这样遇到了自己生命中的那位伴侣——正如陈寅恪所猜想的那样，郝更生所提到的那位女子正是唐景崧的孙女唐筼，他与唐筼至此因为一幅字而结成了人生伴侣。1928年，陈寅恪迎娶了唐筼，两人正式结为夫妻，此后他们生下了三个女儿，分别叫做陈流求、陈小彭、陈美延。其中“流求”、“小彭”取自琉球、澎湖岛名，都与《马关条约》割让台湾有关。
1929年，陈寅恪在他所撰写的王国维纪念碑铭中首先提出以“独立之精神，自由之思想”为追求的学术精神与价值取向。这座为纪念王国维而修建的纪念碑如今依旧矗立在清华校园中，陈寅恪在碑文中表达了这样的思想：读书治学都应该挣脱世俗观念的束缚，只有这样真理才会被广泛传播，不论是他还是王国维，在学术上都会出现偏差或失误，但这些都是可以商量和讨论的，但是如果没有了“独立之精神，自由之思想”，那么就不能传播真理、研究学术了。对此，他这样强调道：“我要请的人，要带的徒弟，都要有自由思想、独立精神，不是这样，即不是我的学生。”
执教于清华大学的陈寅恪应该算是“清华四大导师”中最为幽默的一位。由于梁启超是“南海圣人”康有为的弟子，王国维是清逊帝溥仪的读书顾问，因此陈寅恪就送给了学生们这样一幅对联：“南海圣人再传弟子，大清皇帝同学少年”。以此调侃梁启超和王国维。
令当时的清华学子们印象最为深刻的并不是陈寅恪的幽默，而是陈寅恪那令人惊叹的渊博学问。陈寅恪在给学生上课的时候既能用西方文化观点解读问题，又能够引经据典用国学观点将问题讲得非常之透彻，可谓是学问似海深。当时，哲学大师冯友兰是扬名天下的大学者，名气比陈寅恪是有过之而无不及。但是，令当时的清华学子们吃惊的是，冯友兰在陈寅恪面前也是毕恭毕敬、以学生自居。所以，在陈寅恪上课的时候，一些清华的教授们也常常坐在教室后面听他讲课，因而有人称他为“活字典”，或者称呼他是“教授的教授”。
当时，华北学术界分为两大派，一派是中国培养出的传统学者，另一派则是留过学的海归学者。这两派之间一直是争执不断，传统学者们认为海归学者们不懂得中国国情，就算他们学问再高，也不过是隔靴搔痒，根本解决不了中国问题。而海归学者们则认为传统学者们太迂腐，眼光太狭窄，也不掌握现代的知识，因而两派互相瞧不起。但是，不管是传统学者那一派，还是海归学者那一派，谁都不敢瞧不起陈寅恪，这在当时的学术界堪称为传奇。