陈寅恪从牛津大学返回国内之时正值国民党在大陆溃败时期——一直就对国民党政府极为失望的他，拒绝了国民党当局以及其他准备前往台湾的友人的邀请，决心留在大陆。
不久，时任岭南大学校长的著名教育家陈序经邀请陈寅恪前往岭南大学任教，因为陈序经一直将陈寅恪视为自己的“学术偶像”。就这样，双目已经失明的陈寅恪在这乱世当中终于找到了一个可安心读书做学问的地方。
来到岭南大学之后，陈寅恪几乎已经完全失明了，重新走上讲台的他却也迈进了一个黑暗的世界。但是，尽管双目已经没有多少视力了，陈寅恪在讲课之时却从不“偷工减料”，相反，他讲起课来比之前更加地认真——这就是陈寅恪，那个倔强的学术大师，失明本身对于他来说就是一场比毁灭肉体更痛苦的灾难，但是他却不向命运低头，而是奋起反击。
新中国成立之后，陈寅恪受到了党和国家领导人的关怀和重视。自从1956年起，周恩来、陈毅、陶铸、胡乔木、周扬等党和国家领导人都先后去看望过他。当时主政中南地区的陶铸专门嘱咐在陈家门前修建了一条白色水泥路，以方便他在工作之余散步。这条路，就是今天中山大学里著名的“陈寅恪小道”。每天工作闲暇之时，陈寅恪都会和妻子唐筼手挽着手在这条路上散步聊天，只有在和妻子散步的时候，才是晚年的陈寅恪一天之中最放松的时候。他们的女儿陈美延后来回忆说：“在我们眼睛里，我母亲真是非常伟大，而我父亲更是天天这样跟我们说。他一直说的就是，‘我们家里头，你可以不尊重我，但是不能不尊重你们的母亲。’他说母亲是我们家里的主心骨，没有我母亲，就没有我们这个家了。”
在这段清净安稳的日子里，陈寅恪在闲暇之时还喜欢上了听戏，对于这位看不见这个世界的老人来说，耳朵早已经成为了他从这个世界上获取快乐的最主要工具。也正因为如此，步入晚年的陈寅恪几乎在每次听完戏之后都会写一首诗以作纪念，毕竟从百忙的工作中抽出时间来听戏是一种很难得的享受。
其实，陈寅恪在听完戏之后会写诗纪念，很大程度上还是因为他遇上了那个自己最愿意倾诉的“忘年交”。陈寅恪和著名京剧演员新谷莺的关系很好，他特别喜欢听新谷莺的戏，而新谷莺也以拥有陈寅恪这样一位“超级粉丝”而自豪，所以从他们认识起，陈寅恪几乎就将新谷莺当成了他晚年最主要的倾诉对象。1959年，陈寅恪在又一次听了新谷莺的戏后，挥笔写了他晚年比较著名的《春尽病起》三首七律诗歌。分别是：
兼旬病过杜鹃花，强起犹能迎客车。
天上素娥原有党，人间红烛尚无家。
关心曲艺休嫌晚，置酒园林仅足夸。
世态万端同是戏，何妨南国异京华。
江郊小阁倚清寒，新换春妆已着禅。
青镜铅华初未改，白头哀乐总相干。
十年鲑菜餐能饱，三月莺花酒尽欢。
留取他时作谈助，莫将清兴等闲看。
葵羹桂醑足风流，春雨初晴转似秋。
桑下无情三宿了，草间有命几时休。
早来未负苍生望，老去应逃死后羞。
传与朋侪同一笑，海南更胜海西游。
1964年，陈寅恪晚年最重要的作品《柳如是别传》完稿，这一年他已经是一位年近耄耋之年的老人了，身体状况一直非常差，行走都不是特别方便。但是，这个时候的陈寅恪却依旧在认真努力地进行着自己的学术事业。既是他晚年时候的助手也是他的学生的黄萱曾经感慨地说道：“寅师以失明的晚年，不惮辛苦、经之营之，钧稽沉隐，以成此稿（《柳如是别传》）。其坚毅之精神，真有惊天地、泣鬼神的气概。”
可是，就在陈寅恪继续为自己的学术事业而奋斗的时候，“文化大革命”爆发了，陈寅恪晚年的清净安稳生活也就此画上句号。在“文化大革命”爆发的1966年冬天，一代国学大师陈寅恪有了人生中第一次写检讨的经历，而且是一写就写得至死都没有停下来过——被批斗的陈寅恪成为当时中山大学中最大牌的“封建余孽”，他被戴上了“死不悔改的走资派”的大帽子，一下子由人人敬仰的学术大师变成了人人喊打的“无产阶级的专政对象”。陈寅恪的助理黄萱被赶走，负责日常保健的医生护士也被撤离，存款被冻结，行动被监视，家里的墙几乎被大字报给“地毯式覆盖”。
此后的两年期间，陈寅恪还遭到很多残酷折磨。造反派们为了能够从陈寅恪的嘴里撬出更多的东西，故意将几只大型号的高音喇叭放在他的屋子后面，每天晚上趁着他熟睡之际就猛然开展对他的批判。患有严重心脏病和失眠症的陈寅恪，睡熟后只要一听见喇叭声就会吓得尿了裤子，而造反派却还是不甘心放掉这条“大鱼”，进而又直接将高音喇叭绑到他的床头。
但是，最令陈寅恪心头滴血的则是他珍藏多年的大量书籍、诗文稿几乎散失殆尽，同时还有他一生挚爱的妻子唐筼的死。1967年夏天，唐筼在一次批斗中心脏病发作，坐在妻子身旁看着生命垂危的妻子，陈寅恪一边默默流泪，一边为生命垂危的妻子写下了一副挽联：
涕泣对牛衣，卌载都成肠断史；废残难豹隐，九泉稍待眼枯人。
1969年夏末，陈寅恪躺在一间四面透着风的破平房里面，且每天只能依靠一点点流食继续挣扎在满是侮辱的生死线上，偶尔有亲人来探望他的时候，已经说不出话来的他只能默默地流泪。
10月7日凌晨，躺在一张破床上的陈寅恪不停地呻吟着，双眼不停地留着眼泪……早晨5点多钟的时候，呻吟哀鸣了一晚上的陈寅恪终于衔冤负屈而去——20世纪中国最璀璨的文化巨星陈寅恪，就这样在漫长的苦雨腥风中陨落了。
“千古文章未尽才，一生襟抱未尽开。”这句唐诗也许是对悲情的学术大师一生最好的释读。他一生中最大的愿望就是能够写成《中国通史》和《中国历史教训》两部恢宏巨著，但是最终却因为双目失明和晚年所遭遇的动荡致死而未能完成。有人说，这不但是陈寅恪自己的悲哀，这也是一个民族的悲哀。
“他人评价”
著名学者吴宓评价陈寅恪说：“合中西新旧各种学问而统论之，吾必以寅恪为全中国最博学之人。”
季羡林评价陈寅格说：“寅恪师讲课，同他写文章一样……他的分析细入毫发，如剥蕉叶，愈剥愈细，愈剥愈深，俨然一本实事求是的精神，不武断，不夸大，不歪曲，不断章取义。他仿佛引导我们走在山阴道上，盘旋曲折，山重水复，柳暗花明，最终豁然开朗，把我们引上阳关大道。读他的文章，听他的课，简直是一种享受，无法比拟的享受。在中外众多学者中，能给我这种享受的，国外只有亨利希·吕德斯，在国内只有陈师一人。”
著名史学家金毓黻对陈寅恪的评价：“近来作家往往胸中先持一成见，曲引古籍以证成其说，合则引用不惮其烦，不合则避而不谈，违史家实事求是之旨，吾所不取。窃谓陈氏治唐史最能通贯，且引证以明之，是以绩效炳然，诚近来史家之杰……现世以治隋、唐史名家者，前推陈寅恪、岑仲勉二氏，皆能殚见洽闻。而陈氏尤为通博，所著《隋唐制度渊源略论》、《唐代政治史述论》最为独出冠时，不识足下曾取而读之否耶？”
著名学者余世存评价陈寅恪：“这种人生，在当时及今天，都是多少文人学士避之唯恐不及的，是多么可怜，甚至迂腐的。但陈寅恪从来没有为所谓的成功而活。因此，今天最值得谈论的，不是陈寅恪的记忆力、学识和传奇，而是他在一个成功环伺的环境中坚持了道理，让大道学问成了他人格的象征。因此，我们不难理解为什么他的悲情力量，能成为一种后人不可企及的传奇高标。”