1916年的夏天，每日听着清脆的蝉鸣声读书学习的傅斯年已经成为了北京大学文学院中国文学系的一名学生，出于对中国传统文化的热爱，傅斯年在北大预科班毕业之后便选择了继续学习文化——因为他相信，凭借着深厚的家学功底，一定能够将国学发扬光大，国学就是他的终身之所托，是他要穷尽毕生去研究探索的文化领域。
除了自身对于国学的热爱，傅斯年选择继续研修国学的一个重要原因就是章太炎。
当时，章太炎的学说在青年学生中影响非常广泛，很多青年学子都将他尊为“文化偶像”。年轻的傅斯年也不例外，他从第一次阅读章太炎的著作起便成为了无数“太炎先生粉丝”中的一员。所以，在进入北大文学院之后，傅斯年更是努力学习古经文，以便能够更好地研究章太炎的著作，不论是上课时间还是课余休息时间，他手里拿的书中总有一本是章太炎的著作。
傅斯年的同班同学伍淑在记述他在北大的同学时，曾这样描述他：“民国五年下半年，（我）在北大上课的第一天，大约在一个上午，上什么历史，一位有长胡子的教员来了，分到三张讲义，仿佛都是四个字一句的。上课半小时，黑板上写满了讲义校勘记，感觉到乏味，于是开始注意班上的同学；发现第二排当中一位大胖子有点特别，因为教员的眼睛，老是注意他的身上。下了课，这位胖子同一位像阿拉伯马一样的同学在课堂的角落谈起天来了，围起一班同学来听，议论风生，夹杂些笑声，我就很欣赏他的风度，到他台子上一看，放了几本《检论》（章太炎著作），上面有了红色的批点，却没有仔细去看它。下了课，回到宿舍，才打听到他就是山东傅斯年。有几个老同学就说：‘他是孔子以后第一人’，这是我对孟真的第一个印象。”
原来，当时的场景是傅斯年对于历史课教师的教课方式不感兴趣，便拿出自己随身携带的《检论》开始阅读，以打发让自己感到枯燥无聊的历史课——喜欢章太炎学说的傅斯年也继承了章太炎狂傲不羁的一面，傅斯年不仅在课堂上表现得非常狂傲，平时在和同学研究讨论功课之时也总是傲气满满。
但是，却很少有人去指责自恃国学功底深厚总是藐视别人的傅斯年，因为与他同班的其他同学几乎没有一个人能在国学问题上辩论过他——从小就对儒家经典非常熟悉的傅斯年，经常在和同学争辩中背诵大段经典章节，很多自恃甚高的人在和傅斯年辩论国学问题的时候都没有赢过他，往往是落得一个被他呛得哑口无言的结局。
才气过人的傅斯年逐渐成为北大文学院中的“名人”，很多教授在谈起傅斯年的时候都认为他必将成为“一代博学之士”，就连当时的北大校长蔡元培也对傅斯年是“恩宠有加”，尽自己所能去帮助傅斯年。傅斯年的同学、著名教育家、思想家罗家伦在也曾有过这样的记述：“就在当时的北大，有一位朱蓬仙教授，也是太炎弟子，可是所教的《文心雕龙》却非所长，在教室里不免出了好些错误，可是要举发这些错误，学生的笔记终究难以为凭。恰好有一位姓张的同学借到那部朱教授的讲义全稿，交给孟真，孟真一夜看完，摘出三十几条错误，由全班签名上书校长蔡先生，请求补救，书中附列这错误的三十几条。蔡先生自己对于这问题是内行，看了自然明白，可是他不信这是由学生们自己发觉的，并且似乎要预防教授们互相攻诘之风，于是突然召见签名的全班学生。那时候同学们也慌了，害怕蔡先生要考，又怕孟真一人担负这个责任，未免太重，于是大家在见蔡先生之前，每人分任几条，预备好了，方才进去。果然蔡先生当面口试起来了，分担的人回答得头头是道。考完之后，蔡先生一声不响，学生们也一声不响，一一鞠躬鱼贯退出。到了适当的时候，这门功课重新调整了。”
随着傅斯年在北大文学院中的影响越来越大，章太炎的得意弟子黄侃也开始注意起傅斯年。在和傅斯年接触过几次之后，黄侃决定亲自教授傅斯年，他希望傅斯年能够继承和发扬章太炎的学说，成为章太炎学说的新一代衣钵传人。
能够拜入章太炎得意弟子黄侃的门下，这对于傅斯年来说无异于是一件梦寐以求的事情，所以刚刚成为本科生不久的傅斯年就成为了黄侃的得意门生，他经常穿着大褂手里摇着一把大葵扇，俨然一副旧派儒生的模样行走在北大校园中。
然而，就在所有人都认为傅斯年必将成为章太炎学说的优秀继承人之时，他却干出了一件令所有人目瞪口呆的大事儿——“背叛师门”，改入胡适的门下，而胡适恰恰是章太炎所瞧不起的。（章太炎在点评民国哲学之时，曾对胡适有过这样的评价：“哲学，胡适之也配谈么？康、梁多少有些‘根’。胡适之，他连‘根’都没有。”）
1917年秋天，刚刚到北大教授中国哲学史的胡适一踏上北大的讲台，就在北大学生中引起了很大的争议，除了胡适的年纪只有二十来岁之外，还有一个重要原因就是学生们认为这个新来的教授比起国学大师陈汉章来简直差了好几个档次，一个劲地想把他赶走。当然，也有一些学生非常喜欢胡适，因为他讲课颇有新意。就在这样的争议中，北大文学院中“大名鼎鼎”的傅斯年在同室好友顾颉刚的鼓动下决定去听一听胡适的课。结果是，傅斯年在听了几堂胡适的课之后开始对胡适心生好感，他对哲学系几位关系不错的同学说：“这个人书虽然读得不多，但他走的这条路是对的。你们不能闹。”
在对胡适的课产生好感之后，傅斯年经常和同学罗家伦等人请教胡适。随着双方的交流日渐深入，傅斯年渐渐发现胡适这个比自己年长五岁的青年老师并非读书不多，而是一位学贯中西且为人十分随和的大学问家。随后没过多久，傅斯年就做出了一个令北大所有人都震惊不已的决定：转投胡适门下，由北大保守派教授黄侃的学生变成了北大新派教授胡适的学生，并且在新文化运动爆发之后成为了胡适手下的第一骁将。
顾颉刚后来回忆说：“傅斯年本是‘中国文学系’的学生，黄侃教授的高足，而黄侃则是北大里有力的守旧派，一向为了《新青年》派提倡白话文而引起他的痛骂的，料想不到我竟把傅斯年引进了胡适的路子上去，后来竟办起《新潮》来，成为《新青年》的得力助手。”
除了在新文化运动中跟随胡适“鞍前马后的效命”之外，傅斯年跟着自己的新老师胡适也学到了很多，他在胡适的指导下认真钻研了杜威的实用主义哲学、达尔文的进化论、马克思的唯物主义哲学及其关于社会革命的学说等。可以说，正是在胡适的悉心教导下，年轻的傅斯年才从国学大师黄侃的高徒变成了为文学革命而拼搏的斗士，让一身傲气的傅斯年走上了一条新路，成为了“人间一个最稀有的天才”。
值得一提的是，胡适帮助了傅斯年的同时，傅斯年也帮助了胡适。在胡适初到北大的时候，正是由于傅斯年的支持，年仅二十余岁的胡适才能够在大师众多的北大讲台上站稳脚跟，后来胡适在回忆起这段难忘时光之时感慨地说道：“我这个二十几岁的留学生，在北京大学教书，面对着一班思想成熟的学生，没有引起风波；过了十几年以后才晓得孟真暗地里做了我的保护人。”