历史在这里有一个惊人的相似，这场谋杀案与100年前林肯的遇刺案几乎有着惊人的相似，简直如出一辙！
联邦调查局的人效率奇高——他们很快就找到了凶手，他们几乎很准确地就判断出子弹是从从埃尔姆大街上德克萨斯州教科书仓库大楼的一个窗口射出的。当然，按照子弹的射击路径分析这看似并不难，但这样迅速而准确无误地就判断出发射位置显然效率高的令人怀疑。但不管怎样，他们在这栋楼内的第6层的一个窗台旁找到了一支M·C·6.5毫米步枪。而且，对凶犯的缉捕也非常顺利，也没有浪费任何时间，仿佛这名凶手只知道怎么杀死总统，却不知道怎么逃跑。在找到那支步枪后仅仅1个小时，联邦调查局的警探们就抓获了凶手，他就是李·奥斯瓦尔德——而且，证据吻合的几乎完美无缺——枪上的指纹与这个人完全一致；此外，当然还有人证：李·奥斯瓦尔德就是这座仓库的管理员，他的一位同事说，就在这天清晨，他看见奥斯瓦尔德在来到教科书仓库大楼的时候，他们在电梯中相遇，他看到奥斯瓦尔德携带着一个包裹起来的、长长的东西，奥斯瓦尔德解释说这只是窗帘；另外，一位出租车司机也证实说，就在总统遇刺后几分钟，有个人就跳上他的出租车，并告诉他总统遭到了枪击，他因此对这个人印象深刻；还有奥斯瓦尔德的妻子，她证实她看到过那支步枪，并且联邦调查局的人还在奥斯瓦尔德的房间里发现了总统车队的行进路线图和黑色铅笔标画出了教科书仓库大楼到总统被袭击点的距离。
接下来就是进一步的证明：
枪支来源调查报告说，那支该枪来自芝加哥一家邮购商行，商店雇员在调查中说，这支枪是不久前被订购的，尽管使用的不是的奥斯瓦尔德这个名字，但联邦调查局的笔迹专家却发现订单上的笔迹与奥斯瓦尔德的一致；
弹道学也证明，那棵子弹上的弹道痕迹就是出自这支步枪，步枪上留有奥斯瓦尔德清晰的指纹；
还有，从奥斯瓦尔德身上搜出的子弹也是6.5毫米的，即正是那支步枪所使用的子弹；
此外，人们还证实，奥斯瓦尔德还犯有一桩罪，那就是在逃跑时枪杀了一名叫蒂皮特的警察。
奥斯瓦尔德首先被收押在达拉斯市警察局，联邦调查局对他进行了11个小时的审讯，然而奥斯瓦尔德对所有的指控都予以否认。他坚持说他是无辜的，他没有杀害任何人。就在人们还以为会在费些周折才能让这位凶手承认的时候，一件意外中的意外发生了，就在11月24日早晨，当达拉斯市警察局准备把奥斯瓦尔德从警察总部转移到监狱去，在众多警察押着这名囚犯刚刚走出警察大楼的时候，人群中的一个家伙突然走上前来，就在众目睽睽、目瞪口呆的警察中面对面地对着奥斯瓦尔德开了一枪，当时正在进行全国电视转播，全美国都看到了这一幕，人们也惊呆了。
这个干掉奥斯瓦尔德的人叫杰克·鲁比，他当然被当场逮捕，然而，没等到他说出什么，他被报道说因癌症在监狱中不治身亡。
奥斯瓦尔德杀了肯尼迪总统，杰克·鲁比又杀了奥斯瓦尔德，如果说螳螂捕蝉、黄雀在后，那么黄雀的背后又是谁呢？
在肯尼迪遇刺的当天，即那天下午3点38分，林登·约翰逊就在空军一号上宣誓就任总统之职，而当时站在他身旁的就是杰奎琳·肯尼迪，从照片上就能看出，她仍然精惊魂未定，身上还沾有肯尼迪的血迹。约翰逊就在总统的专机上宣誓就任美国总统后空军一号就起飞返回华盛顿，两个半小时后空军在华盛顿安德鲁斯机场降落，约翰逊总统随即在机场发表了他就职后的第一次电视演讲，之后乘坐直升飞机飞往白宫。第二天清晨4点34分，肯尼迪总统的灵柩覆盖着美国国旗被运进了白宫，停放在东厅，杰奎琳·肯尼迪跪在丈夫的灵柩上，脸贴在星条旗上，悲哀的无以名状。
周日，肯尼迪总统的遗体由一辆马拉炮车穿过宾西法尼亚大道，最前面是一匹空着马鞍的马，马鞍上一双倒悬的皮靴，象征着主人已经从这个世界消逝。
就职一周后，约翰逊总统就亲自任命了一个由7人组成的总统特别委员会，负责调查肯尼迪遇刺一案。然而，人们翘首以盼得来的却是一份模糊不清、含糊其辞、最终把一切都归罪于一个替死鬼的结论——经过长达10个月的调查，特别委员会按照美国的调查习惯，共计询问了552位证人和25000其他人员，最后1965年9月25日，特别调查委员会交出了答卷：一份912页的调查报告，其中包括案件相关的照片、图表、证据、证言和其他文件，共为25册，总字数达百万字，这就是《总统特别委员会关于肯尼迪总统被暗杀的调查报告》。这份调查报告最终的结论是：肯尼迪遇刺完全是由奥斯瓦尔德的个人行为，是一个“孤立的事件”，也就是说完全否定了人们的普遍猜想——这是一个政治谋杀。至于动机，报告说奥斯瓦尔德是一名精神病患者，他的背后“没有任何证据证明有人帮助过他”。
但这个报告几乎立即就招来了普遍的质疑：这么一宗震惊世界的竟然归结为这么一个简单的甚至有点无聊的原因上，显然不那么令人信服。最重要的是，这份报告对众多疑点既没有解释清楚，也没有就此展开更深入的调查，相反，这份报告好像刻意在隐瞒什么。但人们却不会放过对这个案件的关注，几十年来，这个案件始终疑点重重，这让人有理由相信，这又是一宗“林肯案”。
在这宗案件中，最大的一个疑点就是报告中说是奥斯瓦尔德当时对着肯尼迪开了三枪，其中两颗子弹击中，一颗偏离。但实际上在现场的录像带中，尽管现场的噪音比较大，可通过对录像带的分析表明，还有一声枪响，也就是说，还有另外一个人，那么如果这样，事情的结论就完全不同了——那意味着这是一次有组织的谋杀。表明的确存在第四声枪声的证据不仅来自现场的录像资料，也有来自总统敞篷车上的麦克风录音，当时达拉斯警方在肯尼迪的座车上装有麦克风，同时配有录音系统。尽管在总统遭到枪击后现场一片混乱，录音因此有些模糊，经过专家的仔细分析，就在这些噪音中，其中三声枪响比较清晰，但在奥斯瓦尔德——假设他是谋杀者之一的话，在他开枪前的十分之七秒还有一声枪响，而这声枪响与肯尼迪中弹的精确时间才真正吻合，而奥斯瓦尔德的三声枪响却与肯尼迪中弹的精确时间存在较大的间隔，当然，不经过仔细比较分析是难以看出来的。
当然，和许多想要掩盖的阴谋一样，有很多东西总是无法彻底抹去。除了到底是三枪还是四枪的争论外，很多证据都和报告相左。
如，现场找到的那支步枪也是反驳报告的证据之一，因为这支步枪实际上是在二战中（1940年）制造的，是一个旧式的老步枪，根本不适合作狙击步枪使用，其瞄准存在偏差，而且射击速度也证明，在6秒的时间内，这支枪最多只能发射3颗子弹。
此外，从射击的路径分析也表明，如果是从那座仓库的楼上射击，根据当时敞篷车的行驶方向那么角度就与总统尸体上的弹径不符。而报告中实际上也没有收录所有人的证言证词，事后陆续有人证明，当时子弹实际上那座仓库对面的草坪上射出的，枪击发生后警察奔跑追击的方向也是草坪，后来才调头跑向仓库。现场的观众很多人都证实了这一点，并同时说，他们在枪击发生后看到几个很像军人的人迅速奔向停车场然后离开，其中还有一个人持有军用报话机。
再者，尸检报告方面也存在众多疑点。当时负责解剖肯尼迪遗体的是海军医疗中心，一位X光师摄影师说，当他在给总统遗体拍摄完照片后，联邦调查局却不让他洗胶片，而是另外安排联邦调查局的特工来洗胶片。而当胶片洗出来后，他后来发现许多胶片不见了，连同底片一起不见了踪影，甚至有些胶片好像被再次曝光，因而变得模糊不清。
还有就是肯尼迪总统头颅的枪伤部分好像也被人动过手脚。因为在肯尼迪中枪后的片刻他的一侧颅骨就被击碎掀飞了，依据以往的经验，肯尼迪的脸部也应该因此变形，但当把尸体抬上验尸台的时候，现场的照片显示，肯尼迪总统的脸部没有任何损伤，眼睛睁着，嘴唇张开，这说明在总统尸体在这期间被人重新动过“手术”，而目的显然是为了抢在验尸前改变中弹部位的形态，以便抹去某些判断的依据——这也因此留下一个疑点，那就是，很有可能这颗射进头颅的子弹并不是从背后射进的，而实际上是从前方射进的，尸体被重新动过手脚的目的很可能是为了让伤口看上去像是从背后射进的，以便与奥斯瓦尔德的“射击位置”一致。
这因此导致在验尸的时候，验尸官感到惊讶，伤口有10毫米×20毫米大，而且颅内的脑组织不见了——即使子弹射进的瞬间导致脑浆飞溅而出，但也不至于缺失这么多，以至在进行最后的尸体整形的时候不得不使用海绵填充在颅腔内。
更为让人们怀疑的是，关于肯尼迪总统的尸检档案和X光片资料原本被保存到国家档案馆，但这些资料在1996年10月几乎全部丢失。1992年，曾经参与过抢救总统的帕尔克林德医院的医生克林绍出版了《约翰·肯尼迪——打破沉默》一书。他在书中也证实，当时总统被送来抢救时整个大脑右半部都没有了，而且总统的颅骨的确被人动过手脚，这正好改变了子弹射击方向的确认。
然而，肯尼迪一案的最大一点还并不在肯尼迪的尸体上，而是后来陆陆续续相关人员的死亡，他们都有两个共同的特点：一，与本案有关，能够揭示出某些证据；二，都是非正常死亡，或者表面上是正常死亡。令人惊愕的是，这并不是简单的一、二个人被灭口，而是多达180多人，而且时间跨度长达10年——试问，除了能支配政府的幕后势力，谁还有这么大的能力能干掉这么多人？
实际上，相关证人的死亡在奥斯瓦尔德被刺杀前就开始了，第一个被灭口的就是那个名叫蒂皮特的警察，后来一些人证实说，实际上当时向蒂皮特开枪的是一个黑色卷发的家伙，而奥斯瓦尔德是栗色头发。第二个倒霉的是蒂皮特的同事，他当时就在现场，他说枪杀蒂皮特的人与奥斯瓦尔德不见头发颜色不一样，就连外形都差别很大，一眼看上去就根本是两个人，结果，这名警察仅仅在几天后的一次巡逻中就被枪杀了。第三个死亡的人也是因在蒂皮特一事上作证说，凶手另有其人，尽管在后来的调查中他显然受到了某种威胁而改变了证词，但结果还是被一颗子弹击中头部当场死亡。
第四个死亡的是一个铁路工人，他是肯尼迪一案中现场的目击证人之一，就是他在接受调查时说当时射击的子弹应该是来自草坪而不是仓库，结果，不久他就被一辆飞驰而来的汽车撞死。
第五个死亡的也是一名现场目击证人，他名叫罗杰·克雷格，他作证说是几个军人模样的人离开了现场，结果，他也遭到了枪击，幸运的是他当时没有被杀死，但仍没有摆脱厄运，就在事情过去12年后，他还是被几个闯进他家里的家伙开枪击毙。
第六个死去的是奥斯瓦尔德的一个朋友，他就是石油地质专家乔治·德希尔德，他也是在案发后几天就突然死亡了，因为他接到了特别调查委员会的询问通知。
第七个人是女记者多茜西，因为她曾去过达拉斯监狱对枪杀奥斯瓦尔德的凶手杰克·鲁比进行采访，随后不久她就在家中突然死亡。
同样原因死去的还有《达拉斯时代先驱报》的记者吉姆·莱德和杰克·亨特，他们都和多茜西一样，因采访报道鲁比枪杀奥斯瓦尔德一案而在不久后先后突然死亡，吉姆是在自己的家中被枪杀；杰克则因警察手枪“走火”而死于非命。
此后，名单不断延长，就像是一张无形的大网，只要是相关的人最终一一突然死亡，然而，这正好证实了人们的普遍猜测：这绝不是奥斯瓦尔德的个人行为，而是一个势力庞大的幕后组织制造的阴谋，因为没有任何一个组织能拥有这样的能力有组织、有计划地连续杀害这么多证人。